AMILASE-HYPOTHETICAL

PROTEIN
[STREPTHOCOCCUS
PYOGENES M1GAS
DESAIN PRIMER-NIM:
611810083- SORE E
(FARMASI 2018)
LANGKAH 1

Kli
k
LANGKAH KE 2

Klik
LANGKAH KE 3 MUNCUL
URUTAN GEN

Klik
LANGKAH KE 4 UNTUK
MEMBUAT PRIMER

Ganti resfeq r
genoms

Klik

Centang
show
LANGKAH KE 5 RANDOM
GEN
 LANGKA KE 6 MENCARI
PRIMER RANDOM

±18-22
data
Masukan ±18-22 data
ke primers
parameter
LANGKAH KE 7 SATU GEN
UTUH
 ANALISIS
No. Kriteria Parameter   P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9 P10

1. Panjang Basa 18 – 22 bp forward          

 
           

2. TM 52 – 58 °C forward     x  x x  

        x  x x

3. GC Content 40 – 60 % forward          

           

4. GC Clamb C/G max 3 forward      X   x 

   x        

5. Repeat Jumlah maks 4 di nukleotida forward  X X   x    x

ex:ATATATAT
  x x x  x     

6. RUN AA/GG/TT/CC MAX 4X forward    X X     

 
     x      

7. 3’ End Stability ΔG max dari 5 pangkalan dari ujung forward  X        

3`
   X        

8. Struktur sekunder primer   Forward          

           

9. Primer Annealing temperatur TA = 0,3 X Tm (primer )+ 0,7 Forward            

Tm(Produk) – 14,9
             

10. Avoid template Secondary   Forward            

Structure
             

11 Avoid Cross Homology   Forward            

             
KESIMPULAN
Berdasarkan analisis data primer, didapatkan bahwa data tersebut
menunjukkan bahwa seluruh data memenuhi sebagian dari
parameter yang di butuhkan untuk menentukan pengambilan
keputusan parameter terbaik