Analisis Kekerabatan Bakteri

Sukainah Al Hadad
611810050
Farmasi B 2018
Daftar Nama Bakteri :
1. Limnonectes cf. magnus
2. Borreliella bissettii
3. Anaerotignum faecicola
4. Thermus tengchongensis
5. Hydrogenobacter thermophilus
6. Chloroflexus aurantiacus
7. Thermomicrobium roseum
8. Tetracoccus sp. clone
Dilakukan analisis kekerabatan beberapa
bakteri dengan berbagai tahap seperti
slide-slide berikut
1. Membuka web NCBI pada pencarian.
2. Klik tanda merah pada tahap 1 lalu akan
muncul seperti ini.
3. Ganti pilihan pada All Databases
(lihat tanda merah).
4. Pada bagian search ketikkan 16s RNA lalu
diikuti nama bakteri.
5. Akan muncul hasil yang seperti ini,lalu klik fasta.
! Ingat pilihlah bakteri dengan complate sequence
6. Ketika FASTA diklik maka akan mucul hasilnya
seperti berikut ini.
7. Block lalu copy hasil tersebut.
8. Setelah itu paste hasil tersebut pada notepad
bawaan yang ada dilaptop.
Ulang hingga mendapat data 8 bakteri
yang akan di ukur kekerabatannya.

! Saat meng-copy hasilnya pastikan di paste

pada notepad yang sama agar mudah diurus.
9. Jika sudah 8 data bakteri tersebut ketik
ebi.ac.uk pada pencarian
10. Ketik clustal omega pada pencarian ebi.ac.uk
 11. Setelah itu muncul seperti pada gambar.
Lalu klik yang ditandai dengan lingkaran merah.
12. Lalu akan muncul seperti ini pada layar
laptop.
13. Kemudian block 8 data bakteri yang ada
di notepad klik copy.
14. Kembali ke clustal omega dan klik paste
pada kotak yang tersedia.
15. Setelah itu,langsung scrol kebawah dan klik
submit.
16. Setelah di submit akan muncul gamabr seperti
ini,tunggu saja beberapa saat untuk melihat hasil.
17. Muncullah hasil yang seperti ini,lalu klik yang
ditandai dengan lingkaran merah.
18. Muncullah hasil pohon filogenetik yang
diinginkan.
Yang didapatkan
Pada pohon filogenetik disamping
terdapat 2 kelompok yang didapatkan
yaitu kelompok monofiletik dengan 2
karakter yaitu karakter apomorfik dan
plesiomorfik.

Kelompok monofiletik adalah

pembawa sifat atau pola genetik yang
sama.
Karakter apomorfik adalah karakter
yang berubah dan diturunkan terdapat
pada ingroup.
Karakter plesiomorfik adalah
merupakan karakter primitive yang
terdapat pada outgroup.
Pada lingkaran merah adalah kelompok monofiletik. Yang berarti Limnonectes cf. magnus
, Borreliella bissettii , Anaerotignum faecicola , Thermus tengchongensis memiliki tingkat
kekerabatan yang paling dekat. Memungkinkan apabila terdapat sifat pembawa atau
pola genetik yang sama.

Ditandai juga dengan bentuk mirip garpu yang saling berhubungan satu sama
lain,sehingga juga memungkinkan hal tersebut bisa dilihat untuk menentukan suatu
kekerabatan.
Pada lingkaran merah dinamakan karakter apomorfik. Karakter ini adalah
karakter yang berubah dan diturunkan dari kelompok monofiletik,terdapat
pada in group. Yang artinya adalah Hydrogenobacter thermophilus
mempunyai kekerabatan walaupun bukan kekerabatan yang terdekat dengan
keempat bakteri yang masuk dalam kelompok monofiletik.
Pada lingkaran merah dinamakan karakter plesiomorfik merupakan karakter
primitive yang terdapat pada outgroup. Karakter pimitive berarti tidak
mengenal kekerabatan dengan bakteri-bakteri sebelumnya. Maka disini yang
tidak memilik kekerabatan dengan 5 bakteri yang sudah dijelaskan adalah
Chloroflexus aurantiacus.
Pada lingkaran merah yang ditunjukkan,terjadi kekerabatan kembali
yang artinya terdapat sifat pembawa atau pola genetik yang sama pada
bakteri Thermomicrobium roseum , dan Tetracoccus sp. clone.
Lingkaran merah tersebut dimungkinkan akan membentuk kelompok
monofiletik.
 Kesimpulan
Dari 8 bakteri yang diuji kekerabatanya ditemukan bahwa ada yang memiliki
kekerabatan atau memungkinkan terdapat sifat pembawa atau pola genetik yang
sama. Yaitu Limnonectes cf. magnus , Borreliella bissettii , Anaerotignum faecicola ,
Thermus tengchongensis memiliki tingkat kekerabatan yang paling dekat ditunjukkan
bahwa mereka masuk kedalam kelompok monofiletik.

Ada juga yang sedikit memiliki kekerabatan diantara 8 bakteri yang ditentukan yaitu
Hydrogenobacter thermophilus.

Ada yang tidak memiliki kekerabatan apapun dengan 8 bakteri yang ditentukan yaitu
Chloroflexus aurantiacus.

Terdapat pula yang memiliki kekerabatan paling dekat namun jauh dengan kelompok
monofiletik yang pertama yaitu bakteri Thermomicrobium roseum, dan Tetracoccus
sp. clone.
Terimakasih 