KAMALIAH
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Polimorfisme Gen Leptin dan
Gen Miostatin pada sapi potong Aceh dan Madura adalah karya saya dengan
arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Kamaliah
NIM G352090111
ABSTRACT
KAMALIAH. Polymorphism of Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura
Cattles. Under direction of R.R. DYAH PERWITASARI and ACHMAD
FARAJALLAH.
Aceh and Madura cattles are a native Indonesian cattle as meat production.
Productivity of beef cattle in Indonesia is still low so it is not used sufficient to
supply national demand. We used leptin and miostatin genes as a genetic marker
to clustering, Marker-Assisted Selection (MAS), and marker for detection of
permissible nature (Halal) food. The aim of this study was to determine
polymorphism of Aceh and Madura cattles. This research applied sequencing
method. The reconstruction of phylogenetic tree using Neighbour-Joining method
with Kimura-2-Parameters model to analyse polymorphism. Aceh cattle based on
leptin gene was clustered into one group with Bos indicus GCATC haplotype and
Bos taurus. Aceh cattle was assembled into one group with Bos taurus based on
myostatin gene. Madura cattle had two haplotypes, one type was Bos indicus
GCATC haplotype or Bos taurus and another type was Bos indicus ATGCT
haplotype or Bos frontalis. Madura cattle based on myostatin gene different from
Bos taurus group.
Keywords: leptin gene, myostatin gene, aceh cattle, madura cattle, sequencing.
RINGKASAN
KAMALIAH. Polimorfisme Gen Leptin dan Gen Miostatin pada Sapi Potong
Aceh dan Madura. Dibimbing oleh R.R DYAH PERWITASARI dan ACHMAD
FARAJALLAH.
Sapi aceh dan sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia penghasil
daging. Produktivitas sapi potong di Indonesia saat ini masih rendah sehingga
tidak memadai untuk memenuhi kebutuhan nasional. Upaya yang dilakukan oleh
pemerintah melalui program seleksi secara konvensional memerlukan pencatatan
produksi dan reproduksi dalam jangka waktu yang lama. Pendekatan seleksi
lainnya yang lebih cepat adalah melalui penggunaan marka genetik. Gen yang
digunakan sebagai marka genetik di antaranya adalah gen leptin dan gen
miostatin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme gen leptin dan
gen miostatin pada sapi aceh dan sapi madura. Penelitian ini dapat digunakan
sebagai informasi dasar untuk mendukung manajemen perkawinan sapi,
mengetahui asal usul spesies, mengetahui hubungan kekerabatan spesies, dan
identifikasi spesies di dalam produk daging campuran.
Metode yang digunakan untuk memperoleh sampel DNA dari darah
dilakukan menggunakan metode ekstraksi KIT. Amplifikasi ekson 2 gen leptin
dan ruas promotor gen miostatin dilakukan menggunakan metode Polymerase
Chain Reaction (PCR). Amplikon diuji menggunakan Gel Poliakrilamid (PAGE
6%) dan dilanjutkan dengan pewarnaan perak. Perunutan nukleotida kedua gen
dilakukan dengan metode automatic sequencing. Analisis keragaman nukleotida
dilakukan menggunakan rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan metode
Neighbour-Joining (NJ) model Kimura-2-parameter.
Berdasarkan gen leptin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang
lebih dekat dengan B. indicus haplotipe GCATC dan B. taurus, berdasarkan gen
miostatin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B.
taurus. Berdasarkan gen leptin sapi madura mempunyai hubungan kekerabatan
yang lebih dekat dengan B. indicus haplotipe ATGCT, B. indicus haplotipe
GCATC, dan B. taurus, sedangkan berdasarkan gen miostatin sapi madura
berbeda dengan B. taurus.
