SEJARAH AWAL KEHIDUPAN
• Dinding sel, memberikan kekakuan pada
_ Diawali sekitar 3,8 miliar tahun yang silam
_ Kondisi saat itu sangat ekstrim : atmosphere
dipenuhi methane, ammonia, dan gas toksik lain
yang tidak mungkin dihuni oleh kehidupan
sekarang
_ Kehidupan sel dipercaya diawali dari kehidupan
Archaea
_ Kelompok Cyanobacteria mengawali
fotosintesis, mengubah atmosfir yang ekstrim
menjadi layak huni seperti sekarang
Alasan Belajar Mikrobiologi
_ Mikroba mengawali kehidupan
_ Mikroba agen pendaur ulang di alam (suplier pertama)
_ Mikroba penyebab sehat dan sakit
_ Mikroba sumber bahan makanan
_ Mikroba jasad pengolah makanan
_ Mikroba berperan dalam industri (pangan dan obat)
_ Mikroba mitra (simbion) tanaman penghasil pangan
_ Mikroba adalah bioremediator
_ Mikroba alat (tool) penelitian ilmiah
Keberadaan Mikroba di Alam
_ Jumlah di bumi 5 x 1030
_ Total karbon setara dengan total karbon tanaman di
bumi
_ Jumlah kolektif N dan P prokaryot 10 kali dari
biomasa tanaman
_ Merupakan porsi majoritas dari biomasa di bumi
Teori Generasi Spontan
(Abiogenesis)
_ Teori ‘‘spontanous generation’ since biblical time
_ Van Helment (tikus dari biji dan karung)
_ John Needham (kehidupan dari air kaldu)
_ Anggapan umum bahwa belatung berasal dari daging
daging
Teori Biogenesis
_ Fransisco Redi 1668 (belatung berasal dari lalat)
_ Spallanzanni 1769 (memanaskan kaldu)
_ Franz Schulze 1836 (menggunakan asam)
_ Theodor Schwann 1837 (udara panas)
_ Schroder and Von Dusch 1854 (kapas)
_ Louis Pasteur 1864
Leher angsa
−Kontaminasi wine (Pasteurisasi)
−Ragi wine (Kultur murni)
−Imunisasi (Antraks, Kolera, Rabies)
Sel prokariota
Sel
Sel adalah satuan struktural pada makhluk hidup.
Beberapa ciri sel yang membedakannya dengan
benda mati adalah:
1.Tumbuh dan berkembang biak
2.Terorganisasi dengan baik dan sangat selektif
terhadap zat yang akan masuk kedalamnya
3.Tersusun atas elemen utama C, N, O, dan S
4.Dapat mengambil elemen, elektron atau energi
yang dibutuhkannya dari lingkungan
(metabolisme)
Komponen Utama Sel
• Membran sel, lapisan tipis yang memisahkan sel
dengan lingkungan
struktur sel dan melindungi membran sel
• Sitoplasma, bagian dalam sel terdiri dari air dan
makromolekul
• Kromosom, menyimpan kode genetik untuk
hereditas sel dan fungsi biokimia
• Ribosom, mengubah kode genetik menjadi
katalis
• Enzim, katalis yang memungkinkan terjadinya
reaksi biokimia
Jenis Sel
• Prokariota: sel yang kromosomnya tidak
terletak dalam nukleus
c/o: bakteri dan archaea
• Eukariota: sel yang kromosomnya terletak
di dalam nukleus
c/o: alga, protozoa, hewan, tumbuhan
Flagella
• Flagella (singular = flagellum)
– Tersusun atas unit-unit protein
– Motility (chemotaxis)
– Bentuk dan letak flagella
• Monotrichous – flagellum tunggal
• Lophotrichous – sekumpulan kecil
• Amphitrichous – kedua ujung sel
• Peritrichous – di permukaan sel, random
Fimbriae
• Fimbriae digunakan untuk melekat pada
Permukaan
Pili
• Pili digunakan pada proses konjugasi
(melekat pada individu lain)
Slime Layer
• Slime layer: tidak teratur, melekat tidak
kuat pada dinding sel
Biofilms
• Biofilm = komunitas mikroba yang
