TRANSLASI

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah

Genetika I yang dibimbing oleh
Prof. Dr.Siti Zubaidah, S. Pd., M. Pd & Andik Wijayanto, S. Si., M. Si.

Disusun oleh:
S1 Pendidikan Biologi/ Offering C

Izjaachwatul Diah 170341615004

Nurul Alfi’ah 170341615070

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
2019
Sintesis Protein: Translasi
Proses dimana informasi genetik disimpan urutan nukleotida dalam mRNA diterjemahkan,
sesuai dengan spesifikasi kode genetik, menjadi urutan asam amino dalam gen polipeptida
produknya kompleks, membutuhkan fungsi yang besar jumlah makromolekul.

(1) lebih dari 50 polipeptida dan tiga hingga lima Molekul RNA hadir di setiap ribosom
(komposisi pasti bervariasi dari spesies untuk spesies)

(2) setidaknya 20 enzim pengaktif asam asam amino,

(3) 40 hingga 60 tRNA berbeda molekul, dan

(4) banyak protein larut yang terlibat dalam inisiasi rantai polipeptida, perpanjangan, dan
pemutusan hubungan kerja. Karena banyak dari makromolekul ini, khususnya komponen
ribosom, hadir dalam jumlah besar di setiap sel.

Gambaran Umum Sintesis Protein

Translasi terjadi pada ribosom, yang merupakan struktur makromolekul kompleks

terletak di sitoplasma. Translasi melibatkan tiga jenis RNA, semuanya ditranskripsi dari
templat DNA (gen kromosom). Selain mRNA, tiga untuk lima molekul RNA (molekul
rRNA) hadir sebagai bagian dari struktur masing-masing ribosom, dan 40 hingga 60 molekul
RNA kecil (molekul tRNA) berfungsi sebagai adaptor dengan memediasi penggabungan
asam amino yang tepat ke dalam polipeptida sebagai respons untuk menentukan urutan
nukleotida dalam mRNA. Asam amino melekat pada Molekul tRNA oleh satu set enzim
pengaktif yang disebut aminoacyl-tRNA synthetases.

Urutan nukleotida molekul mRNA diterjemahkan ke dalam yang sesuai urutan asam
amino sesuai dengan dikte kode genetik. Beberapa polipeptida mengandung sekuens asam
amino pendek pada amino atau karboksil termini yang berfungsi sebagai sinyal untuk
pengangkutannya ke kompartemen seluler tertentu seperti sebagai retikulum endoplasma,
mitokondria, kloroplas, atau inti. Sekretor yang baru, misalnya, protein mengandung urutan
sinyal pendek di ujung amino itu mengarahkan polipeptida yang muncul ke membran
retikulum endoplasma. Urutan penargetan yang serupa juga terdapat pada amino termini dari
protein yang impor ke mitokondria dan kloroplas. Beberapa protein nuklir mengandung
penargetan ekstensi di carboxyl termini. Dalam banyak kasus, peptida penargetan dihapus
secara enzimatik oleh peptidase spesifik setelah pengangkutan protein ke dalam yang sesuai
kompartemen seluler.

Ribosom dapat dianggap sebagai meja kerja, lengkap dengan mesin dan alat yang
dibutuhkan untuk membuat polipeptida. Mereka tidak spesifik dalam arti bahwa mereka bisa
mensintesis setiap polipeptida (urutan asam amino apa pun) yang dikodekan oleh mRNA
tertentu molekul, bahkan mRNA dari spesies yang berbeda. Setiap molekul mRNA secara
bersamaan diterjemahkan oleh beberapa ribosom, menghasilkan pembentukan polyribosome,
atau polisom.

