PROTEIN DAN ASAM

AMINO
 FUNGSI PROTEIN
 Katalisator  enzim
 Transport  darah, protein membran
 Nutrien  protein biji, ovalbumin, kasein
 Kerangka  kolagen, keratin, fibroin
 Pertahanan  imunoglobulin, fibrinogen, trombin
 Pengatur  hormone

 Protein merupakan polimer dari monomer “asam amino”

 ASAM AMINO
 20 macam asam amino standar/primer pembentuk
protein
 Asam amino mempunyai gugus karboksil dan
gugus amino
 Berbeda karena rantai samping: R
 Asam amino dalam protein bentuk L
 Dalam keadaan terionisir dalam larutan
 Semua mempunyai C asimetris, kecuali: glisin
ASAM AMINO
 Gugus R setiap asam amino berbeda
 Struktur
 Ukuran
 Muatan
 Kelarutan

 Kelompok asam amino:

 Non-polar aliphatic R groups
 Aromatic R groups
 Polar un-charged R groups
 Negatively charged R groups
 Positively charged R groups
20 ASAM AMINO STANDAR
 ASAM AMINO
Contoh asam amino bukan standar
 4-hydroxyproline  dinding sel tumbuhan
 5-hydroxylysine  kolagen
 N-methyllisine  myosin
 γ-carboxyglutamate  protrombin
 Selenocysteine  glutation peroksidase
 Ornithine, citrullin pada semangka
 ASAM AMINO: AMPHOTERIC
Asam amino dapat bertindak sebagai asam (donor proton) dan sebagai basa
(akseptor proton)  amphoteric

Asam amino sebagai asam (donor proton)

NH3+ NH2

H C COO- H C COO- + H+

R R

Asam amino sebagai basa (akseptor proton)

NH3+ NH3+

H C COO- + H+ H C COOH

R R
ASAM AMINO (lanjt.)
 Tiap-tiap asam amino mempunyai kurva titrasi
spesifik

 Tiap-tiap asam amino berbeda sifat asam dan

basanya
KURVA TITRASI

Kurva titrasi 0,1 M Alanin

KURVA TITRASI (lanjt.)

(+ 1) (0) (- 1) (- 2) (+ 2) (+ 1) (0) (- 1)
Kurva titrasi Glutamat Kurva titrasi Histidin
REAKSI NINHYDRIN
IKATAN PEPTIDA
IKATAN PEPTIDA (lanjt.)
IKATAN PEPTIDA (lanjt.)
 Dua asam amino  dipeptida
 Tiga asam amino  tripeptida
 Beberapa asam amino  oligopeptida
 Banyak asam amino  polipeptida
(BM < 10.000)

 Dibaca dari kiri (N-terminal) ke kanan (C-terminal)

 Ikatan peptida sangat stabil  hidrolisis ikatan peptida 
reaksi eksergonik
 Ikatan disulfida juga sangat penting terutama yang berfungsi
ekstraseluler
Mis : insulin dan imunoglobulin
 PEPTIDA
H O H O H O H O H
O
+
H3N C C N C C N C C N C C N C C
O-
R1 R2 R3 R4 R5

Residu amino terminal Residu karboksil terminal

Pentapeptida

=R
=R
ALANYL GLUTAMYL GLYCYL LYSINE

Alanylglutamylglycyllysine
ALANYL ALANINE

CH3 H CH3
O
+
H3N CH C N CH C Cationic form (pH < 3)
OH
O

CH3 H CH3
O
+
H3N CH C N CH C Isoelectric form
O―
O

CH3 H CH3
O
H2N CH C N CH C Anionic form (pH > 10)
O―
O
POLIPEPTIDA YANG AKTIF SECARA
BIOLOGIS
 Polipeptida kecil:
 Insulin  2 rantai (30 dan 21 asam
amino)
 Glukagon  29 residu asam amino
 Kortikotropin  39 residu asam amino

 Polipeptida yang lebih kecil lagi:

 Oksitosin  9 residu asam amino
 Bradikinin  9 residu asam amino
(mencegah inflamasi)
 Thyrotropin-releasing factor  3 residu asam amino
 Enkephalins
MACAM PROTEIN
 Protein Struktural biasanya protein fibrous

 Protein Fungsional biasanya protein globuler

 Protein Globuler
 Dapat terdiri atas bermacam struktur sekunder
 Contoh: enzim, protein transport, hormon, dan
imunoglobulin/antibodi
STRUKTUR PROTEIN
 Struktur protein:
 Primer
 Sekunder
 Tersier
 Quaterner