Berdasarkan gen leptin sapi madura dikelompokkan ke dalam dua
haplotipe kemungkinan karena sapi madura merupakan sapi hasil hibridisasi
antara B. indicus dengan banteng. Bos indicus halotipe ATGCT mempunyai
kesamaan karakter dengan sapi liar. Hibridisasi B. indicus dengan Banteng hingga
membentuk sapi madura diperkirakan terjadi sejak masuknya kebudayaan hindu
dari India ke Indonesia sekitar 1500 tahun yang lalu. Sapi B. indicus yang dibawa
oleh bangsa India tersebut kemudian disilangkan dengan banteng yang ada di
kepulauan Madura. Hubungan kekerabatan antara sapi aceh dengan B. taurus
diperkirakan terjadi sejak dilaksanakan program Inseminasi Buatan (IB) pertama
sekali di peternakan Saree dan Indrapuri pada tahun 1972. Semen beku yang
digunakan berasal dari keturunan B. taurus.
Kata kunci: sapi aceh, sapi madura, gen leptin, gen miostatin.
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2012
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
yang wajar IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
POLIMORFISME GEN LEPTIN DAN GEN MIOSTATIN
PADA SAPI POTONG ACEH DAN MADURA
KAMALIAH
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains pada
Program Studi Biosains Hewan
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012
Judul Tesis : Polimorfisme Gen Leptin dan Gen Miostatin pada Sapi Potong
Aceh dan Madura
Nama : Kamaliah
NIM : G352090111
Disetujui
Komisi Pembimbing
Dr. Ir. R.R. Dyah Perwitasari, M.Sc. Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si.
Anggota Anggota
Diketahui
Kamaliah
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Banda Aceh pada tanggal 15 Februari 1984 dari ayah
Drs. Helmy Basjah dan ibu Azizan Ibrahim. Penulis merupakan putri bungsu dari
tujuh bersaudara.
Tahun 2002 penulis lulus dari SMA Negeri 3 Banda Aceh dan pada tahun
yang sama lulus seleksi masuk Universitas Syiah Kuala melalui jalur SPMB.
Penulis memilih program studi Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis menjadi asisten mata kuliah Biologi dasar
pada tahun ajaran 2005/2006, serta mata kuliah genetika pada tahun ajaran
2006/2007.
Penulis melanjutkan pendidikan pascasarjana di Institut Pertanian Bogor.
Penulis memilih mayor Biosains Hewan Departemen Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL………………………………………………………………..vi
DAFTAR GAMBAR…………………………………………………………….vii
DAFTAR LAMPIRAN…………………………………………………………viii
PENDAHULUAN .................................................................................................. 1
Latar Belakang .................................................................................................... 1
Tujuan .................................................................................................................. 2
Manfaat ................................................................................................................ 2
HASIL ................................................................................................................... 16
Produk Amplifikasi dan Perunutan Nukleotida Berdasarkan Gen Leptin dan
Gen Miostatin .................................................................................................... 16
Haplotipe Gen Leptin pada Sapi Aceh dan Sapi Madura .................................. 17
Keragaman Gen Leptin dan Perubahan Asam Amino ..................................... 18
Keragaman Gen Miostatin pada Sapi Aceh dan Sapi Madura .......................... 19
Analisis Filogeni Berdasarkan Gen Leptin ....................................................... 20
PEMBAHASAN ................................................................................................... 24
Keragaman Gen Leptin dan Gen Miostatin Terhadap Pengelompokkan Sapi
Aceh dan Sapi Madura ...................................................................................... 24
Potensi Keragaman Gen Leptin dan Gen Miostatin Sebagai Marka Genetik ... 25
DAFTAR TABEL
Halaman
DAFTAR GAMBAR
Halaman
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1 Hasil pengurutan basa nukleotida gen leptin daerah ekson 2 antara sapi aceh,
sapi madura, dan data GenBank. ...................................................................... 32
2 Hasil pengurutan basa nukleotida gen miostatin pada ruas promotor antara sapi
aceh, sapi madura, dan data GenBank. ............................................................. 35
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Sapi potong merupakan hewan ternak utama penghasil daging setelah
ayam. Produktivitas sapi potong di Indonesia saat ini masih rendah sehingga tidak
memadai untuk memenuhi kebutuhan nasional. Salah satu upaya yang dapat
dilakukan oleh pemerintah untuk perbaikan produktivitas sapi potong adalah
melalui program pemuliaan. Program ini dapat memperbaiki mutu genetik ternak
dengan menerapkan suatu pola perkawinan yang direncanakan dan dilanjutkan
dengan tindakan seleksi. Program seleksi yang dilakukan secara konvensional
dinilai tidak efektif. Program seleksi yang telah ditempuh memerlukan pencatatan
produksi dan reproduksi dalam jangka waktu yang relatif lama. Pendekatan
seleksi lainnya yang lebih cepat adalah penggunaan marka genetik. Oleh karena
itu marka genetik diperlukan sebagai informasi dasar yang berhubungan dengan
ruas gen dan keragaman nukleotida berdasarkan gen yang dipilih.
