Pengendalian Ekspresi Gen

Posted on Maret 8, 2015 by Hikmat

Semua sel mengandung satu set gen, yang dapat dianggap sebagai satu set instruksi untuk
membuat masing-masing jumlah yang sangat besar protein. Penciptaan protein dari gen yang
disebut ekspresi gen.

Namun, untuk sel yang diberikan tidak semua petunjuk ini benar-benar digunakan, dan di antara
mereka yang, ada pula yang digunakan lebih dari orang lain atau hanya dalam keadaan tertentu.
Mengontrol ekspresi gen sangat penting untuk sel karena memungkinkan untuk menghindari
pemborosan energi dan bahan baku dalam sintesis protein tidak perlu.

Dengan demikian, memungkinkan sel untuk menjadi entitas yang lebih ramping dan serbaguna
yang dapat merespon perubahan kondisi dengan menyesuaikan fisiologi nya. Untuk memahami
kontrol ekspresi gen, dua konsep kunci harus dipahami. Pertama, ekspresi gen memerlukan
transkripsi, proses pembuatan utusan asam ribonukleat (mRNA) salinan asam deoksiribonukleat
(DNA) gen.

Transkripsi hanya bisa terjadi jika RNA polimerase atase pertama, atau mengikat, untuk DNA.
Mengontrol proses pengikatan ini adalah cara utama yang ekspresi gen dikendalikan, dan protein
merupakan pengendali utama mengikat. Konsep penting kedua adalah bahwa molekul protein
yang membantu mengatur mengikat sendiri bisa diatur.

KONTEN YANG DISPONSORI

by

Anda bisa hasilkan 600 Juta sebulan dengan trik ini

Pria Bali ini terbukti hasilkan 74 Miliar secara Online

Orang-orang kaya marah: mahasiswi ungkap cara hasilkan $425/hari

Saya menghasilkan 225 juta rupiah sebulan dengan trik ini!

Hal ini biasanya terjadi ketika beberapa molekul lain mengikat protein, menyebabkan protein
untuk mengalami perubahan struktural, dengan kata lain, untuk mengubah bentuk. Dalam
beberapa kasus perubahan bentuk ini akan membantu RNA polimerase untuk mengikat DNA,
dan dalam kasus lain itu akan mencegahnya dari melakukannya.
Kontrol dalam Prokariota
Kontrol negatif. Konsep bahwa ekspresi gen dapat dikontrol berasal dengan studi yang dilakukan
pada tahun 1950 oleh ilmuwan Perancis François Jacob dan Jacques Monod. Mereka
mempelajari metabolisme gula, yang disebut laktosa, dengan coli bakteri E..

metabolisme β-laktosa membutuhkan tiga protein. Galaktosidase dan permease laktosa keduanya
terlibat langsung dalam metabolisme laktosa; β-galaktosidase menghidrolisis laktosa menjadi
galaktosa dan glukosa, dan laktosa permease mengangkut laktosa melintasi membran sel bakteri.

Peran fisiologis protein ketiga, Acetylase thiogalactoside, tidak jelas. Yakub dan Monod
menemukan bahwa jumlah dari tiga protein semua meningkat ketika E. coli dikultur dalam
laktosa yang mengandung menengah (sumber nutrisi). Hal ini menyebabkan hipotesis bahwa tiga
gen yang diatur bersama-sama sebagai satu kesatuan.

Jenis unit multigene dijuluki sebagai “operon” dan terdiri dari gen struktural, yang protein
encode, ditambah urutan peraturan berbaring hulu pada DNA. Gen-gen struktural dalam operon
ditranskripsi sebagai mRNA tunggal, dan mRNA demikian poligenik (atau polisistronik).

Sebuah seri elegan percobaan menunjukkan bahwa transkripsi dimulai ketika turunan laktosa,
alolaktosa, menyebabkan represor untuk dihapus dari situs inisiasi transkripsi. Dengan demikian,
laktosa mengatur sintesis enzim yang diperlukan untuk metabolisme sendiri dengan melepaskan
represi transkripsi dikenakan atas mereka.

Jenis regulasi disebut regulasi negatif, karena mempekerjakan represi untuk mencegah
transkripsi. Penggunaan protein aktivator dalam kontrol positif ekspresi gen juga sering terjadi
pada prokariota. Dalam sistem ini, protein aktivator mempromosikan transkripsi.

