Gen

Gen (dari bahasa Belanda: gen) adalah unit pewarisan sifat bagi organisme hidup. Bentuk
fisiknya adalah urutan DNA yang melekat/berada di suatu protein, polipeptida, atau
seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi organisme yang memilikinya. Batasan modern gen
adalah suatu lokasi tertentu pada genom yang berhubungan dengan pewarisan sifat dan dapat
dihubungkan dengan fungsi sebagai regulator (pengendali), sasaran transkripsi, atau peran-
peran fungsional lainnya[1][2]. Penggunaan "gen" dalam percakapan sehari-hari (misalnya "gen
cerdas" atau "gen warna rambut") sering kali dimaksudkan untuk alel: pilihan variasi yang
tersedia oleh suatu gen. Meskipun ekspresi alel dapat serupa, orang lebih sering menggunakan
istilah alel untuk ekspresi gen yang secara fenotipik berbeda

Struktur gen
Gen merupakan fragment DNA yang da pat ditranskripsikan menjadi RNA dan
diterjemahkan menjadiprotein, yang selanjutnya mampu mempengaruhiproses fisiologi
tanaman maupun fenotipenya. Pada dasarnya gen tersusun oleh empat komponen:

1. Regulator. Merupakan bagian dari gen ya ng berperan dalam pola aktivasi suatu gen
(pada rangkaian fisiologis apa, kondisi apa, fase perke mbangan apa, atau pada organ
apa). Regulator terdapat pada awal sebuah gen mendahului promotor. Regulator terdiri
dari tiga elemen responsif yaitu HSE (Heat Shock response Element), GRE
(Glucocorticoid Response Element ) dan SRE ( Serum Response Element).
2. Promotor. Merupakan bagian dari gen yang berperan dalam penentuan utas yang akan
dikode untuk dit raskripsikan dan kapan titik awal transkripsi akan dilakukan. Letak
promotor berada sebelum titik awal transkripsi, sehingga jarak dari titik inisiasi
dinotasikan de ngan tanda '-', atau disebut arah downstream. Promotor yang paling
umum terdapat da lam gen tanaman adalah TATA box. Selain TATA box (TATAAA,
10 bp), jenis promotor lainnya adalah CAAT box (GGCCAATCT, 22 bp), GC box (
 GGGCGG, 20bp), Octamer (ATTTGCAT, 20 bp), kB (GGGACTTTCC, 10 bp) dan
ATF (GTGACGT, 20 bp).
3. Transcribed Region. Merupakan bagian gen ya ng akan ditranskripsikan menjadi
RNA. Bagian ini dimulai dari titik awal transkripsi (start s ite) hingga titik akhir
transkripsi ( termination site ). Notasi mulai start site adalah `+' atau uptream. Dalam
bagian i ni terdapat bagian ya ng akan dibawa keluar dari inti sel yang disebut exon, dan
bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam i nti sel, yang disebut intron. Pada
bagian exon mRNA, terdapat bagian yang akan diterjemahkan menjadi rantai asam
amino ( Open Reading Frame/ORF ) dan bagian yang tidak diterjemahkan (Un-translated
Region/UTR).
4. Terminator. Merupakan bagian sekuens DNA dari suatu gen yang memberi tanda
kepada enzim penyus un RNA (RNApolymerase) untuk menghentikan proses
pemanjangan rantai RNA.
·
Sel Eukariotik
Pada sel eukariotik, gen dibedakan menjadi 3 macam kelas yakni:
a. Gen kelas I
Meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA
polimerase I). Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer
promoter) dan promoter utama.
b. Gen kelas II
Meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yang terdapat
di dalam nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II). Promoter gen kelas II terdiri atas 4
elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pada daerah inisiasi transkripsi, elemen
hilir (downstream) yang terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan
suatu elemen hulu (upstream).
c. Gen kelas III
Meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5SrRNA dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam
nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan
suatu cluster dan berulang.
Struktur gen eukariotik
Pada sel eukariot, gen terdiri dari

 domain regulasi inisiasi transkripsi, yang terdiri antara lain dari:[5] deret GCCACACCC,
ATGCAAAT, kotak GC, kotak CCAAT dan kotak TATA.
 intron
 ekson, merupakan area kodikasi protein yang dapat ditranskripsi
secara overlapping atau nonoverlapping.[6] Sebagai contoh, pada kode dengan tiga
deret nukleotida (kodon triplet) AUU GCU CAG, dapat secara dibaca nonoverlapping sebagai
AUU GCU CAG atau dibaca secara overlapping sebagai AUU UUG UGC GCU CUC CAG.
Walaupun pada sekitar tahun 1961, telah diketahui bahwa asam amino dikodikasi oleh kodon
secara nonoverlapping, telah ditemukan protein berbeda hasil transkripsi dengan
pergeseran overlapping kodon.[7]
 domain regulasi akhir transkripsi

Struktur Gen Prokariot

Pada prokariot gennya secara umum tersusun atas promotor, bagian struktural, dan terminator

Promotor
Promotor adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan transkripsi gen
struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen.
 Fungsi promotor? Sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya
melakukan transkripsi pada bagian struktural
Pada prokariot bagian penting promotornya disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida
-10 dan -35. Biasanya berupa TATA box.
 Apa fungsi dari pribnow box? Pribnow box merupakan daerah tempat pembukaan heliks
DNA untuk membentuk kompleks promotor terbuka. Jadi di TATA box itulah DNA
dipisahkan dan kalo di luar TATA box helix DNAnya tetep berikatan (beda ama replikasi
kan?)
Operator

Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor dan bagian struktural
dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau penghambat ekspresi gen). Jika
ada represor yang melekat di operator maka RNA polimerase g bisa jalan trus ekspresi gen tidak
bisa berlangsung.

Kalo di gambar di atas operator disimbolkan dengan warna ungu yg berada di antara promotor
(merah) dan structural gene (hijau).

Selain adanya supresor ada juga yg namanya enhancer. kalo supresor untuk menghambat nah
enhancer kebalikannya, dia malah meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA
polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yg spesifik spt operator, ada yg jauh
di upstream atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.

Coding Region

Gen struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida RNA. Transkripsi dimulai
dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon stop (TAA / TGA / TAG).

Pada prokariot tidak ada sekuens intron (yg tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya
berupa ekson. Namun kadang pada archaebacteria dan bakteriofag ada yg memiliki intron.

Terminator
Dicirkan dengan struktur jepit rambut / hairpin dan lengkungan yang kaya yang akan urutan GC
yang terbentuk pada molekul RNA hasil transkripsi.

RNA Polimerase
RNA polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Kalo susunannya
lengkap α2ββ’σ disebut holoenzim. Kalo g ada σ cuma α2ββ’ disebut core-enzyme.

Fungsi subuni2 itu:

α = diduga berfungsi dalam penyusunan enzim

β = berfungsi dalam pengikatan nukleotida

β’ = berfungsi dalam penempelan DNA

σ = berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada promotor.

Struktur gen
Secara umum hampir sama ama prokariot ada promotor, bagian struktural dan terminator. Yg
beda pada bagian strukturalnya.

Bagian struktural pada eukariot

Nah kenapa bagian struktural/coding region nya beda? karena kalo di eukariot ada bagian intron
dan ekson.

 Intro (intervening sequences) merupakan sekuens yg tidak mengkode asam amino. Kalo di
gambar yg warnanya biru muda agak ijo. Ntr bagian ini akan dibuang saat pematangan
RNA
 Ekson sekuens yg nantinya dikode jd asam amino.