penerjemahan.

Represi terjemahan melibatkan dua mekanisme fundamental berbeda: (1) model kompetisi, yaitu trans atau cisacting elemen mencegah pengikatan ribosom ke mRNA bertindak baik di stand-by situs atau di RBS, dan (2) model jebakan,
yaitu faktor regulasi warung ribosom di kompleks buntu (Gambar. 1).
Di sini kita akan menggambarkan beberapa contoh wakil dari peraturan protein-dimediasi dan Srna-dimediasi, dan peraturan
cis-acting, hanya mengandalkan struktur mRNA.
2. Protein mengatur inisiasi terjemahan
Sejumlah besar regulator translasi adalah RNA-binding protein (RPBS), yang mengatur inisiasi terjemahan oleh anekaragam
mekanisme tergantung pada lokasi situs mereka mengikat mRNA [12]. Protein ini dapat mencegah pembentukan 30SIC, dan /
atau menginduksi penyusunan ulang konformasi dari mRNA yang memungkinkan atau mencegah inisiasi penerjemahan. RPBS
memiliki RNA bind- ing domain yang dapat mengenali urutan RNA yang spesifik, struktur atau keduanya, dan target mereka
dapat dibatasi ke mRNA tunggal atau kelas mRNA. Modus pengakuan dan kestabilan kompleks sangat beragam; misalnya,
mereka dapat melibatkan penumpukan dan interaksi hidrofobik antara dasar RNA dan asam amino aromatik, dan / atau interaksi
elektrostatik antara asam amino bermuatan positif dan tulang punggung fosfat dari RNA.
Di sini, kami memberikan contoh tiga mekanisme regulasi negatif (Gambar. 2) dimediasi oleh protein ribosom S15
(entrapment dan persaingan langsung), oleh regulator umum E. coli CSRA (persaingan langsung) dan oleh E. coli threonyl-tRNA
sintetase ( ThrRS; persaingan langsung di-).
2.1. Protein ribosom S15, persaingan langsung atau jebakan
Semua protein ribosom (r-protein), kecuali L7 / L12, memiliki stoikiometri satu per ribosom dan sintesis mereka secara ketat
proporsional [70] untuk kelimpahan 16S atau 23S rRNA [71] yang berada di bawah kendali tingkat pertumbuhan [72,73]. Pada E.
coli, hanya beberapa gen r-protein secara individual ditranskripsikan sedangkan sebagian dari mereka adalah disintesis dari besar
operon translationally diatur. Pada E. coli, kombinasi auto-regulasi dan kopling translasi oleh tunggal represor r-protein
memungkinkan sintesis terkoordinasi mereka [71,74].
M.Duval et al. / Biochimie 114 (2015) 18e29 20
Gambar. 1. Skema lihat inisiasi translasi bakteri dan regulasi. Selama inisiasi terjemahan, mRNA mengikat ribosom subunit
(coklat) 30S dalam proses yang tergantung pada urutan / fitur struktural dan yang dapat mencakup hingga tiga langkah yang
berbeda. Dalam urutan kronologis, interaksi 30SemRNA pertama bisa berlangsung di mRNA stand-by situs (oval abu-abu, bagian
kiri), biasanya terletak di 50 wilayah diterjemahkan nya (UTR). Kemudian Ribosom Binding Site (RBS), yang terdiri dari SD
(SD, hijau) dan Agustus kodon start (biru), menempatkan ke 30S Platform (lampu merah) dalam rangka membangun SD / antiSD
interaksi (SD / asd, di hijau / cyan, bagian tengah). Beberapa mRNA mengandung urutan SD dan pendek 50 UTR dan dapat
mengikat ribosom langsung pada langkah ini [58]. Akhirnya, protein ribosom S1 (tidak ditampilkan dalam gambar)
mempromosikan akomodasi mRNA dalam 30S decoding saluran (garis putus-putus) yang memungkinkan interaksi antara
Agustus mulai kodon dan inisiator tRNA (tRNAi). Ini aktif 30S Inisiasi Complex (30SIC) akan merekrut 50S ribosom subunit
dan elongasi akan mulai. Peraturan inisiasi terjemahan mencakup dua mekanisme utama: (1) mekanisme kompetisi, di mana
ribosomeemRNA interaksi dihambat baik pada stand-by situs atau di RBS dan (2) mekanisme jebakan, di mana langkah
akomodasi dicegah . Faktor-faktor inisiasi dihilangkan pada gambar untuk kesederhanaan.
mekanisme umpan balik bergantung pada kemampuan represor r-protein untuk mengenali struktur tertentu pada mRNA mereka
sendiri (di 50 UTRs mRNA atau mRNA lainnya dari operon yang sama) yang meniru situs mengikat rRNA mereka [29,75e79].