Kontrol positif. Kontrol positif dari ekspresi gen diilustrasikan oleh aktivator transkripsi, protein
aktivator gen katabolit (CAP). CAP mengaktifkan transkripsi operon lac, di samping banyak
operon diinduksi lainnya. Karena glukosa merupakan sumber makanan yang disukai, operon lac
tidak diaktifkan dalam sel E. coli dikultur dalam medium yang mengandung glukosa dan laktosa
sampai glukosa habis. Namun, karena laktosa, orang mungkin berharap operon lac akan
derepressed dan karenanya aktif.

Tapi percobaan telah menunjukkan bahwa glukosa itu sendiri merepresi aktivitas operon lac,
sehingga hanya ketika laktosa merupakan satu-satunya sumber energi itu diaktifkan. Represi
glukosa ini diamati untuk beberapa operon lain yang menyandikan enzim untuk pemanfaatan
sumber energi alternatif. Represi glukosa terjadi melalui mekanisme yang positif. Glukosa yang
dikonsumsi, tingkat dalam sel tetes.

Kadar glukosa yang rendah merangsang produksi molekul kecil yang disebut cyclic- AMP
(cAMP), yang kemudian mengikat CAP. CAP mengalami perubahan struktural yang
memungkinkan untuk mengikat DNA dan mengaktifkan transkripsi. Dengan demikian, regulasi
operon lac dicapai oleh sebuah kolaborasi antara kontrol negatif dari represor lac dan kontrol
positif CAP.

The lac represor dan CAP adalah contoh regulator inisiasi transkripsi. Meskipun sebagian besar
regulator bertindak pada tingkat ini, beberapa tindakan di tingkat pemanjangan mRNA, setelah
transkripsi telah dimulai. Tryptophan operon (trp operon) terdiri dari lima gen struktural yang
diperlukan untuk biosintesis asam amino triptofan.

Hal ini diatur pada tingkat inisiasi melalui skema peraturan negatif seperti itu untuk operon lac;
Namun, mekanisme tambahan, yang disebut redaman transkripsi, juga di tempat kerja.

Bagian dari mRNA yang dihasilkan dari operon trp spontan lipatan ke dalam struktur stem-loop
yang memperlihatkan urutan terminasi, menyebabkan transkripsi untuk mengakhiri sebelum
waktunya. Namun, ketika triptofan kurang, ribosom bekerja lebih lambat (karena tryptophan
yang dibutuhkan untuk membuat protein).

Hal ini memungkinkan waktu untuk pembentukan struktur yang berbeda, batang-loop, yang
menyembunyikan urutan terminasi, dengan hasil yang transkripsi yang terus dan transkrip full-
length diproduksi. Dengan demikian, produk akhir dari operon, triptofan, aktif berpartisipasi
dalam regulasi sintesis sendiri.

Ini adalah tema umum dalam regulasi transkripsi prokariotik. Redaman transkripsi dapat terjadi
pada prokariota karena terjemahan dari mRNA dimulai sebelum sintesis selesai. Pada eukariota
itu tidak terjadi karena transkripsi dan translasi adalah proses benar-benar terpisah yang tidak
terjadi secara bersamaan.

Transkripsi eukariotik
Peraturan transkripsi adalah dengan kebutuhan yang kompleks jauh lebih dalam sel eukariotik
(sel dengan inti) daripada di sel prokariotik. Tidak hanya sel eukariotik lebih besar dan lebih
tinggi terkotak, tapi eukariota multiselular melewati beberapa tahap perkembangan, masing-
masing memerlukan protein yang berbeda, di jalan menuju negara yang berbeda terakhir mereka.
Juga, organisme multisel mengandung banyak jenis sel yang berbeda, masing-masing
mengungkapkan set yang berbeda dari protein.

Fitur dasar tertentu regulasi transkripsi dibagi antara prokariota dan eukariota; dalam kedua
kasus itu melibatkan interaksi antara aktivator dan represor yang mengikat urutan cis-acting pada
DNA.