Gen yang digunakan sebagai marka genetik di antaranya adalah gen leptin
dan gen miostatin. Gen leptin telah dilaporkan sebagai gen utama pengontrol
kualitas daging. Gen leptin terlibat di dalam pengaturan metabolisme lemak
tubuh. Lemak intramuskular merupakan lemak yang dapat menyebabkan
keempukan daging. Perbedaan tingkat lemak intramuskular pada bangsa sapi
dipengaruhi oleh adanya perbedaan genotipe (Corva et al. 2009). Gen miostatin
atau Growth Differentiation Factor (GDF-8) merupakan gen yang terlibat dalam
mengatur pertumbuhan otot rangka. Mutasi pada gen miostatin menyebabkan
fenomena otot ganda (Double Muscle), terutama karena pergeseran stop kodon
akibat insersi, delesi, atau mekanisme ekspresi yang terganggu. Selain itu,
polimorfisme gen miostatin secara gradual mempengaruhi kualitas pertumbuhan
otot rangka.
Polimorfisme yang ditemukan pada gen leptin dan gen miostatin
mempengaruhi deposisi lemak intramuskular dan pertumbuhan otot rangka dalam
mendukung upaya peningkatan kualitas daging. Selain itu, polimorfisme gen
dapat digunakan sebagai alat untuk mengelompokan dan mempelajari kekerabatan
antar bangsa sapi.
Sapi aceh dan sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia yang dikenal
mempunyai kualitas daging yang baik. Polimorfisme gen leptin dan gen miostatin
pada sapi aceh dan sapi madura belum pernah dilaporkan. Pemanfaatan
polimorfisme gen leptin dan gen miostatin diharapkan dapat menunjang seleksi
Marker-Assisted Selection (MAS) pada seleksi sapi aceh dan sapi madura.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme gen leptin dan gen
miostatin pada sapi aceh dan sapi madura.
Manfaat
Penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai informasi dasar untuk
mendukung manajemen perkawinan sapi, mengetahui asal usul spesies,
mengetahui hubungan kekerabatan spesies, dan identifikasi spesies di dalam
produk daging campuran.
TINJAUAN PUSTAKA
Sapi Madura
Sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia yang berkembang di
kepulauan Madura dan sekitarnya. Asal usul sapi madura diperkirakan dari hasil
persilangan antara B. javanicus dengan B. indicus (Nijman et al. 2003).
Perkawinan silang tersebut diperkirakan terjadi sejak masuknya B. indicus dari
India. Bos indicus dibawa oleh bangsa India ke Indonesia bersamaan dengan
masuknya kebudayaan hindu sekitar 1500 tahun yang lalu. Kemudian B. indicus
tersebut terjadi perkawinan silang dengan B. javanicus yang ada di kepulauan
Madura. Jenis B. indicus lainnya yang didatangkan dari India adalah sapi ongole.
