Iktioplankton (PIM 3147; 2/0)

Indeks consistensi, indeks retensi, Parsimoni, Cladogram pada taksa ikan

Deskripsi statistik cladogram

Panjang: panjang atau jumlah step adalah total jumlah perubahan keadaan karakter yang mendukung hubungan taksa pada pohon silsilah Data yang dipilih untuk konstruksi pohon silsilah bila semakin sedikit homoplasi dan semakin sedikit jumlah perubahan state/keadaan.
Contoh tabel karakter dan langkah penyelesaiannya

DATA 1 Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6 Out A B C D E 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1

F
Out F A

1 1 1 1 1 0
B C D E

Deskripsi statistik cladogram

Berdasarkan Karakter 6 maka taksa A,B,C,D,E menjadi satu group terpisah taksa F Karakter yang lain menunjukkan taksa E berdekatan F dan sebagai group berdekatan D.

Out F A 2 3 45

D 4

E 5

6
1

Membutuhkah 10 karakter state Banyak step homoplasi

Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6 Out A B C D E F 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0

Out A

F -6
5 Membutuhkah 7
karakter state Sedikit step homoplasi

4 1 2 3

6 Clade F, E, dan D berdekatan C, kemudian group tsb berdekatan B dan akhirnya membentuk clade B,C,D, E dan F

Indek Konsistensi (CI)

Indeks konsistensi digunakan mengukur banyaknya homoplasi CI= total karakter state yang diharapkan berubah x 100 jumlah seluruh step pada pohon silsilah Perubahan
Karakter state pada data 1 2 0 --- > 1 0 --- > 1

Taksa 1 2 3 4 5 6
Out A B C D E 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1

3
4 5

0 --- > 1
0 --- > 1 0 --- > 1

1 1 1 1 1 0

6 0 --- > 1 Total perubahan karakter diharapkan pada set data = 6

Indeks konsistensi

Out A

E
5 4

F -6

Berikut ini cladogram yang berasal dari data sebelumnya. Pohon silsilah tsb membutuhkan 7 perubahan keadaan karakter Panjang = 7 Indek konsistensi = 6/7 x 100 = 85,7
1 2 3 4 5 6

Perubahan state pada data 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 -- > 0

Indeks retensi (RI)

Indeks retensi mengukur jumlah harapan synapomorfi pada set data yang tetap synapomorfi pada pohon cladogram Perubahan Contoh data berikut:
DATA2 Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6 Out A B 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 state pada data 1 2 3 4 5 6 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 61 2 3 4 Out A B C D E F -65

C
D E F

1 1 1 0 0 1
1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0

Total perubahan karakter diharapkan pada set data = 6

Pohon cladogram ini membutuhkan 7 perubahan karakter state. Panjang = 7

Indeks retensi
Perubahan karakter state pada pohon totalnya 7 karena karakter 6 kembali pada state 0 di induk cabang E dan F. Indek konsistensi = 6/7x100= 85,7 CI pada kedua data tersebut sama, meskipun datanya tidak identik Data 1, karakter homoplasi (# 6) kembali pada state 0 hanya pada satu cabang terminal, sedangkan data 2 homoplasi membentuk clade pada 2 cabang terminal. Tambahan informasi tersebut diukur dengan indek retensi
1 2 3 4 5 6

Perubahan state pada data 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 0 --- > 1 -- > 0

Indeks retensi
Indeks retensi diukur dengan formula berikut
RI = jumlah maksimum step pada pohon jumlah state berubah di pohon x 100 jumlah maksimum step pada pohon jumlah state berubah di data

Jumlah maksumum step pada pohon adalah jumlah total taksa pada state 1 atau 0 (tergantung mana yang yang lebih sedikit), dijumlah untuk seluruh karakter
DATA 1 Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6
Out A 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 karakter Maks step 1 2 1 2

B
C D E F

1 1 0 0 0 1
1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0

3
4 5 6

3
3 2 2

RI = 13 7 x 100= 85,7 13 - 6

Total maks step data set = 13

Indeks retensi
Pada data 2, RI lebih tinggi daripada CI
DATA2 Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6 Out A B 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 karakter Maks step 1 2 3 1 2 3 RI = 14 7 x 100= 87,5 14 - 6

C
D E F

1 1 1 0 0 1
1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0

4
5 6

3
2 3

Total maks step data set = 14

Pencarian pohon silsilah paling parsimonis

Pembuatan cladogram akan semakin rumit seiring dengan jumlah karakter Penempelan B
B C 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 6 step Karakter Taksa A 1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 C D
0001000

B
C D

0 1 0 0 1 0 1
0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1

B
CD

0 1 0 0 1 0 1
0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 1 4 step

B
D

0 1 0 0 1 0 1
0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 3 step

D
0000001

Sehingga B harus ditempelkan D

0000000

Pencarian pohon paling parsimonis

A 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1

Penempelan A
A C 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0 1 A D 1 1 1 4 step

BC

1
A BCD

1 1 1

4 step

1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1

5 step

1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 3 step

Sehingga A ditempelkan pada sister taksa D Panjang 10 step

C
3

A B

1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 4 step

B
2 4 6 5

1 5 7

A
6

D
4

Pencarian pohon paling parsimonis

Nampaknya cladogram sudah benar, namun bila cabang B digeser dipertukarkan dengan D sehingga A dan B menjadi sister taksa, maka akan diperoleh cladogram baru Hasilnya, panjang = 9 step sehingga lebih parsimonis

