Preface

Biologi molekuler merupakan disiplin ilmu yang perkembangannya sangat

cepat. Hampir semua sisi kehidupan manusia kini bersinggungan dengan
biologi molekuler dari pangan, energi, sampai dunia pengobatan. Obat-obat
yang ada sekarang utamanya memiliki target tertentu yang bertangung
jawab pada perkembangan suatu penyakit. Target obat umumnya adalah
reseptor, juga enzim, kanal ion, dan transporter.
Mempelajari transkripsi dan translasi merupakan bagian dasar dari proses
pemahaman ekspresi gen. Bagaimana gen-gen yang ada tubuh kita
terekspresi, sistem regulasi yang superketat akan dipelajari di kuliah kali ini.
Banyak obat yang bekerja pada reseptor tertentu seperti antibiotik, oncology
pipeline, dan masih banyak lagi. Sehingga mahasiswa farmasi setelah
mengikuti kuliah ini bisa banyak bicara tentang mekanisme aksi obat sampai
level molekuler.
Pada bagian terakhir akan disinggung tentang perkembangan bioinformatika
yang ledakannya juga luar biasa. Segala informasi biologis setelah selesainya
Human Genome Project memicu munculnya databased dan analyzer yang
jumlahnya kian banyak. Dengan kemampuan konsep from gene to protein
diharapkan kita bisa menganalisis ekspresi
gen dengan memanfaatkan informasi yang banyak tersedia di internet.

Yogyakarta, 28 Maret 2011

Sarmoko

Biologi Molekuler
2011

FROM GENE TO PROTEIN: TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Oleh: Sarmoko

OVERVIEW
Biologi molekuler merupakan suatu ilmu yang mempelajari fenomena biologis
pada aras molekuler. Sejak ditemukannya struktur DNA oleh Watson dan Crick
(Gambar 1), ilmu ini berkembang dengan sangat pesat. Hal ini terjadi karena hampir
semua peristiwa fenomena biologis saat ini, dituntut untuk bisa dijelaskan sampai level
molekuler. Ketika mendengar kata level molekuler berati sampai level DNA, RNA,
protein dan sebagainya. Sebagai contoh, mekanisme kerja obat sekarang tidak cukup
jika hanya dijelaskan sampai level seluler namun sudah bisa dijelaskan sampai level
DNA. Pada masa kini, seorang apoteker dituntut untuk bisa menjelaskan mekanisme
obat sampai level molekuler. Bahkan, ilmu-ilmu yang ada sekarang makin menyempit
ke arah molekuler, misal Farmakologi Molekuler, Toksikologi Molekuler, dan
Farmakoepidemiologi Molekuler. Empat ilmu di atas, memerlukan landasan ilmu
Biologi Molekuler yang kuat.

Gambar 1. Struktur double helix DNA. Struktur DNA dikemukakan oleh Watson dan
Crick pada tahun 1965, mereka menyatakan bahwa model struktur DNA adalah untai
ganda, dengan orientasi yang berlawanan (antiparalel), rantai 1 membentuk arah 5
3, berpasangan dengan rantai dengan arah 3
5. Kedua rantai berikatan dengan
ikatan hidrogen antara basa A=T (2 ikatan H), dan G=C (3 ikatan H). Visionlearning,
Inc.

3
FARMASI
UNSOED

Dogma Sentral Biologi Molekuler

Salah satu hallmark (penanda/karakteristik) dari suatu kehidupan yaitu
reproduksi. Informasi genetik dari suatu sel dengan segala keunikannya tentunya
harus dapat diturunkan

ke

anakannya. Informasi gentik

(genom) disimpan

menggunakan asam nukleat, yaitu DNA. Asam nukleat ini mampu menyimpan
sejumlah besar informasi secara stabil hanya melalui 4 macam yakni adenin (A),
sitosin (C), guanin (G) dan timin (T), yang tersusun menjadi rantai DNA. Informasi
yang disimpan DNA tersebut akan diduplikasikan saat terjadi pembelahan sel
(REPLIKASI) dan akan disalin menjadi mRNA (TRANSKRIPSI), yang selanjutnya RNA
yang terjadi tersebut akan ditranslasikan menjadi urutan asam amino dari protein
(TRANSLASI). Proses tersebut dinyatakan sebagi Dogma Sentral dari biologi
molekuler (Gambar 2).

Gambar 2. Dogma sentral biologi molekuler. (1) DNA ditranskripsi oleh enzim RNA
polymerase menjadi mRNA, (2) mRNA yang terbentuk mengalami proses pasca-transkripsi
berupa pembuangan intron sehingga menjadi RNA mature, (3) mRNA ditranslasi menjadi
urutan asam amino/protein yang terjadi di sitosol, (4) DNA diperbanyak melalui proses replikasi
melibatkan ezim DNA polymerase.

Gen memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen tidak
membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein
adalah RNA. Kita ketahui bahwa RNA secara kimiawi serupa dengan DNA, kecuali
RNA mengandung ribosa, bukan deoksiribosa sebagai gulanya. Sedangkan untuk
basa nitrogen pada RNA adalah urasil (U), bukan timin (T). Dengan demikian, setiap
nukleotida di sepanjang untai DNA memiliki deoksiribosa sebagai gulanya dan A, G, C,
T sebagai basanya. Sedangkan pada RNA memiliki gula ribose dan A, G, C, U
sebagai basanya.
Aliran informasi genetik mirip dengan urutan-urutan huruf tertentu yang
menyampaikan informasi dalam bahasa tulisan. Pada DNA atau RNA, monomernya
merupakan keempat jenis nukleotida yang berbeda dalam basa nitrogennya. Gen
biasanya panjangnya mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing-masing
memiliki urutan basa yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki
monomer yang tersusun pada struktur primer, tetapi monomernya adalah ke-20 asam
amino tersebut. Dengan demikian, asam nukleat dan protein berisi informasi yang
ditulis dalam dua bahasa kimia yang berbeda (Gambar 3). Untuk beralih dari DNA,
yang ditulis dalam satu bahasa, ke protein, yang ditulis dalam bahasa lain,
membutuhkan dua tahapan utama yaitu transkripsi dan translasi.

Gambar 3. Ilustrasi aliran informasi genetik yang ditulis dalam dua bahasa kimia yang
berbeda

Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan template DNA. Kedua asam

nukleat menggunakan bahasa yang sama dan informasinya tinggal ditranskripsi
(disalin) dari satu molekul ke molekul yang lain. Persis sebagai mana saat proses
replikasi, untai DNA menyediakan suatu cetakan (template) untuk sintesis untai
komplemen terbaru, pada transkripsi juga disediakan template untuk menyusun RNA.