Sapi ongole masuk ke Sumba pada tahun 1906. Sapi ongole disebarkan ke
wilayah Indonesia untuk disilangkan dengan sapi potong lokal termasuk sapi
madura sebagai salah satu upaya meningkatkan kualitas sapi potong Indonesia.
Karakter morfologi sapi madura mempunyai kemiripan dengan sapi bali
tetapi ukuran tubuh, punuk, dan tanduk sapi madura lebih kecil dibandingkan
dengan sapi bali (Payne & Hodges 1997). Sapi madura mempunyai warna tubuh
coklat atau merah bata. Warna paha bagian belakang hingga bawah lutut berwana
putih kombinasi coklat (Gambar 2).
Gambar 2 Karakter morfologi sapi madura.
Koleksi Sampel
Sampel yang digunakan adalah sampel darah sapi madura berasal dari
koleksi Laboratorium Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen
Biologi FMIPA IPB dan sampel darah sapi aceh berasal dari Balai Pembibitan
Ternak Unggul (BPTU) Indrapuri Aceh besar. Jumlah keseluruhan sampel yang
digunakan 83 sampel (Tabel 1).
Ekstraksi Sampel
Ekstraksi yang digunakan untuk amplifikasi gen leptin menggunakan
Kapa Express Extract (Kapabiosystems). Ekstraksi yang digunakan untuk
amplifikasi gen miostatin menggunakan Genomic DNA Mini Kit for Fresh Blood
(Geneaid). Sebelum dilakukan tahap ekstraksi, sampel darah di dalam alkohol
absolut dicuci dengan air destilata steril dan diendapkan dengan sentrifugasi pada
kecepatan 5000 rpm selama 5 menit. Pencucian sampel darah dilakukan sebanyak
dua kali. Sampel darah diambil sebanyak 10 μl untuk proses ekstraksi
menggunakan Kapa Express Extract dan 200 μl untuk proses ekstraksi Genomic
DNA Mini Kit for Fresh Blood (Geneaid).
Tahapan ekstraksi Kapa Express Extract terdiri atas proses lisis dan
inaktivasi enzim protease. Endapan sel darah sebanyak 10 μl dilarutkan dalam 10x
buffer Kapa Express Extract dan 1 unit enzim protease Kapa Express Extract.
Larutan dilisis pada suhu 75 0C selama 10 menit. Selanjutnya, enzim protease
dilakukan inaktivasi pada suhu 95 0C selama 5 menit. Reaksi diendapkan dengan
sentrifugasi pada kecepatan 13000 rpm selama 1 menit. Supernatan merupakan
larutan yang diambil untuk tahap amplifikasi.
Ekstraksi Genomic DNA Mini Kit for Fresh Blood (Geneaid) yang
digunakan dimodifikasi pada tahap pencucian sampel darah dari alkohol dan tahap
resuspensi yang menggunakan air destilata steril. Endapan sel darah sebanyak 200
μl dilisis menggunakan larutan GB buffer sebanyak 200 μl, kemudian diinkubasi
pada suhu 35 0C selama 10 menit. Selanjutnya DNA diikat pada matriks di dalam
tabung. Tahap pengikatan DNA pada matriks bertujuan untuk memisahkan DNA
dari makromolekul sel lainnya. DNA terikat pada matriks, sedangkan
makromolekul sel lainnya mengendap pada bagian dasar tabung. DNA pada
matriks dicuci menggunakan larutan 400 μl W1 buffer dan 600 μl Wash buffer.
Selanjutnya DNA diencerkan menggunakan larutan Elution buffer sebanyak 100
μl.
Pengurutan Nukleotida
Pengurutan nukleotida menggunakan jasa pelayanan perusahaan
sekuensing. Primer yang digunakan untuk pengurutan nukleotida pada gen leptin
daerah ekson 2 sama dengan primer yang digunakan pada tahap amplifikasi (L5
dan L6). Sedangkan primer yang digunakan untuk gen miostatin pada ruas
promotor adalah primer forward (AF56). Gen leptin daerah ekson 3 tidak dapat
dilanjutkan ke tahap sekuensing karena produk amplifikasi gen leptin daerah
ekson 3 memberikan pita DNA lainnya yang bukan merupakan pita target.