Komponen Yang Dibutuhkan Untuk Sintesis Protein: Ribosom

Sel-sel hidup mencurahkan lebih banyak energi untuk sintesis protein daripada aspek
lainnya metabolisme. Sekitar sepertiga dari total massa kering sebagian besar sel terdiri dari
molekul yang berpartisipasi langsung dalam biosintesis protein. Di E. coli, kira-kira 200.000
ribosom merupakan 25 persen dari berat kering setiap sel. Ketika situs sintesis protein diberi
label dalam sel yang ditanam untuk interval pendek di hadapan asam amino radioaktif dan
divisualisasikan dengan autoradiografi, hasil penelitian menunjukkan bahwa protein
disintesis pada ribosom. Dalam prokariota ribosom didistribusikan ke seluruh sel; dalam
eukariota, mereka berada di sitoplasma, sering pada jaringan membran intraseluler yang luas
dari endoplasma retikulum.

Ribosom adalah sekitar setengah protein dan setengah RNA. Mereka terdiri dari dua
subunit, satu besar dan satu kecil, yang terpisah ketika terjemahan molekul mRNA selesai
dan berhubungan kembali selama inisiasi terjemahan. Setiap subunit mengandung molekul
RNA besar yang terlipat di mana ribosom protein berkumpul. Ukuran ribosom paling sering
dinyatakan dalam hal tarifnya sedimentasi selama sentrifugasi, dalam satuan Svedberg (S).
[Satu unit Svedberg adalah sama dengan koefisien sedimentasi (kecepatan / gaya sentrifugal)
10 13 detik.] ribosom E. coli, seperti ribosom dari prokariota lainnya, memiliki berat molekul
2,5 106, ukuran 70S, dan dimensi sekitar 20 nm 25 nm. Ribosom dari eukariota lebih besar
(biasanya sekitar 80-an); Namun, ukuran bervariasi dari satu spesies ke spesies lainnya.
Ribosom hadir dalam mitokondria dan kloroplas sel eukariotik lebih kecil (biasanya sekitar
60S).

Meskipun ukuran dan komposisi makromolekul ribosom bervariasi, secara

keseluruhan struktur tiga dimensi ribosom pada dasarnya sama di semua organisme. Dalam
E. coli, subunit ribosom kecil (30S) mengandung 16S (berat molekul sekitar 6x105) Molekul
RNA ditambah 21 polipeptida yang berbeda, dan subunit besar (50S) berisi dua RNA
molekul (5S, berat molekul sekitar 4 x 104, dan 23S, berat molekul sekitar 1,2 x 106) plus 31
polipeptida.

Dalam ribosom mamalia, subunit kecil mengandung molekul 18S RNA ditambah 33
polipeptida, dan subunit besar berisi tiga molekul RNA ukuran 5S, 5.8S, dan 28S ditambah
49 polipeptida. Dalam organel, yang bersesuaian dengan ukuran rRNA adalah 5S, 13S, dan
21S. Masayasu Nomura dan koleganya mampu membongkar subunit ribosom 30S E. coli ke
dalam makromolekul individu dan kemudian menyusun kembali subunit 30S fungsional dari
komponen. Dengan cara ini, mereka belajar fungsi rRNA dan ribosom individu molekul
protein.

Molekul RNA ribosom, seperti mRNA molekul, ditranskripsi dari templat DNA. Pada
eukariota, sintesis rRNA terjadi pada nukleolus dan dikatalisis oleh RNA polimerase I.
Nukleolus adalah komponen yang sangat terspesialisasi dari nukleus yang dikhususkan untuk
sintesis rRNA dan rakitannya menjadi ribosom. Gen RNA ribosom hadir di array duplikat
tandemly dipisahkan oleh daerah spacer intergenik. Transkripsi set tandem gen rRNA ini
dapat divisualisasikan secara langsung dengan mikroskop elektron.

