Klasifikasi Beberapa Biomolekul yang Mengandung

Ion-ion Logam

Metalobiomolekul
(Biomolekul-Logam)

Protein Nonprotein

Protein Transpor Transduksi

Enzim
& Sinyal
Protein Penyimpan
 Enzim

Isomerase &
Hidrolase Oksido-reduktase Sintase

Fe: -Oksigenase
-AkonitaseEndo III
-Hidrogenase
Fe, Mo: -Nitrogenase
Fe, Mo, Cu: -Oksidase
-Reduktase
-Hidroksilase
Mo, Cu, Zn: -Superoksida dismutase
Co: -Vitamin B12
Koenzim

-Karboksipeptidase :Zn
-Fosfatase :Zn, Cu, Mg
-Aminopeptidase :Mg, Mn
 Protein Transpor
&
Protein Penyimpan

Penyimpan Logam &

Pembawa elektron Pengikat O2
Struktural Logam

Fe: -Sitokrom -Ferritin -Myoglobin

Sulfur-besi -Transferrin -Hemoglobin
-Hemerytrin
Cu: -Tembaga biru -Ceruloplasmin -Hemosianin

Zn, Hg: -Metalotionein

 Transduksi Sinyal

Sensor logam
&
Penukar logam (metal switching)

Fe: -IRE-BP
-Fur
Cu: -Cup 2
Ca, Si: -Kalmodulin
Zn, Hg: -MerR
 Nonprotein

Transpor Logam &

Fotoredoks
Struktural Logam

Fe: Siderofora

Mg: Klorofil

Ca, Si: Tengkorak

• 30% enzim-enzim memiliki atom logam 
di sisi aktif.
• Metaloenzim memfasilitasi berbagai macam
reaksi, yang melibatkan:
- Hidrolisis terkatalisis-asam (hidrolase)
- Reaksi redoks (oksidase & oksigenase)
- Penyusunan kembali (rearrangement) ikatan
karbon-karbon (sintase & isomerase)
• Ion-ion logam juga berperan dalam pembentuk
struktur. Contoh: ion-ion Ca2+ terlibat dalam
pelipatan protein (protein folding).
• Bagan di atas menunjukkan  molekul yang
mengandung ion logam secara umum (tidak
hanya enzim) menyediakan fungsi-fungsi yang
penting sebagai:
- pembawa elektron
- sisi penyimpan (metal storage) logam
- sisi pengikat dan penyimpan O2
- transduksi sinyal
• Ion-ion logam juga terlibat dalam sisi reaksi
fotoredoks, seperti dalam molekul penghasil
energi klorofil.
• Meskipun beberapa fungsi yang telah dijabarkan
di atas selalu logam berbagi dengan spesi
nonlogam, namun sangat jelas kompleks-
kompleks logam memainkan peran utama dalam
biologi.
• Cara logam-logam beraksi dalam biomolekul
juga sangat bervariasi.
• Sebagai contoh: ion-ion logam beraksi dalam
efek induksi dengan cara berkoordinasi ke sisi
reaksi, dan tersedia sebagai sisi redoks yang
berfungsi melalui transfer elektron atau
transfer atom.
• Selektivitas juga terjadi dengan adanya:
- Perbedaan dalam ukuran tertentu
- pengaruh stereokimia
- sifat keras-lembut
- harga potensial reduksinya
• Sebagian besar logam terikat dalam polipeptida.
• Makromolekul ini membentuk asam amino-
yang terikat melalui ikatan peptida.
• Kadang-kadang digunakan istilah ‘residu peptida’
yang menunjukkan komponen asam amino yang
tersisa dalam rantai ketika ikatan peptida
terbentuk melalui eliminasi H2O.
Reaksi Pembentukan Dipeptida
Ikatan Peptida
 Klasifikasi Asam Amino
• Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai samping)
• Biasanya sifat-sifat seperti: hidrofobik/hidrofilik, polar/non
polar, ada/tidaknya gugus terionisasi

AROMATIK
NON
POLAR POLAR
Asam amino

BASIC (+) ACIDIC (-)

