MAKALAH KIMIA FARMASI

MOLECULAR DOCKING

Oleh :
RISKY YANUARI WAHYUNI
NIM 17.71.018692

PROGRAM STUDI D3 FARMASI

FAKULTAS ILMU KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PALANGKARAYA
2018
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada zaman ini dapat membantu
menjawab dan menjelaskan berbagai macam fenomena sains yang terjadi disekitar kita.
Begitu pun di bidang kimia farmasi yang semakin berkembang dalam penemuan dan
perancangan obat baru yang lebih baik efikasinya dan meminimalisir efek samping yang
terjadi. Di era modern ini, metode pengembangan obat – obatan sudah mulai masuk ke ranah
ilmu komputasi, dalam memahami struktur biologi molekuler dan penemuan obat
berdasarkan struktur. Hal ini disebut ‘Computer aided drug design’ (desain obat berbantu
komputer). Salah satu metode yang digunakan adalah Molecular Docking. Docking
digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi dengan situs tambat reseptornya
sehingga dapat diprediksi aktifitasnya. Ligan biasanya berupa molekul kecil, atau dapat pula
berupa protein. Sedangan reseptor berupa rangkaian susunan asam amino protein, atau dapat
pula berupa DNA atau RNA yang terdapat dalam sel tubuh.

B. Rumusan Masalah

1. Apakah yang dimaksud dengan molecular docking?

2. Apa saja manfaat dari molecular docking?
3. Apa saja aplikasi yang digunakan untuk molecular docking?

C. Tujuan

Tujuan dari penulisan makalah ini adalah :

1. Mengetahui apa itu molecular docking.
2. Mengetahui manfaat dari molecular docking.
3. Mengetahui aplikasi yang digunakan untuk molecular docking.
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Molecular Docking
Molecular docking merupakan suatu metode komputasi yang digunakan untuk
menggambarkan interaksi antara suatu molekul sebagai ligan dengan suatu reseptor atau
protein. Reseptor atau target pada proses docking dapat diperoleh dari hasil eksperimen
seperti NMR dan Kristalografi Sinar X ataupun hasil homologi modeling. Molecular docking
sebagai salah satu metodologi dalam structure-based virtual screening, dimulai pada awal
tahun 1980-an. Secara umum, tujuan dari studi docking adalah membuat pemodelan struktur
yang akurat dan prediksi aktivitas yang tepat (Anonim, 2011).
Molecular docking dilakukan untuk mensimulasikan secara komputasi proses pengenalan
molekul. Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi protein dan ligan yang
optimal sehingga energi bebas dari sistem secara keseluruhan diminimalkan. Molecular
docking membantu dalam mempelajari obat / ligan atau interaksi reseptor / protein dengan
mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan geometri terbaik dari
kompleks ligan – reseptor , dan menghitung energi interaksi dari ligan yang berbeda untuk
merancang ligan yang lebih efektif (Fikry, 2015). Untuk melakukan molecular docking,
syarat pertama adalah struktur protein dan ligan yang diinginkan. Biasanya struktur telah
ditentukan dengan menggunakan teknik biofisik seperti kristalografi sinar-x, atau
spektroskopi NMR, kemudian disimpan dalam Protein Data Bank. Sedangkan untuk ligan
yang akan digunakan dapat dibuat dengan software menggambar kimia seperti Chemdraw
atau Marvinsketch. Struktur protein dan basis data ligan yang potensial ini berfungsi sebagai
input untuk program molecular docking (Fikry, 2015).
Untuk melakukan docking, syarat pertama adalah struktur protein dan ligan yang
diinginkan. Biasanya struktur telah ditentukan dengan menggunakan teknik biofisik seperti
kristalografi sinar-x, atau spektroskopi NMR, kemudian disimpan dalam Protein Data Bank.
Sedangkan untuk ligan yang akan digunakan dapat dibuat dengan software menggambar
kimia seperti Chemdraw atau Marvinsketch. Struktur protein dan basis data ligan yang
potensial ini berfungsi sebagai input untuk program molecular docking. Program docking
terdiri dari 2 bagian, yaitu docking algorithms / docking pose dan scoring function. Docking
algorithms/pose berfungsi untuk mencari orientasi/konformasi suatu ligand terhadap situs
tambat reseptornya sehingga didapat konformasi yang paling stabil dari kompleks ligan-
protein yang terbentuk. Gugus – gugus fungsional ligan akan berinteraksi dengan residu –
residu asam amino protein reseptor sehingga membentuk ikatan intermolekular. Kekuatan
ikatan inilah yang dihitung dan diperingkatkan (ranking) dengan Scoring function
(Fikry,2015).

