BIOINFORMATIKA

LIDYA Y. LUMOWA
20502003
 MEGA
Mega pertama kali dikembangkan untuk MS DOS pada awal 1990-an (Kumar et al. 1994) dan
kemudian ditingkatkan untuk digunakan di MS Windows delapan kali, termasuk MEGA 1
hingga MEGA 6 dan MEGA-CC dan MEGA-MD (Kumar et al. 2001, 2016). Beberapa rilis
mega telah dikemas untuk sistem Linux menggunakan lapisan kompatibilitas WINE untuk
sistem operasi yang sesuai dengan POSIX dan alat Wineskin (dibangun di atas WINE) untuk
sistem macOS. Versi ini telah diunduh lebih dari 200.000 kali. Di Microsoft Windows, mega X
dimaksudkan untuk digunakan pada sistem 64-bit yang memiliki versi 10 dan yang lebih baru.
Namun, ini akan bekerja dengan lancar pada versi Windows 64-bit sebelumnya. mega X
sekarang menghasilkan file konfigurasi yang menentukan opsi analisis untuk analisis yang
diinginkan pengguna di mega CC, yang digunakan banyak peneliti untuk throughput tinggi dan
analisis berulang di lingkungan Windows, Linux, dan macOS (Kumar et al. 2012). Tombol
"Simpan Pengaturan" menyediakan fungsi ini (gbr. 2H). Bahkan, mega X sekarang dapat
digunakan dalam mode prototipe
 BIOEDIT
BioEdit merupakan program yang dapat digunakan dalam penjajaran sekuen DNA, analisis perubahan
asam amino, pemetaan enzim restriksi dan berbagai analisis genetik lainnya. BioEdit digunakan untuk
analisis dasar dalam analisis sekuen DNA (Hall et al., 2011). Tujuan utama BioEdit adalah untuk
menyediakan alat yang berguna bagi ahli biologi yang tidak ingin tahu banyak tentang program untuk
menggunakannya. BioEdit intuitif, berbasis menu, dan sangat grafis dan menawarkan antarmuka grafis
bagi pengguna untuk menjalankan program analisis eksternal. Fungsi utama dimaksudkan agar terlihat
hanya dengan bermain dengan opsi menu.BioEdit saat ini mendukung pengeditan simultan hingga 50
dokumen. Sebuah formulir kontrol utama berisi menu untuk membuka dokumen, membuat dokumen
baru, mengatur opsi globalseperti tabel warna, tabel kodon, dan preferensi analisis, dan pengelola
jendela. BioEdit tidak menggunakan memori fisik yang berlebihan (kecuali keberpihakan besar sedang
diedit), tapi itu tampaknya menjadi sedikit babi sumber daya. Dokumen penyelarasan saat ini tidak
memiliki batas yang ditetapkan jumlah urutan atau panjang urutan.
 Keterbatasan
BioEdit dimaksudkan untuk menjadi antarmuka tujuan umum untuk beberapa manipulasi urutan sederhana,
penyelarasan umum urutan dengan opsi untuk penyelarasan ganda otomatis, optimal keselarasan berpasangan,
dan penekanan pada membuat penyelarasan tangan menjadi mudah. Beberapa aksesori fungsi telah
ditambahkan dari waktu ke waktu (gambar plasmid, pemetaan pembatasan, ABI dan SCF melihat, analisis
komparatif RNA dan anotasi grafis di antara fitur-fitur lainnya). Namun, fungsi pencarian yang canggih, analisis
khusus seperti protein sekunder atau tersier prediksi struktur, prediksi termodinamika struktur RNA, analisis
statistic kualitas penyelarasan, dan pemodelan jaringan probabilistik atau neural dari pola urutan, penyelarasan
dan prediksi struktur berada di luar cakupan program ini. BioEdit berkinerja cukup baik dengan penyelarasan
berukuran cukup. Namun, ada yang dipaksakan membatasi jumlah dokumen penjajaran yang dapat dibuka
sekaligus, serta jumlah urutan yang dapat dimuat dalam satu keselarasan. Saat ini batas buka keselarasan
dokumen adalah 50, meskipun ini dapat menjalankan Windows dari sumber daya. Batas pada jumlah urutan
dalam keselarasan adalah 20.000.
 