Analisis Data
Data dalam bentuk urutan basa nukleotida diedit menggunakan program
BioEdit versi 7.0.9.0 dan Genetyx-Win versi 4.0. Data tersebut disejajarkan
menggunakan program Geneious versi 5.4.4. Kemudian data diedit kembali dan
dianalisis menggunakan program Mega 5.05.
Urutan nukleotida disejajarkan dengan data dari data GenBank. Gen Leptin
disejajarkan dengan Bos indicus haplotipe ATGCT (No. akses FJ626856.1), Bos
indicus haplotipe GCATC (No. akses FJ626855.1), Bos taurus (No. akses
AJ512638.1), Bos frontalis (No. akses EU642566.1), dan Bos taurus Χ Bos
indicus (No. akses EU921637.1). Gen Miostatin disejajarkan dengan Bos taurus
(No. akses AF348479.1).
Persentase komposisi nukleotida pada gen Leptin dan gen Miostatin
menggunakan aplikasi yang telah tersedia pada program Mega 5.05. Urutan
nukleotida yang telah diedit disejajarkan menggunakan pensejajaran Crustal W.
Pada gen Leptin perubahan nukleotida menjadi asam amino menggunakan
program Genetyx-Win versi 4.0.
Rekonstruksi pohon filogeni pada gen Leptin dilakukan menggunakan
metode Neighbour-Joining (NJ) berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino.
Filogeni berdasarkan nukleotida menggunakan model Kimura-2-parameter
dengan nilai bootstrap 1000x pengulangan. Filogeni berdasarkan urutan asam
amino menggunakan nilai bootstrap 1000x pengulangan.
Rekonstruksi pohon filogeni pada gen Miostatin dilakukan berdasarkan
urutan nukleotida menggunakan metode Neighbour-Joining (NJ), model Kimura-
2-parameter, dan nilai bootstrap 1000x pengulangan.
HASIL
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9
580 pb
234 pb
(a) (b)
Gambar 5 Produk amplifikasi gen leptin daerah ekson 2 (a) dan gen miostatin (b).
M:Penanda, 1:sapi aceh (Kml_BosA11), 2:sapi aceh (Kml_BosA12),
3:sapi aceh (Kml_BosA13), 4:sapi madura (AF14), 5:sapi madura
(AF26), 6:sapi madura (AF38), 7:sapi madura (AF32), 8:sapi madura
(AF41), 9:sapi madura (AF29).
Gambar 6 Posisi kodon awal (ATG) pada daerah ekson 2 gen leptin berdasarkan
B. indicus (No. akses FJ626855.1).
(a)
(b)
Gambar 7 Posisi tiga titik mutasi pada penelitian ini menunjukkan perbedaan
haplotipe: (a) Haplotipe GCATC pada sapi aceh, (b) Haplotipe
ATGCT dan haplotipe GCATC pada sapi madura.
