TUGAS KIMIA FARMASI

REVIEW JURNAL

OLEH :

YANTI PUSPITASARI
000312032022

MAGISTER FARMASI
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS MUSLIM INDONESIA
2023
 Natural Products for Drug Discovery in the 21st Century:
Innovations for Novel Drug Discovery
“International Journal of Moleculer Sciences”

Reviewer : Yanti Puspitasari

Pendahuluan
Jurnal ini membahas tentang pendekatan yang berbeda dalam penemuan obat
dari bahan alam. Bahan alam telah digunakan dalam pengobatan tradisional
selama ribuan tahun dan masih menjadi sumber penting untuk pengembangan
obat baru. Namun penemuan obat baru dari bahan alam dapat menjadi tantangan
karena kompleksitas senyawa alami dan interaksi mereka dengan sistem biologis.
Oleh karena itu pendekatan yang inovatif dan terintegrasi diperlukan untuk
mempercepat penemuan obat dari bahan alam. Beberapa pendekatan yang dibahas
pada jurnal ini meliputi analisis proteomik, metabolomik, dan metabonomik,
pengujian aktivitas biologis, dan penggunaan teknologi informasi seperti deep
learning dan connectivity map. Pendekatan-pendekatan ini dapat digunakan secara
terpisah dan digabungkan untuk mempercepat penemuan obat dari bahan alam.
Pendekatan Multidisiplin Penemuan Obat Bahan Alam Menggunakan
Teknologi Inovatif
Pendekatan yang melibatkan berbagai disiplin ilmu dan teknologi inovatif
untuk mengekstrak dan mempelajari senyawa-senyawa alami dari produk alami
untuk pengembangan obat baru. Pendekatan ini melibatkan teknologi seperti
genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics/metabonomics, otomatisasi,
dan strategi komputasi untuk mengidentifikasi senyawa-senyawa yang berpotensi
sebagai kandidat obat baru. Pendekatan ini juga mempertimbangkan efek sinergis
dari senyawa-senyawa tersebut dan tidak hanya mencari satu senyawa aktif.
Pendekatan multidisiplin dan penggunaan teknologi inovatif dapat membantu
mengidentifikasi senyawa-senyawa yang berpotensi sebagai kandidat obat baru
dan memahami mekanisme kerjanya pada tingkat molekuler.
Penelitian dan Pengembangan Penemuan Obat Bahan Alam dan Omics
(Genomics Proteomics and Metabolomics/Metabonomics)
a. Genomik dalam Identifikasi Produk Alam Berbasis Tumbuhan dan
Identifikasi Biomarker
Teknologi yang digunakan untuk mengidentifikasi spesies tanaman dan
produk alami yang digunakan dalam pengembangan obat baru. Teknologi ini
melibatkan penggunaan metode DNA barcoding dan teknik genomik lainnya
untuk mengidentifikasi spesies tanaman secara akurat dan memastikan
konsistensi dalam kualitas dan profil produk alami. DNA barcoding
menggunakan variasi urutan DNA standar dalam wilayah DNA pendek (400-
800 bp) untuk identifikasi tingkat spesies. Teknik ini memberikan identifikasi
yang lebih akurat dan dapat diandalkan dibandingkan dengan metode
identifikasi morfologi tradisional dan nama lokal (vernacular). Selain itu,
teknologi genomik juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi senyawa-
senyawa yang berpotensi sebagai kandidat obat baru dan memahami
mekanisme kerjanya pada tingkat molekuler. Teknologi ini dapat digunakan
untuk mengidentifikasi target obat atau senyawa dengan melakukan sekuensing
genom lengkap dan analisis transkriptomik
b. Proteomik dalam Validasi Produk Alami dan Identifikasi Biomarker
Proteomik dapat digunakan dalam validasi produk alami dan identifikasi
biomarker. Pendekatan proteomik dapat memberikan wawasan tentang ekspresi
protein, fungsi protein, jalur metabolisme, dan biosintesis berdasarkan efek
terapeutik, yang dapat diterjemahkan menjadi konsistensi dalam kualitas dan
profil produk alami. Pendekatan seperti spektrofotometri massa yang
menggunakan tag isotop dan elektroforesis dua dimensi akan memberikan
wawasan tentang profil protein kuantitatif yang menghasilkan data kuantitatif
pada skala dan sensitivitas yang dapat dibandingkan dengan apa yang
dihasilkan pada tingkat genomik. Efek terapeutik produk alami dapat
dijelaskan menggunakan teknik proteomik dan pencitraan untuk mempelajari
metabolisme produk alami dan senyawanya. Proteomik adalah cara yang
efektif untuk menjelaskan efek multi-target dari persiapan produk alami yang
 kompleks serta penemuan senyawa dan fraksi ganda, karakterisasi produk
alami, dan akhirnya platform diagnostik molekuler.