melekat pada satu permukaan
• Dapat terdiri dari 1 atau lebih organisme
Glycocalyx
• Mantel polisakarida atau polipeptida
yang melindungi sel, juga disebut
ekstraseluler polisakarida (EPS)
• Dibuat dalam sel yang lalu disekresikan
Fungsi dari Glycocalyx
• Melekat pada permukaan
• Perlindungan dari kekeringan, dan virus
Dinding Sel
• Fungsi
– menentukan bentuk sel
– melindungi sel pecah apabila tekanan air
lebih tinggi didalam sel
– tempat melekatnya flagella
• Dibedakan dengan pewarnaan Gram
Membran Sitoplasma Ukuran bakteri bervariasi antara 0.5 – 2
• Dua lapisan lipid Dm (lebar) dan 1 – 5 Dm (panjang)
– Phospholipids 2. Reproduksi dan Pertumbuhan
– Protein • Umumnya dengan membelah diri (sel anak
mempunyai sifat genetik yang sama dengan
• Fungsi – Mengatur transport induknya/clon)
– Tempat sintesis ATP Waktu yang diperlukan untuk formasi sel baru dapat
mencapai 30 menit (E. coli) dalam 1 hari dapat
Sitoplasma mencapai berat kering 18 kg
• Tempat aktivitas biokimia sel • Cara reproduksi lainnya adalah dengan spora
• 70-80% air (Streptomyces), filamen (Nocardia), tunas, atau
dengan konjugasi
• Kromosom bakteri
• Ribosome – sintesis protein Sumber Karbon dan Energi
3. Sumber Energi
DNA – Kromosom Bakteri • Fototrof: sumber energi dari cahaya
• Kromosom sirkular panjang tunggal
• Kemotrof: sumber energi dari reaksi
• Tidak ada bungkus inti
kimia
• Melekat pada membran plasma
4. Sumber Karbon
• Dapat mempunyai DNA sirkular kecil
• Autotrof: menggunakan senyawa
berupa plasmid (selain kromosom)
anorganik
• Heterotrof: menggunakan senyawa
RNA organik
• Messenger RNA (mRNA) – merekam
kode dari DNA, membawanya untuk Kondisi Lingkungan
5. Kondisi Lingkungan Tumbuh
sintesa protein
• Temperatur
• Transfer RNA (tRNA) – masing-masing - Psikrofil : -5 – 20 °C
untuk tiap asam amino - Mesofil : 8 – 45 °C
• Ribosomal RNA (rRNA) – bagian - Termofil : 40 – 70 °C
struktural dari ribosome - Hipertermofil : 65 – 110 °C
• pH
- Asidofil
Ribosome - Alkalifil
• rRNA + protein - Netrofil
• Tempat sintesa protein Kondisi Lingkungan
• Diinhibisi oleh beberapa jenis antibiotik
• Kehadiran molekul oksigen
Badan inklusi
• Penyimpan
- Aerobik
– Nutrien - Anaerobik
– mineral - Fakultatif
– Gas Vacuoles: buoyancy
• Salinitas
Endospores - Halofil
• Sel dorman (dididihkan sampai 20 jam - Ekstrim halofil
untuk menghancurkannya) 5/4/2015
• Pertahanan apabila kondisi lingkungan
tidak menguntungkan
8
• Sporulasi : pembentukan spora • Kelompok bakteri yang penting
• Germinasi : kembali ke sel vegetatif - Bakteri gram positif
- Bakteri ungu (Proteobacteria): gram
Beberapa Pengaruh Medis dari negatif, kemoorganotrof
Bakteri-bakteri Endospora c/o: Pseudomonas, Nitrobacter,
• Bacillus anthracis - anthrax Nitrosomonas
– bioterrorism - Cyanobacteria
• Clostridium
– C. tetani - tetanus Bakteri Khusus
– C. botulinum - botulism • Bakteri fotosintesis
– C. perfringens - gas gangrene – Cyanobacteria – ganggang hijau-biru
Bakteri Archaea
1. Morfologi • Hampir serupa dengan bakteri
• Coccus : streptococci, streptococci, • Dinding sel bakteri selalu mengandung
sarcina peptydoglican, Archaea tidak.