Gambar 8 Keragaman gen leptin daerah ekson 2 pada sapi aceh dan sapi madura
Gambar 9 Keragaman gen miostatin daerah promotor pada sapi aceh dan sapi
madura
Potensi Keragaman Gen Leptin dan Gen Miostatin Sebagai Marka Genetik
Perubahan basa yang ditemukan pada gen leptin dan gen miostatin tidak
menyebabkan terjadinya perubahan asam amino. Perubahan basa pada gen
miostatin ditemukan pada ruas promotor. Nukleotida pada ruas promotor tidak
ditranskripsikan ke dalam asam amino. Ruas promotor berperan sebagai tempat
inisiasi enzim terhadap gen yang akan ditranskripsikan. Pada gen leptin perubahan
basa C→T posisi -91 nt terjadi pada posisi sebelum kodon awal (ATG). Basa
nukleotida yang diterjemahkan menjadi asam amino merupakan ruas penyandi
yang diapit oleh kodon awal (ATG) dan kodon akhir (TAA, TAG, atau TGA)
(Brown 2007). Perubahan basa pada daerah penyandi menentukan fenotipe yang
dihasilkan. Liefers et al. (2002) mengungkapkan pada daerah penyandi genotipe
AB menghasilkan produksi susu dan berat tubuh lebih tinggi dibandingkan
dengan genotipe AA. Genotipe TT menghasilkan lemak karkas lebih tinggi
dibandingkan dengan genotipe CC (Kononoff et al. 2005). Selain itu, Oprzadek et
al. (2003) melaporkan bahwa genotipe AA merupakan genotipe yang
menghasilkan berat karkas paling tinggi diantara genotipe lainnya. Bagian gen
selain daerah penyandi meskipun tidak menyandikan asam amino tetapi juga
menentukan fenotipe. Nobari et al. (2010) melaporkan bahwa perubahan basa
pada daerah intron berpengaruh terhadap berat tubuh dan produksi susu. Titik
mutasi pada gen miostatin meskipun tidak menyebabkan fenomena otot ganda
tetapi juga berpengaruh terhadap deposisi lemak intramuskular. Genotipe mutan
pada gen miostatin menghasilkan lemak intramuskular lebih tinggi dibandingkan
dengan genotipe liar. Karkas dari genotipe heterozigot menghasilkan lemak
intramuskular lebih sedikit daripada karkas genotipe homozigot (Allais et al.
2010).
Keragaman gen leptin tidak hanya berpotensi sebagai marka genetik untuk
Marker-Assisted Selection (MAS) tetapi gen leptin juga berperan sebagai marka
genetik untuk mendeteksi material babi di dalam produk yang halal. Farouk et al.
(2006) menemukan fragmen gen leptin babi sepanjang 152 pb di dalam satu
sampel nugget ayam dan dua sampel choklat. Gen leptin merupakan gen yang
terlibat di dalam pengaturan lemak tubuh. Setiap species mempunyai lemak tubuh
yang berbeda. Lemak babi mempunyai trigliserida lebih tinggi dibandingkan
dengan lemak hewan lainnya.
SIMPULAN
Sapi Aceh berdasarkan analisis pada gen leptin dikelompokkan ke dalam
haplotipe GCATC yang lebih dekat hubungan kekerabatannya dengan Bos taurus.
Berdasarkan gen miostatin Sapi Aceh dikelompokkan dengan Bos taurus. Sapi
Madura berdasarkan analisis gen leptin dikelompokkan ke dalam dua haplotipe
yaitu haplotipe ATGCT yang lebih dekat hubungan kekerabatannya dengan sapi
liar dan haplotipe GCATC yang lebih dekat hubungan kekerabatannya dengan
Bos taurus. Sapi Madura berdasarkan analisis gen miostatin berbeda kelompok
dengan Bos taurus.
SARAN
Informasi dasar dari penelitian ini perlu dilanjutkan sebagai upaya dasar
untuk meningkatkan kualitas daging pada sapi potong lokal Indonesia dengan
menggunakan jumlah sampel yang lebih banyak, memperluas daerah gen, dan
membandingkan gen-gen fungsional lainnya sebagai pengontrol kualitas daging
sapi.
DAFTAR PUSTAKA
Abdullah MAN et al. 2008. Keragaman fenotipik sapi Aceh di Nanggroe Aceh
Darussalam. J Indon Trop Anim Agric 32: 1-11.
Agarwal R, Rout PK, Singh SK. 2009. Leptin a biomolecule for enhancing
livestock productivity. J Biotech 8:169-176.
