1.

PENGERTIAN PEGASUS
Proyek Pegasus mencakup seperangkat teknologi yang membantu alur kerja berbasis
aplikasi di sejumlah lingkungan yang berbeda termasuk desktop, cluster kampus, grid, dan
cloud. Alur kerja ilmiah memungkinkan pengguna untuk dengan mudah mengekspresikan
multi-langkah perhitungan, misalnya mengambil data dari database, memformat data, dan
menjalankan analisis. Setelah aplikasi ini diresmikan sebagai alur kerja Dinas Pegasus
Manajemen Workflow dapat memetakan ke menghitung sumber daya yang tersedia dan
melaksanakan langkah-langkah dalam urutan yang tepat. Pegasus dengan mudah dapat
menangani alur kerja dengan beberapa juta tugas komputasi.
Pegasus telah digunakan dalam sejumlah domain ilmiah termasuk astronomi,
bioinformatika, ilmu gempa, gelombang gravitasi fisika, ilmu laut, limnologi, dan lain-lain.
Pegasus menyediakan alur kerja tingkat checkpointing. Pegasus melacak apa yang telah
dilakukan termasuk lokasi data yang digunakan dan diproduksi, dan perangkat lunak yang
digunakan
Pegasus menjembatani domain ilmiah dan lingkungan eksekusi secara otomatis
memetakan tingkat tinggi deskripsi alur kerja ke sumber daya didistribusikan. Secara
otomatis menempatkan data masukan yang diperlukan dan sumber daya komputasi yang
diperlukan untuk eksekusi alur kerja. Pegasus memungkinkan para ilmuwan untuk
membangun alur kerja secara abstrak tanpa khawatir tentang rincian dari lingkungan eksekusi
yang mendasari atau keterangan dari tingkat rendah spesifikasi yang disyaratkan.

2. KOMPONEN DARI SISTEM PEGASUS
Komponen dari sistem Pegasus ini dibagi menjadi empat, antara lain :
Mapper (Pegasus Mapper): Menghasilkan alur kerja dieksekusi berdasarkan alur
kerja abstrak yang diberikan oleh pengguna atau sistem komposisi alur kerja. Ia
menemukan perangkat lunak yang sesuai, data, dan sumber daya komputasi yang
dibutuhkan untuk eksekusi alur kerja. Mapper juga dapat merestrukturisasi alur kerja
untuk mengoptimalkan kinerja dan menambahkan transformasi untuk pengelolaan
data dan informasi provenance generasi.
Engine Execution (DAGMan): Menjalankan tugas-tugas yang didefinisikan oleh
alur kerja dalam urutan dependensi mereka. DAGMan bergantung pada sumber daya
(menghitung, penyimpanan dan jaringan) didefinisikan dalam alur kerja dieksekusi
untuk melakukan tindakan yang diperlukan.
Task manager (Schedd Condor): mengelola tugas alur kerja individu mengawasi
eksekusi mereka pada sumber daya lokal dan remote
Monitoring Component (Pegasus Monitor): Memantau alur kerja berjalan,
mengurai alur kerja dan log pekerjaan dan dipopulasikan ke database, alur kerja yang
digunakan untuk menyimpan informasi runtime asalnya. Hal ini juga mengirimkan
pemberitahuan kembali ke pengguna memberitahu mereka tentang acara seperti
kegagalan, keberhasilan dan penyelesaian alur kerja dan pekerjaan.


3. Para Pemakai Pegasus
Pegasus telah digunakan dalam sejumlah domain ilmiah termasuk astronomi, bio-
informatika, ilmu gempa, ilmu fisika, ilmu laut, limnologi, ilmu Botani, ilmu Kimia, ilmu
tentang Iklim, Ilmu Komputer, ilmu Genome Analisis, ilmu Helioseismology, ilmu
Neuroscience.


