Teknologi Bioproses

“How Cells Work”

Chapter 4 - Shuler and Kargi

 Kelompok 2

Nabilla Tania Rahma NIM. 03031381924080

Shela Alya Farhamita NIM. 03031381924084
Fernando Saputra NIM. 03031381924088
Elen Agesta NIM. 03031381924090
Megi Hardiansyah NIM. 03031381924092
Muhammad Fahmi Nurusman NIM. 03031381924094
Aulia Rizki NIM. 03031381924096
Rizki Chairurrahman NIM. 03031381924098
 4.1
INTRODUCTION
CELL
 SEL Unit struktural
terkecil penyusun
makhluk hidup

Sel TERDIRI DARI - Lipid

- Asam amino - Gula
- Enzim - Asam nukleat

Sel harus mengontrol bagaimana komponen

diatas dibuat dan berinteraksi satu sama lain.
 4.2
THE CENTRAL
DOGMA
 Dogma sentral biologi molekuler
Dogma Pusat menjelaskan mengenai proses
perubahan gen dari DNA menjadi
RNA, dan RNA menjadi protein

Replicated

Transcribed

Translated
DNA berfungsi sebagai template
untuk replikasinya sendiri, serta
transkripsi menjadi RNA.
Informasi yang ditranskripsi ke
dalam RNA kemudian dapat
diterjemahkan menjadi protein
menggunakan template RNA.
Beberapa protein berinteraksi
dengan DNA untuk mengontrol gen
mana yang ditranskripsi.
 Fitur penting dari dogma sentral adalah universalitasnya
dari organisme yang paling sederhana hingga yang paling
kompleks. Salah satu penyimpangan penting, meskipun relatif
kecil, adalah bahwa beberapa virus tumor RNA (retrovirus)
mengandung enzim yang disebut reverse transcriptase.
(Virus yang menyebabkan AIDS, human immunodeficiency
virus atau HIV, adalah retrovirus, dan salah satu pendekatan
pengobatan adalah secara selektif menghambat reverse
transcriptase).
 4.3
DNA
REPLICATION
 4.3. DNA Replication : Preserving And Propagating
The Cellular Message

DNA merupakan molekul hidup karena mampu

melakukan penggandaan diri(replikasi)

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA

(penggandaan molekul DNA untai ganda)

Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis

rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama
 Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama

1 2
DNA cetakan (molekul DNA atau
Molekul protein yang menstabilkan
RNA yang akan direplikasi)
untaian DNA yang sudah terbuka
Komponen Penting
Dalam Replikasi
3 DNA 4
Enzim DNA polimerase Enzim primase

5 7 6
Molekul Enzim pembuka ikatan
Enzim DNA ligase
deoksiribonukleotida untaian induk

Sumber :(Amir, dkk,2010)

Mekanisme Replikasi DNA
Secara Umum

Secara umum proses replikasi DNA meliputi

tahap-tahap replikasi berikut :
1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk
2. Inisiasi sintesis DNA
3. Pemanjangan untaian DNA
4. Ligasi fragmen-fragmen DNA
5. Terminasi sintesis DNA
Tipe Polymerase DNA
 Tahapan Replikasi DNA

Inisiasi
Sintesis Primer

Replikasi DNA dimulai dari lokasi spesifik,

yaitu asal replikasi Primase menyediakan nukleotida bebas
 Tahapan Replikasi DNA

Sintesis Leading Strand

Sintesis Lagging Strand

Sintesis untaian awal oleh DNA polimerase III

dengan arah 5’ ke 3’ secara kontinu Sintesis untaian yang bersebrangan dengan
leading strand oleh DNA polimerase III dengan
arah 3’ ke 5’ secara diskontinu
 Tahapan Replikasi DNA

Penghapusan Primer
Ligasi

Penggantian RNA primer dengan

DNA oleh enzim DNA polimerase I
melalui 5’ ke 3’ Penyumbatan celah antar fragmen Okazaki oleh enzim
ligase dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara
5’ fosfat dan 3’ gugus hidroksil
Tahapan Replikasi DNA

Terminasi

Langkah terakhir dari tahapan replikasi

DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi
ketikaDNA polymerase mencapai titik
akhir untai.
 4.4
TRANSCRIPTION

Sending The Message

Transkripsi Proses pembuatan RNA terutama m-RNA dengan
menyalin sebagian berkas DNA oleh enzim RNA Polimerase.

Produk utama Transkripsi m-RNA , 1-RNA, dan r-RNA.

