REGULASI KERJA GEN PADA EUKARIOT

Regulasi ekspresi gen berjalan pada berbagai tingkatan, mulai dari tingkat gen sampai tingkat
jaringan. Regulasi ini berjalan sehubungan dengan proses diferensiasi sel, dalam rangka
pembentukan berbagai jaringan dan organ, dan juga berjalan karena ada kebutuhan tertentu, yang
berhubungan dengan siklus biologi (Jusuf, 2003).

a. Regulasi pada Tingkat Struktur Kromosom

Proses diferensiasi sel berjalan bersamaan dengan proses pertumbuhan dan perkembangan
individu. Bersamaan dengan proses mitosis, saat membentuk sel baru, terjadi proses
pengkhususan sel anak dengan cara membedakan gen-gen yang akan berekspresi pada kedua sel
anak tersebut. Terjadi pemilihan gen-gen yang secara permanen berekspresi dan yang secara
permanen tidak berekspresi. Jadi, diferensiasi sel merupakan hasil pemilihan gen-gen yang
diekspresikan atau tidak diekspresikan pada sel. Munculnya sel yang terspesialisasi merupakan
hasil dari pemilihan gen-gen yang harus berekspresi dan gen-gen yang tidak diaktifkan. Regulasi
ekspresi gen pada eukariot berlangsung pada beberapa tingkat, mulai dari tingkat struktur
kromosom sampai pada tingkat pascatranslasi (Jusuf, 2003).
Kromosom eukariot tersusun atas dua komponen yaitu DNA dan protein histon. DNA
mengandung informasi untuk mengendalikan kehidupan, dan histon berfungsi untuk melindungi
DNA dari kerusakan mekanik, misalnya putus saat bergerak pada waktu mitosis dan meiosis.
Kromosom yang nampak di bawah mikroskop cahaya pada saat mitosis atau meiosis merupakan
hasil penggulungan DNA pada histon. Penggulungan ini berlangsung melalui beberapa tingkat.
Kromosom yang berada dalam fase di luar mitosis atau meiosis secara umum berada dalam
keadaan tidak tergulung. Sedangkan kromosom yang berada dalam keadaan tergulung gennya
tidak berekspresi. Gen-gen yang secara permanen tidak diekspresikan pada suatu jaringan,
kemungkinan besar DNAnya berada dalam keadaan tergulung.
Studi morfologi kromosom di bawah mikroskop cahaya memperlihatkan adanya pita
heterokromatin dan eukromatin. Heterokromatin merupakan wilayah dengan DNA tergulung
sangat kompak, sehingga bila diwarna akan terlihat lebih pekat, sedangkan pada eukromatin
gulungannnya lebih longgar sehingga warnanya lebih terang. Pada wilayah heterokromatin,
terdapat gen-gen yang tidak aktif berekspresi, sedangkan gen-gen yang aktif berekspresi terdapat
pada wilayah eukromatin.
Kromosom dari jaringan yang berbeda dan dari tahapan perkembangannya yang berbeda
menunjukkan bahwa wilayah heterokromatin dapat berubah menjadi eukromatin. Sebaliknya
eukromatin juga dapat berubah menjadi heterokromatin. Hal ini menunjukkan bahwa antar
jaringan terdapat perbedaan gen yang aktif berekspresi, dan juga menunjukkan bahwa
diferensiasi sel merupakan tahapan penentuan jenis gen yang secara permanen diekspresikan
atau tidak diekspresikan pada setiap jenis sel.
Pengaktifan gen dengan pembentukan heterokromatin dapat berlangsung tidak hanya pada
wilayah tertentu, tetapi juga dapat terjadi pada keseluruhan kromosom. Sebagai contoh,
penginaktifan satu kromosom-X yang terjadi pada individu betina. Telah diketahui bahwa pada
Lalat buah (Drosophila) jantan memiliki satu kromosom-X yang terkondensasi tersebut dikenal
sebagai Barr-Body. Namun demikian, kromosom yang inaktif akibat terkondensasi masih dapat
terurai kembali dalam pembelahan sel (mitosis). Proses penginaktifan berjalan pada awal
perkembangan sel.
Pemilihan satu dari dua kromosom-X yang diinaktifkan berjalan secara acak sehingga bila pada
kromosom-X terdapat sel-sel dengan alel yang berbeda-beda. Sebagai contoh, warna bulu kucing
dikendalikan oleh sepasang alel dominan resesif yang terpaut kromosom-X, adanya alel yang
berbeda-beda menghasilkan bulu kucing yang bercampur pada suatu jaringan antara hitam dan
cokelat (Jusuf, 2003).

