MIND MAPPING

PRAKTIKUM VI : PENGENALAN BIOINFORMATIKA

Jika lembaran Mind Mapping

kurang dapat ditambahkan kertas
HVS sendiri dengan ditempel
disamping.

92 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 6 PENGENALAN
BIOINFORMATIKA
TUJUAN PRAKTIKUM

Mahasiswa mampu mengenal situs NCBI dan membuat profil

gen dari database yang tersedia.

DASAR TEORI

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap

sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat
(sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan
teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein
mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat,
sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada
akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium
Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology
Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada
pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan
jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan
1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-
proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan
akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya
menyebabkan lahirnya bioinformatika.

93 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari
perkembangan teknologi informasi dibidang molekular.
Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari
perkembangan biologi molekular modern, salah satunya
peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang
terdapat dalam molekul DNA. Kajian yang terdapat pada
bidang bioinformatika memadukan disiplin biologi molekul,
matematika dan teknik informasi (TI). Ilmu ini didefinisikan
sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk
menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi molekul.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode
genetik DNA saat ini didukung oleh teknologi informasi melalui
perkembangan hardware dan software. Baik pihak pabrikan
software dan hardware maupun pihak ketiga dalam produksi
perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya
Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang
melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara
maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa
melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat.
Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus
memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau
sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh
pada tahun 1977. Kemudian sekuen seluruh DNA manusia
terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen
dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini
belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data

94 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di
AS yang didirikan tahun 1982.
Salah satu server yang memuat data base tentang
informasi kesehatan dan bioteknologi adalah NCBI (National
Center for Biotechnologi Information). NCBI merupakan suatu
institusi yang fokus pada penyediaan informasi dalam
pengembangan ilmu biologi molekuler. NCBI memiliki database
genetik organisme-organisme yang hidup di Bumi. Database
tersebut dapat diakses oleh publik yang membutuhkan informasi
tersebut. Data base terus menerus di update sesuai dengan
penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein,
Senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, NCBI juga
menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA,
protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve domain dan
lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen,
protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang
terlengkap dan menjadi dasar data base para peneliti di dunia.
Pada praktikum kali ini, mahasiswa akan dikenalkan
dengan pencarian profil gen dan fasta sekuen nukleotida pada
suatu gen. Pengenalan materi dan mempraktikannya dalam
kegiatan laboratorium di bidang biologi molekuler khususnya
terapan ilmu bioinformatika menjadi sangat penting di bidang
kedokteran. Bioinformatika mulai berkembang dalam dunia
kedokteran, sebagai sarana dalam membuka berbagai harapan
baru bagi dunia pengobatan terhadap penyakit-penyakit serius
yang selama ini belum dapat diterapi dengan maksimal. Peranan

95 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
bioinformatika dalam bidang klinis dunia kedokteran ini dikenal
sebagai istilah informatika klinis (clinical informatics).

ALAT DAN BAHAN

Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum kali ini

adalah alat tulis menulis, laptop, dan jaringan internet.

CARA KERJA
1. Siapkan laptop dan buka server pencarian google anda.

2. Ketikkan pada google NCBI atau masukkan alamat situsnya

www.ncbi.nlm.nih.gov

96 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
3. Klik, NCBI dan masuk ke websitenya temukan halaman
utama

4. Arahkan kursor ke bagian All Database dan pilih, sesuai

tujuan praktikum yaitu kita pilih GENE dan klik GENE

97 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
5. Ketikkan Gene Target (CYP19A1 Human) yang akan kita
teliti, kemudian ENTER
6. Kemudian muncul halaman muka seperti di bawah ini
7. Klik, link CYP19A1 Human dengan deskripsi CYP19A1 Homo
sapiens (human), muncul keterangan GENE
8. Selanjutnya, turunkan kursor, dan lihat pada bagian bawah,
terlihat keterangan.
9. Turunkan kursor ke bawah dan temukan bagian NCBI
Reference Sequence (Refseq) dan fokus pada keterangan
RefSeqGene
10.Klik, FASTA dan lihat hasilnya

PERTANYAAN PRAKTIKUM

Kerjakan Pertanyaan Praktikum di bawah ini di lembar terakhir

laporan praktikum.
1. Apa yang dimaksud dengan fasta sekuen?
2. Informasi apa yang anda dapat dari Gene yang anda buka
di NCBI ?
a. Lokasi gen berada di kromosom berapa?
b. Berapa jumlah ekson pada gen yang anda teliti ?
c. Berapa Kode Number Genome (NG) pada reference
sequence gene?
d. Berapa Kode NC dan NM pada gen tersebut ?
e. Berapa panjang Gen tersebut ?

98 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 LAPORAN PRAKTIKUM MAHASISWA

99 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 LAPORAN PRAKTIKUM MAHASISWA

100 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 LAPORAN PRAKTIKUM MAHASISWA

101 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 LAPORAN PRAKTIKUM MAHASISWA

102 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K
 LAPORAN PRAKTIKUM MAHASISWA

103 | P r a k t i k u m B I O L O G I M E D I K