 Struktur Primer
Distabilkan oleh ikatan peptida

 Struktur Sekunder
 Ada 2 macam: -heliks dan β-pleated sheet
 Distabilkan oleh ikatan hidrogen
STRUKTUR PROTEIN (lanjt.)
 Struktur Tersier
 Distabilkan oleh empat macam ikatan:
 Ikatan hidrogen
 Ikatan ionik
 Interaksi hidrofobik
 Ikatan kovalen
 Ditentukan oleh urutan/susunan asam amino pada polipeptida

 Struktur Quaterner
Distabilkan oleh ikatan apa saja selain ikatan kovalen
MACAM STRUKTUR PROTEIN
MACAM STRUKTUR PROTEIN
STRUKTUR SEKUNDER:
-helix
STRUKTUR β-PLEATED SHEET
 Struktur zig-zag
 Ikatan hidrogen dapat antar rantai polipeptida
atau dalam rantai
 Polipeptida tersusun paralel atau antiparalel
 Contoh: fibroin (sutera, jaring laba-laba)

Sutera Jaring laba-laba

STRUKTUR SEKUNDER:
β-pleated Sheet
STRUKTUR TERSIER
Backbone only Ribbon

Space-filling Space-filling
With surface charge

Blue: negative charge

Red: positive charge
STRUKTUR KUATERNER
 Pengemasan protein/subunit protein menjadi
struktur 3 dimensi kompleks disebut struktur
kuaterner

 Struktur ini distabilkan oleh ikatan-ikatan seperti

pada struktur tersier kecuali ikatan kovalen
STRUKTUR KUATERNER (lanjt.)
STRUKTUR KUATERNER (lanjt.)
DENATURASI PROTEIN
 Denaturasi: definisi
Rusaknya struktur 3 dimensi karena putusnya
sebagian/seluruh ikatan yang menstabilkan struktur tersier

 Pada proses denaturasi terjadi

 Pemutusan ikatan sebagian atau seluruhnya kecualu
ikatan peptida
 Perubahan fisik, khemis dan aktivitas biologinya hilang
DENATURASI PROTEIN
(lanjt.)

 Protein yang mengalami denaturasi

 Berubah sifat fisik dan kimianya
 Hilang fungsi biologinya

 Agen yang menyebabkan denaturasi

 Panas, asam dan basa mineral  memutus ikatan garam
 Aseton, alkohol, urea  memutus ikatan hidrogen
 pH ekstrem  memutus ikatan ionik
 Mekanik  memutus ikatan
 Sinar-UV dan sinar-X  memutus semua ikatan
URUTAN ASAM AMINO
 Dapat diketahui dari urutan basa pada DNA
gen yang mengkode
 Memberikan informasi Biokimia
 Menentukan struktur tersier, sehingga
menentukan fungsi biologi

Transkripsi Translasi
DNA RNA Protein
Transkripsi Balik
Replikasi
PROTEIN HOMOLOG
 Dari spesies yang berbeda mempunyai urutan
asam amino yang homolog
Contoh: Hemoglobin dan Sitokrom c

 Invariant Residues
Asam amino yang sama pada semua spesies

 Variable Residues
Pada posisi tertentu urutan asam amino tidak sama pada
spesies yang berbeda
SITOKROM C
 BM 13.000
 100 residu asam amino
 Urutan asam amino sudah ditentukan (60 spesies),
27 posisi invariant pada semua spesies yang diteliti
 Asam amino tersebut merupakan residu penting
untuk aktivitas biologinya
SITOKROM C (lanjt.)
 Pengurutan asam amino pada sitokrom c ini dan
juga protein homolog yang lain merintis suatu
kesimpulan:

Jumlah residu asam amino yang berbeda pada

protein homolog 2 spesies yang berbeda sebanding
dengan perbedaaan filogenetik 2 spesies tersebut

 Sitokrom c :
 Antara kuda & khamir berbeda : 48 a.a.
 Antara bebek & ayam berbeda : 2 a.a.
 Antara babi, sapi & domba : sama
STRUKTUR TIGA DIMENSI
PROTEIN
 Struktur 3 dimensi protein: * ditentukan oleh
urutan / susunan asam aminonya

 Fungsi protein tergantung dari bentuk struktur 3 dimensi

(konformasi) tersebut
 Konformasi menentukan fungsi
 Kekuatan penting yang menstabilkan struktur 3 dimensi
adalah ikatan non-kovalen
 Struktur 3 dimensi protein rumit / unik dan kompleks