• Bacillus • Bakteri dan golongan Eukaryota
• Spirillum mempunyai membran yang terdiri dari
asam lemak
• Banyak yang hidup pada kondisi
lingkungan ekstrim
• Kelompok Archaea yang penting adalah
methanogen yang mengubah hidrogen
dan asetat menjadi methan
Terjadi apabila akseptor elektron umum spt
molekul oksigen, nitrat, atau sulfat tidak
tersedia
Archaea memanfaatkan CO2 yang
merupakan hasil samping metabolisme
bakteri sebagai akseptor elektron
Struktur Sel Eukariotik
Struktur sel eukariotik meliputi membran plasma,
sitoplasma, nukleus, sentriol, retikulum endoplasma,
ribosom, kompleks Golgi, mitokondria, lisosom,
badan mikro, dan mikrotubulus.
a. Membran plasma
Membran plasma atau membran sel tersusun atas
molekul lemak dan protein. Molekul lemak tersusun
atas dua lapis, terdapat di bagian tengah membran.
Di sebelah luarnya terdapat lapisan protein perifer,
yang menyusun tepi luar dan dalam membran.
Selain protein perifer, terdapat pula molekul-molekul
protein tertentu yang masuk ke dalam lapisan lemak.
Bahkan ada yang masuk hingga menembus dua
lapisan lemak. Protein yang masuk ke lapisan lemak
itu disebut protein integral. Pada tempat-tempat
tertentu, terbentuk pori yang dibatasi oleh molekul
protein. Tebal membran plasma antara 5-10 nm.
Molekul protein dan lemak tidak bersifat diam, tetapi
selalu bergerak. Bayangkan molekul lemak sebagai
“benda cair” yang di atasnya dan di dalamnya
terdapat molekul protein yang “berenang-renang”.
Itulah sebabnya struktur membran yang demikian
disebut sebagai “membran mosaik cair” (bahasa
kerennya : fluid mosaic membrane).
Lemak membran tersusun atas fosfolipid (lemak
yang bersenyawa dengan fosfat), glikolipid (lemak
yang bersenyawa dengan karbohidrat), dan sterol
(lemak alkohol, misalnya kolesterol). Sedangkan
protein membran tersusun atas lipoprotein (protein
yang bersenyawa dengan karbohidrat).
Fungsi membran plasma
1. Melindungi isi sel
Membran plasma berfungsi mempertahankan isi sel
2. Mengatur keluar masuknya molekul-molekul
Membran plasma bersifat semipermeabel (selektif
permeabel), artinya ada zat-zat tertentu yang dapat
melewati membran dan ada pula yang tidak.
Molekul-molekul tersebut berguna untuk
mempertahankan kehidupan sel. Zat-zat yang tidak
berguna dikeluarkan dari sel.
3. Menerima rangsangan dari luar (sebagai reseptor)
Rangsangan itu berupa zat-zat kimia, misalnya,
hormon, racun, rangsangan listrik, dan rangsangan
mekanik, misalnya tusukan dan tekanan. Bagian sel
yang berfungsi sebagai reseptor adalah glikoprotein.
b. Sitoplasma
Sitoplasma atau plasma sel, meliputi isi sel, kecuali
nukleus (inti sel). Sitoplasma tersusun atas cairan
dan padatan. Padatan sitoplasma terdiri atas
organel-organel. Organel adalah bagian sel yang
memiliki fungsi khusus, misalnya ribosom,
mitokondria, dan kompleks Golgi. Cairan sitoplasma
disebut sitosol. Sitosol tersusun atas air, protein,
asam amino, vitamin, nukleotida, asam lemak, gula,
dan ion-ion. Sitosol disebut juga sebagai matriks
sitoplasma.