Molekul RNA yang dihasilkan merupakan transkrip penuh dari perintah pembangun
protein dari gen tersebut. Jenis molekul RNA ini disebut RNA messenger (mRNA).
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang terjadi
berdasarkan arahan mRNA. Selama tahapan ini terjadi perubahan bahasa, sel
menerjemahkan (mentranslasi) urutan basa molekul mRNA ke dalam urutan asam
amino polipeptida. Tempat translasi adalah ribosom yang terletak di sitoplasma.
Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariot
dan eukariot, namun terdapat perbedaan penting dalam aliran informasi genetik di
tersegregasi dari
dalam sel. Karena bakteri tidak memiliki nukleus, DNA-nya tidak
ribosom dan perlengkapan pensintesis-protein lainnya. Transkripsi dan translasi
dipasangkan dengan ribosom menempel pada ujung depan molekul mRNA sewaktu
berlangsung. Sebaliknya, dalam sel eukariotik, selubung
transkripsi masih terus
nukleus memisahkan transkripsi dan translasi dalam ruang dan

waktu. Transkripsi

terjadi di nukleus dan mRNA dikirim ke sitoplasma di mana terjadi translasi (Gambar
4). Tetapi sebelum mRNA meninggalkan nukleus, transkrip RNA dimodifikasi dengan
berbagai cara untuk menghasilkan mRNA yang fungsional. Dengan demikian, pada
pre-mRNA, dan
proses 2 langkah ini, transkrip gen eukariotik menghasilkan
pemrosesan RNA menghasilkan mRNA akhir.

Gambar 4. Lokasi terjadinya transkripsi dan translasi pada eukariot. Transkripsi terjadi di
nukleus dan mRNA dikirim ke sitoplasma di mana terjadi translasi. Gen memprogram sintesis
protein melalui pesan genetik dalam bentuk mRNA. Dengan kata lain, sel diatur oleh rantai
perintah molekuler: DNA
RNA
protein.

FARMASI
UNSOED

TRANSKRIPSI

Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA.
Mekanisme dasar sintesis RNA
Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:
1. Faktor-faktor pengendali transkripsi menempel di bagian promoter, misalnya
RNA polimerase (Inisiasi).
2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promoter complex). Tidak
seperti replikasi di mana DNA benar-benar dibuka, pada transkripsi pilinan
DNA dibuka namun masih tetap di dalam RNA polimerase.
3. RNA polimerase membaca DNA cetakan (template) dan mulai melakukan
pengikatan nukleotida yang komplementer (Elongasi).
4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai
dengan lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi).
Walaupun tahapan-tahapan yang terjadi sama antara eukariot maupun
prokariot, namun ada perbedaan fundamental dalam hal struktur gen, faktor-faktor
pengendali, mekanisme serta regulasi. Meskipun ada perbedaan, namun secara
umum pola mekanisme sintesis RNA serupa. Baik pada eukariot maupun prokariot,
PRINSIP yang harus di pegang adalah:
1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam ribonukleotida: 5-trifosfat ATP,
GTP, CTP, dan UTP (tidak ada timin pada RNA).
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama dengan replikasi DNA yaitu
dengan arah 5

3 (5-PO4 ke 3-OH).

3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template
(Gambar 5).
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai.
5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.

7
FARMASI
UNSOED

DNA template

Gambar 5. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template.
RNA polimerase bekerja dengan membaca template dengan arah 3 5, namun sintesis
mRNA adalah dari 5 3.

Faktor-faktor pengendali transkripsi, salah satunya adalah Faktor Transkripsi.

Terdapat lebih dari 50 protein berbeda dari faktor transkripsi berikatan pada situs
promoter, umumnya pada sisi 5 dari gen yang akan ditranskrip. Kemudian, enzim
RNA polimerase berikatan ke kompleks dari Faktor Transkripsi, bekerja sama untuk
membuka DNA. RNA polimerase bekerja dengan membaca template dengan arah 3
5, namun sintesis mRNA adalah dari 5 3 . RNA polimerase berjalan sepanjang
template DNA, membangun ribonukleotida yang disuplai dari bentuk trifosfat dengan
prinsip pasangan basa. Ketika bertemu G, maka pada RNA dimasukkan C, G-C, T-A,
A-U (U, dari uridine triphosphate, UTP). Tidak ada T pada RNA. Ketika transkripsi
selesai, transkrip (mRNA) dilepaskan dari polimerase dan polimerae lepas dari DNA.

Transkripsi pada Prokariot

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal
operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Masing-masiang gen
structural mempunyai kodon inisasi dan kodon terminasi, tetapi

ekspresinya

dikendalikan oleh satu promoter yang sama (Gambar 6). Pada waktu ditranskripsi,
operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode genetik untuk 3
polipeptida berbeda, disebut dengan mRNA polisistronik. Masing-masing polipeptida
akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang sama.

Gambar 6. Organisasi operan lac pada E. coli. Operon lac punya 3 gen struktural yaitu lac Z
(mengkode -galaktosidase), lac Y (mengkode permease) dan lac A (mengkode transasetilase). Masing-masing dari gen mempunyai start codon dan stop codon sendiri-sendiri,
namun ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter (p) yang sama. Operator (o) adalah
bagian dari promoter tempet penempelan protein repressor yang dikode oleh gen I. Catabolite
activator protein (CAP). AUG adalah start kodon (materi ini akan dijelaskan lebih dalam setelah
mid semester.

Struktur Gen Prokariot

Gen prokariot secara tersusun atas promoter, gen struktural, dan terminator
(Gambar 7).

Gambar 7. Struktur gen prokariot

Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan

transkripsi gen struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural
gen. Fungsi promoter adalah sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase
yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian gen struktural. Salah satu bagian
penting promoter disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida -10 dan -35.
Oleh karena urutan consensus pada Pribnow box adalah TATAAT, maka seringkali
disebut juga TATA box. Pribnow box berperanan dalam mengarahkan enzim RNA
polymerase sehingga arah transkripsinya adalah dari ujung 5

3. Selain itu, daerah

ini merupakan tempat pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promoter
yang yang terbuka.

