Antigen asing yang disintesis diluar sel APC, seperti protein bakteri dan antigen
larut yang diberikan ke individu, pertama diikat oleh APC dan kemudian
diendositosis. Selanjutnya, didegradasi, dan fragmen yang dihasilkan akan diikat
oleh MHC kelas II, yang kemudian akan diekspresikan pada permukaan sel APC,
dan akan dikenal oleh sel T yang dibatasi oleh MHC kelas II.
Antigen asing yang disintesis di dalam sel, seperti protein viral dan antigen
tumor, juga diproses, tetapi mereka masuk ke kompartemen intraseluler yang
berbeda dari yang sudah diendositosis. Peptida yang dihasilkan akan diikat oleh
molekul MHC kelas I (ada juga yang diikat molekul MHC kelas II), yang kemudian
akan diekspresikan pada permukaan sel APC, dan akan dikenal oleh sel T yang
dibatasi oleh MHC kelas I.