Transkripsi gen rRNA menghasilkan prekursor RNA yang jauh lebih besar daripada
molekul RNA yang ditemukan di ribosom. Prekursor rRNA ini menjalani posttranskripsi
pemrosesan untuk menghasilkan molekul rRNA yang matang. Pada E. coli, gen rRNA.
Transkrip adalah prekursor 30S, yang mengalami pembelahan endonukleolitik untuk
menghasilkan 5S, 16S, dan 23S rRNA ditambah satu molekul RNA transfer 4S. Dalam
mamalia, rRNA 5.8S, 18S, dan 28S dibelah dari prekursor 45S, sedangkan 5S rRNA
diproduksi oleh pemrosesan posttranskripsi gen terpisah transkrip Selain perpecahan
posttranskripsi dari prekursor rRNA, banyak dari nukleotida dalam rRNA adalah dimetilasi
setelah transkripsi. Metilasi adalah diduga melindungi molekul rRNA dari degradasi oleh
ribonucleases.

Beberapa salinan gen untuk rRNA hadir dalam genom semua organisme yang telah
dipelajari hingga saat ini. Redundansi gen rRNA ini tidak mengejutkan mengingat sejumlah
besar ribosom hadir per sel. Pada E. coli, tujuh gen rRNA (rrnA — rrnE, rrnG, rrnH)
didistribusikan di antara tiga situs berbeda pada kromosom.

Pada eukariota, gen rRNA hadir dalam ratusan hingga ribuan salinan. Gen r8R 5.8S-
18S-28S eukariota hadir dalam array tandem di daerah pengorganisasian nukleolus dari
kromosom. Dalam beberapa eukariota, seperti jagung, ada satu pasang pengatur nukleolar
(pada kromosom 6 pada jagung). Di Drosophila bdan kodok cakar Afrika Selatan, Xenopus
laevis, membawa kromosom seks pengatur nukleolus. Manusia memiliki lima pasang organ
pengatur nukleolar yang terletak di lengan pendek kromosom 13, 14, 15, 21, dan 22. Gen 5S
rRNA pada eukariota tidak terletak di daerah pengatur nukleolar. Sebaliknya, mereka
didistribusikan beberapa kromosom. Namun, gen 5S rRNA sangat berlebihan, seperti halnya
gen rRNA 5.8S-18S-28S.

Komponen Yang Diperlukan Untuk Sintesis Protein: RNA Transfer

Meskipun ribosom menyediakan banyak komponen yang diperlukan untuk sintesis

protein, dan spesifikasi untuk setiap polipeptida dikodekan dalam molekul mRNA, yaitu
terjemahan pesan mRNA yang dikodekan ke dalam urutan asam amino dalam polipeptida
membutuhkan satu kelas tambahan molekul RNA, yaitu molekul transfer RNA (tRNA).
Pertimbangan kimia menyarankan interaksi langsung antara asam amino dan kembar tiga
nukleotida atau kodon dalam mRNA tidak mungkin. Demikianlah, pada tahun 1958, Francis
Crick mengusulkan bahwa beberapa jenis molekul adaptor harus memediasi spesifikasi asam
amino oleh kodon dalam mRNA selama sintesis protein. Molekul adaptor segera
diidentifikasi oleh peneliti lain dan terbukti kecil (4S, 70-95 nukleotida). Molekul-molekul
ini, pertama-tama disebut molekul RNA (sRNA) terlarut dan selanjutnya mentransfer
molekul RNA (tRNA), mengandung nukleotida triplet, antikodon, yang saling melengkapi
dan basa-berpasangan dengan urutan kodon mRNA selama terjemahan. Ada satu hingga
empat tRNA untuk masing – masing 20 asam amino.

