INFEKSI PADA SISTEM SALURAN

CERNA
Departemen Mikrobiologi FK USU
2016
Agen Penyebab Infeksi Gastrointestinal
Infeksi pada saluran
gastrointestinal dapat
digolongkan dalam 2 grup :
- infeksi yang terlokalisir di
saluran cerna saja
- infeksi yang menyebar di
luar saluran cerna seperti
di hati (hepatitis A)
 Infectious Dose of
Host Factors Enteric pathogen
- Age
- Personal hygiene
Shigella: 101-2
- Gastric acidity, physical
Campylobacter jejuni:102-6
barriers
Salmonella: 105
- Intestinal motility
E. coli: 108
- Enteric microflora
Vibrio cholerae: 108
- Specific immunity:
phagocytes, B-cell, T-cell
- Intestinal receptor
 • Diarrheal Diseases Causes By Bacterial or Viral
1 Infection

• Antibiotic associated diarhea

2

• Food poisoning/Food associated diarrhea

3

• Helicobacter pylori and gastric ulcer disease

4
 Bakteri Penyebab Diare

• Bakteri Gram Negatif

- Escherichia coli
- Salmonella
- Campylobacter
- Shigella
- Yersinia enterocolica
- Vibrio
- Aeromonas
 E. coli Associated Diarrhea

• Beberapa strain merupakan flora normal di saluran cerna

manusia dan hewan
• Terdapat 6 grup E.coli yang dapat menyebabkan diare dengan
mekanisme patogenesis yang berbeda :
- enteropathogenic E. coli (EPEC)
- enterotoxigenic E.coli (ETEC)
- enterohemorrhagic E.coli (EHEC)
- enteroinvasive E. coli (EIEC)
- enteroaggregative E. coli (EAEC)
- diffuse-aggregative E. coli (DAEC)
Characteristic E.coli strains causing Gastrointestinal
Infections
Characteristic E.coli strains causing Gastrointestinal
Infections
 Salmonella
• Basil Gram Negatif, motil, non-lactose fermenting
• Terdapat lebih dari 2000 serotipe, berdasarkan dinding sel (O)
dan flagel (H) (Kauffmann-White Scheme)
• Salmonella enterica (serovars S. typhimurium, S. enteritidis)
penyebab infeksi pada manusia
• Terdapat pada saluran cerna mamalia, burung dan reptil
kecuali Salmonella typhi dan Salmonella paratyphi
• Penularan : fecal-oral, melalui makanan yang terkontaminasi,
khususnya dari ternak unggas (telur,daging)
Patogenesis terjadinya
diare pada Infeksi
Salmonella
 Diagnostik

• Gejala klinis
• Spesimen
- Pada enteric fever, spesimen darah lebih baik diambil pada
minggu 1-2 kultur darah positif
- Kultur urin positif setelah minggu ke 2
- Pada enteric fever, spesimen feces lebih baik diambil pada
minggu 2 atau 3 kultur feces positif
- Kultur positif dari drainase duodenal membuktikan adanya
Salmonella di saluran empedu (Biliary tract) pada penderita
carrier
• Kultur dengan menggunakan media selektif seperti
Salmonella-Shigella (SS) agar, Kaldu Selenite, XLD
agar, Mac Conkey Agar, Hektoen enterik (HEK) agar.
• Pemeriksaan Serologi
- Test Aglutinasi
> berguna sebagai rapid preliminary identification.
> tersedia commercial kits untuk test aglutinasi dan serogrup
Salmonella (antigen O) : A, B, C1, C2, dan E
• Widal Test
- Untuk mendeteksi antibodi terhadap antigen O dan H
- Titer antigen O > 1: 320 dan titer antigen H > 1: 640 positif
- Pada beberapa penderita carriers Titer Ab terhadap
antigen Vi tinggi

• TES TUBEX®
- Tes aglutinasi semi kuantitatif
- Spesifik : menggunakan antigen O9 yang hanya ditemukan
pada Salmonella serogrup D
- Akurat dalam diagnosis infeksi akut karena hanya
mendeteksi adanya antibodi IgM
• ELISA
- Deteksi antibodi IgG, IgM dan IgA
terhadap antigen LPS O9
- Deteksi antibodi IgG terhadap antigen flagella d
(Hd)
dan antibodi terhadap antigen Vi S. typhi.
• EIA DOT (Typhidot® )
- Deteksi antibodi spesifik IgM dan IgG terhadap
antigen OMP 50 kD S. typhi.
 Shigella
• Shigella merupakan batang Gram-negatif, ramping, non-
lactose fermenting, non motil
• Terdapat 4 species penting :
• - S. dysenteriae menghasilkan Shiga toxin, yaitu exotoxin
yang dapat menyerang saluran cerna dan CNS
- S. flexneri
- S. boydi
- S. sonnei
• Penularan : fecal-oral
• Infective dose : 10-100 organism
• Patogenesis
- Umumnya Infeksi Shigella terbatas pada saluran cerna,
jarang menginvasi aliran darah
- Shigella melekat dan menyerang epitel mukosa dari distal
ileum dan kolon terjadi fagositosis Shigella dapat
lari dari vakuola fagositik multiplikasi menyebar ke
dalam sitoplasma sel epitel dan masuk ke sel yang berdekatan
- Terbentuk mikro abses di dinding kolon dan ileum terminal
terjadi nekrosis membran mukosa, ulserasi superfisial,
perdarahan dan terbentuknya pseudomembran pada area ulser.
 Diagnostik