Bidang Astronomi
Galactic Plane : Sebuah kolaborasi dengan NASA / IPAC Infrared Ilmu Arsip
(http://irsa.ipac.caltech.edu). Kemampuan imaging dari Spitzer Space Telescope telah
diaktifkan untuk pertama kalinya survei dari bidang galaksi kita di seluruh spektrum
inframerah.
Montage : Astronom Caltech menggunakan Pegasus untuk menghasilkan ilmu-kelas
mosaik langit (Montage http://montage.ipac.caltech.edu/ proyek). Montage
memberikan ilmu-kelas mosaik langit. Teknologi yang digunakan untuk mengubah
kode tunggal-prosesor Montage menjadi alur kerja yang kompleks dan perhitungan
parallelized untuk memproses lebih besar-skala gambar.

Bidang Bio-informatika
Association Mapping and Population Genetics in Vervets : Sebagai OWM kedua
(monyet dunia lama) sequencing (yang pertama adalah Rhesus macaque), vervet,
tidak seperti kera besar yang sebagian besar hampir punah, tersedia untuk penelitian
biomedis. (Rhesus banyak tersedia di India, tetapi pembatasan ekspor yang
diberlakukan oleh pemerintah India membuatnya kurang ideal untuk penelitian
biomedis).
Association Test : Aplikasi ini menggunakan Cochran-Mantel-Haenszel (CMH)
statistik asosiasi untuk melakukan tes asosiasi tergantung pada pencocokan dilakukan
pada langkah stratifikasi populasi. Clustering menggunakan Warisan-by-Struktur
Plink ini (IBS) clustering.
Brain Span : Proyek Brain Span berusaha untuk menemukan kapan dan di mana di
otak gen diekspresikan. Informasi ini memegang petunjuk penyebab potensial dari
penyakit. Sebuah penelitian baru menemukan bahwa bentuk gen yang terkait dengan
skizofrenia lebih dari-disajikan dalam otak janin. Untuk membuat penemuan tersebut
tentang apa yang normal, para ilmuwan harus terlebih dahulu tahu apa pola normal
ekspresi gen yang selama pengembangan.
Combined CNV Detection : Alur kerja ini menggabungkan hasil dari CNV gnosis
(Copy Variasi Number) algoritma deteksi dan PennCNV algoritma deteksi (termasuk
X-Kromosom deteksi) untuk menghasilkan file yang berisi CNV Digabung. Hal ini
kemudian memproses lebih lanjut untuk membandingkan hasilnya dengan daftar
CNV umum, dan menilai tumpang tindih induk dan CNV anak. Akhirnya
menambahkan catatan hasil.
DNA sequencing : The USC epigenome Pusat saat menggunakan Genetic Illumina
Analyzer (GA) sistem untuk menghasilkan data throughput tinggi urutan DNA
(hingga 8 miliar nukleotida per minggu) untuk memetakan keadaan epigenetik dari sel
manusia pada skala genome. Epigenomic Workflow (pekerjaan komputasi akan
ditampilkan sebagai lingkaran, data pekerjaan transfer rhomboids).
Epigenomics : aplikasi ini digunakan dalam pengurutan DNA. Seperti gambar
dibawah ini.

Genomic Studies of Mental Disorders : Portal komputasi yang dikembangkan untuk
Pusat Studi Genomic Gangguan Mental menggunakan Pegasus untuk mengelola alur
kerja untuk studi populasi genetika. Menganalisis fungsi dan struktur genom (set
lengkap DNA dalam satu sel dari suatu organisme).

Proteomics : Para ilmuwan di OSU menggunakan Pegasus untuk mempelajari
struktur dan fungsi protein.

SeqWare : SeqWare (http://sourceforge.net/projects/seqware/) merupakan perangkat
lunak open source yang dikembangkan di UCLA. Hal ini digunakan untuk
mendukung teknologi sequencing massal paralel dan menyediakan sejumlah fungsi
yang berbeda termasuk pipa komputasi (didukung oleh Pegasus), dan komponen
metadata. Perangkat lunak ini baru-baru ini digunakan untuk urutan garis sel kanker
U87MG

SIPHT : Aplikasi ini adalah melakukan pencarian luas untuk RNA yang mengatur
beberapa proses seperti sekresi atau virulensi pada bakteri. Prediksi kerajaan-lebar
dan penjelasan dari gen pengkodean RNA melibatkan berbagai program individu
yang dilaksanakan dalam urutan yang tepat dengan menggunakan PEGASUS.