b. Regulasi Ekspresi pada Tingkat Transkripsi

Penggulungan dan pengudaran gulungan DNA pada kromosom memberikan arahan penentuan
gen-gen mana yang akan diekspresikan dan gen mana yang tidak akan diekspresikan. Namun
demikian masih ada sistem berikutnya yang mengatur berjalannya proses ekspresi. Hanya
sebagian kecil gen-gen pada sel tipikal pada tanaman dan hewan yang diekspresikan yaitu gen-
gen yang diperlukan untuk fungsi yang telah terspesialisasi. Namun gen-gen yang produknya
secara rutin dimanfaatkan oleh semua sel, seperti glikolisis, akan selalu dalam keadaan
terekspresi setiap saat.
Pada eukariot tidak dikenal adanya operon seperti yang terdapat pada prokariot, tiap gen
mempunyai promotor dan terminator masing-masing. Pada eukariot terdapat lebih banyak
protein dan lebih banyak ruas DNA yang terlibat dalam regulasi, protein-protein ini disebut
faktor transkripsi. Lebih lanjut pada eukariot protein-protein tersebut kelihatan lebih banyak
yang berperan sebagai aktivator ketimbang sebagai represor.
Aktivator pada aktivitasnya akan berinteraksi dengan ruas-ruas DNA yang disebut ruas pemacu
(enchancer). Berbeda dengan operator prokariot, ruas pemacu mempunyai jarak yang cukup jauh
dari promotor, mungkin berada di sebelah hilir atau sebelah hulu dari gen. Aktivator mungkin
juga berinteraksi dengan protein yang lain, ramuan besar dari protein ini meningkatkan ketepatan
penempelan transkriptase pada promotor dan inisiasi transkripsi. Beberapa ruas pemicu ikut
terlibat dalam proses regulasi.
Faktor transkripsi lainnya yaitu represor berperan menghambat atau mencegah terjadinya
transkripsi. Proses kerjanya mirip dengan aktivator, yaitu berinteraksi dengan ruas pengendali
yang disebut silencer, dan mencegah transkriptase melakukan inisiasi transkripsi.
Pada eukariot sering terdapat gen-gen penyandi enzim untuk lintasan metabolisme yang sama
terdapat secara tepencar pada berbagai kromosom. Koordinasi ekspresi gen kelihatannya sangat
bergantung pada asosiasi antara ruas-ruas pemacu dengan gen-gen yang terpencar tersebut.
Sejumlah faktor translasi yang mengenali runtutan basa dari ruas tersebut akan menempel pada
ruas-ruas tersebut dan secara serempak menjalankan transkripsi dari gen-gen tersebut (Jusuf,
2003).

c. Regulasi Tingkat Pascatranskripsi

Struktur mRNA eukariot tidak sama dengan RNA prokariotik. Pada hnRNA sebagai molekul
hasil transkripsi terdapat ruang intron dan ekson. Bagian intron akan dipotong dan hanya bagian
eksonnya yang dipertahankan untuk membentuk membentuk mRNA. Pemilihan ruas intron dan
ekson dapat merupakan salah satu cara regulasi. Dengan cara memilih ruas hnRNA mana yang
akan diambil (sebagai ekson) atau akan dibuang (sebagai intron), maka dari satu ruas gen yang
sama dapat disandikan dua jenis mRNA atau polipepetida.
Sebagai contoh pada tikus, enzim amilase yang dihasilkan oleh kelenjar ludah dengan yang
dihasilkan pada hati. Pada lalat buah, perbedaan antara lalat jantan dan betina ditentukan oleh
gugus protein, yang satu khas pada jantan dan yang lain pada betina. Kedua protein ini
disandikan oleh gen yang sama, yang berbeda hanya pada cara pemilihan intron dan eksonnya.
d. Regulasi pada Tingkat Translasi
Setelah mRNA masuk ke dalam sitoplasma akan terjadi proses translasi menghasilkan protein.
Regulasi dapat terjadi pada tahapan ini, yang meliputi berbagai cara termasuk pendegradasian
mRNA, inisiasi translasi, pengaktifan protein, dan degradasi protein.
Ada tiga metode utama yang sudah diketahui dari sel-sel eukariotik untuk meregulasi pembuatan
proteinnya pada tahap translasi :
1. Dengan cara mengubah waktu paruh atau stabilitas mRNA.
2. Dengan mengontrol inisiasi dan laju trnaslasi.
3. Modifikasi protein setelah translasi.

