Tinjau cara Beberapa mengatur inisiasi terjemahan dalam bakteri: Mekanisme, sirkuit

peraturan, dinamika
M elodie Duval, Angelita Simonetti, Isabelle Caldelari, Stefano Marzi *
Arsitektur et R eactivit e de l'ARN, Universit e de Strasbourg, IBMC-CNRS, F- 67.084 Strasbourg, Prancis
articleinfo
Pasal sejarah: Diterima 12 Desember 2014 Diterima 8 Maret 2015 Tersedia online 17 Maret 2015
Keywords: terjemahan inisiasi bakteri regulasi Ribosom protein Regulatory Srna cis-acting elemen peraturan
abstrak
untuk beradaptasi metabolisme mereka cepat dan terus-menerus dalam menanggapi variasi lingkungan, bakteri sering
menargetkan proses inisiasi translasi, di mana ribosom merakit pada mRNA. Di sini, kami meninjau mekanisme yang berbeda
dari regulasi dimediasi oleh elemen cis-acting, sRNAs dan protein, menunjukkan, bila memungkinkan, hubungan intim mereka
dengan aparat translasi. Memang ribosom sendiri bisa memainkan peran langsung dalam beberapa mekanisme regulasi. Fitur
yang berbeda dari sinyal regulasi (urutan, struktur dan posisi mereka di mRNA) berkontribusi pada berbagai macam mekanisme
pengaturan. Heterogenitas ribosom, variasi sel tanggapan individu dan organisasi spasial dan temporal dari proses penerjemahan
menambahkan lapisan kompleksitas. Ini menghambat untuk mendefinisikan set dikelola aturan untuk bakteri kontrol inisiasi
penerjemahan.
2015 Elsevier dan Soci et e Franaise de Biochimie et Biologie Mol eculaire (SFBBM). Seluruh hak cipta.
1. Pendahuluan
1.1. Bakteri kontrol translasi: cepat dan reversibeladaptasi
Bakteriadalah organisme serbaguna mampu hidup di berbagai kondisi dan menjajah berbagai ceruk ekologis. Kapasitas tinggi
mereka adaptasi adalah hasil dari metabolisme yang kuat [1], yang belum dikendalikan oleh jaringan sirkuit peraturan
dihubungkan bersama untuk menghadapi berbagai macam kondisi [2]. Untuk membiasakan untuk perubahan lingkungan, bakteri
menyempurnakan proteoma mereka melalui peraturan multi-langkah pada tingkat transkripsi dan pasca-transkripsi yang
menanggapi beberapa sinyal stres ekstraseluler dan intraseluler. Peraturan terjemahan memiliki dampak langsung pada proteome
dan sebagian besar digunakan dalam mekanisme respons stres, baru-baru ini menunjukkan menggunakan kombinasi proteomik
kuantitatif dan RNA-Seq pada kondisi stres yang berbeda di berbagai bakteri [3E7]. Studi-studi ini telah menyoroti korelasi
miskin antara mRNA tingkat dan protein berlimpah denganyang lebih besar
variasidiamati untuk yang kedua. Memang, konsentrasi mRNA saja hanya dapat menjelaskan sebagian kecil dari total variasi
kuantitas protein (50% paling di Escherichia coli [5,6], kurang bakteri lain [8] sementara turnover protein hanya peran marjinal
[9]. kontrol sintesis protein karena dapat memastikan respon yang cepat dan sementara untuk berbagai rangsangan atau
perubahan lingkungan, yang memungkinkan adaptasi cepat pertumbuhan sel.
1.2. Dampak kopling transcriptionetranslationedegradation padaregulasi
Perubahandalam efisiensi translasi dapat berkorelasi dengan beberapa fitur pada mRNA , dan beberapa dari mereka
mempengaruhi langkah inisiasi terjemahan, lain proses perpanjangan. Bahkan jika kodon penggunaan dalam kaitannya dengan
variasi dari tRNA kolam renang memiliki dampak yang kuat dalam beberapa kondisi stres (yaitu diubah O
2
tingkat [10]) dan peptida penangkapan bisa berhenti terjemahan elongasi
dengan cara yang diatur oleh isyarat lingkungan [11], mayoritas mekanisme yang dikenal regulasi terjemahan menargetkan
proses inisiasi translasi [12] di mana ribosom merakit di
Singkatan: 30SIC, 30S inisiasi kompleks; 70SIC, 70S inisiasi kompleks; IF,
mRNA di urutan detik [13,14]. Ini lambat, faktor
langkah inisiasi tingkat-membatasi; PRE, pH elemen responsif; r-protein, protein ribosom; RBP,
protein sintesis memberikan jendela waktu yang
diperlukan untuk protein yang mengikat ribosom; RBS, ribosom situs mengikat; RNA-Seq, urutan RNA; RNAP, RNA
polimerase; Srna, RNA non coding kecil; SD, Bersinar Dalgarno; asd, anti SD; ThrRS, threonyl tRNA sintetase; TPP, tiamin

pirofosfat; UTR, daerah tidak diterjemahkan.