Asam amino melekat pada tRNA dengan ikatan energi tinggi (sangat reaktif)
(disimbolkan ~) antara gugus karboksil dari asam amino dan 3-hidroksil termini dari tRNA.
TRNA diaktifkan atau diisi dengan asam amino dalam proses dua langkah, dengan kedua
reaksi dikatalisis oleh enzim yang sama, aminoasil-tRNA sintetase. Setidaknya ada satu
aminoetil-tRNA sintetase untuk masing-masing dari 20 aminon asam. Langkah pertama
dalam sintesis aminoasil-tRNA melibatkan aktivasi amino asam menggunakan energi dari
adenosin trifosfat (ATP):
 Asam amino ~ AMP intermediate biasanya tidak dilepaskan dari enzim sebelumnya
menjalani langkah kedua dalam sintesis aminoasil-tRNA, yaitu, reaksi dengan tRNA yang
sesuai:

Asam aminoasil ~ tRNA adalah substrat untuk sintesis polipeptida pada ribosom
masing-masing tRNA yang diaktifkan mengenali kodon mRNA yang benar dan menyajikan
amino asam dalam konfigurasi sterik (struktur tiga dimensi) yang memfasilitasi peptida
pembentukan ikatan.

TRNA ditranskripsi dari gen. Seperti dalam kasus rRNA, tRNA ditranskripsikan
dalam bentuk molekul prekursor yang lebih besar yang menjalani posttranskripsi pengolahan
(pembelahan, pemangkasan, metilasi, dan sebagainya). TRNA yang matang molekul
mengandung beberapa nukleosida yang tidak ada dalam gen tRNA primer transkrip.

Nukleosida yang tidak biasa ini, seperti inosin, pseudouridine, dihydrouridine, 1-metil
guanosin, dan beberapa lainnya, diproduksi oleh posttranskripsi, modifikasi enzim yang
dikatalisis oleh enzim dari empat nukleosida yang dimasukkan ke dalam RNA selama
transkripsi. Karena ukurannya yang kecil (panjangnya mencapai 70 hingga 95 nukleotida),
tRNA telah terbentuk lebih bisa menerima analisis struktural daripada yang lain, molekul
RNA yang lebih besar terlibat dalam sintesis protein. Urutan nukleotida lengkap dan
cloverleaf yang diusulkan struktur alanine tRNA ragi diterbitkan oleh Robert W. Holley dan
rekannya pada tahun 1965; Holley berbagi Nobel 1968 Hadiah Fisiologi atau Kedokteran
untuk pekerjaan ini. Tiga dimensi struktur tRNA fenilalanin ragi ditentukan dengan sinar-X
studi difraksi pada tahun 1974. Antikodon dari setiap tRNA terjadi dalam satu lingkaran
(wilayah yang tidak terikat hidrogen) dekat bagian tengah molekulnya.

Harus jelas bahwa molekul tRNA harus mengandung yang besar kesepakatan tertentu
meskipun ukurannya kecil. Tidak hanya harus mereka

(1) miliki urutan antikodon yang benar, sehingga untuk menanggapi kodon yang tepat

(2) dikenali oleh aminoasil-tRNA yang benarsintetase, sehingga diaktifkan dengan asam
amino yang benar, dan
(3) mengikat ke situs yang sesuai pada ribosom untuk menjalankannya fungsi adaptor.

Struktur tiga dimensi ribosom 70S dari bakteri Thermus termofilus telah dipecahkan
dengan resolusi 0,55 nm oleh kristalografi sinar-X. Struktur kristal menunjukkan posisi
ikatan tiga tRNA situs pada antarmuka 50S – 30S dan posisi relatif rRNA dan ribosom
protein. Meskipun situs pengikatan aminoasil-tRNA sebagian besar terletak pada subunit 50S
dan molekul mRNA terikat oleh subunit 30S, struktur spesifik untuk aminoacyl tRNA
mengikat di setiap situs disediakan oleh kodon mRNA yang membentuk bagian dari situs
pengikatan. Sebagai ribosom bergerak sepanjang mRNA (atau sebagai mRNA diangkut
melintasi ribosom), struktur spesifik untuk pengikatan aminoasil-tRNA di situs A, P, dan E
berubah ketika kodon mRNA yang berbeda pindah ke register situs yang mengikat. Situs
pengikatan ribosom sendiri (minus mRNA) dengan demikian mampu mengikat aminoasil-
tRNA.