Terdapat dua kelas strategi untuk docking ligan terhadap reseptor. Kelas yang pertama
menggunakan seluruh molekul ligan sebagai titik awal dan menggunakan berbagai algoritma
untuk mencari sifat energi ligan pada binding site, mencari solusi optimal untuk spesifik
fungsi scoring. Algoritmanya termasuk kesamaan geometrik yang saling melengkapi. Kelas
kedua dimulai dengan menempatkan satu atau beberapa fragmen ligan ke daerah pengikatan
kemudian membangun sisa bagian dari keseluruhan molekul (Islamudin, 2016).

Pada docking interaktif memerlukan pengetahuan awal mengenai binding site (posisi
pengikatan). Ligan tersebut kemudian ditempatkan di binding site. Tarikan geometrik seperti
jarak, sudut, dan dihedral antara ikatan dan nonikatan atom dapat memfasilitasi proses
docking. Untuk jarak interatomik, kesetimbangan tarikan menjadi panjang awal untuk ikatan
apabila diperlukan suatu panjang ikatan khusus yang konstan selama simulasi. Biasanya,
konstanta gaya untuk jarak interatomik adalah 7.0 kkcal/mol Ǻ2, sudut 12.5 kcal/mol Å2, dan
sudut dihedral sebesar 16.0 kcal/mol Å2 (Tsai, 2002).

Protein-protein kompleks kinetik dapat dimodelkan dalam dua tahap, dimana protein
bebas membentuk encounter complex kemudian bila encounter complex cukup sama dengan
kompleks yang sebenarnya (energi yang rendah lebih disukai) kompleks protein-protein dapat
terbentuk. Encounter complex biasanya memiliki elektrostatik yang besar ketika tahap antara
encounter complex dan kompleks yang sebenarnya meningkat dari spesifisitas rendah seperti
energi van der Waals, hidrofobisitas, dan ikatan hidrogen (Islamudin, 2016).

Pada tahap awal docking, elektrostatik biasanya dikombinasikan dengan persamaan lain
untuk menyempurnakan fungsi scoring. Contohnya pada program docking DOT,
menggunakan elektrostatik Poisson-Boltzman dan energi van der Waals, kombinasi ini
menghasilkan prediksi yang baik pada beberapa kompleks. Gaya elektrostatik turun lebih
lambat dari gaya lainnya yang terlibat saat docking (1/r2) sehigga gaya ini merupakan
variabel penting untuk dihitung dalam proses awal docking (Islamudin, 2006).

Desolvasi pada ikatan protein adalah energi yang dibutuhkan untuk mengubah ikatan air-
protein dengan ikatan antar protein. Energi desolvasi dikenal sebagai efek hidrofobik yang
berperan penting dalam ikatan protein. Salah satu cara memodelkan energi desolvasi adalah
Energi Kontak Atomik (Atomic Contact Energy/ACE) yang menjabarkan 18 tipe atom dan
menentukan energi kontak berdasarkan pada struktur (Islamudin, 2016).

Ikatan hidrogen merupakan faktor yang menentukan dari spesifisitas ikatan oleh karena
itu ikatan hidrogen berguna pada tahap penyaringan (filter) dan perbaikan (refinement).
Tetapi geometri alaminya (berdasarkan interaksi dipol) membuat ikatan hidrogen sulit
diintegrasikan menjadi suatu fungsi energi yang mudah dihitung (khususnya untuk tahap
awal FFT). Sehingga fungsi potensial energi suatu ikatan hidrogen dibuat berdasarkan
struktur PDB (Kortemme et al., 2003).

