GENETIKA II

Arif Lailatul Faricha/120342422474/OFF. G-E/KEL.2

Yuslinda Annisa/120342400166/OFF. G-Z/KEL.2
BAB 10: BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI
Rekombinasi Spesifik Tapak
Rekombinasi spesifik tapak adalah peristiwa rekombinasi yang selalu terjadi pada
tapak-tapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu. Contoh peristiwa
rekombinasi spesifik tapak yakni pada integrasi DNA fag ke genome E.coli, dimana telah
diketahui bahwa tapak attP dan attB pada genome E. coli merupakan hasil evolusi yang
sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang dikode oleh gen ini dan xis
pada genom fag, sehingga peristiwa integrasi fag hampir selalu terjadi pada tapak attB yang
terletak antara lokus gal dan bio. Jika tapak attB mengalami delesi maka integrasi profag
akan terjadi pada tapak-tapak lain dalam frekuensi rendah.
Rekombinasi Spesifik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Peristiwa pindah silang umumnya mempertahankan susunan urut-urutan DNA pada
kromosom-kromosom homolog, dan juga memanfaatkan semacam proses rekombinasi yang
tertata secara teliti untuk menata kembali urutan DNA. Penataan kembali dilakukan dengan
pemindahan segmen-segmen DNA dengan bantuan rekombinasi spesifik tapak yang
berakibat pada keberagaman gen atau perangkat gen yang diekspresikan. Contoh fenomena
ini berkaitan dengan pembentukan banyak gen antibodi hasil penataan DNA spesifik tapak
pada perangkat urut-urutan prekursor.
Rekombinasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen
Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada suatu molekul DNA yang sama
berakibat pada terlepasnya segmen antara atau terjadi inversi segmen antara. Terkadang sel
memanfaatkan inversi hasil rekombinasi dalam rangka memilih antara dua susunan DNA
yang memungkinkan dua protein atau perangkat protein diekspresikan. Mekanisme ini sering
terjadi pada pengaturan protein yang tampak pada bagian luar makhluk hidup, misal: protein
Mu (mutator) fag yang diatur segmen gin yang bersifat tidak dapat balik serta antigen flagel
Salmonella.
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak
Fungsi vital fenomena pindah silang berkenaan dengan perbaikan kerusakan DNA.
Peristiwa rekombinasi perbaikan kerusakan DNA diawali dengan upaya penutupan celah
pada molekul DNA dimana dilakukan dengan mengisi celah tersebut dengan DNA yang
GENETIKA II
berasal dari satu unting pasangan homolognya. Pada celah yang sangat sederhana dapat diisi
oleh enzim polimerase DNA.
Rekomendasi tidak selalu bersifat respiprok pada tapak pindah silang: Konversi gen
Rekombinasi dapat terjadi antara tapak-tapak berdekatan pada gen yang sama, maka
dapat ditemukan perkecualian bahwa rekombinasi tidak selalu bersifat resiprok. Rekombinasi
yang tidak resiprok sering ditemukan, terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen
yang sama, disebut sebagai konversi gen atau gen converslon. Konversi gen merupakan
akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks
selama proses pemutusan atau penyambungan. Fenomena konversi gen ini paling baik dikaji
misalnya pada khamir atau pada Neurpspora.
Rekombinasi Illegitimate (I llegitimate Recombination)
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekul
DNA yang non homolog. Mekanisme rekombinasi illegitimate tidak sama dengan mekanisme
rekombinasi umum (lazim) dan macam rekombinasi itu juga tidak mebutuhkan fungsi protein
recA, recB, dan recC. Rekombinasi illegitimate berkenaan dengan insersi elemen
transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen. Pada peristiwa tersebut urut-
urutan DNA lokus tersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is. Akibat
rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu
atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang dilakukan oleh elemen Is kedalam berbagai
lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E coli yang terbukti menimbulkan mutasi-mutaso
sehingga mengganggu metabolisme galaktose.
Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA
Rekombinasi independen atau tidak terkait dengan peristiwa replikasi DNA, bila
dua genotip fag misalnya a
+
dan b
+
dalam jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu
sel inang yang tumbuh pada medium ringan, pengamatan terhadap genotif partikel fag-fag
yang tidak berreplikasi, menunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ++ dari
memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip induk dapat berlangsung secara
independen terhadap replikasi DNA.