Sitosol tidak homogen (serba sama), tetapi
merupakan suatu larutan heterogen (serbaneka)
yang kompleks. Dilihat dari ukuran zat terlarutnya,
cairan dapat dibedakan menjadi 3 macam, yaitu
larutan, koloid, dan suspensi. Apabila zat terlarut
berukuran < 0,01 mm disebut larutan, jika berukuran
antara 0,01 mm – 0,1 mm disebut koloid, dan jika
berukuran > 0,1 mm disebut suspensi. Sitosol
bersifat koloid, terutama karena adanya protein dan
RNA.
Fungsi sitoplasma
1. Sitoplasma berfungsi sebagai tempat
penyimpanan bahan-bahan kimia yang
penting bagi metabolisme sel, seperti
enzim, ion, gula, lemak, dan protein.
2. Di dalam sitoplasma itulah berlangsung
kegiatan pembongkaran dan penyusunan
zat-zat melalui reaksi-reaksi kimia.
Misalnya proses pembentukan energi,
sintesis asam lemak, asam amino, protein,
dan nukleotida.
 3. Sitoplasma “mengalir” di dalam sel untuk
menjamin berlangsungnya pertukaran zat
agar metabolisme berlangsung dengan
baik. Gerakan organel-organel tertentu
sebagai akibat aliran sitoplasma tersebut
dapat diamati dengan mikroskop.
c. Nukleus
inti sel atau nukleus merupakan organel terbesar
yang berada dalam sel, memiliki diameter sekitar 10
mikrometer. Nukleus biasanya terletak di tengah sel
dan berbentuk bulat atau oval. Setiap sel memiliki
satu inti, kecuali beberapa organisme yang berinti
dua (dikariotik), misalnya Paramecium. Ada juga
organisme berinti banyak (polikariotik), misalnya
jamur. Di dalam inti sel terdapat matriks yang disebut
nukleoplasma, nukleus, RNA, dan kromosom.
Kromosom tersusun atas protein dan DNA. DNA
berfungsi untuk menyampaikan informasi genetik
dan sintesis protein. RNA berfungsi untuk sintesis
protein.
1. Membran nukleus
Membran rangkap nukleus terdiri atas membran luar
dan membran dalam. Membran luar berhubungan
langsung dengan retikulum endoplasma dan
akhirnya ke membran sel. Jadi, antara membran sel
dengan membran nukleus terdapat hubungan
secara langsung melalui retikulum endoplasma.
2. Nukleoplasma
Matriks nukleus disebut nukleoplasma.
Nukleoplasma tersusun atas air, protein, ion, enzim,
dan asam inti. Nukleoplasma bersifat gel. Di
dalamnya terdapat benang-
benangkromatin (benang penyerap warna). Pada
proses mitosis, benang kromatin itu tampak
memendek dan disebut kromosom. Benang
kromatin tersusun atas protein dan DNA.
3. Nukleolus
Nukleolus (anak inti) terbentuk saat terjadi proses
transkripsi (sintesis RNA) di dalam nukleus. Jika
proses transkripsi berhenti, nukleolus menghilang
atau mengecil. Jadi nukleolus bukan merupakan
organel yang tetap, melainkan suatu tanda bahwa
sel sedang melakukan transkripsi untuk
menghilangkan RNA.
Fungsi nukleus
1. Mengendalikan seluruh kegiatan sel,
misalnya metabolisme
2. Mengeluarkan RNA dan unit ribosom dari
inti ke sitoplasma
3. Mengatur pembelahan sel
4. Membawa informasi genetik. Di dalam
nukleus terdapat DNA yang mengandung
informasi genetik atau sifat-sifat yang
dapat diwariskan.
d. Sentriol
Sentriol merupakan organel yang dapat dilihat ketika
sel mengadakan pembelahan. Pada fase tertentu
dalam daur hidupnya sentriol memiliki silia atau
flagela. Sentriol hanya dijumpai pada sel hewan,
sedangkan pada sel tumbuhan tidak (baca
selengkapnya mengenai perbedaan sel hewan dan
sel tumbuhan). Sentriol berjumlah sepasang, terletak
saling tegak lurus antar sesamanya di dekat nukleus.