B. Manfaat dari Molecular Docking

Molecular docking dapat dianggap sebagai salah satu terobosan baru dalam dunia farmasi
untuk pembuatan obat-obatan baru. Salah satunya yaitu ditemukannya antiviral baru seperti
saquinavir yang berguna untuk menghambat kerja enzim protease HIV menggunakan cara
molecular docking ini (Mardigan, 2012). Molecular docking adalah alat utama dalam biologi
molekular struktural dengan bantuan komputer untuk desain suatu obat (Ayik, 2015).
Metode ini punya beberapa kelebihan bila dibandingkan dengan cara penemuan obat
secara tradisional, antara lain lebih mudah mengidentifikasi senyawa yang dijadikan target,
dapat menyeleksi obat terbaik menurut kita, bisa lebih mudah menentukan enzim yang
digunakan dan mekanisme kerjanya, bisa melihat gambaran interaksi protein, dan biaya
penelitian lebih rendah dengan hasil yang lebih akurat. Kelebihannya juga adalah dapat
digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan sintesis sehingga
mengurangi pelarut dan bahan-bahan kimia yang dapat mencemari lingkungan.

C. Aplikasi untuk Molecular Docking

a. Basis Data (Database)
Salah satu syarat pelaksanaan penambatan molekul adalah adanya struktur protein reseptor
yang dikehendaki. Reseptor atau target proses penambatan diperoleh dari hasil eksperimen seperti
spektroskopi NMR atau pun kristalografi sinar-x. Ligan dan reseptor yang dikehendaki didapatkan
melalui basis data/pangkalan data/database berikut ini.
1. Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) merupakan basis data yang berisi kumpulan arsip mengenai
struktur makromolekul biologi dari seluruh dunia. Basis data ini didirikan oleh Brookhaven
National Laboratories (BNL) pada tahun 1971. Data struktur makromolekul biologi dalam
bentuk tiga dimensi ini didapatkan melalui eksperimen menggunakan teknik kristalografi
sinar X, resonansi magnet inti (Nuclear Magnetic Resonance [NMR]), dan mikroskopi cyro-
electron. Hasil percobaan tersebut kemudian diproses dengan program komputer sehingga
mendapatkan model molekul yang sesuai dengan eksperimen. Basis data ini dapat digunakan
untuk mencari struktur protein reseptor yang hendak ditambatkan (Anonim, 2016).

2. ZINC

ZINC merupakan basis data yang berisi senyawa-senyawa komersil yang dapat digunakan
untuk keperluan penambatan molekul ataupun penampisan virtual. Basis data ini disediakan
oleh Laboratorium Shoichet, Departemen Kimia Farmasi, Universitas California San Fracisco
dan arsip senyawa yang tersedia dipasok oleh Cambridge, ChemDiv, Ryan, Asinex, Sigma-
Aldrich, Maybridge, Specs, Cogmenex, dan Otava. Basis data ini digunakan untuk mencari
struktur ligan.

3. PubChem

Pubchem merupakan basis data berisi senyawa organik, sifat-sifat senyawa, dan struktur
tiga dimensi senyawa tersebut. Basis data Pubchem dikelolah oleh National Institute of
Health (NIH), National Library of Medicine, Amerika Serikat. Basis data ini umum
digunakan untuk mencari struktur ligan yang akan digunakan dalam proses penambatan.
 b. Perangkat Lunak
Perangkat lunak ini berfungsi dalam proses modifikasi berkas (file) struktur tiga dimensi
yang diperoleh dari basis data. Perangkat lunak ini juga berfungsi dalam melakukan fungsi
pencarian kecocokan energi serta kecocokan geometris antara ligan dengan reseptor.
Keberhasilan penambatan molekul bergantung pada algoritma pencarian dan fungsi
perhitungan ligan-protein.