Peraturan antara mRNA transkripsi dan translasi aktif atau degradasi mRNA. Memang, pada bakteri, transkripsi, terjemahan dan
degradasi mRNA adalah proses saling berhubungan [15e19] dengan * Penulis Sesuai.
dampak yang kuat pada regulasi dan kontrol kualitas.
Biochimie 114 (2015) 18e29
Isi daftar tersedia diScienceDirect

Biochimie:
situs jurnal http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2015.03.007
www.elsevier.com/locate/biochi0300-9084 / 2015 Elsevier BV dan Soci et e Franaise de Biochimie et Biologie Mol eculaire
(SFBBM). Seluruh hak cipta.

Metode pelacakan tunggal-partikel baru-baru ini dan waktu-diselesaikan pencitraan sel tunggal kuantitatif E. coli kromosom
dan distribusi spasial ribosom mengungkapkan mentalization comparti- kemungkinan mesin terjemahan. Studi ini mengesankan
bahwa subunit ribosom dapat melakukan terjemahan dari mRNA yang baru lahir dalam lingkungan padat nucleoid sementara
aktif menerjemahkan polysomes membentuk di pinggiran dan di imity-proxy dekat membran [20e22]. Sejalan dengan lokalisasi
ribosom pada nucleoid, link langsung antara polimerase RNA dan subunit ribosom kecil telah diusulkan untuk melibatkan faktor
transkripsi dilestarikan universal NusG dan protein ribosom S10 [17]. Pelopor putaran terjemahan diduga erat mengendalikan
laju transkripsi [18] dengan mencegah backtracking spontan RNA polymerase [23,24] untuk Fasilitator readthrough tate dari
hambatan in vivo. Ini mungkin berarti bahwa transkripsi lebih lambat di 50 daerah belum diterjemahkan (50 UTR) dan di situs
awal terjemahan. Selain itu, kecepatan pemanjangan RNA polimerase dan jeda spesifik enzim mempengaruhi dinamika mRNA
lipat [25e28] dan sebagai konsekuensinya pembentukan struktur mRNA alternatif dan akses regulator trans-acting mungkin
disukai. Telah dihipotesiskan bahwa ini adalah mengapa 50 UTRs dari berbagai mRNA yang terstruktur dan telah bebas
berkembang berdedikasi situs regulatory [29,30]. Memang, struktur mRNA di 50 daerah sangat berdampak inisiasi terjemahan
dan karena itu menargetkan beberapa mekanisme peraturan. Selain itu, pengamatan baru-baru ini juga mengungkapkan bahwa
mRNA bakteri membawa 30 besar UTRs, yang berdampak efisiensi terjemahan [31].
1.3. Inisiasi terjemahan sebagai target untuk regulasi
Berbeda dengan eukariota dan archaea (diulas lihat Ref. [32,33]), proses inisiasi pada bakteri melibatkan sejumlah agak
rendah faktor trans-acting. Ribosom bersama dengan aminoacylated dan formylated inisiator tRNA (fMet-tRNA
fMet),
mRNA, dan tiga faktor inisiasi (IF1, IF2, IF3) berkumpul di
proses multi-langkah yang mengarah pada pembentukan berturut-turut dua kompleks inisiasi berturut . The "30S kompleks
inisiasi" (30SIC) dibentuk pada langkah-langkah awal di Ribosom Binding Site (RBS) dari mRNA. MRNA secara stabil
mengikat 30S melalui nya bersinar-Dalgarno urutan (SD) melengkapi anti SD (ASD) urut pada 30 akhir 16S rRNA [34e36]. Bagi
banyak mRNA bakteri, pemilihan inisiasi kodon yang sesuai (dengan Agustus nonical ca-, GUG atau UUG) tergantung pada
pembentukan SDeaSD helix singkat ini. Tiga faktor inisiasi (IF1, IF2, dan IF3) kinetis membantu pembentukan pertama interaksi
codoneanticodon spesifik antara fMet-tRNA
fMet
dan mRNA [37]. Mereka bekerja sama untuk memastikan lokasi
yang benar dari inisiator tRNA pada 30S, mengoreksi interaksi codoneanticodon pertama dan merangsang transisi ke fase
elongasi (untuk review lihat Ref. [38]). IF1 mengikat 30S dan mempromosikan penataan ulang konformasi [39] yang mendukung
pengikatan IF3 dan IF2 [40]. The GTPase IF2 mempertahankan inisiator tRNA di P / I posisi yang benar yang memungkinkan
asosiasi subunit cepat [37,41]. IF3 criminates dis terhadap non-kanonik inisiasi kodon (AUU dan AUC) [42e46] mengerahkan
aktivitas proofreading ini selama bergabung dari subunit [47]. Setelah kompleks 30SIC terbentuk, trans- reading frame lational
diatur dan sintesis protein dapat mulai. Selama langkah-langkah berikut inisiasi terjemahan, bergabungnya subunit ribosom besar
(50S) ke 30SIC mengarah ke pembentukan "kompleks inisiasi 70S" (70SIC; dibuat oleh kecil dan subunit ribosom besar, yang
fMet-tRNA
fMet
dan mRNA), siap untuk pembentukan ikatan peptida pertama. Selama masa transisi ini,
penyesuaian fMet-tRNA
fMet
di ribosom P-situs dan pembebasan semua faktor yang digabungkan dengan hidrolisis GTP
molekul
M. Duval et al. / Biochimie 114 (2015) 18e29 19
terikat IF2 [37,48e50]. Pembentukan 70SIC benar menandai transisi ireversibel ke fase perpanjangan.
Pengikatan mRNA untuk subunit 30S adalah salah satu langkah yang paling penting dari inisiasi terjemahan dan beberapa
aspek dari proses ini belum sepenuhnya dipahami. Untuk beberapa mRNA, pertama mengikat dengan 30S mungkin terjadi di
stand-oleh situs (Gambar. 1), sebuah situs yang berbeda dan kadang-kadang jauh dari RBS pada mRNA [51e54] tersebut.
Berbeda dari interaksi SD / ASD, kontak ini dianggap lemah tapi penting untuk relocalize 30S di RBS. Hanya beberapa contoh
dari situs pengikatan ini telah dijelaskan sejauh [51e53] dan fitur struktural atau urutan belum sepenuhnya dipahami. Telah