Namun, salah satu perbedaan utama adalah bahwa, tidak seperti DNA prokariotik, eukariotik
kromosom yang melilit protein yang disebut histon, untuk membentuk bentuk kental dari DNA
yang disebut kromatin. Hal ini cenderung untuk menekan transkripsi gen, dan beberapa aktivator
transkripsi telah ditemukan berfungsi dengan menghilangkan kromatin diinduksi represi.
Fitur lain yang membedakan eukariotik dari transkripsi prokariot adalah bahwa RNA polimerase
tidak mengikat langsung ke DNA melainkan mengikat melalui satu set protein yang disebut
faktor transkripsi dasar. Dengan demikian, dalam banyak kasus peran aktivator adalah untuk
merekrut faktor transkripsi ini ke situs promotor daripada langsung merekrut polimerase sendiri.

Akhirnya, sedangkan gen prokariotik sering dikendalikan oleh hanya satu atau dua protein
regulator, gen eukariotik biasanya dikendalikan oleh banyaknya faktor. Kompleksitas tambahan
ini memungkinkan untuk fine-tuning aktivitas gen dalam menanggapi berbagai rangsangan.

Struktur transkripsi Aktivator

Banyak aktivator transkripsi pada dasarnya modular dalam struktur dalam domain DNA-binding
dan transactivation (atau aktivasi) domain hampir dapat dianggap sebagai dua protein yang
berbeda yang secara fisik terhubung. Domain DNA-binding adalah bagian dari molekul DNA
yang kontak di situs promotor.

Domain transactivation adalah bagian yang merekrut faktor lain promotor sehingga laju
transkripsi gen meningkat. Meskipun faktor transkripsi domain DNA-binding bervariasi dalam
urutan asam amino, banyak dapat ditempatkan dalam kategori struktural berdasarkan struktur
tiga dimensi mereka. Di antaranya adalah kelas zinc finger, helix-loop-helix, dan helix-turn-
helix.

Meskipun struktur tiga dimensi dalam kelas yang sama, domain mengikat setiap individu dapat
mengenali urutan DNA yang berbeda karena perbedaan asam amino tertentu dan kontak asam
amino DNA yang berbeda. Banyak domain aktivasi transkripsi juga dapat ditempatkan ke dalam
kategori, yang paling umum yang merupakan kategori domain aktivasi asam. Lainnya termasuk
kelas-glutamin kaya dan kaya prolin.

Pengendalian Ekspresi Gen

Peraturan transkripsi Aktivator

Peraturan transkripsi kadang-kadang terjadi melalui kehadiran sederhana atau tidak adanya
faktor transkripsi. Contoh dari hal ini adalah dalam regulasi imunoglobulin (protein kekebalan
tubuh, juga disebut antibodi) gen rantai berat, yang dinyatakan dalam limfosit B (sel darah putih
yang membuat antibodi) tetapi tidak jenis sel lainnya.

Enhancer ini gen (daerah yang jauh dari promotor) mengandung sedikitnya sembilan situs
mengikat protein regulator. Enhancer yang bertindak dengan aktivator hadir dalam limfosit B,
sedangkan pada sel nonlymphocyte represor yang hadir yang menghambat transkripsi. Hal ini
membatasi ekspresi gen untuk limfosit.

Seringkali, bagaimanapun, regulasi tidak terjadi pada tingkat kehadiran atau tidak adanya protein
regulator melainkan dengan modulasi aktivitasnya. Dengan demikian, faktor transkripsi banyak
yang selalu hadir dalam sel, menunggu sinyal tertentu yang akan mengkonversi mereka dari aktif
ke bentuk aktif. Bagaimana ini dicapai? Tiga mekanisme yang paling umum adalah peraturan
lokalisasi nuklir, regulasi DNA mengikat, dan regulasi transactivation.

Pengendalian Ekspresi Gen

Peraturan Nuklir Localization. Dalam banyak kasus protein disimpan dalam sitoplasma, jauh dari
gen target, sampai sinyal stimulus untuk memasuki inti dan mengaktifkan transkripsi. Ini modus
regulasi bekerja karena transportasi ke dalam inti diatur, sehingga hanya protein yang memiliki
tag khusus yang diperbolehkan masuk. Faktor transkripsi NF-kB, yang mengatur sejumlah gen
dalam sel kekebalan yang membantu melawan infeksi, diatur dengan cara ini.