 GENEOUS
Geneious Basic ditulis dalam Java Swing untuk memaksimalkan interoperabilitas di antara semua sistem operasi yang
umum digunakan. Itu dikompilasi di bawah dan membutuhkan Java 5 untuk dijalankan. Aplikasi ini menyediakan modul
inti untuk memungkinkan visualisasi, manipulasi, dan transfer sekuens DNA (linier, oligo sirkular dan pendek seperti
primer dan probe), sekuens asam amino, keberpihakan berpasangan dan multipel, pohon filogenetik, struktur 3D,
kromatogram sekuens, rakitan contig, elektroferogram mikrosatelit dan grafik statistik. Kerangka kerja perangkat lunak
yang mendasari untuk Geneious Basic adalah modular dan berjenjang dengan fokus penanganan data dan alat
bioinformatika. Ini mengintegrasikan sistem plugin komprehensif yang membumi di API Genius yang dapat diperluas.
Komponen API publik memungkinkan pengembang plugin untuk memanfaatkan fungsionalitas dan antarmuka pengguna
dari Platform jenius sambil berkonsentrasi pada pengembangan proses dan algoritma. Unduhan API dari situs web
Geneious menyediakan nomor contoh plugin kerangka untuk digunakan sebagai dasar untuk plugin baru, memungkinkan
pengembang dengan tingkat dasar pengetahuan Java untuk mengembangkan berfungsi penuh plugin yang sangat
memperluas fungsionalitas Geneious Basic. Fungsionalitas di Geneious Basic dapat dibandingkan dengan angka paket
perangkat lunak desktop lainnya, seperti VectorNTI (Lu dan Moriyama, 2004), CLC Bio, Sequencher (Kode Gen),
Lasergen (DNAstar) dan MEGA4 (Tamura et al., 2007). Dibandingkan dengan di atas, fokus dari Geneious Basic adalah
untuk menyediakan extensible platform desktop di mana komponen yang ada dapat dimanfaatkan oleh pengembang
plugin pihak ketiga. Ini unik dan penting kontribusi untuk bioinformatika, memungkinkan pengguna untuk menyesuaikan
dan memperluas inti untuk kebutuhan mereka tanpa intervensi manual yang signifikan, menyamai keberhasilan platform
yang dapat diperluas di ruang paralel seperti sebagai analisis jaringan dan manajemen alur kerja (Goecks et al., 2010;
Halus et al., 2010).
 Juga sebanding adalah Genious Pro (Drummond et al., 2010), ekstensi komersial untuk Geneious
Basic. Ini berbagi fungsionalitas dasar Geneious Basic dan tambahan menyediakan alat berfokus
pada berbagi data, kolaborasi, dan generasi berikutnya yang canggi fungsi pengurutan. Geneious
Basic menyatukan sejumlah besar dan berbeda sumber data pelengkap, metode analisis dan
visualisasi peralatan. Ini adalah maksud dari penulis bahwa dengan mendorong pengembangan
metode analisis baru API publik dan alat visualisasi akan terus tumbuh dan mendiversifikasi
jangkauan tugas bioinformatika tersedia untuk semua peneliti.
Geneious Basic adalah lintas platform dan tersedia untuk Linux, Apple OSX dan MS Windows
sebagai unduhan mandiri. Dia juga tersedia sebagai paket yang telah dikonfigurasi sebelumnya
secara komprehensif Sistem operasi Bio-Linux (Field et al., 2006).
 
DAFTAR PUSTAKA
Hall, T. (2004). BioEdit version 7.0. 0. Distributed by the author, website: www. mbio. ncsu.
edu/BioEdit/bioedit. html.
Kearse, M., Moir, R., Wilson, A., Stones-Havas, S., Cheung, M., Sturrock, S., ... & Drummond, A.
(2012). Geneious Basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and
analysis of sequence data. Bioinformatics, 28(12), 1647-1649.
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: molecular evolutionary
genetics analysis across computing platforms. Molecular biology and evolution, 35(6), 1547.
THANK YOU