GENETIKA II
BAB 11: TRANSFORMASI BAKTERI
Transformasi adalah suatu proses transfer genetik dengan bantuan potongan DNA
ekstraseluler. Transformasi bakteri pertama kali diamati oleh F.Griffith dan Oswald Avery
dkk. yang membuktikan bahwa DNA bertanggung jawab terhadap perubahan genetik yang
terjadi akibat transformasi.
Transformasi Alami dan Transformasi Buatan
Pada transformasi alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secaraalami
sehingga mengalami transformasi secara genetik, contohnya Bacillus subtilis. Sedangkan
transformasi buatan, secara genetic bakteri diubah terlebih dahulu agar memungkinkan
mengalami transformasi, contohnya E. coli. Spesies yang dapat mengalami transformasi
adalah yang memiliki mekanisme enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilam
fragmen DNA maupun proses rekombinasi.
Proses Transformasi
Proses transformasi berlangsung pada beberapa tahap.
Tahap 1 : Molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat
dipermukaan sel.
Tahap 2 : Pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible.
Tahap 3 : Konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul
tunggal melalui degradasi nukleotida.
Tahap 4 : Integrasi seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut kedalam
kromosom resipien.
Tahap 5 : Segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
Pada transformasi ukuran fragmen DNA donor mencapai sekitar 20.000 pasang nukleotida,
dan ukuran minimum fragmen DNA donor dibutuhkan sekitar 500 pasang nukleotida.
Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi
Rekombinasi transformasi pada bakteri dapat dimanfaatkan untuk pemetaan
kromosom bakteri. Secara operasional transformasi dapat digunakan untuk mengungkap
pautan gen, urutan gen, dan jarak peta atau jarak gen. Berdasarkan pada pemetaan gen pada
kromosom bakteri, dapat diperoleh suatu peta lokasi fisik relatif gen-gen sepanjang molekul
DNA. peluang kontraformasi dari dua gen dapat dihubungkan dengan ukuran molekuler
DNA pentransformasi. Dengan menghubungkan frekuensi kontransformasi dengan ukuran
rata-rata DNA pentransformasi, dapat mengungkap peta fisik gen.


GENETIKA II
BAB 12: TRANSDUKSI PADA BAKTERI
Transduksi adalah rekombinasi genetik pada bakteri yang diperantarai oleh fag.
Transduksi terjadi setelah suatu partikel fag terlebih dahulu membawa sebuah kromosom dari
satu bakteri (donor) ke bakteri lain (resipien).
Fag Virulen dan Virulen Sedang
Fag yang terlibat dalam transduksi bersifat virulen maupun virulen sedang. Fag
virulen memperbanyak diri dan memecahkan (merobekkan) sel inang setelah infeksi. Fag
virulen sedang memiliki dua pilihan setelah infeksi yaitu siklus litik atau jalur lisogenik.
Selama siklus litik, fag melakukan reproduksi dan memecah sel inang. Sedangkan selama
siklus lisogenik kromosom fag diintegrasikan ke dalam kromosom inang dan bereplikasi
seperti halnya segmen-segmen kromosom inang yang lain.kromosom fag yang terintegrasi
dengan kromosom sel inang disebut profag.

Gambar : Siklus hidup bakteri secara litik dan lisogenik (Snustad, 2012)
Macam Transduksi
Transduksi dibedakan menjadi dua tipe, yaitu transduksi umum dan transduksi khusus
atau transduksi terbatas.
Transduksi Umum
Pada transduksi umum, potongan DNA bakteri yang dipindahkan fag ke sel resipien
merupakan potongan acak dan tidak diintegrasikan pada tapak-tapak perlekatan khusus. Fag
yang memindahkan potongan DNA bakteri pada transduksi umum merupakan fag virulen dan
GENETIKA II
virulen sedang. Data kotransduksi pada transduksi umum dapat dimanfaatkan untuk menaksir
jarak antar gen.