Metode Identifikasi Target Produk Alami Bebas Label
Metode untuk Identifikasi target produk alami bebas label meliputi beberapa
pendekatan seperti affinity chromatography, celuler thermal shift assay, thermal
proteome profiling, dan biinformatic-based analysis of connectivity and drug
affinity responsive target stability. Pendekatan affinity chromatography adalah
metode dimana produk alami di mobilisasi pada dukungan padat fisik dan
identifikasi protein terikat dilakukan menggunakan spektrofotometri massa.
Namun modifikasi produk alami dapat mengurangi atau kehilangan aktivitasnya.
Oleh karena itu, metode baru dan inovatif yang tidak memodifikasi produk alami
sangat penting untuk keberhasilan identifikasi target protein. Metode baru yang
telah berhasil mengidentifikasi target protein menggunakan produk alami tanpa
label termasuk celuler thermal shift assay, thermal proteome profiling, dan
biinformatic-based analysis of connectivity and drug affinity responsive target
stability. Metode baru ini mengukur respons kompleks produk alami-target
protein terhadap perlakuan proteomik dan termal. Dengan pendekatan ini
mungkin mengidentifikasi beberapa target protein untuk satu produk alami
menggunakan analisis proteomik.
Data Besar dalam Pengembangan Obat untuk Pengembangan Obat Bahan
Alami dan Obat Presisi
Data besar dalam pengembangan obat untuk pengembangan obat produk
alami dan obat presisi mengacu pada penggunaan kumpulan data yang besar dan
kompleks untuk menginformasikan proses penemuan dan pengembangan obat.
Pendekatan ini melibatkan integrasi berbagai jenis data, termasuk data genomik,
transkriptomik, proteomik, dan metabolomik, untuk mengidentifikasi target obat
potensial dan biomarker untuk pengobatan presisi.
Salah satu tantangan dalam menggunakan data besar untuk pengembangan
obat adalah heterogenitas tumor kanker, yang dapat menyebabkan rendahnya
perubahan somatik serupa pada pasien kanker yang terdaftar dalam penelitian.
Untuk mengatasi tantangan ini, pendekatan kombinatorial untuk desain obat
diperlukan, di mana dua atau lebih obat menargetkan jalur yang sama atau bekerja
secara sinergis untuk mencapai kesembuhan.
Selain itu, otomatisasi telah berhasil digunakan dalam penemuan obat bahan
alam untuk mempercepat proses. Pengujian throughput tinggi dan perangkat lunak
desain obat berbantuan komputer telah dikembangkan untuk mengurangi
kesalahan manusia dan bias yang biasanya dibuat selama desain dan
pengoptimalan obat. Sistem mikrofluida terintegrasi dan teknologi kecerdasan
buatan juga digunakan untuk membantu para ilmuwan selama desain dan
pengoptimalan obat.
Secara keseluruhan, penggunaan data besar dalam pengembangan obat untuk
pengembangan obat bahan alam dan obat presisi berpotensi meningkatkan tingkat
keberhasilan obat terapeutik baru dan meningkatkan outcome pasien.
Mengotomatiskan Penemuan Obat Produk Alami
Mengotomatisasi penemuan obat produk alami melibatkan penggunaan
skrining throughput tinggi (HTS) dan teknologi otomasi untuk mempercepat
proses mengidentifikasi dan mengkarakterisasi senyawa produk alami dengan
sifat terapeutik potensial. HTS memungkinkan penyaringan cepat perpustakaan
besar ekstrak produk alami atau senyawa murni terhadap berbagai target biologis,
sementara teknologi otomasi seperti robot penanganan cairan dan perangkat
mikofluida dapat meningkatkan efisiensi dan reproduktifitas proses penyaringan.