Translasi: Sintesis Polypeptides Menggunakan Templat mRNA

Ribosom menyediakan banyak komponen makromolekul diperlukan untuk proses

penerjemahan. TRNA menyediakan molekul adaptor diperlukan untuk memasukkan asam
amino ke dalam polipeptida sebagai respons terhadap kodon dalam mRNA. Selain itu,
beberapa protein larut berpartisipasi dalam proses. Terjemahan dari urutan nukleotida dalam
molekul mRNA ke dalam urutan asam amino dalam produk polipeptida dapat dibagi menjadi
tiga tahap:

(1) rantai polipeptida inisiasi,

(2) perpanjangan rantai, dan

(3) pemutusan rantai.

Translasi: Inisiasi Rantai Polipeptida

Dalam E. coli, proses inisiasi melibatkan subunit 30S dari ribosom, khusus inisiator tRNA,
molekul mRNA, tiga faktor inisiasi protein terlarut: IF-1, IF-2, dan IF-3, dan satu molekul
GTP (Gambar 12.16). Terjemahan terjadi pada 70S ribosom, tetapi ribosom berdisosiasi
menjadi 30S dan 50S subunit mereka setiap kali mereka menyelesaikan sintesis rantai
polipeptida. Pada tahap pertama inisiasi tranlasi, subunit 30S berinteraksi dengan molekul
mRNA dan inisiasi faktor-faktor. Subunit 50S bergabung dengan kompleks untuk
membentuk ribosom 70S pada langkah terakhir dari proses inisiasi.
Inisiasi terjemahan lebih kompleks pada eukariota, yang melibatkan beberapa soluble faktor
inisiasi. Namun demikian, keseluruhan prosesnya serupa kecuali untuk dua fitur.

(1) Kelompok amino metionin pada inisiator tRNA tidak diformilasi seperti pada prokariota.

(2) Kompleks inisiasi terbentuk pada 5 ujung mRNA, tidak di situs awal terjemahan Shine-
Dalgarno / AUG seperti pada E. coli. Dalam eukariota,inisiasi kompleks memindai mRNA,
mulai dari ujung 5, mencari AUG terjemahan-inisiasi kodon. Jadi, dalam eukariota,
terjemahan sering dimulai di AUG paling dekat dengan 5 ujung molekul mRNA, meskipun
efisiensi dengan dimana AUG yang diberikan digunakan untuk memulai penerjemahan
tergantung pada nukleotida yang berdekatan urutan. Urutan inisiasi optimal adalah 5 -GCC
(A atau G) CCAUGG-3. Itu purine (A atau G) tiga basis hulu dari kodon inisiator AUG dan
G segera mengikutinya adalah yang paling penting — mempengaruhi efisiensi inisiasi sampai
sepuluh kali lipat atau lebih. Perubahan basis lain dalam urutan menyebabkan penurunan
inisiasi yang lebih kecil efisiensi. Persyaratan untuk inisiasi translasi optimal dalam eukariota
disebut aturan Kozak, setelah Marilyn Kozak, yang pertama kali mengusulkannya.

Seperti prokariota, eukariota mengandung inisiator khusus tRNA, tRNAi Bertemu ("i" untuk
inisiator), tetapi gugus amino dari metionil-tRNAimet tidak diformulasikan. Pemrakarsa
metionil-tRNAimet berinteraksi dengan faktor inisiasi yang larut dan memasuki situs P.
langsung selama proses inisiasi, seperti pada E. coli.