Banyak dari protein r peraturan yang utama rRNA mengikat protein, yang berinteraksi dengan rRNA awal saat perakitan ribosom
(yaitu, S4, S7, S8, S15, S20, L1, L4, L10-L7 / L12, L20) [80 , 81]. Kegiatan peraturan telah dilaporkan juga untuk tersier rRNA
mengikat protein seperti protein r S1 dan S2 [82,83].
Di antaranya peraturan r-protein, S15 (rpsO) auto-regulasi telah dipelajari secara ekstensif in vivo dan in vitro dalam E. coli
dan beberapa in vitro analisis juga telah dilakukan dengan Geobacillus stearothermophilus dan thermophilus protein Thermus.
Meskipun S15 sangat kekal [30] keragaman mekanisme pengaturan telah dijelaskan (Gbr. 2A dan B). Awal selama proses
perakitan 30S, S15 mengikat domain sentral dari 16S rRNA mengakui dua motif yang berdekatan, persimpangan tiga-cara dan
motif Geu / GEC [84,85]. Permukaan yang sama dari S15 digunakan untuk berinteraksi dengan rpsO mRNA dan untuk mengatur
terjemahannya dalam E. coli, G. stearothermophilus dan T. thermophilus [76,86,87]. Namun, faktor penentu mRNA untuk
pengakuan S15 dan posisi masing-masing untuk SD berbeda [30].
Pengikatan T. thermophilus S15 (TtS15;. Gambar 2A) untuk rpsO mRNA memicu pembentukan RNA tiga arah persimpangan
yang sebagian meniru 16S rRNA situs mengikat. Di kompleks stabil TtS15erpsO mRNA (K

d
~ 5 nM) RBS tidak lebih mudah diakses, sehingga mencegah pembentukan heliks SDeaSD pada 30S [86]
(Gambar. 2A). Seperti mekanisme persaingan antara S15 dan 30S juga telah diusulkan untuk G. stearothermophilus S15 [87].
Sebaliknya, wilayah operator E. coli rpsO mRNA mengadopsi topologi yang berbeda, yang melibatkan pseudoknot yang
disekap 10 cleotides nu- wilayah coding [55,88]. E. coli S15 (EcS15;. Gambar 2B) berikatan dengan pseudoknot mengakui motif
Geu / GEC mirip dengan 16S rRNA dan unsur-unsur lain dari pseudoknot yang tidak hadir dalam rRNA [89]. Kompleks ini
kurang stabil (K
d
~ 200 nM) dari dalam kasus thermophilus T.. Bagian dari rpsO RBS,
termasuk urutan SD, terletak dalam satu lingkaran besar diakses untuk 30S interaksi [88,89]. Akibatnya, helix SDeaSD jangkar
kompleks EcS15erpsO mRNA pada platform 30S tetapi terjemahan dihambat (Gambar. 1). Kompleks ini diusulkan untuk
menjadi 30SIC macet di mana EcS15 menstabilkan pseudoknot memblokir transisi ke kompleks inisiasi produktif [55]. Observasi
terbaru nyarankan- gested yang EcS15 melawan aksi r-protein S1, yang penting untuk mencairkan struktur pseudoknot untuk
pindah Agustus

kodonke saluran decoding [59]. Struktur pseudoknot di gen rpsO hanya dilestarikan dalam subset dari g-Proteobacteria
menunjukkan bahwa mekanisme jebakan dikonservasi pada bakteri terkait erat [81].
Perbedaan antara kedua mekanisme regulasi terjemahan S15 menyoroti pentingnya posisi sinyal ulatory reg- pada mRNA
relatif ke wilayah coding dan ribosom situs mengikat. Genomik komparatif lanjut diidentifikasi motif potensial struktur RNA lain
yang diakui oleh S15 untuk peraturan bersama di berbagai bakteri, di mana terletak di posisi yang berbeda di rpsO mRNA
termasuk wilayah coding [90]. Dalam kasus ini, strategi baru peraturan dapat digunakan, menunjukkan bagaimana mekanisme
tory regulasi dapat berkembang bersama dengan mRNA fitur secara independen dari tekanan konservatif yang kuat dikenakan
oleh arsitektur ribosom.