Salah satu contoh platform penemuan obat produk alami otomatis adalah
Natural Products Discovery Institute (NPDI) di University of South Florida. NPDI
menggunakan kombinasi HTS, ekstraksi otomatis, dan teknik kimia analitik untuk
menyaring ekstrak produk alami untuk potensi timbal obat. Platform ini
mencakup sistem robotik untuk persiapan sampel, spektrometer massa beresolusi
tinggi untuk identifikasi senyawa, dan serangkaian bioassay untuk penapisan
berbasis target dan fenotipik.
Mengotomatiskan penemuan obat bahan alam dapat membantu mengatasi
beberapa tantangan yang terkait dengan penemuan obat bahan alam tradisional,
seperti hasil rendah, ketersediaan terbatas, dan kompleksitas ekstrak bahan alam.
Dengan meningkatkan kecepatan dan efisiensi proses penyaringan, teknologi
otomasi dapat membantu mengidentifikasi senyawa produk alami baru dengan
sifat terapeutik potensial dengan lebih cepat dan efektif.
Desain Obat Berbantuan Komputer dari Produk Alami
Desain obat berbantuan komputer (CADD) adalah alat yang ampuh untuk
penemuan dan optimalisasi obat berbasis produk alami. CADD melibatkan
penggunaan metode komputasi untuk memprediksi aktivitas biologis,
farmakokinetik, dan toksisitas senyawa produk alami, serta merancang senyawa
baru dengan sifat yang lebih baik.
Salah satu pendekatan CADD adalah penggunaan algoritma pembelajaran
mesin untuk memprediksi aktivitas biologis senyawa produk alami berdasarkan
struktur kimianya. Algoritma ini dapat dilatih pada kumpulan data besar senyawa
bioaktif yang diketahui untuk mengidentifikasi pola dan hubungan antara struktur
kimia dan aktivitas biologis, dan kemudian dapat digunakan untuk memprediksi
aktivitas senyawa baru.
Pendekatan lain untuk CADD adalah penggunaan simulasi penambatan
molekuler untuk memprediksi pengikatan senyawa produk alami ke protein target.
Pendekatan ini melibatkan penggunaan model komputasi untuk mensimulasikan
interaksi antara senyawa produk alami dan protein target, dan dapat digunakan
untuk memprediksi afinitas pengikatan dan cara kerja senyawa.
Selain itu, metode skrining virtual dapat digunakan untuk mengidentifikasi
senyawa produk alami dengan aktivitas terapeutik potensial. Metode-metode ini
melibatkan penggunaan model komputasi untuk menyaring basis data besar
senyawa produk alami untuk aktivitas yang diprediksi terhadap protein atau jalur
target tertentu.
Secara keseluruhan, CADD adalah alat yang berharga untuk penemuan dan
optimalisasi obat berbasis produk alami, dan dapat membantu mempercepat
proses penemuan obat dengan mengurangi waktu dan biaya yang terkait dengan
metode eksperimen tradisional
Produk Alami dan Obat Presisi
Produk alami telah menjadi sumber obat yang kaya selama bertahun-tahun,
dan pengobatan presisi adalah pendekatan yang relatif baru untuk pengembangan
obat yang bertujuan menyesuaikan perawatan untuk masing-masing pasien
berdasarkan susunan genetik, gaya hidup, dan lingkungan mereka. Pengobatan
presisi melibatkan penggunaan biomarker untuk mengidentifikasi pasien yang
paling mungkin mendapat manfaat dari pengobatan tertentu, dan untuk memantau
respons mereka terhadap pengobatan dari waktu ke waktu.
Produk alami dapat memainkan peran penting dalam pengobatan presisi,
karena sering memiliki struktur kimia yang kompleks dan berbagai aktivitas
biologis yang dapat dimanfaatkan untuk tujuan terapeutik. Misalnya, produk
alami seperti curcumin dan resveratrol telah terbukti memiliki sifat anti-inflamasi
dan anti-kanker, dan mungkin bermanfaat dalam pengobatan berbagai penyakit.