Operator, merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan

bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau
penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator maka RNA
polimerase tidak bisa jalan dan ekspresi gen tidak bisa berlangsung. Selain adanya
supresor ada juga enhancer. Jika supresor untuk menghambat, kebalikannya
enhancer berfungsi meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA
polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yang spesifik, ada yg jauh di upstream
atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
Coding Region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan
nukleotida RNA. Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai
kodon stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequences atau intron, yang tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa
ekson (urutan nukleotida yang mengkode asam amino). Tidak semua gen mengkode
urutan asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Gen dibagi menjadi
3 kelompok yaitu gen yang mengkode protein, gen yang mengkode RNA ribosom
(rRNA) dan gen yang mengkode transfer-RNA (tRNA). Gen yang mengkode rRNA dan
tRNA hanya akan ditranskripsi dan tidak pernah ditranslasi karena yang diperlukan
dalam proses ekspresi genetic adalah molekul RNA-nya. rRNA digunakan untuk
menyusun ribosom (tempat sintesis protein) sedangkan tRNA berfungsi membawa
molekul asam amino spesifik yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida dalam
proses sintesis protein.
Terminator, adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen structural.
Fungsinya adalah memeberikan signal

pada enzim

RNA polymerase agar

menghentikan proses transkripsi. Signal terminasi dicirikan oleh struktur jepit

rambut/hairpin dan lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada
molekul RNA hasil transkripsi.
RNA Polimerase, merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi.
Susunan lengkap adalah 2 disebut holoenzim, jika tidak ada dan hanya
ada 2 disebut core-enzyme. Fungsi subunit-subunit tersebut adalah: = diduga
berfungsi dalam penyusunan enzim, = berfungsi dalam pengikatan nukleotida, =
berfungsi dalam penempelan DNA, = berfungsi untuk mengarahkan agar RNA
polimerase menempel pada promoter.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Inisiasi. Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim
pada bagian promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor
yang mampu menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA
polymerase adalah pesawat, faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah
bandaranya. Pada prokariot, RNA polymerase menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter tanpa melalui ikatan dengan protein lain (pada eukariot protein
pembantu dibutuhkan sangat banyak !!).
Kemudian, bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk
struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah
penggabungan beberapa nukleotida awal sekitar 10 nukleotida. Basa-basa RNA yang
digabung membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah
pelepasan subunit setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. Terjadi
perubahan konformasi holoenzim jadi core enzyme (tanpa faktor ). Faktor
selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi selanjutnya (dapat
digunakan oleh enzim inti RNA polimerase lain) (Gambar 8).

Gambar 8. Proses inisiasi transkripsi pada prokariot. Faktor sigma membantu mengenali
promoter suatu gen.

Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul

RNA yang baru terbentuk dengan arah 5

3 pada ikatan fosfodiester (Gambar 9).

Nukleotida RNA yg ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA

cetakan.

Gambar 9. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3 menyerang

posphat pada posisi 5 melepas 2P dan molekul H2O membentuk ikatan fosfodiester yang
stabil.

Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

1. Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan
protein khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada
bagian terminator. Ciri urutan adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang
kaya akan basa GC. Akibat struktur itu, RNA polimerase berhenti dan
membuka bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. Sisa hibrid merupakan
urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan A (dA)
ikatan hidrogen hanya 2 buah, akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA hasil
transkripsi lepas.
2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada
RNA transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah
terminator. Faktor rho membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga
akhirnya RNA terlepas.

12
FARMASI
UNSOED

TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Struktur gen
Gen-gen pada eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang
dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukariot tidak dikenal
namanya operon karena satu gen structural dikendalikan oleh satu promoter. Secara
umum hampir sama sama prokariot yaitu adanya promotor, bagian struktural dan
terminator. Bagian yang membedakan adalah pada bagian struktural gen. Bagian
struktural/coding region pada eukariot ada bagian intron dan ekson (Gambar 10).
Intron (intervening sequences) merupakan sekuens yang tidak mengkode asam
amino. Bagian ini akan dibuang saat RNA processing. Ekson merupakan sekuen yang
dikode menjadi asam amino (Gambar 10).

Gambar 10. Bagian struktural gen eukariot

Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot

RNA polimerase pada eukariot bermacam-macam yaitu RNA polimerase I
(mentranskrip gen kelas I yaitu gen rRNA kecuali 5S rRNA), RNA Polimerase II
(mensintesis mRNA dan small nulear RNA/snRNA yang diperlukan pada saat RNA
splicing) dan RNA polymerase III (mentranskrip gen kelas III yaitu tRNA, 5S rRNA).
Pada bab ini hanya dijelaskan RNA polimerase II karena terlibat pada transkripsi
semua gen.

Berbeda dengan prokariot, RNA polymerase eukariot tidak menempel secara

langsung pada DNA di daerah promoter namun melalui perantaraan protein-protein
lain disebut faktor transkripsi/transcription factor (TF). TF ada 2 macam yaitu ada
yang umum dan ada yang khusus. TF umum berfungsi mengarahkan RNA polymerase
ke promoter. TF umum meiputi TFIIA, B, D, E, F, H, J (transcription factors regulating
RNA pol II). Penempelan RNA polymerase [ada promoter oleh daktor transkripsi umum
hanya menghasilkan transkripsi pada aras dasar (basal level). Pengaturan yang lebih
spesifik dilakukan oleh FT yang khusus untuk suatu gen.
Promoter eukariot sangat beragam dan sulit untuk dikarakterisasi. Basal
promoter

elements

dikenal dengan

TATA-box

dan

CCAAT-box,

dinamakan

berdasarkan sekuen motifnya (Gambar 11). TATA-box berada pada 20 sampai 30

basa upstream dari transcriptional start site dan ini sama dengan sekuen pada
T

prokariot atau Pribnow-box (sekuen konsensusnya adalah TATAAA, TATA /AA /A,
T

dimana /A menandakan basa yang mungkin ditemukan pada posisi tersebut). TFIID
adalah faktor transkripsi pertama yang secara langsung berikatan dengan TATA box
dan penempelan ini mengarahkan faktor transkripsi lainnya dan RNA polymerase II
untuk mengenali promoter. TFIID sebenarnya merupakan kompleks protein yang terdiri
dari protein pengikat kotak TATA (TATA-box binding protein, TBP) dan TAF (TBPassociated factors). CCAAT-box terdapat pada posisi -100. CCAAT-box diketahui
mengikat protein FT CCAAT-binding transcription factor (CTF) dan CCAAT-enhancerbinding protein (C/EBP).

Gambar 11. Struktur umum dari gen eukariot

Ada banyak regulator lain pada urutan gen, yaitu tempat berikatannya berbagai
faktor transkripsi (Gambar 12). Urutan regulator ini sebagian besar adalah terletak hulu
(5') dari situs inisiasi transkripsi, meskipun beberapa elemen terjadi hilir (3') atau
bahkan di dalam gen itu sendiri. Jumlah dan jenis elemen regulator ditemukan
bervariasi tiap masing-masing gen. Kombinasi yang berbeda dari faktor transkripsi ini

memberikan efek yang berbeda. Berbagai jenis sel mengekspresikan kombinasi

karakteristik dari faktor transkripsi, dan ini menghasilkan mekanisme utama untuk
kekhususan tipe sel dalam regulasi ekspresi gen.