● Laju Sintesis menentukan kapasitas sel untuk membuat protein.
● RNA polimerase Memiliki 2 sub komponen utama : enzim inti
dan faktor sigma.
● Enzim inti mengandung situs katalitik, sedangkan faktor sigma adalah
protein penting untuk menemukan awal yang tepat untuk mengirim
message.
● Holoenzim Enzim inti ditambah faktor sigma.
 Langkah - langkah dalam
Pentransferan Sintesis RNA
● Site awal dan perhentian terdapat pada
urutan nukleoitida spesifik pada DNA.
● DNA polimerase bergerak ke bawah rantai
DNA yang akan menyebabkan pembukaan
sementara heliks ganda dan transkripsi pada
salah salah satu untai DNA.
● Rho akan mengikat menuju site terminasi
dan menghentikan pertumbuhan rantai.
● Pemutusan juga dapat terjadi di beberapa site
tanpa rho.
● Pada eukariota. dimana membran
nukleus memisahkan kromosom dan
ribosom, m-RNA sering diproses
sebelum translasi.
● DNA dapat mengkodekan untuk
transkrip dengan urutan intervensi
(disebut intron) di tengah transkrip.
Intron ini kemudian dipotong dari
transkrip di dua situs tertentu.
● Bagian dari transkrip yang membentuk
intron terdegradasi dan monomer didaur
ulang.
 4.5
TRANSLATION
MESSAGE TO PRODUCT
 TRANSLATION Proses urutan nukleotida dalam mRNA yang diterjemahkan ke dalam
urutan asam amino dari rantai polipeptida. Selama proses ini, sel
‘membaca’ informasi pada messenger RNA (mRNA) dan
menggunakannya untuk membuat sebuah protein.

4.5.1. Kode Genetik: Pesan Universal

Blueprint untuk setiap sel hidup adalah kode genetik. Kode terdiri dari kata tiga huruf
(kodon) dengan alfabet empat huruf. Enam puluh empat kata, Kamus untuk bahasa ini
diberikan pada Tabel 4.1
A. Asam amino disingkat sebagai tiga huruf pertama dalam setiap
kasus, kecuali glutamin (glu-N), asparagin (asp-N), dan isoleusin
(ileu).

B. Kodon UAA, UAG, dan UGA adalah kodon nonsens; UAA dan
UAG masing-masing disebut kodon oker dan kodon kuning.
Ilustrasi hubungan nukleotida dalam kromosom dan m-
RNA dengan produk protein akhir diberikan pada
Gambar 4.6.

Kode tersebut mengalami degenerasi karena lebih

dari satu kodon dapat menentukan asam amino
tertentu (misalnya, UCU, UCC, UCA, dan UCG
semuanya menentukan serin).

Tiga pengkodean :

1. UAA,
2. UAG,
3. UGA

disebut kodon nonsens karena mereka tidak

mengkode secara normal untuk asam amino. Kodon
ini bertindak sebagai titik berhenti dalam
terjemahan dan dikodekan pada akhir setiap gen.
 Kode Genetik: Pesan Universal
Kode Genetik: Pesan Universal Kode genetik pada dasarnya universal, meskipun ada beberapa
pengecualian (terutama di mitokondria dan untuk dimasukkannya asam
amino langka).

Di dalam Kode Genetik ini juga terdapat :

● Pada Universalitas esensial ini sangat memudahkan rekayasa genetika.

● Bahasa yang digunakan untuk membuat protein manusia dipahami dalam E. coli dan ragi.

● Sel-sel sederhana ini akan dengan setia menghasilkan urutan asam amino yang sama seperti
sel manusia.
 4.5.2. Cara Kerja Mesin
Terdapat proses translasi terdiri dari tiga langkah utama:

Inisiasi

Elongasi

Terminasi
 INISIASI
Untuk inisiasi, m-RNA harus berikatan dengan ribosom. Semua sintesis protein dimulai dengan kodon
AUG (atau GUG) pada m-RNA. AUG ini mengkode untuk metionin yang dimodifikasi, N-formilmetionin.
Di tengah protein, AUG mengkode untuk metionin.

A. Asam amino disingkat sebagai tiga huruf

pertama dalam setiap kasus, kecuali glutamin
(glu-N), asparagin (asp-N), dan isoleusin
(ileu).

B. Kodon UAA, UAG, dan UGA adalah kodon

nonsens; UAA dan UAG masing-masing
disebut kodon oker dan kodon kuning.
 Pada Gambar 4.6 iniIkhtisar transfer informasi dari kodon pada template DNA ke protein.
Pada prokariota, pesan seringkali bersifat poligenik, sedangkan pada eukariota, pesan poligenik
tidak dibuat

Situs pengikatan ribosom dapat bervariasi dalam kekuatan dan merupakan pertimbangan
penting dalam rekayasa genetika.
Inisiasi Polimerisasi pada prokariota membutuhkan kompleks inisiasi yang terdiri dari unit
ribosom 30-an dengan N-formilmetionin yang terikat pada daerah inisiasinya, unit ribosom
50-an, tiga protein yang disebut faktor inisiasi (IF1, IF2, dan IF3), dan energi ikatan fosfat dari
GTP.
 ELONGASI

Dari Fig 2,19 ini Struktur molekul RNA transfer (tRNA) dan
cara antikodon tRNA berasosiasi dengan kodon pada mRNA
melalui pasangan basa komplementer. Asam amino yang sesuai
dengan kodon ini (UUC) adalah fenilalanin yang terikat pada
ujung yang berlawanan dari molekul tRNA. Banyak molekul
tRNA mengandung basa yang tidak biasa, seperti metil sitosin
(mC) dan pseudouridine (y).