Bidang Pertanian
Plant Development : Tanaman ilmuwan di University of Wisconsin Madison
menggunakan Pegasus untuk menghasilkan gambaran dari pertumbuhan akar tanaman
dan menganalisis gambar dikumpulkan melalui time-lapse fotografi. Sampel proyek
lain lokasi hutan untuk mencirikan vegetasi understory untuk menentukan bagaimana
spesies tanaman yang berbeda didistribusikan di hutan.

Vegetation and Landscape Ecology : Don Waller, seorang Profesor Studi Botani
dan Lingkungan di UW Madison, dan mahasiswa pascasarjana nya Erika Mudrak
menyelidiki pola spesial dalam perubahan vegetasi dan pelacakan dalam ekologi
lanskap di skala spasial dan temporal.


Bidang Kimia
Biochemistry : George Phillips dari Departemen Biokimia di UW Madison memiliki
kepentingan dalam struktur dan dinamika dari protein serta dalam biologi komputasi.

Bidang Pemodelan Iklim
Climate Ensemble : Sebuah aplikasi pemodelan iklim telah menggunakan alat untuk
mengurangi jumlah waktu perhitungan yang ambil. Simulasi yang digunakan untuk
mengambil 2,5 bulan untuk dijalankan secara manual, hanya membutuhkan waktu 2,5 hari
untuk menjalankan menggunakan alat kami.

Bidang Ilmu Komputer
Computer Vision : Li Zhang adalah fakultas di UW Madison Departemen Ilmu Komputer,
dan memiliki kepentingan dalam visi komputer dan grafis. Proyek mahasiswa pascasarjana
Alok Deshpande adalah penelitian interdisipliner yang berupaya untuk mewujudkan bio-
terinspirasi cerdas sistem mikro pencitraan optik.


Bidang Gempa
Southern California Earthquake Center - CyberShake and Broadband : Southern
California Earthquake Center (SCEC) adalah sebuah komunitas lebih dari 600 ilmuwan,
mahasiswa, dan lain-lain di lebih dari 60 lembaga di seluruh dunia, yang berkantor pusat di
University of Southern California. SCEC didanai oleh National Science Foundation dan US
Geological Survey untuk mengembangkan pemahaman yang komprehensif tentang gempa
bumi di Southern California dan di tempat lain, dan untuk mengkomunikasikan pengetahuan
yang berguna untuk mengurangi resiko gempa.

Bidang Genome Analisis
GADU : the Genome Analysis and Database Update system, telah menggunakan Pegasus
selama 2 tahun terakhir untuk melakukan high-seluruh analisis dan penjelasan dari informasi
genomik yang teratur dari berbagai sumber informasi publik, memberikan fasilitas
terintegrasi yang mendukung program-program penelitian dalam DOE serta pengunjung
umum ke portal web.

Bidang Helioseismology
Solar Dynamics Observatory (SDO) : The Solar Dynamics Observatory (SDO) yang paling
penting fisika NASA Misi surya ini dekade mendatang. Akan diluncurkan menjelang akhir
tahun 2008, tiga instrumen utama di papan SDO adalah Helioseismic dan Magnetic Imager
(HMI), yang Atmospheric Imaging Assembly (AIA) dan Variabilitas Percobaan ultraviolet
ekstrim (EVE). Data akan terutama digunakan untuk mempelajari aktivitas magnetik
matahari dan untuk menyelidiki struktur internal dan dinamika Matahari dengan
helioseismology.


Bidang Limnologi
Ecosystem Modeling : Profesor Paul Hanson di Pusat Limnologi di UW Madison melakukan
penelitian dalam siklus karbon, variabilitas ekosistem, mikroba, alga, dan bahkan ikan.
Limnologi adalah studi perairan di daratan. Model hidrodinamik dan biologis yang besar
ditambah telah terbukti menjadi alat yang ampuh untuk membantu memahami dinamika
kompleks dan interaksi antara fisika dan biologi sistem danau. Proyek ini berfokus pada
pembuatan model ini diakses oleh masyarakat luas peneliti dan membangun infrastruktur
untuk menghubungkan data arsip sistem lingkungan yang ada langsung ke model tersebut
data drive dan menciptakan ekosistem model yang dapat dihubungkan dan bereksperimen
atas untuk menjawab pertanyaan yang lebih luas.