Gambar 11. Struktur bagian upstream gen eukariot. Dihipotesiskan terdiri dari 2 ekson dan
1 intron. Diagaram menunjukkan adanya TATA-box dan CCAAT box basal element masingmasing pada posisi -25 dan -100. FTIID terlihat berikatan dengan TATA-box binding protein,
TBP. [CREB = cAMP response element binding protein] [C/EBP = CCAAT-box/enhancer
binding protein]. Lingkaran besar hijau menggambarkan RNA polymerase II.
Source:
http://themedicalbiochemistrypage.org/generegulation.html

Tabel 1. Eukaryotic promoter elements

Kebanyakan walau tidak semua, CAAT dan GC-box berlokasi antara -200 dan -70. N = any (A,
T, C, atau G), Py (pirimidin = C atau T). Penghilangan atau mutasi pada GC box dapat
menghilangkan aktivitas promoter. Selain sekuen di atas, GC box juga mempunyai sekuen
CCGCCC.
Table 2. Daftar Beberapa Faktor Transkripsi
Faktor
transkripsi
MYC and MAX

Sequence Motif

Komentar

CACGTG

FOS and JUN

TGA /GT /A A

MYC pertama kali diidentifikasi sebagai

onkogen retrovirus; MAX secara khusus
bergabung dengan MYC di sel
Keduanya pertama kali ditemukan sebagai
onkogen retrovirus; bergabung di sel,
dikenal juga sebagai faktor transkripsi AP1

CREB

C C

TGACG /T /A /A

Terikat pada cAMP response element

(CRE); family minimal ada 10 factor
transkripsi hasil dari gen yang berbeda

ERBA; also TR
(thyroid
hormone
receptor)
ETS
GATA
MYB
MYOD
NFB and REL

RAR (retinoic
acid receptor)
SRF (serum
response
factor)

atau alternative splicing; dapat membentuk

dimer dengan JUN
GTGTCAAAGGTCA
Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
retrovirus; member of the steroid/thyroid
hormone receptor superfamily; binds
thyroid hormone
G A
A
T
Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
/C /CGGA /T G /C
retrovirus; mendominasi pada sel B dan T
T
Family dari erythroid cell-specific factors,
/AGATA
GATA-1 sampai -6
T
G
Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
/C AAC /TG
retrovirus; hematopoietic cell-specific
factor
CAACTGAC
master kontrol diferensiasi sel otot
A
T
(1)
kedua faktor diidentifikasi secara
GGGA /CTN /CCC
independen; REL pertama kali
diidentifikasi sebagai onkogen retrovirus;
mendominasi dalam sel B-dan -T
ACGTCATGACCT
mengikat pada elements disebut RAREs
(retinoic acid response elements) juga
mengikat situs JUN/FOS
GGATGTCCATATTAGGACATCT Terdapat banyak dalam gen yang
diinduksi oleh faktor-faktor pertumbuhan
yang ada pada serum

Daftar ini hanya mewakili ribuan dari faktor transkripsi yang telah diidentifikasi. N
menandakan
segala macam basa dapat menduduki posisi ini.

Proses pemanjangan transkrip berlangsung sama seperti pada prokariot.

Proses ini akan berlangsung sampai RNA polymerase II mencapai daerah terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase yang spesifik
untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang tidak
terfosforilasi. Pada keadaan ini, RNA polymerase dapat digunakan secara berulangulang.

Proses pasca-transkripsi
Pre-mRNA yg dihasilkan dari proses transkipsi tidak bisa langsung dikeluarkan ke
sitoplasma untuk ditranslasi namun harus dimodifikasi dahulu.
1. Pemberian topi (capping) dan ekor (poliadenilasi)
Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara tertentu. Ujung 5 yaitu
ujung depan, pertama kali dibuat saat transkripsi segera ditutup dengan mukleotida
guanin (G) yang termodifikasi. Pemerian topi ini mempunyai setidaknya 2 fungsi.
a. Ujung ini melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis.
b. Setelah mRNA sampai di sitoplasma, ujung 5 berfungsi sebagai bagian dari

tanda lekatkan di sini untuk ribosom.

Pada ujung 3 suatu enzim menambahkan ekor polia(A) yang terdiri dari 30-200
nukleotida adenin. Ekor poli(A) berfungsi mempermudah ekspor mRNA dari nukleus.

Gambar 12. Capping dan pemberian ekor pada mRNA

Poliadenilasi merupakan proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3

nukleotida mRNA. Fungsinya untuk meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan
efisiensi translasi.
2. Splicing
Saat proses transkripsi, RNA polimerase mentranskripsi intron maupun ekson dari
DNA. Splicing merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson.
Intron adalah bagian penyela, merupakan segmen asam nukleat bukan pengkode dan
terletak diantara daerah pengkode. Sedangkan ekson adalah daerah yang yang
diekspresikan atau ditranslasi menjadi asam amino. Dalam penyambungan RNA,
intron dikeluarkan dan ekson bergabung. Penyambungan RNA dikatalis oleh
ribonukleoprotein nucleus kecil (snRNP), yang beroperasi de dalam susunan yang
lebih besar disebut spliosom. Setelah dilakukan berbagai modifikasi di atas, jadilah
mRNA matang (mature mRNA) (Gambar 13).

15

FARMASI
UNSOED

Gambar 13. Proses splicing

20
FARMASI
UNSOED

Alternatif splicing

Gambar 14. Alternative splicing memberikan hasil protein yang berbeda

NOTE:

Proses pembentukan RNA dari DNA dinamakan transkripsi, dilakukan oleh RNA
polymerase.
Pada kebanyakan virus, materi genetik berupa RNA sehingga ketikan menginfeksi
host, materi genetik di retro-transkripsi dari RNA menjadi cDNA (complement DNA)
oleh ennzim Reverse trancriptase.