Selain itu, bahan alam dapat digunakan sebagai sumber biomarker untuk obat
presisi. Misalnya, profil metabolomik produk alami menggunakan teknologi
seperti kromatografi cair kinerja tinggi ultra-kinerja tinggi–quadruple TOF MS
(UPLC–MS) telah memungkinkan identifikasi senyawa yang memberikan sifat
terapeutik pada herbal seperti Newbouldia laevis, Cassia abbreviata, Hyptis
suaveolens dan Herbal Panax. Profil metabolomik dan metabonomi menggunakan
NMR, MS dan UPLC berpotensi menjelaskan nilai farmakodinamik,
farmakokinetik, dan toksikologi produk alami.Secara keseluruhan, produk alami
berpotensi memainkan peran penting dalam pengobatan presisi, baik sebagai
sumber obat baru maupun sebagai sumber biomarker untuk stratifikasi dan
pemantauan pasien.
Kesimpulan
Kesimpulan dari jurnal-jurnal yang telah disebutkan adalah bahwa
penggunaan bahan alami dalam penemuan obat memiliki potensi yang besar untuk
mengatasi tantangan kesehatan global saat ini. Namun, penemuan obat dari bahan
alami memiliki tantangan tersendiri, seperti isolasi dan pemurnian senyawa aktif
dari ekstrak tumbuhan, serta kompleksitas mekanisme aksi senyawa tersebut. Oleh
karena itu, diperlukan pendekatan multidisiplin dan teknologi inovatif, seperti
genomik, proteomik, metabolomis, data besae, kecerdasan buatan, dan komputasi
kuantum untuk mengidentifikasi dan memanfaatkan potensi terapeutik senyawa
alami. Selain itu, diperlukan upaya konservasi dan inovasi yang bertanggung
jawab untuk melindungi keanekaragaman hayati dan pengetahuan tradisional.
Kesimpulannya, penemuan obat dari bahan alami dengan pendekatan multidisiplin
dan teknologi inovatif memiliki potensi besar untuk menghasilkan obat-obatan
baru yang efektif dan aman untuk mengatasi tantangan kesehatan global saat ini
Kelebihan
Jurnal ini memiliki beberapa kelebihan, di antaranya:
1. Multidisiplin: Jurnal ini membahas topik yang melibatkan berbagai disiplin
ilmu, seperti biologi, kimia, teknologi, dan kedokteran. Hal ini
memungkinkan pembaca dari berbagai latar belakang untuk memperoleh
pemahaman yang lebih komprehensif tentang topik yang dibahas.
2. Inovatif: Jurnal ini membahas penggunaan teknologi inovatif, seperti big data,
artificial intelligence, dan quantum computing, dalam penemuan obat dari
bahan alami. Hal ini menunjukkan bahwa jurnal ini mengikuti perkembangan
terbaru dalam bidang penemuan obat.
3. Relevan: Jurnal ini membahas topik yang sangat relevan dengan tantangan
kesehatan global saat ini, seperti kanker, penyakit degeneratif, HIV/AIDS,
dan diabetes. Oleh karena itu, jurnal ini dapat memberikan wawasan yang
berguna bagi para peneliti dan praktisi kesehatan.
4. Terbuka: Jurnal ini tersedia secara terbuka dan dapat diakses oleh siapa saja.
Hal ini memungkinkan penyebaran informasi yang lebih luas dan dapat
membantu mempercepat kemajuan dalam bidang penemuan obat dari bahan
alami
Kekurangan
Jurnal ini mungkin memiliki beberapa keterbatasan, seperti:
1. Keterbatasan data: Jurnal ini mungkin terbatas pada data yang tersedia pada
saat penulisan. Oleh karena itu, beberapa penemuan baru mungkin tidak
tercakup dalam jurnal ini.
2. Keterbatasan generalisasi: Beberapa penemuan dalam jurnal ini mungkin
hanya berlaku untuk spesies tertentu atau kondisi tertentu, sehingga
generalisasi temuan tersebut mungkin terbatas.
3. Keterbatasan interpretasi: Interpretasi temuan dalam jurnal ini mungkin
tergantung pada sudut pandang penulis dan dapat diperdebatkan oleh peneliti
lain.