• Gejala Klinis
• Spesimen : feces segar yang terdapat mukus
• Pemeriksaan mikroskopik : tampak banyak fecal leukocytes
dan sel darah merah
• Kultur : dengan menggunakan media Mac Conkey, Eosin
Methylen Blue dan media selektif (Hektoen dan SS agar)
• Serologi : tidak digunakan untuk diagnosa infeksi Shigella
 Cholera
• Etiologi : Vibrio cholerae bakteri batang gram-negatif,
bentuk koma, hidup bebas di air, mempunyai antigen O
• Penyebaran penyakit melalui makanan yang terkontaminasi,
penyebaran dari orang ke orang tidak biasa terjadi.
Patogenesis Kolera

Normal gastric acidity : 10¹⁰

Antacids/food : 10²-10⁴
• Gejala Klinis
- Watery diarrhea “Water Rice Stool”
dapat menyebabkan kehilangan cairan 1L/jam,
dehidrasi, asidosis metabolik, hipokalemi, syok
hipovolemi cardiac failure
- Bila tidak diterapi kematian 40-60%
- mual, muntah
- nyeri perut
- demam
 Diagnosis
• Gejala Klinis
• Mikroskopik : dengan menggunakan dark-field microscop
atau mikroskop fase kontras tampak vibrio yang
bergerak cepat
• Kultur : tumbuh cepat pada Peptone agar, blood agar
(ph=9), medium TCBS agar
• Test Aglutinasi dengan menggunakan anti-O grup 1 (O1)
atau grup 139 (O139)
 Campylobacter jejuni
• Curved or S-shaped gram-negative rods
• Zoonotic infection
• Animal reservoir : cattle, domba, rodent, unggas, burung liar
• Infeksi terjadi karena mengkonsumsi makanan/air yang
terkontaminasi, terutama daging unggas, susu
• Masa inkubasi 1-7 hari
• Transmisi : food handlers, oral-fecal route jarang
• Gejala klinis : demam,muntah, sakit kepala, myalgia, nyeri
perut, dan bloody diarrhea
• Invasi dan bakterimia : jarang
 Diagnosis

• Gejala klinis
• Pewarnaan Gram : S-shaped gram negative rods
• Mikroskop fase kontras/dark-field microscop :
(+) motil
• Kultur : pada medium selektif CCDA (Charcoal
Ceppoferazone Deoxycholate Agar) ; Skirrow’s
medium yang mengandung Vancomycin, polymixin B
dan trimethoprim.
 Antibiotic Associated Diarrhea

• Etiologi : Clostridium difficile

• Umumnya karena pemakaian antibiotik Klindamycin
• Mukosa kolon ditutupi oleh pseudomembran yang
khas : yelllow-white plaque Toxic megacolon
• Clostridium difficile menghasilkan 2 jenis toksin :
- Cytotoxin
- Enterotoxin menyebabkan hemostasis dan
nekrosis jaringan di kolon diare
• Transmisi : nosokomial
• Kolonisasi : 2-3% pada orang dewasa, 20-
40% pada pasien-pasien di RS
• Tersebar luas mengkontaminasi lingkungan
RS
• Diagnostic :
- Riwayat penggunaan antibiotik
- ELISA
- PCR
- Kultur sel
- Colon examination :
flexible Sigmoidoscopy, Colonoscopy

- CT-Scan
 Clostridium perfringens Food Associated
Infection
• Basil gram positif berspora, anaerob
• Clostridium perfringens berhubungan dengan 2 tipe
infeksi yang berhubungan dengan makanan (food-
associated infection) :
- enterotoksin didapat dari mengkonsumsi daging
atau unggas yang telah dimasak
- ß toxin severe necrotizing disease
• Masa inkubasi : 8 jam-1 hari
• Gejala klinis : watery diarrhea, nyeri perut, muntah
dan demam (-)
Pathogenesis of Clostridium
perfringens Food-Associated
Infection
 Diagnosis