Biologi Molekuler
2011

TRANSLASI

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada

molekul mRNA menjadi rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. RNA yang ditranslasi adalah mRNA, sedangkan tRNA dan rRNA tidak
ditranslasi. Molekul rRNA adalah salah atau molekul penyusun ribosom yaitu organel
tempat berlangsungnya sintesisi protein, sedangkan tRNA adalah pembawa asamasam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
Beberapa tipe RNA yang disintesis di nukleus pada sel eukariot, yang menarik
sebagai berikut:
1. messenger

RNA

(mRNA).

mRNA

kemudian

bisa

ditranslasi

menjadi

polipeptida.
2. ribosomal RNA (rRNA). rRNA digunakan untuk membangun ribosom, yaitu
mesin untuk mensintesis protein pada saat translasi mRNA.
3. transfer RNA (tRNA), yaitu molekul RNA yang membawa asam amino selama
pembentukan polipeptida.
4. small nuclear RNA (snRNA). Transkripsi DNA dari gen menjadi mRNA, rRNA,
dan tRNA menghasilkan molekul prekursor dengan struktur yang besar disebut
"primary transcripts". Molekul ini harus diproses dalam nukleus untuk
menghasilkan molekul fungsional untuk diekspor ke sitosol. Beberapa tahapan
proses ini banyak melibatkan snRNA.
5. microRNA (miRNA). Molekul RNA yang sangat kecil (~22 nukleotida) yang
terlihat pada regulasi ekspresi mRNA.
Molekul mRNA merupakan transkrip urutan DNA yang menysusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka). Ciri-ciri ORF:
1. Kodon inisasi translasi, yaitu ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA)
2. Serangkaian urutan nukleotida yang mneyusn banyak kodon
3. Kodon terminasi translasi yaitu TAA, TAG, TGA (pada DNA) atau UAA, UAG,
UGA (pada RNA).
Kodon (kode genetik) adalah urutan nukloetida yang terdiri dari 3 nukloetida
berurutan sehingga sering disebut sebagai triplet codon yang menyandi suatu asam
amino tertentu. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino metionin

22
FARMASI
UNSOED

yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokariot, asam amino awal
tidak berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Dalam proses translasi, rangkaian
nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu
asam amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (Gambar 15).

Gambar 15. Ilustrasi translasi kodon

Translasi berlangsung di dalam ribosom, ribosom disusun oleh molekul-molekul

rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom tersusun atas dua subunit yaitu subunit
kecil dan subunit besar. Pada eukariot, subunit kecil mempunyai koefisien sedimentasi
sebasar 30S (unit Svedberg) dan subunit besar 50S, pada eukariot yaitu 50S dan 70S.
Pada prokariot, riosom tersebar di seluruh bagian sel, sedangkan pada eukariot
ribosom terletak di sitoplsma kususnya pada bagian permukaan membran retikulum
endoplasma.

Gambar 16. Penentuan unit sedimentasi pada komponen ribosom

Pada eukariot, translasi sudah dimulai sebelum proses transkripsi (sintesis

mRNA)

selesai

dilakukan.

Dengan

demikian

proses

transkripsi

dan

translasi

berlangsung hampir serempak. Sebaliknya, pada eukariot proses translasi baru dapat
berlangsung jika proses transkripsi (sintesis mRNA yang matang) sudah selesai
dilakukan. Proses transkripsi pada eukariot berlangsung di dalam inti sel, sedangkan
translasi berlangsung dalam ribosom yang ada di dalam sitoplasma. Setelah sintesis
mRNA selesai, selanjuttnya mRNA keluar dari inti sel menuju sitoplasma untuk
bergabung dengan ribosom.
Proses Translasi
Proses translasi berlangsung melalaui 3 tahapan utama:
1. Inisiasi (initiation)
2. Pemanjangan (elongation) poli-asam amino
3. Pengakhiran (termination).
Perangkat translasi yaitu molekul tRNA (aminoasil tRNA) yang berfungsi
membawa asam amino spesifik. Terdapat sekitar 20 macam tRNA yang masingmasing membawa asam amino spesifik karena di alam ada sekitar 20 asam amino
yang menyusun protein alami. Enzim yang mengikatkan antar-asam amino adalah
aminoasil tRNA sintetase.

Gambar 17. Struktur tRNA aminoasil

Inisiasi
Ada beberapa perbedaan dalam hal proses inisiasi translasi antara prokariot
dengan eukariot. Pada eukariot kodon inisiasi adalah metionin, sedangkan pada
prokariot

adalah formil-metionin/fMet.

Molekul tRNA inisiator

disebut tRNAiMet.

Ribosom bersama-sama dengan tRNAiMet dapat menemukan kodon awal dengan

cara berikatan dengan ujung 5 (tudung) kemudian melakukan scanning transkrip ke
arah 3 (arah 5 3) sampai menemukan start kodon (AUG). selama scanning,
ribosom memulai translasi pada waktu menjumpai sekuen konsensus CCRCCCAUGG
(R adalah purin: A/G).

Gambar 18. Perbedaan translasi pada prokariot dan eukariot

Elongasi
Proses elongasi terjadi dalam 3 tahapan:
1. Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A (aminoasil) yang ada di ribosom
2. Pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P
(peptidil) ke arah sisi A dengan membentuk ikatan peptida
3. Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di
sisi A.

Gambar 19. Proses elongasi translasi

Proses pemanjangan polipeptida berlangsung sangat cepat. Pada E. coli

sintesis polipeptida yang terdiri dari atas 300 asam amino hanya memelrukan waktu
selama 15 detik. Ribosom membaca kodon-kodon pada mRNA dari ujung 5 3.
Hasil proses translasi adlah molekul poliptida yang mempunyai ujung amino dan ujung
karboksil. Ujung amino adalaah ujung uang pertama kali disntesis dan merupakan
hasil penerjemahan kodon yang terletak pada ujung 5 pada mRNA, sedangkan ujung
yang terakhir disitesis adlah gugus karboksil, hasil terjemahan kodn yang terletak pada
ujung 3 pada mRNA.
Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal, tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai

dengan ketiga kodon tersebut. Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari
ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir.

Proses Pasca-Translasi
Selama proses translasi dan sesudahnya, rantai polipeptida yang terbentuk
mulai menggulung dan melipat secara spontan membentuk protein fungsional dengan
konformasi yang spesifik. Konformasi ini berupa suatu molekul tiga dimensi dengan
struktur skunder dan tersier. Pelipatan protein dibantu oleh suatu protein chaperon.
Langkah
memberikan

tambahan

modifikasi

yang

secara

dilakukan
kimiawi.

sebelum

Pada

asam

dikirim

ke

target

amino

tertentu

penambahan gula, lipid, gugus fosfat atau penambahan-penambahan

adalah

dilakukan
lain. Pada

beebrapa kasus, rantai polipetida tunggal dapat membelah secara enzimatik menjadi
dua atau lebih potongan, missal insulin. Protein insulin pertama kali disintesis sebagai
rantai

polipeptida

tunggal

tetapi

menjadi

aktif

hanya

setelah

suatu

enzim

menghilangkan bagian tengah dari rantai tersebut, membentuk protein yang terdiri dari
2 rantai peptida yang terhubung dengan jembatan sulfida.
Polipeptida sinyal mengarahkan beberapa polipeptida eukariotik ke tujuan
spesifik di dalam sel. Protein yang akan tetap berada dalam sitosol dibuat pada
ribosom bebas. Protein yang ditujukan untuk membrane atau untuk diekspor dari sel ,
disintesis pada ribosom yang terikat RE. Partikel pengenlan-sinyal mengikatkan diri
pada urutan sinyal pada ujung leading dari polipeptida yang sedang tumbuh, yang
membuat ribosom dapat mengingkatkan diri pada RE.