2.2. Regulator global dengan persaingan langsung atau aktivasi terjemahan: kasus E. coli CSRA
Berbeda dari contoh auto-peraturan yang dijelaskan di atas, bakteri juga berevolusi mekanisme regulasi translasi proteindimediasi global yang yang memungkinkan modulasi kontemporer dari terjemahan dari berbagai besar mRNA dalam
menanggapi environmental perubahan ronmental. Sebuah contoh yang dijelaskan adalah E. coli utama CSRA koordinator
penyimpanan karbon dan orthologs di Erwinia otovora mobil- dan Pseudomonas RSMA / RsmE (represor metabolit sekunder).
CSRA mempengaruhi ekspresi simultan dari beberapa protein yang terlibat dalam metabolisme karbon, transportasi peptida,
pembentukan biofilm, motilitas, quorum sensing dan virulensi (untuk review baru-baru melihat Ref. [91]). Mekanisme
terjemahan represi memiliki
M. Duval et al. / Biochimie 114 (2015) 18e29 21
Gambar. 2. Masukan peraturan dengan protein. Mekanisme umpan balik autogenous mengandalkan kemampuan regulator
represor untuk mengenali struktur tertentu pada mRNA mereka sendiri dan mencegah langkah-langkah yang berbeda dari inisiasi
penerjemahan. (A) protein ribosomal S15 dari T. thermophilus (ungu) autoregulates ekspresi dengan menutupi RBS mRNA
sendiri dalam mekanisme kompetisi langsung dengan ribosom (coklat). (B) protein ribosomal S15 dari E. coli (ungu) mencegah
akomodasi dari mRNA sendiri dalam saluran decoding (garis putus-putus) menggunakan mekanisme jebakan. (C) E. coli
Threonyl tRNA sintetase (ThrRS) homodimer (violet / biru tua) mengikat mRNA dekat dengan nya RBS dan menghambat
interaksi ribosom melalui halangan sterik dengan wilayah N-terminal. Ini adalah kasus mekanisme kompetisi "tidak langsung".
Kode Warna yang seperti pada Gambar. 1.
telah rinci oleh struktur NMR dari CsrAemRNA kompleks [92]. CSRA adalah homodimer yang mengakui dua daerah yang
berbeda pada mRNA sasaran, batang-loop berisi motif GGA umumnya terletak di 50 UTRs dan SD urutan juga hadir dalam loop
apikal [93]. Stabilitas CsrAemRNA kompleks sangat bervariasi (~ 10 nM untuk ~ 3 mM, K
d)
tergantung pada urutan dan konteks struktural dari GGA mengikat motif [94]. Secara umum diasumsikan
bahwa dengan mengikat SD, CSRA akan bersaing 30S mengikat [95]. CSRA juga telah dilaporkan positif mengatur terjemahan
dari beberapa sasaran mRNA [96,97], tetapi mekanisme aktivasi ini belum jelas. Di g-Proteobacteria, aktivitas CSRA yang benci
dengan sRNAs yang menyerap beberapa dimer CSRA jauh dari mRNA melalui mekanisme mimikri molekuler (untuk review
lihat Ref. [98]). E. coli CsrB dan CSRC sRNAs berisi 22 dan 13 mengulangi GGA, masing-masing, yang diperkirakan untuk
mengikat beberapa di- mer CSRA. Ekspresi CsrB / CSRC sRNAs dirangsang oleh CSRA melalui sistem dua komponen baraUvrY, sehingga menghasilkan sebuah sirkuit autoregulatory [99.100]. Menariknya, juga di Bacillus subtilis aktivitas CSRA
dimodulasi, tetapi dalam kasus ini adalah FliW protein yang mengikat CSRA dan menginaktivasi itu [101].
2.3. "Langsung" persaingan dengan 30S: kasus E. coli ThrRS
Ekspresi sintetase aminoasil-tRNA (aaRSs) disesuaikan dengan tingkat tRNA dan asam amino dalam pertumbuhan mode
tergantung. Sebuah contoh yang ditandai adalah gen thrs pengkodean threonyl-tRNA sintetase (ThrRS). Dalam B. subtilis,
ekspresi thrs dan paling gen sintetase aminoasil-tRNA dikendalikan oleh T-Box dan mekanisme anti-terminasi pada tingkat
transkripsi [102] sementara E. coli thrs diatursendiri