• Gejala klinis
• Mikroskopis : pewarnaan Gram tampak basil
gram positif, spora (+)
• Kultur : menggunakan medium anaerob seperti
thioglikolat, BHI agar
 Bacillus cereus Food Associated Infection

• Basil gram positif berspora, aerob

• Spora dan sel vegetatif banyak mengkontaminasi
makanan
• 2 bentuk Bacillus cereus food associated infection :
- diare : dihasilkan dari produksi enterotoksin di
saluran cerna
- muntah : karena menelan enterotoksin yang ada di
makanan
Pathogenesis of Bacillus
cereus Food-Associated
Infection
• Gejala klinis :
- diare : > masa inkubasi 8-12 jam
> watery diarrhea
> nyeri perut (+), muntah dan demam (-)
- Emetic : > masa inkubasi 15 menit-4 jam
> watery diarrhea
> muntah (+), nyeri perut (+), demam (-)
• Diagnosis :
- Gejala klinis
- Mikroskopis : pewarnaan Gram tampak basil gram
positif, spora (+)
- Pemeriksaan makanan : konsentrasi ≥ 10⁵ bakteri/gr
makanan penegakan diagnostik
- RT- PCR deteksi emetic bacillus
 Food Poisoning
• Staphylococcus aureus
- Berhubungan dengan enterotoksin yang dihasilkan S. aureus
sedikitnya ada 8 enterotoksin yang dihasilkan
- Seluruh toksin stabil terhadap panas dan tahan terhadap
enzim di lambung dan small intestine
• Patogenesis
- Staphylococcal enterotoxins act as superantigens, binding to
MHC II molecules and stimulating T cells to divide and
produce lymphokines such as IL-2 and TNF-alpha, which
induces diarrhea.
- The toxin acts on the receptors in the gut and sensory
stimulus is carried to the vomiting center in the brain by
vagus and sympathetic nerves.
- Infeksi berasal dari karier/pembawa S.aureus yg asimptomatik
dapat menkontaminasi makanan (proses)
- Masa inkubasi 3-6 jam setelah mengkonsumsi makanan yang
terkontaminasi
- Gejala klinis : muntah yang hebat, nyeri perut, diare, demam (-)
- Terjadi perbaikan dalam 24 jam
- Diagnosis :
> Gejala klinis
> Riwayat mengkonsumsi makanan yang terkontaminasi
> Test aglutinasi deteksi toksin
> Pada pemeriksaan makanan ditemukan S.aureus dalam
jumlah besar dan menghasilkan enterotoksin
 Botulismus

• Botulismus adalah penyakit serius yang disebabkan exotosin

yang dihasilkan Clostridium botulinum
• Terdapat 7 toksin yang sudah diidentifikasi, tetapi hanya 4
yang berhubungan dengan penyakit pada manusia (A, B, E, F)
• Terjadi karena tertelan makanan yang terkontaminasi
C.botulinum dan menghasilkan toksin
• Biasanya terdapat pada makanan yang dibumbui, diasapi,
makanan kaleng yang dimakan tanpa dimasak terlebih dahulu
• Patogenesis
- Toksin diabsorpsi dari saluran cerna masuk ke aliran darah
dan berikatan dengan reseptor membran presinap motor
neuron dari peripheral nervous system dan syaraf kranial

Toksin memblok pelepasan acethylcholine di sinaps dan

neuromuscular junction

Flaccid paralysis
• Gejala klinis :
- Simptom muncul mulai 18-24 jam setelah mengkonsumsi
makanan yang terkontaminasi
- visual disturbances (double vision, inkoordinasi otot mata)
- kesulitan menelan, sulit bicara, tanda dari paralisis bulbar,
respiratory paralysis, cardiac arrest
- Simptom gastrointestinal tidak dominan

• Diagnosis
- gejala klinis
- Kultur feces
- deteksi toksin : dari sisa makanan, serum pasien
> PCR
> ELISA
 Helicobacter pylori and Gastric Ulcer disease