e. Regulasi pada tingkat mRNA

Panjang pendeknya umur mRNA akan menentukan kuantitas protein yang disintesis, mRNA
yang berumur panjang akan menghasilkan protein lebih banyak daripada yang dihasilkan mRNA
berumur pendek. Bakteri mempunyai mRNA yang berumur sangat pendek, dalam beberapa
menit akan didegradasi oleh enzim. Oleh karena itu, bakteri sangat mudah mengubah proteinnya
sehubungan dengan penyesuaian diri dengan perubahan lingkungan. Berbeda dengan bakteri,
mRNA eukariot berumur panjang, beberapa jam bahkan sampai beberapa minggu. Contoh
mRNA yang berumur panjang adalah mRNA yang terdapat pada sel darah merah vertebrata.
Pada sel darah merah avertebrata, mRNA berperan sebagai pabrik pembuat protein hemoglobin.
Pada sebagian besar spesies vertebrata, mRNA hemoglobin sangat stabil, mungkin berumur
sama dengan sel darah merah yang mengandungnya. Pada burung, mRNA berumur sekitar satu
bulan. Lebih panjang lagi pada reptil, amphibi, dan ikan dimana mRNAnya dipakai berulang
untuk translasi.

f. Regulasi pada Inisiasi Translasi

Terdapat sejumlah protein yang berfungsi mengatur jalannya translasi. Contohnya, sel darah
merah mempunyai protein yang berfungsi sebagai inhibitor terhadap inisiasi translasi mRNA
hemoglobin. Protein inhibitor ini akan menjadi tidak aktif bila ada senyawa heme. Senyawa
heme yaitu senyawa penyusun hemoglobin yang berfungsi untuk mengikat Fe. Bila ada heme
maka polipeptida penyusun hemoglobin dapat disintesis, dan kemudian akan berasosiasikan
dengan heme membentuk molekul hemoglobin.

g. Regulasi Pasca Translasi

Sebelum menjadi protein aktif atau fungsional, polipeptida hasil transkripsi akan mengalami
suatu pemrosesan agar dapat membentuk struktur fungsionalnya. Pemrosesan ini melibatkan
pemotongan rantai polipeptida atau penambahan asam amino baru atau senyawa lain seperti
karbohidrat pada rantai polipeptida. Sebagai contoh polipeptida yang akan ditranspor melewati
membran akan mengandung ruas signal transpor dibagian hulu rantainya. Ruas signal transpor
akan berperan membawa polipeptida melewati pori-pori membran. Ruas signal ini akan dipotong
setelah polipeptida melewati membran. Insulin aktif mengandung dua rantai asam amino, namun
kedua rantai tersebut berasal dari satu polipeptida hasil transkripsi. Translasi menghasilkan
prapreinsulin yang mengandung ruas signal dan ruas preinsulin. Insulin akan ditranspor melewati
membran. Setelah melalui membran ruas signal dipotong sehingga menyisakan ruas preinsulin.
Selanjutnya preinsulin dipotong kembali menghasilkan dua rantai insulin fungsional (Jusuf,
2003).
Modifikasi pascatranslasi, misalnya ubikuitinasi, dapat menyebabkan protein terpoteolisis.
Ubikuitin adalah suatu protein kecil yang jika melekat secara kovalen ke protein target akan
memberikan sinyal penghancuran bagi protein target tersebut oleh sebuah kompleks protein yang
dikenal sebagai proteosom. Banyak gen yang terlibat dalam regulasi siklus sel dihancurkan
dengan cepat oleh mekanisme tersebut. Hal itu memungkinkan protein-protein yang baru
dihasilkan untuk meneruskan langkah berikutnya. Modifikasi semisal fosforilasi adalah
mekanisme yang meregulasi aktivitas protein yang dapat mengarah pada regulasi pembuatan
protein. Sebagai contoh, sejumlah protein hanya aktif (dengan kata lain bisa melaksanakan
kemampuan enzimatik ataupun pengikatan DNA nya) jika terfosforilasi pada residu asam amino
tertentu. Fosforilasi dilangsungkan oleh enzim yang disebut kinase. Residu fosfat dapat
disingkirkan oleh enzim yang disebut defosforilase. Dalam sistem kompleks, seringkali ada
serangkaian kinase dan defosforilase yang mengaktifkan serangkaian target protein, yang pada
akhirnya mengarah pada suatu faktor transkripsi. Faktor transkripsi lalu menjadi teraktivasi
(akibat fosforilasi dan defosforilasi) sehingga mengakibatkan regulasi transkripsi suatu gen.
Sebuah mekanisme kontrol pascatranslasi lainnya melibatkan pemrosesan protein. Eukariot
mensintesis hanya mRNA monosistronik, tapi rantai-rantai polipeptida tunggal yang dihasilkan
bisa dipotong-potong menjadi dua atau lebih komponen protein fungsional. Sebuah protein
multikomponen semacam itu diistilahkan poliprotein.