Bidang Neuroscience
Telescience Project : Pegasus juga digunakan dalam proyek Telescience dan portal untuk
mendukung rekonstruksi 3D gambar tomografi elektron. Para ilmuwan UCSD berencana
untuk terus bergantung pada teknologi alur kerja kami untuk memperluas set aplikasi Grid
mereka mendukung dalam lingkungan portal mereka dan untuk mengembangkan teknik-
teknik baru yang dapat memberikan real-time umpan balik dari rekonstruksi 3D untuk para
ilmuwan memanipulasi instrumen.


Bidang Kelautan
Ocean Forecast : Para peneliti di Jet Propulsion Laboratory mengeksplorasi Pegasus WMS
untuk menjalankan ansambel perkiraan laut dari wilayah pesisir California. Model ini
menghasilkan sejumlah perkiraan harian untuk suhu air, salinitas, dan langkah-langkah
lainnya. Alur kerja perkiraan utama (ditunjukkan di bawah) mengkonsumsi sekitar 1.8GB
data dan menghasilkan output dari sekitar 8,7 MB.



Bidang Fisika
Laser Interferometer Gravitational Wave Observatory (LIGO) : Laser
Interferometer gravitasi Wave Observatory (LIGO) adalah percobaan fisika dalam
skala besar yang bertujuan untuk mendekteksi gelombang gravitasi. dengan
observatorium di Livingston, LA dan Hanford, WA. Misi observatorium adalah untuk
mendeteksi dan mengukur gelombang gravitasi.


Molecular Thermodynamics : Juan de Pablo, Molekuler Termodinamika dan
Kelompok Penelitian Statistik Mekanika di University of Wisconsin menggunakan
sumber daya komputasi yang disediakan oleh CHTC (http://chtc.cs.wisc.edu/) dan
Pegasus WMS untuk memprediksi gerakan benda makroskopik melalui simulasi dari
partikel mikroskopis.