• Helicobacter pylori berhubungan dengan terjadinya

lebih dari 90% duodenal ulcer dan 70-80% gastric
ulcer.
• Merupakan bakteri batang gram negatif, spiral
• Mekanisme patogenesisnya masih diteliti, diduga
melibatkan sejumlah faktor virulens termasuk
cytotoxin, acid-inhibiting protein, daya perlekatan,
urease, dan faktor lain yang dapat merusak mukosa
gaster
• Diagnosis:
- pemeriksaan histologi dari biopsi spesimen
- Pewarnaan Giemsa atau Silver stain curved atau
spiral
- Test serum antibodi
- Test antigen H.pylori
- Kultur : pada Skirrow’s medium + vancomycin,
Polymixin B, Trimethoprim, Medium agar coklat
- Urea Breath test
- Urea Test : spesimen biopsi dapat dimasukkan ke dalam
medium yang mengandung urea dengan indikator warna
H.pylori (+) bila terjadi perubahan warna pada indikator
 VIRAL INFECTIONS OF GIT
• Viral Gastroenteritis
– Rotavirus
– Astrovirus
– Adenovirus
– Calicivirus
• Viral Hepatitis
– Hepatitis A
– Hepatitis E
Electron microscopy of Rotavirus
 ROTA VIRUS
• Rotaviruses-major cause of diarrhea
in infants
• Adult also infected
• Non-enveloped RNA Virus
• Various serotypes A, B, C
• Rotaviruses infect cells in the villi of
the small intestine (gastric and
colonic mucosa are spared
• Multiply in the cytoplasm of
enterocytes
• Damaged cells slough into the lumen
• Large quantities of virus in stool
• Viral excretion usually lasts 2–12 days
in otherwise healthy patients
 ROTA VIRUS-EPIDEMIOLOGY &
CLINICAL PRESENTATION
• 50% of Acute GE of hospitalized
children throughout the world
• Between ages 6 months and 2 yrs
• Incubation period of 1–3 days
• Watery diarrhea, fever, abdominal
pain, vomiting, leading to
dehydration
• Severe loss of electrolytes & fluids
may be fatal
• Transmission by the fecal–oral route
• Local immunity e.g. secretory IgA
hospitalization of infants and young
children with severe diarrhea
 OTHER VIRUS CAUSING
GASTROENTERITIS
VIRUS EPIDEMIOLOGY

Enteric Second most important viral agent of endemic

adenovirus diarrheal illness of infants and young children
worldwide
Caliciviruses Important cause of outbreaks of vomiting and diarrheal
(Norovirus) illness in older children and adults in families,
communities, and institutions; frequently associated
with ingestion of food
Astroviruses Sporadic cases and occasional outbreaks of diarrheal
illness in infants, young children, and the elderly
 LABORATORY DIAGNOSIS
• Electron microscopy (EM)
• Immune electron
microscopy (IEM)
• Detection of viral antigen
by ELISA more sensitive
than IEM
• PCR of viral genome most
sensitive (Rotavirus)
• Serology- IgG and IgM
antibodies against viral
antigens
 VIRAL HEPATITIS
• Hepatitis A virus & Hepatitis
E virus
• Both transmitted-fecal oral
route (water, food)
• Non enveloped virus
• HAV stable to treatment
with 20% ether, acid (pH 1.0
for 2 hrs), heat (60°C for 1 hr)
• Virus is destroyed by
autoclaving (121°C for 20
minutes), by boiling in water
for 5 minutes
• HEV- usually epidemic form
 VIRAL HEPATITIS-PATHOGENESIS &
EPIDEMIOLOGY
• Acute hepatitis
• HAV inf usually asymptomatic,
mild fatigue, vomiting, nausea,
mild jaundice in children
• In adult signs & symptoms of
icteric, fever
• HAV no carrier state, mortality
<1%
• HEV –acute hepatitis in
epidemics
• No carrier state
• HEV-Association of high
mortality in pregnant ♀(30-40%)
 VIRAL HEPATITIS- LAB DIAGNOSIS
• LFTs-deranged
• IgG & IgM antibodies in
serum by ELISA (HAV &
HEV)
• Liver biopsy for H/P
• Viral genome by PCR
• Electron microscopy
 FUNGAL INFECTION OF GIT
• Pseudomembranous
Candidiasis of upper &
lower GIT
– Oral thrush
– Candida esophagitis in HIV
– Colitis
• Invasive Aspergillosis
Oral thrush in leukemic patient
(rare)
 FUNGAL INFECTION OF GIT
• Opportunistic fungal
infection
• Candida is normal flora of
GIT
• Cell mediated immunity
impairment
• Overgrowth of Candida
• Associated with use of
broad spectrum
antimicrobials
 FUNGAL INFECTION –LAB DIAGNOSIS
• Gram Stain of
scrapping
• Culture on Sabouraud
agar
Gram stain of
• Biochemical Candida albicans

Candida on Sabouraud Agar

identification
Terimakasih
• Goering et al, Mims’ Medical Microbiology, 4 ed,
Elsevier , Gastrointestinal Tract Infection, 2009
• Jawetz et al, Medical Microbiology, 24 ed, Mc Graw
Hill, Enteric Gram Negative Rods, 2007
• Sangita Dash, Clinical Correlation Conference Med
Micro Course 2009, Gastrointestinal Infection (PPT)
• Vincent C, Queen Mary Hospital, Laboratory
Diagnosis for Common Gastro-intestinal Infections
(PPT)