 Protein dalam konformasinya yang berfungsi

disebut protein asli / alami (native protein)
STRUKTUR PROTEIN
Struktur protein ada 4 :
 Struktur Primer
 Struktur Sekunder
 Struktur Tersier
 Struktur Kuaterner
STRUKTUR PROTEIN (lanjt.)
 Ada lagi struktur yang disebut “domain”, suatu
bagian kompak terdiri atas 40 - 400 asam amino
yang mempunyai struktur tersendiri di dalam
rantai polipeptida besar

 Domain : a distinct structural unit of polypeptide;

domains may have separate functions and may fold
as independent, compact units
STRUKTUR SEKUNDER
 Protein :
 Protein Fibrous
 Protein Globuler

 Protein Fibrous
 Penting sebagai struktur pada vertebrata (pelindung, penguat)
 Sebanyak separuh lebih total protein pada binatang besar

 Protein Globuler
 Enzim, hormon

 Struktur sekunder protein ada 2 :

 -helix
 β-conformation
STRUKTUR -HELIX
 Distabilkan oleh ikatan hidrogen
 Berputar sepanjang aksis
 Gugus R di luar aksis
 Setiap putaran helix berjarak 0,56 nm, terdiri atas 3,6
asam amino
 Struktur predominan pada -keratin
 Putaran dapat ke kanan / ke kiri
 Right-handed Helix
 left-handed Helix

 Protein alami yang ditemukan selalu right-handed

STRUKTUR -HELIX (lanjt.)
STRUKTUR -HELIX (lanjt.)
 Susunan / urutan asam amino berpengaruh pada
stabilitas struktur sekunder
Contoh:
 Banyak glutamat sepanjang polipeptida ataupun banyak residu
lis / arg
 Gugus R asam amino tertentu terlalu besar atau bentuknya
(misal: asparagin, serin, thr, leu kalau mereka berdekatan
mencegah terbentuknya -helix)
 Adanya interaksi antara residu asam amino yang berjarak 3
atau 4 asam amino interaksi ion karena muatan berlawanan
 Adanya residu prolin. Atom N pada prolin merupakan bagian
dari cincin, sehingga tidak ada putaran N – C
STRUKTUR β-CONFORMATION
 Struktur zig-zag
 Ikatan hidrogen dapat antar rantai polipeptida atau di dalam rantai
 Polipeptida dapat tersusun paralel atau antiparalel
 Fibroin  β-pleated sheet
-KERATIN & KOLAGEN
 -Keratin

Pada vertebrata -keratin : wool, rambut, bulu,

kuku, sisik, tanduk dsb.

 Kolagen

Pada jaringan pengikat : tendon, kartilago,

matriks tulang dan kornea mata
-KERATIN
 Right-handed
 Kaya residu hidrofobik (phe, ile, val, met & ala)
 Tiga rantai dibungkus jadi satu, super helix 
ini dinamakan “protofibril”
 Super helical di putar / twisting left-handed
 Kekuatan struktur diperkuat oleh ikatan
kovalen antar rantai yaitu ikatan “disulfida”
-KERATIN PADA RAMBUT
KOLAGEN
 Heliks kolagen unik dan left-handed
 Asam amino residu : 35% gly, 11% ala, 21% pro & hyp
 Urutan asam amino pada kolagen biasanya merupakan
pengulangan unit tripeptida gly–X–pro atau gly–X–hyp
 Tiga rantai dibungkus jadi satu  super helix
 Super-helix twisting right-handed

 Kekuatan struktur diperkuat oleh ikatan kovalen antar

rantai yaitu ikatan antara 2 residu lisin : “lysinonor
leucin”
STRUKTUR KOLAGEN
URUTAN ASAM AMINO
Urutan asam amino menentukan struktur tersier protein
Contoh : enzim ribonuklease
A. urea
B. merkaptoetanol
 Empat ikatan disulfida dirusak oleh B
 Interaksi hidrofobik dirusak oleh A

Sehingga : lipatan / kemasan rusak  enzim kehilangan

aktivitasnya
Jika urea dan merkaptoetanol dihilangkan  enzim
kembali terlipat persis seperti semula
DENATURASI DAN RENATURASI
PROTEIN
DENATURASI DAN RENATURASI
PROTEIN
PEMISAHAN PROTEIN
Protein dapat dipisahkan berdasarkan sifatnya
 Muatan (ion exchange chromatography)
 Ukuran (gel filtration, size-exclusion chromatography)
 Kelarutan (thin-layer chromatography)
 Kemampuan mengikat (binding properties  affinity chromatography)

Beberapa cara berbeda dipakai berurutan untuk

mendapat produk yang murni
PEMISAHAN PROTEIN (lanjt.)
Terima Kasih