Pada saat pembelahan mitosis, sentriol terbagi
menjadi dua, masing-masing menuju ke kutub sel
yang berbeda. Kemudian terbentuklah benang-
benang spindel yang menghubungkan kedua kutub
tersebut. Benang spindel berfungsi menarik
kromosom menuju ke kutub masing-masing.
e. Retikulum Endoplasma
Retikulum berasal dari kata reticular yang berarti
anyaman benang atau jala. Oleh karena letaknya
memusat pada bagian dalam sitoplasma
(endoplasma) maka disebut sebagai retikulum
endoplasma (disingkat RE). RE hanya dijumpai di
dalam sel eukariotik, baik sel hewan maupun sel
tumbuhan. Sel-sel kelenjar mengandung lebih
banyak RE dibandingkan dengan sel bukan kelenjar.
RE dibedakan berdasarkan ada tidaknya ribosom
pada membrannya, menjadi RE kasar dan RE halus.
RE kasar, yaitu jika membran RE yang berhadapan
dengan sitoplasma ditempeli ribosom, sehingga
tampak berbintil-bintil. RE halus, yaitu RE yang tidak
ditempeli ribosom. Karena ribosom merupakan
tempat sintesis protein, ala RE kasar merupakan
penampung protein yang dihasilkan. Protein yang
dihasilkan masuk ke lumen (terowongan) RE.
Fungsi retikulum endoplasma
1. Sebagai penampung sintesis protein,
untuk disalurkan ke kompleks Golgi dan
akhirnya dikeluarkan dari sel
2. Menyintesis lemak dan kolesterol
3. Menawarkan racun (detoksifikasi),
misalnya RE yang ada dalam sel-sel hati
4. Jalan transpor dalam memindahkan
molekul-molekul dari bagian sel yang satu
ke bagian sel yang lain.
f. Ribosom
Ribosom tersusun atas RNA-ribosom (RNA-r) dan
protein. Ribosom tidak memiliki membran. Menurut
bentuknya, ribosom terdiri dari unit besar dan unit
kecil yang masing-masing berbentuk bulat. Jika
keduanya bergabung, maka akan terbentuk ribosom
yang berbentuk seperti angka delapan.
Fungsi ribosom adalah untuk menyintesis protein.
Ribosom sendiri disintesis oleh nukleolus.
g. Kompleks Golgi

Kompleks Golgi sering disebut sebagai Golgi saja.
Pada sel tumbuh, kompleks Golgi disebut diktiosom.
Organel ini terletak di antara RE dan membran
plasma. Jumlahnya beragam, dari satu sampai
ratusan untuk tiap sel, cenderung bersambung-
sambungan pada sel hewan namun tidak pada sel
tumbuhan.
Fungsi Golgi
1. Menambahkan glioksilat pada protein
sehingga terbentuk lipoprotein
2. Sebagai organel sekretori
3. Membentuk glikolipida
4. Membentuk dinding sel tumbuhan
5. Membentuk lisosom
h. Lisosom
Lisosom (lyso = pencernaan, soma = tubuh)
merupakan membran berbentuk kantong kecil yang
berisi enzim hidrolitik yang disebut lisozim. Enzim ini
berfungsi dalam pencernaan intrasel, yaitu
mencerna zat-zat yang masuk ke dalam sel.
i. Badan Mikro
Disebut badan mikro karena ukurannya kecil, hanya
bergaris tengah 0,3-1,5 mikrometer. Badan mikro
terdiri atas peroksisom dan glioksisom.