Pertanyaan dan Jawaban:

REGULASI KERJA GEN PADA EUKARIOT
1. Apa yang membedakan antara prokariotik dan eukariotik pada regulasi ekspresi pada tingkat
transkripsi ?
Jawab: Pada eukariot tidak dikenal adanya operon seperti yang terdapat pada prokariot, tiap gen
mempunyai promotor dan terminator masing-masing. Pada eukariot terdapat lebih banyak
protein dan lebih banyak ruas DNA yang terlibat dalam regulasi, protein-protein ini disebut
faktor transkripsi. Lebih lanjut pada eukariot protein-protein tersebut kelihatan lebih banyak
yang berperan sebagai aktivator ketimbang sebagai represor. Selain itu, aktivator pada
aktivitasnya akan berinteraksi dengan ruas-ruas DNA yang disebut ruas pemacu (enchancer).
Berbeda dengan operator prokariot, ruas pemacu mempunyai jarak yang cukup jauh dari
promotor, mungkin berada di sebelah hilir atau sebelah hulu dari gen.
2. Apa perbedaan mRNA prokariot dengan eukariot?
Jawab: mRNA eukariot berumur panjang, beberapa jam bahkan sampai beberapa minggu.
Contoh mRNA yang berumur panjang adalah mRNA yang terdapat pada sel darah merah
vertebrata. Pada sel darah merah avertebrata, mRNA berperan sebagai pabrik pembuat protein
hemoglobin. Pada sebagian besar spesies vertebrata, mRNA hemoglobin sangat stabil, mungkin
berumur sama dengan sel darah merah yang mengandungnya. Pada burung, mRNA berumur
sekitar satu bulan. Lebih panjang lagi pada reptil, amphibi, dan ikan dimana mRNAnya dipakai
berulang untuk translasi.
3. Apa maksud dari penggulungan dan pengudaran gulungan DNA pada kromosom?
Jawab: Penggulungan dan pengudaran gulungan DNA pada kromosom memberikan arahan
penentuan gen-gen mana yang akan diekspresikan dan gen mana yang tidak akan diekspresikan.
4. Sebelum menjadi protein aktif atau fungsional apa yang selanjutnya dialami oleh polipeptida
hasil transkripsi?
Jawab: polipeptida hasil transkripsi akan mengalami suatu pemrosesan agar dapat membentuk
struktur fungsionalnya. Pemrosesan ini melibatkan pemotongan rantai polipeptida atau
penambahan asam amino baru atau senyawa lain seperti karbohidrat pada rantai polipeptida.
Sebagai contoh polipeptida yang akan ditranspor melewati membran akan mengandung ruas
signal transpor dibagian hulu rantainya. Ruas signal transpor akan berperan membawa
polipeptida melewati pori-pori membran. Ruas signal ini akan dipotong setelah polipeptida
melewati membran. Insulin aktif mengandung dua rantai asam amino, namun kedua rantai
tersebut berasal dari satu polipeptida hasil transkripsi.