Bidang Penerbangan
1. Apa yang pegasus ketahui ?
Pegasus memiliki akses ke data RLM yang berisikan informasi tentang perkiraan
keberangkatan dan kedatangan penerbangan yang baik serta dalam mengajukan rencana
penerbangan. Selain itu pegasus juga mempertahankan informasi tentang kedatangan
penerbangan yang mendarat sepanjang hari.
Karena para pengguna tidak selalu tahu maskapai dan nomor penerbangan mana yang
terbaik untuk penerbangan mereka. Karena pegasus memiliki informasi tentang jadwal
penerbangan, hal ini memungkinkan pengguna untuk bertanya tentang penerbangan antar
kota tiba dalam waktu tertentu. Setelah pengguna menemukan pencarian ke satu
penerbangan, kemudian sistem berkonsultasi status ke database realtime nya untuk
memberikan informasi kedatangan paling up to date kepada pengguna.
2. Bagaimana cara berbicara dengan pegasus ?
Ketika berbicara dengan pegasus, pengguna harus memperhatikan point khusus untuk
gaya bicara, suara, dan lain lain. Berikut adalah beberapa contoh dialog dengan sistem
pegasus :
Pengguna : apakah anda bisa memberitahu saya tentang status penerbangan dari
maskapai A.
Pegasus : penerbangan maskapai A dari kennedy tiba ke Los Angeles pada pukul
11:43 waktu setempat. Ini 47 menit lebih cepat dari jadwal penerbangan.
Apa lagi yang anda ingin tahu ?
Pengguna : apakah ada penerbangan dari chicago ke boston tiba pada siang hari ?
Pegasus : ada 2 penerbangan dari chicago tiba di boston pada pukul 12:00 waktu
setempat, yaitu maskapai A yang dijadwalkan tiba pada pukul 11:53 dan
maskapai B yang dijadwalkan tiba pada pukul 11:59 waktu setempat.
Silahkan pilih salah satu.
Pengguna : maskapai yang kedua apakah tiba tepat waktu ?
Pegasus : maskapai B dari Ohare mendarat di boston pada pukul 11:42 waktu
setempat, 17 menit lebih cepat dari jadwal. Apakah ada sesuatu yang lain
yang anda ingin ketahui ?
3. Bagaimana cara memanggil pegasus ?
Berikut adalah beberapa petunjuk dasar :
1. Ketika anda menelpon, anda akan terhubung dengan pegasus (koneksi akan memakan
waktu sekitar 5 detik). Dan sistem akan menyambut anda dengan sesuatu seperti
selamat datang di pegasus, MIT Lab Sains Komputer dan layanan informasi
keberangkatan penerbangan. Apakah ada yang bisa saya dibantu ?
2. Setelah itu anda akan mendengar bunyi nada bip tinggi yang singkat, itu menunjukan
bahwa pegasus mulai mendengarkan pertanyaan yang akan anda ajukan. Sekarang
anda dapat mengajukan pertanyaan anda, misalnya apa status dari maskapai A,
bisakah anda memberi tahu saya tentang jadwal penerbangan dari Atlanta ke Miami ?
dan lain sebagainya.
3. Ketika anda selesai mengajukan pertanyaan maka anda akan medengar bunyi nada bip
rendah yang singkat, itu menunjukan bahwa mesin telah mendeteksi titik akhir dari
pertanyaan yang anda ajukan. Dalam proses menjawab anda akan disuguhkan dengan
pintasan musik sampai pegasus merespon pertanyaan anda. Jika respon yang
diberikan dirasa belum memenuhi dari pertanyaan anda maka ulangi pertanyaan anda
tapi dengan sedikit menurunkan kecepatan berbicara anda atau anda dapat
menyederhanakan permintaan anda. Sistem tidak akan merespon jika dalam
pertanyaan terdengar suara bising dan lain sebagainya.
4. Ketika pegasus telah merespon dengan baik, maka dia akan bertanya kembali seperti
apakah saya dapat membantu anda dengan sesuatu yang lain ?. ketika anda sudah
selesai anda hanya cukup menutup telfon saja.
5. Tapi jika pegasus tidak merespon, itu bisa dikarenakan orang lain juga sedang iktu
menggunakannya. Anda bisa menuggu beberapa menit dan mencobanya kembali. Dan
anda harus ingat bahwa ketika mengajukan pertanyaan atau pun permintaan anda
sedang direkam.
6. Harap diingat bahwa ini bukanlah produk melainkan prototipe dari sebuah riset. Kami
menyediakannya bertujuan untuk pengumpulan data. Dan cenderung melakukan
permintaan yang dinilai wajar.
4. Bagaimana pegasus bekerja ?
Selama panggilan pegasus menggunakan seperangkat teknologi yang memiliki
kemampuan berbicara dan dikembangkan oleh SLS group yang mengenali, memahami dan
menanggapi setiap permintaan dari pengguna. Untuk menemukkan informasi penerbangan
yang diminta, pegasus memiliki akses informasi yang selalu di update sepanjang hari oleh
RLM Software, Inc. Dengan menejemen dialaog yang terkendali, pegasus dapat membantu
pengguna menemukkan status penerbangan dari maskapai tertentu bahkan ketika pengguna
telah lupa nomor penerbangannya.

