A.

Sifat Alel Ganda

Pada saat identifikasi gen, kita dapat menemukan sifat dari gen tersebut. Mutasi yang
menyebabkan hilangkan fungsi dari gen tersebut disebut dengan mutasi nul. Jika mutasi ini
terjadi pada gen yang mengkode protein penting dalam tubuh, mutasi ini dapat saja
menyebabkan letal. Karakterisasi mutasi nul diperlukan untuk menentukan efek dari mutasi
gen ini terhadap fenotip. Jika mutasi ini tidak memberikan efek apa-apa terhadap fenotip, maka
hal ini dikarenakan perubahan yang terjadi kurang dapat mempengaruhi ekspresi protein.
Namun kasus ini memiliki beberapa fungsi residual, baik karena protein mutan sebagian aktif
(dalam kasus mutasi missense), atau karena sejumlah kecil tipe wild protein dibuat (dalam
kasus mutasi nonsense).
Mutasi Null, atau mutasi lain yang menghambat fungsi gen (tetapi tidak selalu
menghapuskan sepenuhnya) disebut mutasi loss of function. Mutasi ini bersifat resesif.
Terkadang mutasi ini menimbulkan efek yang berlawanan dan menyebabkan protein memiliki
fungsi yang baru, misalnya pada mutasi gain of function.Mutasi ini bersifat dominan.

Gambar 3. Fenotip Alel Dominan dan Resesif

Dari Gambar 3 dapat dijelaskan bahwa jika alel dominan masih dapat memproduksi
protein, maka akan muncul wild fenotip, namun jika alel tersebut tidak dapat mengkode protein
maka akan muncul fenotip mutan. Jika mutasi resesif terus terjadi, maka akan ada banyak
pergantian struktur asam amino sehingga protein nantinya tidak memiliki fungsi.
Alel ganda adalah varian yang berbeda dari gen dan keberadaan mereka memungkinkan
untuk membuat heterozigot antara alel mutan. Pada kasus yang sederhana, wild type mengkode
protein. Sedangkan alel mutan mengkode protein yang tidak berfungsi. Namun pada kasus lain,
alel mutan memiliki fenotip yang berbeda. Misalnya wild type dari lokus putih diperlukan
untuk perkembangan mata merah normal. Lokus ini dinamakan lokus putih karena mutasi nul
yang terjadi mata menjadi putih. Untuk menggambarkan wild type dan alel mutan, wild
genotipe ditandai dengan superscript+ setelah nama lokus (w+ untuk warna mata merah pada
D.melanogaster). Sedangkan untuk alel mutan ditandai dengan nama fenotipnya misalnya wi
atau wa ( dapat dilihat pada Gambar 4).

Gambar 4. Lokus w yang memiliki beberapa alel

Ketika terdapat alel ganda, maka makhluk hidup akan memiliki gen heterozigot yang
membawa dua alel mutan yang berbeda. Fenotip dari alel tersebut akan bergantung pada sisa
aktivitas pada alel tersebut. Alel ganda pada manusia terdapat pada kontrol golongan darah.
Fungsi minimal dari tipe nul diwakili oleh gologan 0, alel A dan B memiliki aktivitas kodomain
yang artinya saling menutupi dan dominan terhadap golongan 0. Penjelasan mengenai
golongan darah dapat dilihat pada Gambar 5. Pada Gambar 5 dijelaskan bahwa lokus golongan
darah AB0 mengkode galactosyltransferase yang spesifik menentukan golongan darah.
Gambar 5. Proses Penentuan Golongan Darah AB0

Antigen 0 terdapat pada semua individual yang mengandung karbohidrat tertentu yang
akan ditambahkan pada protein. Lokus AB0 mengkode enzim galactosyltransferase yang
nantinya akan menambah gula pada antigen 0. Alel A memproduksi enzim yang berfungsi
sebagai kofaktor UDP-N-Acetylgalactose yang membentuk antigen A. Alel B memproduksi
enzim yang berfungsi sebagai kofaktor UDP-Galactose yang membentuk antigen B. Alel 0
mengalami mutasi (delesi) yang menghilangkan beberapa fungsinya, sehingga tidak akan ada
modifikasi jika terdapat antigen 0. Hal ini menjelaskan mengapa alel A dan B yang dominan
pada A0 dan B0 heterozigot. Ini merupakan akibat dari aktivitas transferase yang memproduksi
antigen A atau B. Alel A dan B kodominan pada AB heterozigot, karena keduanya
memproduksi transferase. Sedangkan homozigot 00 tidak memiliki aktivitas apapun. Inilah
yang disebut dengan polimorfism yakni keadaan berfugsi alel ganda pada populasi.

