Pemeriksaan laboratorium meliputi penelitian mikroskopis dari material segar yang tidak
di cat dan yang di cat serta sediaan biakan dengan kondisi yang sesuai untuk tumbuh nya
beraneka ragam organism, termasuk juga jenis organism yang paling mungkin menjadi penyebab
berdasarkan bukti klinis. Jika suatu mikroorganisme telah di isolasi, maka kemudian di lakukan
identifikasi. Mikroorganisme yang diisolasi bisa diuji untuk kepekaan terhadap obat-obat
antimikroba. Bila pathogen signifikan telah diisolasi sebelum pengobatan, kelanjutan
pemeriksaan laboratorium selama dan sesudah pengobatan mungkin menjadi lebih baik.
Specimen yang diperoleh dengan benar merupakan salah satu langkah penting dalam
diagnosis suatu infeksi karena hasil tes diagnostic untuk penyakit infeksi tergantung pada
pemilihan, waktu, dan metode pengambilan specimen. Bakteri yang hidup maupun yang mati,
tentang terhadap banyak zat kimia dan dapat ditemukan pada tempat anatomi yang berbeda dan
dalam cairan tubuh serta jaringan tubuh yang berbeda selama perjalanan penyakit infeksius.
Karena isolasi agen begitu penting dalam perumusan diagnosis, specimen harus diambil dari
tempat yang paling mungkin menghasilkan agen pada stadium penyakit saat itu dan harus
ditangani dengan cara mendorong pertumbuhan dan ketahanan hidup agen.
Penemuan bakteri dan jamur adalah hal yang paling penting jika agen diisolasi dari
tempat yang secara normal tidak ada mikroorganisme (dalam keadaan normal adalah daerah
steril). Semua jenis mikroorganisme yang di biakkan dari darah, cairan serebrospinal, cairan sendi
atau rongga pleura merupakan temuan diagnosis yang bermakna. Sebaliknya, banyak bagian dari
tubuh yang memiliki mikroba flora normal yang dapat berubah oleh pengaruh eksogen maupun
endogen. Penemuan pathogen potensial dari saluran pernapasan, pencernaan, urogenital; dari
luka; atau dari kulit harus dipertimbangkan dalam konteks flora normal pada masing masing
tempat tertentu. Data mikrobilogis harus berkorelasi dengan informasi klinis dengan tujuan untuk
sampai pada interpretasi yang berarti dari hasil yang di dapat.
Jenis specimen yang diperiksa, ditentukan oleh gambaran klinis yang tampak. Jika gejala-
gejala atau tanda-tanda mengarah pada keterlibatan satu system organ, specimen diambil dari
sumber tersebut. Jika tidak ada tanda atau gejala yang terlokalisir, pertama-tama diambil sampel
darah berulang untuk biakan dan kemudian di pertimbangkan specimen dari tempat lain secara
berurutan, sebagian tergantung pada kemungkinan keterlibatan system organ pada pasien tertentu
dan sebagian lagi berdasarkan pada kemudahan dalam mendapatkan specimen.