4. Kelebihan dari Pegasus
Berikut ini kelebihan dari sistem Pegasus antara lain seperti :
Portabilitas / Reuse - Pengguna workflow dibuat dengan mudah dapat dijalankan
dalam lingkungan yang berbeda tanpa perubahan. Pegasus saat menjalankan alur kerja
di atas Condor, Grid infrastrucutures seperti Grid Open Science dan TeraGrid,
Amazon EC2, Nimbus, dan cluster kampus. Alur kerja yang sama dapat dijalankan
pada sistem tunggal atau di satu set heterogen sumber daya.
Kinerja yang baik/ Performance - The mapper Pegasus dapat menyusun ulang,
kelompok, dan memprioritaskan tugas-tugas dalam rangka meningkatkan kinerja alur
kerja secara keseluruhan.
Skalabilitas - Pegasus dengan mudah dapat skala baik ukuran alur kerja, dan sumber
daya yang alur kerja didistribusikan melalui. Pegasus menjalankan alur kerja mulai
dari hanya beberapa tugas komputasi sampai 1 juta. Jumlah sumber daya yang terlibat
dalam melaksanakan alur kerja dapat disesuaikan dengan skala yang diperlukan tanpa
halangan terhadap kinerja.
Provenance - Secara default, semua pekerjaan di Pegasus yang diluncurkan melalui
proses kickstart yang menangkap asal runtime dari pekerjaan dan membantu dalam
debugging. Data asalnya dikumpulkan dalam database, dan data dapat diringkas
dengan alat seperti pegasus-statistik, pegasus-plot, atau langsung dengan query SQL.
Manajemen Data - Pegasus menangani replika seleksi, transfer data dan registrasi
output dalam katalog data. Tugas ini ditambahkan ke alur kerja sebagai pekerjaan
auxilliary oleh perencana Pegasus.
Keandalan - Jobs dan transfer data secara otomatis retried dalam kasus kegagalan.
Debugging alat seperti pegasus-analyzer membantu pengguna untuk men-debug alur
kerja dalam kasus non-dipulihkan kegagalan.
Pemulihan Kesalahan - Ketika terjadi kesalahan, Pegasus mencoba untuk
memulihkan bila mungkin dengan tugas mencoba kembali, dengan mencoba kembali
seluruh alur kerja, dengan menyediakan alur kerja tingkat checkpointing, dengan re-
mapping bagian dari alur kerja, dengan mencoba alternatif sumber data untuk
pementasan data, dan, ketika semuanya gagal, dengan menyediakan alur kerja
penyelamatan yang berisi deskripsi hanya pekerjaan yang masih harus dilakukan.

5. Kesimpulan
Pegasus merupakan suatu sistem kecerdasan buatan yang digunakan untuk pemodelan dan
visualisasi dalam berbagai bidang seperti bidang astronomi, bio informatika, kelautan, fisika
dan lain sebagainya. Dan pegasus memiliki komponen-komponen diantaranya mapper,
Engine Execution, task manager, monitoring component. Pegasus juga memiliki kelebihan
diantaranya :
1. portabilitas
2. skalabilitas
3. kinerja
4. provenence
5. manajemen data
6. keandalan
7. pemulihan kesalahan


workflows : Alur kerja ilmiah memungkinkan pengguna untuk dengan mudah
mengekspresikan tugas komputasi multi-langkah, misalnya mengambil data dari instrumen
atau database, memformat data, dan menjalankan analisis.
Grid : jaringan listrik
Precip adalah API manajemen exeperiment fleksibel untuk menjalankan percobaan pada
awan. Precip dikembangkan untuk digunakan pada infrastruktur FutureGrid seperti
OpenStack, Eucalyptus (> = 3.2), Nimbus, dan pada saat yang sama awan komersial seperti
Amazon EC2. API ini memungkinkan Anda untuk dengan mudah sumber daya penyediaan,
yang kemudian dapat dapat menjalankan perintah dan menyalin file ke / dari subset kasus
diidentifikasi oleh tag. Tujuan dari API adalah untuk menjadi fleksibel dan mudah digunakan
dalam skrip Python untuk mengontrol percobaan Anda.
Middleware : Termasuk didalamnya, web server, aplikasi server, web service. Dalam dunia
teknologi informasi Middleware merupakan suatu software yang dirancang untuk `
menghubungkan beberapa proses pada satu atau lebih mesin untuk dapat saling
berinteraksi pada suatu jaringan. Seperti data customer yang harus dapat dibaca oleh bagian
customer service dan akuntansi. Data hasil pengembangan perlu dapat dibaca juga oleh
bagian manajemen. Hal ini semakin terasa ketika sistem tersebar menjadi semakin besar dan
bervariasi.
The Extreme Science and Engineering Discovery Environment : semacam sistem virtualisasi.
RNA : mirip seperti DNA