Obat Yang Bertarget Pada Translasi

Banyak obat yang bertarget pada proses translasi terutama obat golongan
antibiotik.
1. Puromisin.

Proses

pemanjangan

polipeptida

dihambat

oleh

puromisin,

mempunyai struktur yang mirip dengan suatu aminoasil-tRNA sehingga dapat

melekat pada sisi A ribosom. Jika puromisin melekat pada sisi A, maka
selanjutnya dapat membantuk ikatan peptida dengan peptida yang ada pada
sisi P dan menhasilkan peptidil puromisin. Peptidil puromisin tidak dapat
melekat kuat pada ribosom sehingga akhirnya terlepas. Hal ini menyebabkan
terjadinya

terminasi

translasi

secara

prematur.

Mekanisme

inilah

yang

menyebabkan puromisin dapat membunuh bakteri dan sel lainnya. Antibiotik

lain yang dapat menghambat translasi dengan cara berikatan pada ribosom
adlaah strptomisin, kloramfenikol, tetrasiklin, eritromisin, dan sikloheksimid.
2. Streptomisin.

Kode Genetik

OPEN READING FRAME

Tidak semua bagian DNA merupakan kode genetik, pada manusia sejumlah
98% adalah junk DNA, hanya 2% yang berupa gen yang mengkodekan protein.
Namun, dari persentase yang sedikit tersebut bagaimana membentuk protein yang
jumlahnya ribuan?
ATGTATTCTTACGGAATCCCTGAT
Sel membaca kalimat di atas sebagai kata-kata 3 huruf:
ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT (DNA)
M Y S Y G I P D (Asam amino)
Reading Frame

Bisa juga kita melakukan alternatif pembacaan berikut:

A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
Atau seperti ini:
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
Dan kalau diterjemahkan hasilnya pun akan berbeda:
A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
C I L T E S L
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
V F L R N P *
Jadi ada 3 alternatif pembacaan dari satu untai DNA, dan karena DNA itu adalah
pasangan 2 untai yang saling berkomplemen, berarti kalimat inipun bisa dibaca pada
untai pasangannya, artinya total ada 6 cara pembacaan DNA, atau disebut Reading
Frame. Dari 6 reading frame, biasanya hanya salah satu frame saja yang merupakan
kalimat bermakna alias disebut gen.
Contoh pembahasan ORF di bagian bioinformatika berikut.

PEMANFAATAN BIOINFORMATIKA UNTUK ANALISIS EKSPRESI GEN

Sarmoko

Perkembangan bioinformatika berkembang sangat pesat. Penggunaan

internet dan
digunakan,
dengan

komputer

untuk

melakukan

dan kita pun dituntut

itu,

telah

banyak

untuk

analisis

dapat

semakin

sering

menguasainya.

Seiring

diciptakan software maupun

menunjang dan mempermudah

database yang
kita

untuk

dapat melakukan analisis tentang berbagai disiplin ilmu.

Demikian
makhluk

halnya

dengan

biologi

bank)

Saat
yang

memungkinkan
ini

yang

mempelajari

hidup dalam tingkat molekuler, seperti gen, DNA, ataupun RNA

yang berperan dalam proses sintesis

protein.

molekular

ini

telah

dapat

berbagai

ada

banyak

diakses

secara

kita untuk melakukan

disediakan

antara

jenis

asam

amino

dan

situs database tentang gen (gen

mudah

melalui

internet

yang

analisis seputar gen. Gen bank

lain

oleh

situs

NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Melalui situs tersebut kita bisa melakukan analisis serta mencari
informasi biologi dan referensi selengkap-lengkapnya terhadap gen tertentu
yang kita inginkan, misalnya

dari

berasal,

se- homologi, asam amino yang dihasilkan,

letak

domain,

gen

open reading frame, struktur

makhluk

3 dimensi

hidup

jenis

gen

dari protein yang mungkin

dihasilkan, transuksi signal, dan lain-lain.

TOUR BEGIN
Masuklah ke situs: HGNC
(http://www.genenames.org). Misal kita ingin
menganalisis tumor supressor gene p53.
Dari halaman TP53 diperoleh link yang lengkap, dan bisa membawa kita
ke NCBI. Berikut hasil analisis yang dilakukan:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/35213?
Tentang p53

tersebut

p53 plays a major role in preventing tumour development. It responds to a range of potentially
oncogenic stresses by activating protective mechanisms, most notably cell cycle arrest and
apoptosis. Its importance as a tumour suppressor is reflected by its high rate of mutation in
human cancer, with >50% of adult human tumours bearing inactivating mutations or deletions
in the TP53 gene. In many cancers where p53 is wild-type, the p53 pathway may be altered
by other oncogenic events. This means that the p53 response is probably defective in
most cancers.

This gene encodes tumor protein p53, which responds to diverse cellular stresses to regulate
target genes that induce cell cycle arrest, apoptosis, senescence, DNA repair, or changes in
metabolism. p53 protein is expressed at low level in normal cells and at a high level in a variety
of transformed cell lines, where it's believed to contribute to transformation and malignancy.
p53 is a DNA-binding protein containing transcription activation, DNA-binding, and
oligomerization domains. It is postulated to bind to a p53-binding site and activate expression
of downstream genes that inhibit growth and/or invasion, and thus function as a tumor
suppressor. Mutants of p53 that frequently occur in a number of different human cancers fail
to bind the consensus DNA binding site, and hence cause the loss of tumor suppressor
activity. Alterations of this gene occur not
malignancies, but

also

as

only

as

somatic mutations in

human

germline mutations in some cancer-prone families with Li-

Fraumeni syndrome. Multiple p53 variants due to alternative promoters and multiple
alternative splicing have been found. These variants encode distinct isoforms, which can
regulate p53 transcriptional activity. [provided by RefSeq]

DNA Sequence
Gen p53
(17p13).

berlokasi

pada

kromosom

17

Panjang origin: 1..20303

Namun gen terletak pada: 843..19876
mRNA adalah dari : join(843..949,11689..11790,11906..11927,12021..12299,
13055..13238,13320..13432,14000..14109,14452..14588,
14681..14754,17572..17678,18599..19876)
Kita hitung joinan di atas, ternyata terdapat 11 exons. There is a very large intron between

exons 1 and 2 (jarak nukleotida sangat panjang bukan? Dari 950-11688). Exon 1 is noncoding

in the human p53 and it has been demonstrated that this region could form a stable stemloop
structure which binds tightly to wild type p53 but not to mutant
p53.