Klasifikasi asam amino
• Klasifikasi ligan asam amino berdasar ggs -R:
1. Asam amino nonpolar alifatik
(Gly, Ala, Val, Leu, Ileu, Met)
2. Asam amino aromatik
(Phe, Tyr, Trp)
3. Asam amino polar
(Ser, Thr, Cys, Pro, Asn, Gln)
4. Asam amino basa bermuatan positif
(Lys, Arg, His)
5. Asam amino asam bermuatan negatif
(Asp, Glu)
 Klasifikasi Lain Asam Amino
NH2CHRCOOH
1. R hidrofobik
2. R heteroatom inert
3. R hidroksilik
4. R karboksilik
5. R amina
6. R amida
7. R imidazol
8. R mengandung sulfur
9. R lainnya
• Asam-asam amino tsb. memiliki bermacam-
macam gugus fungsi, seperti:
- alkil
- karboksil (-COOH)
- amina (-NH2)
- hidroksil (-OH)
- tiol (-SH)
Gugus alkil
• membentuk karakter hidrofobik

Gugus yang lebih polar

• membentuk karakter hidrofilik
dengan derajat bervariasi
Dalam kompleksasi dengan ion logam,
gugus polar aa bertindak sebagai:

Asam Basa Basa

Bronsted Bronsted Lewis
Satu peran gugus fungsi residu
peptida yang sangat penting

memodifikasi lingkungan sekitar ion

logam dalam metaloenzim

kita akan berkonsentrasi pada aspek

halus dari perilaku kompleks yang
terbentuk antara logam dan gugus
fungsi residu peptida
• Selain perannya dalam dinamika proses
biologi, ion-ion logam dalam bentuk mineral
kristalin atau padatan amorf penting sebagai
bahan struktural di dalam beberapa tubuh
makhluk hidup (dapat dilihat pada tabel
berikut).
Mineral dalam Bahan Struktural Makhluk Hidup

Mineral Rumus Kimia Makhluk Lokasi

Hidup
Kalsit CaCO3 Burung Kulit telur

Aragonit CaCO3 Moluska Kulit

Hidroksiapatit Ca5(PO4)3(OH) Vertebrata Tulang

Mamalia

Silikon dioksida SiO2.nH2O Diatom Dinding sel

Limpet Gigi

Tanaman Daun
 Moluska
Moluska (filum Mollusca, dari bahasa Latin:
molluscus = lunak) merupakan hewan yang
bertubuh lunak. Ke dalamnya termasuk semua
hewan lunak dengan maupun tanpa cangkang,
seperti berbagai jenis siput, kerang-kerangan,
serta cumi-cumi dan kerabatnya.
 Hidroksiapatit
• Sumber komersial utama fosfat dan fosfor adalah
mineral hidroksiapatit yang mengandung kalsium.
• Hidroksiapatit tersebar luas di dunia hewan
sebagai unsur utama tulang, gigi, dan kulit.
• Mineral yang biasanya berkaitan dengan bahan
lain, misalnya, pada tulang dan gigi hidroksiapatit
berdampingan dengan kolagen protein, yang
mengontrol morfologi pertumbuhan
hidroksiapatit dan mempengaruhi sifat
mekaniknya.
 Silikon dioksida
• Silikon lebih sedikit digunakan dalam bahan
struktural alam, namun terdapat pengecualian
utama, yaitu penggunaan silikon dioksida
hidrat dalam diatom kecil yang hidup di laut.
• Deposit dari dinding sel mati suatu diatom
membentuk tanah diatom, yang berguna
sebagai zat penyaring di laboratorium dan di
industri.
 Diatom
Diatom adalah kelompok utama dari alga, dan
adalah salah satu yang paling umum jenis
fitoplankton.
 Limpet
Limpet adalah nama umum untuk beberapa
jenis siput air asin dan air tawar, diterapkan
untuk siput yang memiliki kulit sederhana yang
kurang lebih berbentuk kerucut, baik yang tidak
spiral melingkar, atau tampilannya tidak seperti
melingkar di keong dewasa.
 katalisis

Penyimpanan Ion-ion Pemberian

energi logam sinyal

pemeliharaan struktur
keras dan lembut dari
bahan-bahan biologi
The end