Pemanjangan rantai asam amino menggunakan t-RNA sebagai dekoder. Salah satu
ujung t-RNA mengandung antikodon, yang melengkapi kodon pada m-RNA.
Ujung lain dari t-RNA mengikat asam amino tertentu. T-RNA disebut bermuatan
ketika membawa asam amino. Pengikatan asam amino ke molekul t-RNA
membutuhkan energi dari dua ikatan fosfat dan enzim yang dikenal sebagai
sintetase aminoasil-t-RNA.Gambar 2.19 menggambarkan molekul t-RNA.
Pembentukan ikatan peptida yang sebenarnya antara dua asam amino terjadi pada tempat yang
berdekatan pada ribosom :
 TERMINASI
Terminasi
Tahap dimana rantai polipeptida dilepaskan. Proses ini dimulai ketika stop kodon
(UAG, UAA atau UGA) memasuki ribosom, membuat rantai polipeptida terpisah dari
tRNA dan lepas keluar dari ribosom.

Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai
ribosom. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak
mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sinyal untuk menghentikan
translasi. Polipeptida yang dibentuk kemudian “diproses” menjadi protein.
 4.5.3 Pemrosesan Pascatranslasi

● Pertama, rantai yang baru terbentuk harus terlipat ke dalam struktur yang tepat.
● beberapa rantai yang berbeda harus bergabung untuk membentuk enzim tertentu atau protein
struktural. .
● Ketika sel melipat protein dengan benar, langkah-langkah pemrosesan seluler tambahan harus terjadi
untuk membuat produk yang berguna.
● Gerakan pascatranslasi melintasi membran terjadi ketika protein bergerak melintasi membran, yang
memiliki urutan sinyal (sekitar 20 sampai 25 asam amino).
● protein dilepaskan melalui dua jalur. Keduanya melibatkan eksositosis, di mana vesikel pengangkut
menyatu dengan membran plasma dan melepaskan isinya.
● Vesikel transportasi memediasi transportasi protein dan bahan kimia lainnya dari endoretikulum
plasma ke aparatus Golgi dan dari aparatus Golgi ke kompartemen tertutup membran.
● Vesikel tersebut bertunas dari membran dan membungkus larutan berair dengan protein tertentu,
lipid, atau senyawa lain.
● Sedangkan pada jalur sekretori, vesikel membawa tunas protein dari endoretikulum plasma,
memasuki permukaan cis aparatus Golgi, keluar dari permukaan trans Golgi, dan kemudian menyatu
dengan membran plasma.
 4.6
METABOLIC REGULATION
 Kontrol Tingkat Genetik
Trans-kontrol skripsional sintesis protein adalah strategi kontrol yang paling
umum digunakan dalam bakteri.

Salah satu bentuk regulasi adalah represi umpan balik;

Dalam hal ini, produk akhir dari aktivitas enzimatik terakumulasi dan blok
transkripsi. Bentuk lain dari regulasi adalah induksi Suatu metabolit (seringkali
sebagai substrat untuk suatu jalur) terakumulasi dan bertindak sebagai
penginduksi transkripsi.
Promotor operator
OPERON
tunggal
Proses Represi Enzim

(a) Transkripsi operon terjadi

karena represor tidak dapat
berikatan dengan operator

(b) Setelah korepresor (molekul kecil)

berikatan dengan represor, repressor
sekarang mengikat ke operator dan
memblokir transkripsi m-RNA dan
protein yang dikodekannya untuk
tidak dibuat
 Proses Induksi Enzim

a) Protein represor berikatan

dengan operator wilayah dan
memblokir aksi RNA polimerase.