Pada eukariota, protein pengikat tutup (CBP) berikatan dengan 7-metil guanosine di 5 ujung
mRNA. Kemudian, faktor inisiasi lainnya mengikat CBP-mRNA kompleks, diikuti oleh
subunit kecil (40S) dari ribosom. Seluruh inisiasi kompleks bergerak 5 → 3 di sepanjang
molekul mRNA, mencari kodon AUG. Ketika triplet AUG ditemukan, faktor inisiasi terlepas
dari kompleks, dan subunit besar (60S) berikatan dengan kompleks subunit metionil-tRNA /
mRNA / 40S, membentuk ribosom (80S) lengkap. Kompleks ribosom / mRNA / tRNA 80S
adalah siap untuk memulai tahap kedua translasi, perpanjangan rantai.
Translasi: Pemanjangan Rantai Polipeptida

Proses perpanjangan rantai polipeptida pada dasarnya sama di kedua prokariota dan
eukariota. Penambahan setiap asam amino ke polipeptida tumbuh terjadi dalam tiga langkah:
(1) pengikatan aminoasil-tRNA ke situs A dari ribosom,

(2) transfer rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA di situs P ke tRNA di situs A dengan
pembentukan ikatan peptida baru, dan

(3) translokasi ribosom di sepanjang mRNA untuk memposisikan kodon berikutnya di situs
A.

Pada langkah pertama, sebuah aminoasil-tRNA masuk dan terikat situs ribosom,
dengan kota spesifik yang disediakan oleh mRNA kodon dalam daftar dengan situs A.
Langkah kedua dalam perpanjangan rantai adalah pembentukan peptida ikatan antara gugus
amino dari aminoasil-tRNA di situs A. dan ujung karboksil dari rantai polipeptida yang
tumbuh melekat ke tRNA di situs P. Langkah ketiga dalam perpanjangan rantai, peptidyl-
tRNA hadir dalam Situs ribosom ditranslokasi ke situs P, dan tRNA yang tidak bermuatan di
situs P dipindahkan ke situs E, ketika ribosom bergerak tiga nukleotida menuju 3 ujung
molekul mRNA. Langkah translokasi membutuhkan GTP dan faktor perpanjangan G (EF-G).

Translasi: Pemutusan Rantai Polipeptida

Perpanjangan rantai polipeptida mengalami pemutusan ketika salah satu dari tiga
pemutusan rantai kodon (UAA, UAG, atau UGA) memasuki situs A pada ribosom. Tiga
kodon stop dikenali oleh protein larut yang disebut faktor pelepas (RF). Di E. coli, ada dua
faktor pelepasan, RF-1 dan RF-2. RF-1 mengakui pemutusan hubungan kerja kodon UAA
dan UAG; RF-2 mengenali UAA dan UGA. Dalam eukariota, satu release factor (eRF)
mengenali ketiga kodon terminasi. Kehadiran rilis faktor dalam situs A mengubah aktivitas
peptidyl transferase sehingga menambahkan molekul air ke ujung karboksil dari polipeptida
yang baru. Reaksi ini dilepaskan polipeptida dari molekul tRNA di situs P dan memicu
translokasi dari tRNA ke situs E. Pengakhiran selesai dengan mRNA molekul dari ribosom
dan disosiasi ribosom ke dalam subunitnya. Subunit ribosom kemudian siap untuk memulai
babak lain sintesis protein,
 Pertanyaan

Nurul Alfi’ah

1. Mengapa beberapa polipeptida membuat beberapa sequens asam amino yang pendek-
pendek?
Jawaban : Karena polipeptida tersebut memiliki fungsi sebagai sinyal untuk
pengangkutannya ke kompartemen seluler tertentu seperti sebagai retikulum
endoplasma, mitokondria, kloroplas, atau inti atau nukleus
2. Bagaimana proses elongasi pada eukariota dan prokariota ?

Jawaban : Proses perpanjangan rantai polipeptida pada dasarnya sama di kedua

prokariota dan eukariota. Penambahan setiap asam amino ke polipeptida tumbuh terjadi
dalam tiga langkah:

(1) pengikatan aminoasil-tRNA ke situs A dari ribosom,

(2) transfer rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA di situs P ke tRNA di situs A
dengan pembentukan ikatan peptida baru, dan

(3) translokasi ribosom di sepanjang mRNA untuk memposisikan kodon berikutnya di

situs A.