1. Discovery Studio
Discovery studio merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh Dassault Systemes
Biova. Perangkat ini dapat digunakan dalam berbagai hal seperti memvisualisasi berkas (file)
struktur sebuah molekul, menjalankan simulasi kimia, mengidentifikasi interaksi antara
reseptor dengan ligan, dan masih banyak lagi. Perangkat lunak ini digunakan untuk
melakukan perbaikan terhadap berkas struktur reseptor yang didapat dari basis data
(database) dan juga mengkonversi format berkas (file) sehingga dapat digunakan oleh
program lainnya. Aplikasi ini juga dapat digunakan untuk menganalisis hasil penambatan
molekul, namun pada artikel selanjutnya kita tidak menggunakan aplikasi Discovery Studio.

2. AutoDockTools
AutoDockTools merupakan aplikasi front-end dari aplikasi Autodock dan Autodock Vina.
Program AutoDockTools dalam penambatan molekul dapat digunakan dalam mengubah
struktur ligan atau reseptor yang digunakan, mencari parameter grid yang sesuai,
menjalankan penambatan, hingga menganalisa hasil penambatan. Sayangnya, fitur
menjalankan penambatan tidak dapat digunakan akibat adanya pesan galat sehingga fitur ini
dijalankan langsung menggunakan aplikasi Autodock Vina.

3. AutoDock Vina
Autodock Vina merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh The Scripps
Research Institute. Perangkat lunak ini berfungsi dalam melakukan fungsi pencarian dan
penilaian sehingga percobaan mendapatkan data mengenai kecocokan energi dan geomeris.
Perangkat ini tidak memiliki antar muka grafis, sehingga penggunanya harus terbiasa dengan
antar muka teks walaupun perintah yang digunakan sebarnya sangat sederhana. Penggunaan
perangkat lunak Autodock Vina disebabkan oleh manfaat yang dimilikinya berupa mudah
digunakan, residu yang digunakan bersifat fleksibel, akurat, dan cepat.
4. LigPlot +
LigPlot+ merupakan perangkat lunak antar muka grafis dari perangkat lunak LIGPLOT
dan DIMPLOT. Perangkat lunak ini dikembangkan oleh Roman Laskowski. LigPlot+
digunakan pada proses penambatan dalam analisis hasil penambatan molekul. Penggunaan
perangkat ini disebabkan oleh hasil yang lebih jelas dan mudah dimengerti.

5. Molegro Virtual Docker

Molegro Virtual Docker menawarkan cara yang cukup mudah dan akurat untuk
memprediksi bagaimana molekul berinteraksi dengan protein dalam lingkungan yang
terintegrasi. Molengro dapat memprediksi dan menganalisis interaksi protein-ligan, aktivitas
terhadap reseptor, menentukan kesamaan molekul, membangun regresi dan klasifikasi model
berdasarkan informasi struktur, dan merupakan software yang user-friendly.
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Molecular docking merupakan suatu metode komputasi yang digunakan untuk
menggambarkan interaksi antara suatu molekul sebagai ligan dengan suatu reseptor atau
protein. Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi protein dan ligan yang
optimal sehingga energi bebas dari sistem secara keseluruhan diminimalkan.
Aplikasi yang digunakan untuk melakukan molecular docking yaitu :
1. Discovery Studio
2. AutoDockTools
3. AutoDock Vina
4. LigPlot+
5. Molegro Virtual Docker
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2011. Komputasi Biomedik. http://kombiomed.blogspot.com/2011/10/dc-molecular-

-docking.html. Diakses pada 05 November 2018 pukul 21.34 WIB.
Awaluddin, Fikry. 2015. Mengenal Molecular Docking.http://rickyrichmoslem.blogspot.com/
mengenal-molecular-docking.html. Diakses pada 05 November 2018 pukul 20.05
WIB.
Islamudin, Aman. 2016. Molecular Docking. http://islamudinahmad.com/tulisan/artikel-
artikel/artikel-3/molecular-docking/ .Diakses pada 07 November 2018
pukul 20.54 WIB.
Madigan M et al. 2012. Brock Biology of Microorganisms. New York : Pearson.