Note: The exon are numbered in the diagram above. The pink region denotes the UTR, the
blue region denotes the coding region and the grey region denotes the internal exons
within the introns.

Kita bisa melihat persebaran 11 exon dan panjangnya dari informasi berikut:
prim_transcript 843..19876
/gene="p53"
exon
843..949
/gene="p53"
/number=1
intron
950..11688
/gene="p53"
/number=1
repeat_region
2581..2587
/gene="p53"
/note="5'-ALU flanking"
Repeat region banyak sekali di sini
repeat_region
exon

11374..11378
/gene="p53"
/note="3' ALU-flanking"
11689..11790
/gene="p53"

CDS
join(11717..11790,11906..11927,12021..12299,13055..13238,

13320..13432,14000..14109,14452..14588,14681..14754,
17572..17678,18599..18680)

/gene="p53"
/codon_start=1
/product="protein p53"
/protein_id="CAA38095.1"
/db_xref="GI:35214"
/db_xref="GDB:120445"
/db_xref="GOA:P04637"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="InterPro:IPR002117"
/db_xref="InterPro:IPR008967"
/db_xref="InterPro:IPR010991"
/db_xref="InterPro:IPR011615"
/db_xref="InterPro:IPR012346"
/db_xref="InterPro:IPR013872"
/db_xref="InterPro:IPR015551"
/db_xref="PDB:1A1U"
/db_xref="PDB:1AIE"
/db_xref="PDB:1C26"
Kode pDB juga banyak di sini. Artinya adalah sudah banyak
struktur Kristal protein yang sudah diidentifikasi. Klik tiap PDB
ID akan membawa kita ke protein data bank dan didapat informasi
tentang kompleks protein.
/db_xref="PDB:3LW1"
/db_xref="PDB:3SAK"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P04637"

Hasil translasi adalah:

/translation="MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLM
LSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKT
YQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAM
AIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVV
PYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCA
CPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRG
RERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDS
D"
intron
11791..11905
/gene="p53"
/number=2
Analisis promoter
Pada keterangan di atas, dikatakan bahwa CDS (coding sequence)
dimulai pada urutan 843..19876. Exon 1 adalah 843-949
Start codon adalah ATG. Coba cek, ada banyak ATG sebelum nomor 843
bukan??
Hal ini sesuai dengan teori bahwa bukah ATG pertama lah yang bakal
jadi stop codon, bisa kedua ketiga dst, sampai ATG yang paling dekat
dengan CDS (coding sequence = warna merah): yaitu 801-803 (warna
biru)
1 ttcccatcaa gccctagggc tcctcgtggc tgctgggagt tgtagtctga acgcttctat

61 cttggcgaga agcgcctacg
aaagcacctg
121 caccgccccc ccgccgcctg
tgcatctcat
181 tctccaggct tcagacctgt
gctcttactt
241 gctacccagc actgatatag
gtagaaaaat
301 tctatatcct cataaggctt
ataaatctta
361 tcagagtgat aagggttgtg
tgtgatataa agtatctggg
421 agaaaacgtt agggtgtgga
aaaaatgaca tttaactgat
481 gagaagaaag gatccagctg
cccttcatat
541 ttgacacaat gcaggattcc
acagctctgg
601 cttgcagaat tttccacccc
cgagaatcct
661 gactctgcac cctcctcccc
cggattactt
721 gcccttactt gtcatggcga
gggttgatgg
781 gattggggtt ttcccctccc
aaaagttttg agcttctcaa
841 aagtctagag ccaccgtcca
actttgcgtt
901 cgggctggga gcgtgctttc
taagctcctg

ctccccctac cgagtcccgc ggtaattctt

cagagggcgc agcaggtctt gcacctcttc
ctccctcatt caaaaaatat ttattatcga
gcactcagga atacaacaat gaataagata
acgtttccat gtactgaaag caatgaacaa
aaggagatta aataagatgg
tattacggaa agccttccta
agagcaaacg caaaagcttt cttccttcca
tccaaaatga tttccaccaa ttctgccctc
aaaatgttag tatctacggc accaggtcgg
aactccattt cctttgcttc ctccggcagg
ctgtccagct ttgtgccagg agcctcgcag
atgtgctcaa gactggcgct
gggagcaggt agctgctggg ctccggggac
cacgacggtg acacgcttcc ctggattggg

Dst
Sekuen berikutnya adalah intron yang ternyata berupa repeat sekuen
yang

sangat

panjang

sampai

ketemu

exon

kedua

yaitu

pada

11689..11790
Dst sampai exon 12.
Stop kodon berhenti pada urutan setelah exon terakhir.
exon

18599..19876
/gene="p53"
/number=11
repeat_region
19424..19431
/gene="p53"
/note="3' ALU-flanking"

Berarti pada 19887-19889 yaitu:

19861 taaaactttg ctgccacctg tgtgtctgag gggtgaacgc cagtgcaggc
tactggggtc

sekuen:

OPEN READING FRAME

Dari hasil 6 pembacaan diperoleh hasil:

Masih banyak lagi yang bisa ditelusur dari gen, bisa diklik di sebelah kanan
sbb:

Hasil translasi adalah:

/translation="MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLM
LSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKT
YQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAM
AIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVV
PYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCA
CPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRG

RERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKT
EGPDS
M adalah metionin (hasil translasi
dari AUG)

Protein sequence:
The human
domains:

p53

protein

comprises

of several

1. The amino-terminus part (1-44) contains the transactivation domain, which

is responsible for activating downstream target genes.
2. A proline-rich domain (58-101) mediates p53 response to DNA damage
through apoptosis.
3. The DNA-binding domain (102-292) is a core domain which consists of a variety of
structural motifs. It is the target of 90% of p53 mutations found in human cancers as
a single mutation within this domain can cause a major conformational change.
4.

The oligomerization domain (325-356) consists of a -strand, which interacts

with another p53 monomer to form a dimer, followed by an -helix which
mediates the dimerization of two p53 dimers to form a tetramer.