C
3 6

A 1 6
4 7 5

B
-4 2

Panjang = 9 step

Pencarian pohon paling parsimonis

Cheking semua kemungkinan merupakan solusi untuk mendapatkan pohon sisilah paling parsimonis. Beberapa kemungkinan pohon silsilah untuk data tersebut
A B C 3 41 2 6 6 5 4 7 D 7 A C 5 7 1 B 5 3 2 7 D 4

Karakter Taksa A B C 1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

D
A 6 5

0 0 0 1 0 0 1
D 1 4 7 B 5 -4 2 C 3 6

-7

10 step
A B C -7 3 2 1 6 -4 6 5 5 74 D

10 step
A C B -4 1 3 2 6 7 6 7 5 4 D

11 step
A 6 5 D 1 4 B -5 -4 2 7 C 3 6

-7

11 step

10 step

11 step

Karakter

Pencarian pohon paling parsimonis

B A 6 2 -7 5 1 5 3 6 4 7 C D B A C -7 1 3 5 6 6 2 5 4 7 D

Taksa A B C

1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

D
C 3 6

0 0 0 1 0 0 1
B A 6 2 1 -4 5 5 D

10 step
B 2 5 7 C A -7 1 3 5 6 4

10 step
C 3 D A 1 6 7 4 B -4

10 step

7
4 A B 1 2 -4 6 4 5 7

C 3 6

D -5

9 step

9 step

10 step

Karakter

Pencarian pohon paling parsimonis

D C A B 5 3 1 -4 6 5 2 -7 6 4 7

Taksa A B C

1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

C A 3 16 6 -7

B 2 -4

0 0 0 1 0 0 1

47 Cek terhadap semua

11 step
D C B A 2 1 3 5 6 5 6 -7 4 4 7

10 step kemungkungkinan menghasilkan 2 pohon paling parsimonis dibandingkan prosedur Wagner step by step.
Sayangnya, metode tersebut hanya mungkin bila karakternya kurang dari 11

11 step

Pencarian cabang dan ikatan

Metode ini lebih singkat dengan mengecek pohon 1. Misalkan data sebelumnya
Karakter Taksa 1 2 3 4 5 6 7 C B A 6 3 2 15 5 6 4 4 7 D

10 step

A
B C D

1 0 0 1 1 1 1
0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1

Kita ketahui parsimonis batas atas 10 atau kurang 2. Dipilih 2 taksa sembarang, hubungkan dengan outgroup
B Out

Out

0 0 0 0 0 0 0

Karakter

Pencarian cabang dan ikatan

3. Hubungkan dengan taksa ke tiga

Taksa A B C

1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

D
Out

0 0 0 1 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0

B C 7 3 4 Out 5 6 2 7 6 4 51 A 11 step Melebihi batas atas

B 7 5 2

Out 4 6 3 C 7 1 5 A

B 2

Out
7 3 5 6 4 C 1 4 6 A

9 step

9 step

Karakter

Pencarian cabang dan ikatan

4. Taksa ke empat ditambahkan pada setiap kemungkinan jaringan dan angka setiap step dicatat
D B 4 Out 5 2 7 4 6 3 C 7 1 5 A B 7 5 2 Out 4 6 3 C 7 1 5 A B D Out 5 4 2 7 4 3 C 6 7 1 -7 5 A

Taksa A B C

1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

D
Out

0 0 0 1 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0

10 step

11 step

Out 5 2 7 4 6 3 C 1 -7 5 A

9 step

Karakter

Pencarian cabang dan ikatan

B 5 2 Out 7 D B 5 2 D 4 C 6 6 1 3 -7 5 A B Out 7

Taksa A B C

1 2 3 4 5 6 7 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0

D
Out

0 0 0 1 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0

4 C 6 1 3 -7 6 5 A

10 step
B 2

10 step
Out

7 3 5 6 4 C 1 4 6 A

D -5 Out 4 2 7 3 -4 6 1 5 C 6 A

B 2 -4 7 5 16

Out 6 3 D C

9 step

A 9 step

Pencarian cabang dan ikatan

B 2 Out D 7 4 7 5 6 3C 4 6 1 A B Out 5 4 2 7 3 -4 6 C D 6 5 1 A

10 step

10 step

Menggunakan outgroup menghasilkan 2 pohon paling parsimonis

B
2 5 7 D C A -7 1 3 5 6 4 C 3 6 4 D A 1 6 7 2 B -4

9 step

9 step

Monofili
Sasaran utama sistematik menghasilkan pohon yang dikonversikan pada susunan klasifikasi hirarki linaeus Setiap group yang memiliki kesamaan leluhur membentuk taksa monofiletik atau clade.
D E G C B A Taksa 1 (monopiletik) F H J I K D E G H J C B A Taksa 2 (parapiletik) F I K D E G C B A Taksa 3 (Polipiletik) F H J I K

Bagaimana dengan IKAN yang kita ketahui selama ini????

Cladogram ikan memperlihatkan kemungkinan hubungan kelompok utama taksa monofiletik ikan

Pengertian ikan dalam arti sempit dan luas???

Agnatha Ikan
Gnatosto mata Tetrapoda

Agnatha
Placoderm Chondricthyes Acanthodii Osteichthyes

Agnatha

Ikan
Gnatostomata

Tetrapoda

Luas
Vertebrata Sempit

Grafik representasi dari pohon silsilah ikan, yang menunjukkan garis evolusi kelompok utama sepanjang waktu