Judul Jurnal : The Genetic Variations and Relationship of Madura Tobaccos

(Nicotiana tabacum L.) Based on Molecular Characteristics

Judul : Indonesia Journal of Biotechnology
Volume : Vol. 21 (2) : 70-75
Tahun : 2016
Penulis : Fitri Nadifah dan Budi S. Daryono
Riviewer : Aditya R. A.
Tanggal : 15 Oktober 2018

Latar Belakang
Pulau Madura adalah salah satu area tembakau yang terbesar di Indonesia dengan 30–
33% dari total area perkebunan tembakau di Indonesia. Secara geografis, lingkungan Madura
cocok untuk pertumbuhan tembakau karena tanaman ini mudah disesuaikan dengan lokal
lingkungan dan juga membentuk genotipe dan karakter fenotipe. Adaptasi ini mengarah pada
pembentukan berbagai tembakau lokal genotip. Informasi pada variasi genetik dan hubungan
antara tembakau Madura juga diperlukan sebagai panduan untuk program pemuliaan tanaman
dan konservasi plasma nutfah.

Tujuan
1. Sebagai panduan untuk program pemuliaan tanaman dan konservasi plasma nutfah.
2. Menentukan hibridisasi dilakukan di antara kedua genotip dengan melihat hubungan
dan sifat superior.

Metodologi
Ekstraksi DNA dari sampel daun dilakukan menggunakan NucleonTM Phytopurekit
isolasi sesuai dengan pabrikan instruksi. Enam primer tunggal: OPA18 AGGTGACCGT),
OPB12 (TCGGCGATAG), OPB14 (TCTGTGCTGG), OPC8 TGGACCGGTG), OPC1
(TTCGAGCCAG), OPC19 (GTTGCCAGCC) (Operon Teknologi) dan campuran primer:
OPB12 + OPC8) dan (OPC1 + OPC19) digunakan untuk amplifikasi RAPDPCR. Total
volume reaksi PCR 25 µl terdiri dari 2 µl template DNA (10 ρg – 1 μM); 2,5 µl of primer
(0,1-1 μM) dan 20 µl Mega Mix Blue PCR master mix (Microzone). Reaksi PCR dengan dua
primer terdiri dari 2 μl template DNA, 2 μl primer dan 19 μl master PCR campuran. Siklus
amplifikasi DNA adalah satu siklus dengan suhu 94 ° C selama 5 menit, dan 45 siklus suhu
denaturasi 94 ° C selama 1 menit, annealing 36 ° C selama 1 menit dan suhu elongasi 72 ° C
selama 2 menit. Siklus berakhir dengan postelongation suhu 72 ° C selama 7 menit. Hasil
amplifikasi kemudian diselesaikan dengan elektroforesis gel agarosa menggunakan 1,5%
agarose (w / v) dan noda DNA GoodViewTM (ECOLI). Data biner dihasilkan dari RAPDPCR
amplifikasi digunakan untuk menghitung koefisien kemiripan genetik Dice dari rumus Nei
dan Li (1979). Dari data koefisien kemiripan genetik, analisis dari pengelompokan kemudian
dilakukan oleh Numerik Sistem Analisis Taksonomi dan Multivariat untuk komputer pribadi
(NTSYSpc) versi 2.10. Kesamaan genetik antara genotipe berdasarkan koefisien kesamaan
genetik atau jarak genetik diatur menggunakan Metode Kelompok Golongan Tidak
Bertimbang Aritmatika (UPGMA). Keanekaragaman genetik di antara sampel ditetapkan oleh
program POPGENE 1,32. Analisis ini untuk menentukan nilai keragaman genetik
berdasarkan pada Nei keragaman gen (1973) dan persentase pita polimorfik.

Hasil
1. Amplifikasi dengan PCRRAPD
Hasil amplifikasi DNA menggunakan OPC8 primer dapat dilihat bahwa 500 bp
dan band 800 bp muncul di semua sampel, kecuali dalam sampel 15. Dengan yang lain
primer, 425, 450, 500, 550 dan 800 bp band-band juga tidak muncul dalam sampel 15.
2. Panjang Rata-Rata Pita yang Dihasilkan oleh Campuran Primer
Average length of bands generated by mixture primers is 264.29 bp, shorter than
single primers (358.49 bp). Akibatnya, fragmen DNA lebih pendek untuk diperkuat.
3. Hasil Keseluruhan Penggunaan Teknik RAPD
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa RAPD adalah teknik yang dapat
diandalkan digunakan untuk identifikasi variasi genetik dan hubungan tembakau lokal
Madura. Keragaman genetik tembakau Madura merupakan kekayaan sumber daya
genetik yang seharusnya dilestarikan.

Kesimpulan
Amplifikasi menggunakan 6 RAPD primer dan dua pasangan menghasilkan dua primer
ganda OPA18425, OPB12450, OPC8500, (OPC19 + OPC1) 550 dan OPC8800 sebagai
penanda khusus. Amplifikasi dengan campuran primer menghasilkan polimorfik persentase
pita yang relatif sama dengan primer tunggal (<60%), tetapi dengan panjang rata-rata pita
DNA yang lebih pendek. Berdasarkan pada dendogram, 24 genotipe tembakau Madura
bergerombol menjadi klaster A dan klaster B. Klaster A terdiri dari 22 genotipe sementara
klaster B terdiri dari 2 genotipe: Prancak95 dan Bukabu Sa’ang. Kedua genotipe dapat
digunakan sebagai orang tua untuk menghasilkan varietas yang diinginkan karena klaster B
dipisahkan dan memiliki kemiripan terendah dengan genotipe lainnya. Tembakau Madura
miliki kesamaan genetik tinggi antara genotipe mulai dari 0,80-1,00.

Kelebihan penelitian
1. Penjelasan sangat detail.
2. Dasar teori yang tepat.

Kekurangan penelitian
1. Penulisan masih kurang tepat.