NF-kB hadir dalam sitoplasma sel kekebalan distimulasi sebagai kompleks dengan protein
inhibitor disebut iκB. Setelah menerima rangsangan, seperti infeksi virus, iκB menjadi
terfosforilasi dan kemudian terdegradasi, meninggalkan NF-kB bebas untuk masuk inti dan
mengaktifkan gen target untuk membantu melawan infeksi. Menariknya, salah satu dari gen
target gen i B, dan dengan demikian penghambatan NF-kB dibangun kembali tak lama
kemudian.

Semacam ini mekanisme umpan balik negatif, membawa sel kembali ke negara yang tidak
distimulasi, adalah umum di antara gen diinduksi. Selain itu, aktivasi NF-kB menggambarkan
fitur umum lain transkripsi regulasi faktor eukariota: fosforilasi sering digunakan sebagai saklar
yang interconverts faktor transkripsi bolak-balik antara bentuk tidak aktif dan aktif.

Peraturan DNA Binding. Mekanisme umum kedua di mana aktivitas faktor transkripsi
dikendalikan melalui perubahan kemampuan DNA-binding nya. Keluarga reseptor hormon
steroid adalah contoh yang baik dari ini. Keluarga ini faktor transkripsi memiliki banyak
anggota, semua yang terkait dalam struktur, namun mengikat hormon steroid yang berbeda di
satu sisi, dan mengaktifkan set yang berbeda dari gen di sisi lain.

Beberapa reseptor hormon ini berada dalam sitoplasma dan lain-lain dalam inti, tapi semua tidak
dapat mengikat urutan DNA target mereka sampai mereka pertama kali mengikat hormon steroid
yang sesuai mereka. Hal ini menyebabkan mereka mengalami perubahan konformasi yang
meningkatkan afinitas mereka untuk DNA, yang memungkinkan mereka untuk mengikat. Hal ini
melalui tindakan mereka pada reseptor hormon dan DNA bahwa hormon steroid memberi efek
kuat terhadap sel-sel tubuh.

Cara lain untuk meningkatkan kemampuan DNA-pengikatan faktor transkripsi adalah untuk
mendorong ke multimerize. Banyak faktor yang tidak aktif dengan sendirinya, tetapi ketika
diinduksi untuk mengikat faktor-faktor lain, mereka dapat mengikat sasaran urutan mereka dan
mengaktifkan transkripsi. Faktor-faktor lain dapat berupa molekul identik faktor yang sama,
sehingga membentuk homo-multimers, atau protein yang berbeda, membentuk hetero-multimers.

Contoh dari ini terjadi dengan kejutan panas factor (HSF) dalam sel mamalia, yang setelah
bentuk stimulasi homotrimers. Afinitas DNA-pengikatan molekul tunggal HSF untuk situs yang
mengikat terlalu rendah untuk menjadi fisiologis signifikan; Namun, sebuah kompleks tiga
molekul mengikat situs target yang sangat erat, membuat HSF salah satu faktor transkripsi yang
paling diinduksi dikenal.

Peraturan transactivation. Akhirnya, beberapa aktivator transkripsi sudah terikat ke situs target
mereka di promotor gen namun tetap transcriptionally aktif sampai mereka distimulasi. Dalam
ragi, HSF sudah trimerized dan terikat dengan beberapa gen target dalam sel yang tidak
distimulasi. Heat shock (kenaikan suhu) menyebabkan fosforilasi HSF di beberapa situs, yang
menginduksi perubahan struktural dalam protein yang merilis domain transactivation.

Contoh-contoh tersebut menggambarkan sejumlah cara di mana aktivator transkripsi dapat

diatur. Namun, harus diingat bahwa banyak diatur dalam lebih dari satu cara. Sebagai contoh,
kedua lokalisasi nuklir dan kemampuan DNA-pengikatan aktivator dapat dikendalikan. Jadi,
bahkan jika beberapa molekul harus terjadi ke dalam inti karena kesalahan, mereka tidak akan
mampu mengikat dan mengaktifkan gen target mereka.

Semacam ini kontrol ketat ini penting karena tingkat kadang-kadang bahkan kecil protein dapat
memicu kaskade reaksi yang dapat secara dramatis mengubah fisiologi sel. Hal ini penting untuk
menghindari jenis alarm palsu agar sel tidak membuang-buang energi yang berharga dan sumber
daya, dan sehingga tetap siap untuk merespon stimulus asli.