1. Peroksisom
Peroksisom terdapat pada sel hewan dan sel
tumbuhan. Sel yang banyak mengandung
peroksisom adalah sel yang banyak melakukan
oksidasi, misalnya sel hati, sel ginjal, dan sel otot.
Peroksida mengandung enzim katalase. Enzim
katalase berfungsi untuk menguraikan hidrogen
peroksida (H2O2) menjadi oksigen dan air. Hidrogen
peroksida merupakan senyawa hasil sampingan dari
proses pernapasan (oksidasi) sel yang bersifat
meracuni sel. Enzim katalase juga berperan dalam
metabolisme lemak dan fotorespirasi.
2. Glioksisom
Glioksisom hanya terdapat pada sel tumbuhan,
terutama pada jaringan yang mengandung lemak,
seperti biji-bijian berlemak. Glioksisom
menghasilkan enzim katalase dan enzim oksidase
yang keduanya berperan dalam proses metabolisme
lemak yaitu mengubah lemak menjadi gula. Proses
metabolisme lemak menghasilkan enzim yang
diperlukan untuk perkecambahan biji.
j. Mitokondria
Mitokondria merupakan penghasil energi (ATP)
karena berfungsi untuk respirasi. Bentuk mitokondria
beraneka ragam. Ada yang bulat, oval, silindris,
seperti gada, seperti raket, pokoknya macam-
macam deh. Namun secara umum dapat dikatakan
bahwa mitokondria berbentuk butiran atau benang.
Mitokondria mempunyai sifat plastis, yakni
bentuknya mudah berubah.
Mitokondria
Mitokondria mempunyai dua membran, yaitu
membran luar dan membran dalam. Struktur
membran luar mirip dengan membran dalam. Pada
membran dalam terjadi pelekukan ke arah dalam
membentuk kista. Dengan adanya kista ini,
permukaan membran dalam menjadi semakin luas
sehingga proses respirasi sel menjadi efektif. Proses
respirasi berlangsung pada membran dalam
mitokondria (pada kista) dan matriks. Matriks adalah
cairan yang berada di dalam mitokondria dan bersifat
sebagai gel. Matriks tersusun atas air, protein, enzim
respirasi, garam, DNA, dan ion-ion. Enzim-enzim
respirasi itu sangat penting bagi proses
pembentukan ATP. Reaksi respirasi yang
berlangsung di dalam mitokondria adalah reaksi
dekarboksilasi oksidatif, daur Krebs, dan transpor
elektron.
k. Mikrotubulus dan Mikrofilamen
Mikrotubulus dan mikrofilamen menyusun struktur
rangka sel yang disebut sitoskeleton. Pada
organisme multiseluler, sitoskeleton disusun oleh
mikrotubulus, mikrofilamen, dan filamen intermediet.
Mikrotubulus merupakan organel berbentuk tabung
atau pipa, yang panjangnya mencapai 2,5
mikrometer dan diameter 25 nm. Tabung-tabung
kecil itu tersusun atas protein yang dikenal
sebagi tubulin. Fungsi mikrotubulus adalah berperan
dalam pergerakan sel.
Mikrofilamen juga berperan dalam pergerakan sel.
Organel ini berbentuk benang-benang halus, tipis,
dan memanjang. Mikrofilamen tersusun atas dua
macam protein, yaitu aktindan miosin. Mikrofilamen
banyak terdapat pada sel-sel otot. Diameter
mikrofilamen hanya 5 nm. Pada sel otot,
mikrofilamen mengakibatkan adanya kontraksi pada
sel-sel otot. Apabila aktin dan miosin saling menjauh,
sel otot akan relaksasi.
Pada sel-sel Protozoa, misalnya Amoeba,
mikrofilamen berperan dalam pembentukan
pseudopodium, gerakan sel, dan gerakan
sitoplasma. Selain itu mikrofilamen berperan dalam
pembelahan sel, yakni terbelahnya sel menjadi dua
sel anak karena ditarik oleh mikrofilamen yang
menghubungkan membran.