Berdasarkan taksonomi:
Ekologi tumbuhan
Ekologi serangga
Ekologi ikan
Ekologi mikroba
Ekologi virus
Ekologi plankton
Dan lain-lain
Berdasarkan habitat:
Ekologi bahari
Ekologi danau
Ekologi sungai
Ekologi estuaria
Ekologi terestrial
Ekologi padang rumput
Dan lain-lain