diusulkan bahwa dilipat daerah dari 50 UTRs bisa berinteraksi dengan lingkungan bermuatan positif spesifik 30S, platform.
Terletak antara tubuh dan kepala 30S, protein r S2, S7, S11, S18 dan S21 membentuk sarang sekitar asd dari 16S rRNA [55].
Meningkatkan konsentrasi lokal dari mRNA pada platform 30S kinetik bisa membantu pembentukan interaksi yang lebih
spesifik, yaitu sesegera SD yang akan tersedia [55e57] (Gambar. 1). Kekuatan interaksi SDeaSD jelas tergantung pada sejauh
mana interaksi pasangan basa dan pada urutan mRNA SD. Ini bervariasi sebagian besar dalam mRNA dan proporsi SD kuat
mengandung mRNA sangat beragam dalam bakteri [58].
Lokasi helix SDeaSD dan jalan mRNA terstruktur unstruc- diselesaikan pada ribosom oleh X-ray kristalografi [56,57]. Studi
ini menunjukkan bahwa sekitar 30 nukleotida tidak terstruktur meliputi SD dan kodon Agustus berbaring di alur yang
mengelilingi kepala 30S, sehingga posisi yang benar dari inisiasi kodon di pusat decoding. Akomodasi dari mRNA dalam 30S
decoding saluran (Gambar. 1) di E. coli dirangsang oleh protein ribosom spesifik platform, S1 [59]. Protein ini juga penting untuk
docking dari SD lemah mengandung mRNA untuk 30S [59,60]. Selain urutan SD, beberapa elemen mRNA telah ditunjukkan
untuk mempengaruhi kinetika pembentukan kompleks inisiasi: sifat dari kodon inisiasi, jarak antara kodon inisiasi dan SD,
distribusi non-acak nukleotida hulu dan hilir dari SD, dan struktur atau urutan elemen hadir dalam 50 UTRs [50,51,61e63].
Unsur-unsur ini per se dapat fine tune penerjemahan interplaying langsung dengan ribosom. Bahkan, Federasi tampaknya tidak
memiliki peran dalam mengikat dan akomodasi dari beberapa mRNA ke dalam 30S decoding saluran [40]. Namun demikian,
telah melaporkan bahwa IF2 selektif merangsang perekrutan mRNA tanpa pemimpin [64], proses yang berlangsung secara
langsung pada 70S [65], sementara IF3 antagonis awal otentik mereka kodon selektif tion [66], menunjukkan bahwa translasi
yang efisiensi kelas mRNA ini dapat dimodulasi tergantung pada ketersediaan komponen-komponen dari mesin translasi. Tiga
faktor disajikan dalam jumlah setara seimbang dengan jumlah ribosom dalam sel. Mekanisme genetik yang menjamin ekspresi
bersama ini masih belum diketahui, namun sengatan dingin ditemukan menyebabkan ketidakseimbangan stoikiometrik yang kuat
(dua-tiga kali lipat) dari rasio antara faktor inisiasi (IF1, IF2, IF3) dan ribosom tanpa mengubah rasio stoikiometri antara faktor
sendiri [67]. Dalam kondisi ini, IF3 telah dilaporkan selektif-masing mendukung penjabaran spesifik mRNA dingin-shock,
sementara IF1 merangsang terjemahan umum dalam dingin. Akhirnya, hanya untuk IF3 mekanisme umpan balik kontrol translasi
telah diusulkan [68].
Karya struktural [55,69] menyarankan bagaimana ribosom bertindak sebagai pemain aktif dalam kontrol translasi. Docking
dan terungkapnya 50 mRNA ini terstruktur dari subunit 30S adalah langkah-langkah penting yang memodulasi terjemahan [29].
Struktur mRNA ini, juga disebut operator translasi, dapat langsung merasakan isyarat lingkungan, dan / atau dapat dikenali oleh
faktor trans-acting, yang bisa berkisar dari metabolit ke trans-acting kecil RNA non coding (Srna) dan