(b) Molekul penginduksi mengikat

repressor dan menonaktifkannya.
Transkripsi oleh RNA polimerase
terjadi dan m-RNA untuk operon itu
terbentuk.
 Kontrol Jalur Metabolic

Paling seringkali reaksi pertama di jalur tersebut dihambat oleh akumulasi

produk (penghambatan umpan balik atau penghambatan produk akhir). Enzim
untuk masuknya substrat ke dalam jalur akan menjadi enzim alosterik di mana
pengikatan produk akhir di situs sekunder mendistorsi enzim sehingga membuat
primer aktif situs tidak efektif. Jadi, jika sel memiliki persediaan P1 yang cukup
(mungkin melalui penambahan ke media pertumbuhan), itu akan menonaktifkan
jalur sehingga substrat yang biasanya digunakan untuk membuat P1 dapat
digunakan di tempat lain.
 Kontrol Jalur Metabolic

Sel dapat menggunakan salah

satu dari beberapa strategi untuk
memastikan tingkat P1 dan P2
yang memadai dengan efisien
pemanfaatan substrat.

P1 dan P2
ASUMSI merupakan
metaabolit esensial
 Contoh kontrol umpan balik dari jalur bercabang
Isozymes
Dua enzim terpisah dibuat untuk
melakukan konversi yang sama,
sementara masing-masing sensitif
terhadap penghambatan oleh produk
akhir yang berbeda.
Sequential Feedback
Dimana perantara di titik
cabang dapat terakumulasi dan
bertindak sebagai penghambat
fluks metabolisme ke dalam
jalur.
Concerted Feedback
Di sini satu enzim dengan dua
situs pengikatan alosterik
(untuk P1 dan P2) mengontrol
masuk ke jalur.
Cumulative Feedback
Penghambatan penuh adalah efek
kumulatif, dan kontrol seperti itu
disebut penghambatan umpan balik
kumulatif atau penghambatan
umpan balik kooperatif.
 4.7
HOW THE CELL SENSES
ITS EXTRACELLULAR
ENVIRONMENT
 4.7.1. Mekanisme untuk Mengangkut Molekul Kecil
melintasi Membran Seluler
❑Molekul memasuki sel baik melalui energi-independen atau energi-tergantung
mekanisme.

Passive Diffusion

Dua contoh utama

penyerapan energi-
independen

Facilitated Diffusion.
 Passive diffusion
Molekul bergerak menuruni gradien konsentrasi
(dari tinggi ke konsentrasi rendah) yang secara
termodinamika menguntungkan. Akibatnya

• JA : fluks spesies A melintasi membran

(mol/cm2 - s)
• Kp : permeabilitas (cm/s)
• CAE : konsentrasi ekstraseluler spesies A
(mol/cm3)
• CAI : konsentrasi intraseluler
 Facilitated diffusion
Molekul pembawa (protein) dapat bergabung
secara spesifik dan reversibel dengan molekul yang
diinginkan

• di mana KMT terkait dengan afinitas

pengikatan substrat (mol/cm3)

• JA MAX adalah laju fluks maksimum A

(mol/cm2-S)

• Ketika CAE > CAI, fluks bersih akan masuk ke

dalam sel

• CAI > CAE, akan ada penghabisan bersih A

dari sel
 Fosfoenolpiruvat (PEP)

Mengubah gula menjadi bentuk terfosforilasi, gula terperangkap di

dalam sel. Sifat asimetris dari membran sel dan proses ini membuat
proses tidak dapat diubah. Karena fosforilasi gula merupakan langkah
dalam metabolisme, penyerapan nutrisi senyawa ini melalui translokasi
kelompok. Dalam transpor aktif, energi akan dikeluarkan untuk
memindahkan substrat yang tidak dimodifikasi ke dalam sel, dan
kemudian energi lebih lanjut akan dikeluarkan untuk memfosforilasinya.
 4.7.2. Peran Reseptor Sel dalam Metabolisme
dan Diferensi Seluler
Reseptor dapat mengikat bahan kimia di ruang ekstraseluler. Reseptor sangat
penting pada hewan dalam memfasilitasi komunikasi sel ke sel. Reseptor permukaan
sel hewan penting dalam mentransduksi sinyal untuk pertumbuhan atau diferensiasi
seluler. Reseptor ini juga merupakan target utama untuk pengembangan obat
terapeutik. Banyak virus meniru bahan kimia tertentu (misalnya, faktor pertumbuhan)
dan menggunakan reseptor permukaan sel sebagai sarana untuk memasuki sel.
Contoh yang lebih sederhana ada pada bakteri. Beberapa bakteri motil telah
diamati untuk menaikkan gradien konsentrasi untuk nutrisi atau menurunkan gradien
senyawa beracun. Respon ini disebut kemotaksis.

Pergerakan sel secara acak
dalam medan kimia yang
seragam. Setiap lari diikuti
oleh twiddle, dan twiddles
terjadi cukup sering.
Kemotaksis
Gerakan terarah ke arah Gerakan yang diarahkan
penarik kimia. Run masih menjauh dari penolak
berlangsung dalam arah acak, kimia.
tetapi ketika run naik gradien
kimia, twiddle lebih jarang
terjadi. Hasil akhirnya adalah
gerakan menuju kimia.
THANK
YOU