5. Three putative nuclear localization signals (NLS) have been identified in the Cterminus, through sequence similarity and mutagenesis. The most N-terminal NLS
(NLSI), which consists of 3 consecutive Lysine residues to a basic core, is the
most active and conserved domain.
6. Two putative nuclear export signals (NES) have been identified. The leucine-rich Cterminal NES, found within the oligomerization domain, is highly conserved and it has
been suggested that oligomerization can result in masking of the NES, resulting in
p53 nuclear retention.

Mutations
Inactivation of the p53 gene is essentially due to small mutations (missense and nonsense
mutations or insertions/deletions of several nucleotides), which lead to either expression of a
mutant protein (90% of cases) or absence of a protein (10% of cases. Mutations of p53 have
been found in nearly all tumor types and are estimated to contribute to around 50% of all
cancers.
Polymorphisme
The role of natural p53 variants (polymorphisms) or variants in the p53 signalling pathway is an
area that is less well explored. Several polymorphisms have been identified in the p53 gene. A
well known SNP occurs on Codon 72 (Arg/Pro).
Transcription Factors
p53 transcription under different conditions is related to vast number of biological events in
response to various cellular stresses. Human p53 consists of two promoters:

P1 responsible for the transcription of the major p53 mRNA species and located
upstream of first exon,

P2 involved in transcription of other rarer species and located within the first intron
region.

Recent studies have suggested that there is another "P2" located within intron 4 and
responsible generating the p53 isoforms.
Regulatory elements are found in both p53 upstream and downstream of start sites including
exons and introns. So far, there are more than 15 transcription factors binding sites are
experimentally and computationally identified within the P1 and first exon regions.
A binding site for members of the PAX family of transcription factors was identified in the first
non-coding exon of the human p53 gene. c-Myc/Max heterodimers have been shown to bind to
and transactivate the human promoter through a CATGTG motif. NF-kB Jun/Fos and
homeobox factor Hoxa5 are shown to regulate p53 expression transcriptionally. These
transcription factors function under different biological conditions such as apoptosis, cellcycle arrest and etc, in terms of time, space and quantity.

Protein Interactions

Post-translational modifications and activation of p53 by genotoxic stresses

Appella, E. and Anderson, C.W.
Eur. J. Biochem. 268, 27644-72 (2001)
Monoclonal Antibodies
The p53 protein is a potent antigen that has the ability to raise antibodies when injected into a
foreign host. Currently, the p53 knowledgebase contains more than 50 distinct antibodies
recognizing the different domains of p53. Most of the antibodies recognize epitopes localized
in the N-terminal of p53. Some of the antibodies are able to bind to p53 in its native
conformation, while other antibodies, like pAb240, DO12 and HO3.5, can only bind to mutant
p53 whose structural conformation has been altered.
Regulatory pathway, klik berikut: http://p53.bii.a-star.edu.sg/aboutp53/pathway/index.php

Daftar Istilah

Istilah

Definisi

Hipotesis one gene-one

polypeptide

Beadle and Tatum's idea that genes do not always form an

enzyme or protein, they instead form one polypeptide

transkripsi

synthesis of RNA under the direction of DNA

messenger RNA, mRNA

the RNA molecule that carries the genetic message from the
nucleus to the ribosomes

translasi

synthesis of a polypeptide

ribosom

particles that facilitate the linking of amino acids in the polypeptide

chain

RNA processing

pre-mRNA undergoes this in order to acheive the finished RNA

primary transcript

the initial RNA transcript that is not translated into protein

triplet code

genetic instructions for a polypeptide chain are written in the DNA

as a series of three-nucleotide words

template strand

the strand of DNA that is transcribed (the other strand will be

duplicated, in a sense, on the mRNA)

kodon

triplet dari basa mRNA

reading frame

Cara pembacaan spesifik dari gugusan kata (uua ccg gca uaa bisa
juga di baca uac cgg cau aa...)

RNA polimerase

pries the two strands of DNA apart and hooks together RNA
nucleotides as they base-pair

promoter

Urutan DNA dimana RNA polimerase menempel dan menginisiasi

transkripsi

terminator

sequence that signals the end of transcription

transcription unit

stretch of DNA that is transcribed into an RNA molecule

Faktor transkripsi

mediate the binding of RNA polymerase and the initiation of

transcription

transcription initiation
complex

the completed assembly of transcription factor and RNA

polymerase II bound to the promoter

TATA box

promoter DNA sequence in eukaryotes

5' cap (tudung 5)

a modified form of guanine that facilitates the export of mRNA from

the nucleus and protects it from degradation

poly-A tail (ekor poli-A)

on the 3' end, many adenines are added for protection from
degradation and to help it exit the nucleus

RNA splicing

Proses pemotongan pembuangan intron

intron

non coding sequences of nucleic acid

exon

Sekuen pengkode pada RNA

spliceosome

a type of snRNP that assists in RNA splicing

snRNP small nuclear

ribonucleoproteins

located in the cell nucleus and is the signal molecule for splicing

ribozymes

RNA molecules that function as enzymes; can splice itself

alternative RNA splicing

genes that can give rise to two or more different polypeptides

depending on which segments are treated as exons

42
FARMASI
UNSOED

domains

discrete functional and structural regions of proteins that make up

the modular architecture

transfer RNA

brings amino acids to the ribosome for making the polypeptide

chain; clover shaped with anticodon end and recieving end

anticodon

a nucleotide triplet that will base pair with the complimentary codon
on the mRNA

aminoacyl-tRNA
synthetase

enzyme that joins the correct amino acid to tRNA

wobble

relaxation of base-pairing rules; allows for the third base to be

different and still yield the same amino acid

ribosomal RNA

composes the two ribosomal subunits

P site "peptidyl-tRNA
site"

holds the tRNA carrying the growing polypeptide chain

A site "aminoacyl-tRNA
site"

holds the tRNA carrying the next amino acid to be added to the
chain

E site "exit site"

discharged tRNAs leave the ribosome from here

polyribosomes or
polysomes

multiple ribosomes can synthesize polypeptides from the same

mRNA strand at the same time

signal peptide

marks the polypeptides that are destined for the endomembrane

system or secretion

signal-recognition particle
(SRP)

this particl is that adapter that brings the ribosome to a receptor

protein in the ER so polypeptide synthesis can continue and be on
its way to the endomembrane system/ secretion

Daftar Pustaka
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff., M., Roberts, K., Walter, P., 2008, Molecular
th
Biology of The Cell, 5 Edition, Garland Science, Taylor&Francis Group
Campbell, N.A., Reece, J.B., dan Mitchell, L.G., 2002, Biologi, Edisi 5, Jilid 1, Erlangga,
Jakarta
th

Lodish, H., 2003, Molecular Cell Biology, 5 Ed., Freeman

Yuwono, T., 2005, Biologi Molekular, Erlangga, Jakarta