Allais S et al. 2010. The two mutations, Q204X and nt821, of the myostatin gene
affect carcass and meat quality in young heterozygous bulls of French beef
breeds. J Anim Sci 88:446-454.
Bellinge RHS et al. 2005. Myostatin and its implications on animal breeding: a
review. Anim Genet 36:1-6.
Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH. 2009. An effective method for silver-
staining DNA in large numbers of polyacrilamid gels. Anal Biochem 385:174-
175.
Choundhary V et al. 2005. DNA polymorphism of leptin gene in Bos indicus and
Bos taurus cattle. Genet and Mol Biol 28:740-742.
Corva et al. 2009. Effect of leptin gene polymorphisms on growth, slaughter and
meat quality traits of grazing Brangus steers. Gen and Mol Res 8: 105-116.
Dunner S et al. 2003. Haplotype diversity of the myostatin gene among beef cattle
breeds. Genet Sel Evol 35:103-118.
Firdhausi NF. 2010. Asal usul sapi madura berdasarkan penanda molekular DNA
mitokondria [tesis]. Bogor: Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Friedman JM. 2002. The function of leptin in nutrition, weight, and physiology.
Nutr Rev 60:1-15.
Hirwa CDA et al. 2011. Genes related to economically important traits in beef
cattle. Asian J Anim Sci 5:34-45.
Liefers SC, te Pas MFW, Veerkamp RF T. Lende van der. 2002. Associations
between leptin gene polymorphisms and production, live weight, energy
balance, feed intake, and fertility in holstein heifers. J Dairy Sci 85:1633-1638.
McPherron AC, Lee SJ. 1997. Double muscling in cattle due to mutations in the
myostatin gene. Proc Natl Acad Sci 94:12457–12461.
Mannen H, Tsuji S, Loftus RT, Bradly DG. 1998. Mitochondrial DNA variation
and evolution of japaness black cattle (Bos taurus). Genetics 150:1169-1175.
Nassiry MR, Moussavi AH, Alashawkany AR, Ghovati S. 2007. Leptin gene
polymorphism in Iranian native golpayegani and taleshi cows. Pakistan J
Biological Sci 20:3738-3741.
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York: Columbia University
Press.
Nijman IJ et al. 2003. Hybridization of banteng (Bos javanicus) and zebu (Bos
indicus) revealed by mitochondrial DNA, satellite DNA, AFLP and
microsatellites. Heredity 90:10-16.
Oprzadek et al. 2003. Polymorphism at loci of leptin (LEP), Pit1, and STAT5A
and their association with growth, feed convertion and carcass quality in black
and white bulls. Anim Sci 21:135-145.
Payne WJA, Hodges J. 1997. Tropical Cattle: Origins, Breed, and Breeding
Policies. Oxford: Blackwell Science Ltd.
Sari EM. 2011. Keragaman genetik gen hormon pertumbuhan (GH) dan
hubungannya dengan kualitas karkas pada sapi Aceh [disertasi]. Bogor:
Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Taylor WE et al. 2001. Myostatin inhibits cell proliferation and protein synthesis
in C2C12 muscle cells. J Physiol Endocrinol Metab 280: 221-228.
Zhang F at al. 1997. Crystal structure of the obese protein leptin-E100. Nature
387:206-209.
LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil pengurutan basa nukleotida gen leptin daerah ekson 2 antara sapi aceh, sapi madura, dan data GenBank. Nomor di atas
urutan basa menunjukkan posisi basa nukleotida dibaca secara vertikal
Lampiran 1 (Lanjutan)
Lampiran 1 (Lanjutan)
Lampiran 2 Hasil pengurutan basa nukleotida gen miostatin pada ruas promotor antara sapi aceh, sapi madura, dan data GenBank. Nomor
di atas urutan basa menunjukkan posisi basa nukleotida dibaca secara vertikal
Lampiran 2 (Lanjutan)
Lampiran 2 (Lanjutan)
Lampiran 2 (Lanjutan)
Lampiran 2 (Lanjutan)