Gambar : transduksi umum
Berkenaan dengan transduksi umum tersebut, setelah suatu fag pentransduksi menyuntikkan
sebuah fragmen DNA inang ke dalam sel resipien, fragmen tersebut dapat terintegrasi ke
dalam kromosom inang atau tidak terintegrasi dan tetap berada bebas dalam sitoplasma.
Transduksi Khusus
Pada transduksi khusus, potongan DNA bakteri yang dipindahkan fag ke sel resipien
merupakan potongan khusus tertentu. Fag yang memindahkan potongan DNA merupakan fag
khusus. Integrasi kromosom fag yang membawa kromosom bakteri itu juga terjadi pada
tapak-tapak perlekatan khusus. Fag yang memindahkan potongan DNA bakteri pada
transduksi khusus tergolong fag yang bersifat virulen sedang.
Integrasi kromosom fag semacam yang melakkukan transduksi khusus diperantarai
atau terjadi melalui rekombinasi antara bentukan kromosom fag intraseluler yang sirkuler di
satu pihak dengan kromosom bakteri yang juga tergolong sirkuler. Peristiwa rekombinasi itu
terjadi pada tapak pelekatan khusus di kedua kromosom terkait. Peristiwa rekombinasi
spesifik tapak itu menyebabkan terjadinya insersi linier kovalen kromosom fag ke dalam
kromosom bakteri.
GENETIKA II

Gambar : bagan inisiasi dan eksisi kromosom fag .
PERTANYAAN
1. Bagaimana mekanisme perbaikan molekul DNA yang rusak pada peristiwa
rekombinasi?
Jawab:
Peristiwa rekombinasi itu berawal dari penutupan suatu celah pada molekul DNA.
Dalam hal ini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu unting pasangan
homolog. Celah tersebut terbentuk ketika replikasi terhenti pada tapak yang
menggandeng bagian yang cacat, replikasi dimulai lagi beberapa saat setelah itu,
informasi genetik pada tempat cacat hilang dari kedua unting DNA dan dapat
dibetulkan/dipulihkan hanya melalui dengan cara membuanya melalui rekombinasi
dari suatu duplex hemolog.
2. Bagaimana letak penanda genetik pada kromosom donor?
Jawab:
Letak penanda-penanda genetik pada kromosom donor yang digunakan saling
berdekatan satu sama lain, dan selalu terletak pada fragmen DNA yang berlainan. Jika
letak penanda-penanda genetik berjauhan, maka penanda-penanda itu tidak akan
pernah terbawa molekul DNA pentransformasi yang sama.
GENETIKA II
3. Jelaskan perbedaan antara transduksi umum dan transduksi khusus!
Jawab:
- Pada transduksi umum, potongan DNA bakteri yang dipindahkan fag ke sel
resipien merupakan potongan acak dan tidak diintegrasikan pada tapak-tapak
perlekatan khusus. Fag yang memindahkan potongan DNA bakteri pada
transduksi umum merupakan fag virulen dan virulen sedang.
- Pada transduksi khusus, potongan DNA bakteri yang dipindahkan fag ke sel
resipien merupakan potongan khusus tertentu. Fag yang memindahkan potongan
DNA merupakan fag khusus. Integrasi kromosom fag yang membawa kromosom
bakteri itu juga terjadi pada tapak-tapak perlekatan khusus. Fag yang
memindahkan potongan DNA bakteri pada transduksi khusus tergolong fag yang
bersifat virulen sedang.
4. Jelaskan mekanisme represi gen-gen litik pada kromosom virus!
Jawab:
Mekanisme represi terjadi dalam sistem sirkuit represor-represor-promotor, mirip
pada operon bakteri. Gen C
1
fag mengkode protein represor yang mempunyai berat
molekul 27.000. dalam kondisi dimer atau tetramer protein represor itu berikatan
dengan kedua daerah operator yang mengontrol transkripsi gen-gen yang terlibat
pada pertumbuhan litik. Pengikatan protein tersebut menghalangi polimerase RNA
berikatan dengan kedua promoter sehingga tidak dapat mengkatalisasi proses
transkripsi.