B. How Many Genes Are Essential (Berapa Banyak Gen Yang Penting)
Seleksi alam merupakan faktor yang memastikan bahwa gen yang berguna ditahan
dalam genom. Mutasi terjadi secara acak dan pengaruhnya yang paling umum pada open
reading frame akan merusak produk protein. Suatu organism dengan mutasi parah akan berada
pada posisi yang tidak menguntungkan dalam evolusi, dan akhirnya mutasi akan
mengeliminasi organisme tersebut karena ketidakmampuan dalam berkompetisi dengan
organisme lain maupun alam. Frekuensi dari alel yang tidak menguntungkan dalam populasi
diseimbangkan diantara generasi dari mutai baru dan eliminasi dari mutasi lama. Sebaliknya,
setiap kali kita memperhatikan open reading frame pada suatu genom, kita berasumsi bahwa
produk yang dihasilkan mempunyai peran penting pada organisme tersebut. Seleksi alam
kemungkinan besar mencegah terjadinya akumulasi mutasi dalam gen. Akhir dari sebuah gen
yang tak bermanfaat adalah mengakumulasi mutasi gen tersebut sampai tidak dikenali. Gen
yang bermanfaat berarti memberikan keuntungan selektif pada organism.

Gambar 2 Gen-gen ragi yang penting terdapat pada semua kelas. Garis hijau menggambarkan
total ukuran populasi pada suatu kelas gen-gen. garis merah menggambarkan seberapa penting
gen-gen tersebut.

Tapi dalam evolusi, hubungan keuntungan kecil yang mungkin menjadi subjek dalam
seleksi alam. Namun, kenyataannya kita membutuhkan untuk mengetahui berapa banyak gen
yang penting. Hal ini berarti bahwa ketidakhadiran gen tersebut bersifat mematikan bagi
organisme itu. Misalnya, pada kasus organisme diploid terjadinya mutasi homozigot bersifat
mematikan.
Gambar 3 pada sebuah sistem analisis beberapa kehilangan fungsi sekitar 86% dan hanya
10% pengaruh yang dapat ditemukan pada suatu fenotipe.

Kita mungkin berasusmsi bahwa proporsi gen yang penting akan menurun dengan jika
meningkatnya ukuran genom, mengingat bahwa adanya beberapa genom-genom besar, adanya
hubungan terkait fungsi gen tertentu. Sejauh ini belum ada data yang memperlihatkan (lihat
Gambar 3.9).
Pendekatan masalah mengenai jumlah gen adalah untuk menentukan jumlah gen
penting dengan analisis mutasional. Jika kami memenuhi beberapa daerah spesifikasi dari
kromosom dengan mutasi yang letal, maka mutasi tersebut akan menjadi petunjuk adanya
jumlah kelompok yang komplemen yang berhubungan dengan sejumlah loci yang membawa
sifat mematikan pada suatu wilayah. Dengan mengeksploitasi kemungkinan pada genome
secara keseluruhan, kita mungkin dapat menghitung jumlah gen yang penting.
Dalam organisme dengan diketahui genom terkecil (Mycoplasma genitalium), sisipan
secara acak menonaktifkan hanya sekitar dua pertiga dari gen Begitu pula, kurang dari
setengah dari gen E. coli yang berguna). Sebuah percobaan untuk menentukan proporsi apa
mengenai gen yang penting telah memproduksi sebuah analogi hasil dalam ragi S.cerevisiae.
Genom secara relatif kecil, dan sebuah fraksi besar (>50%) ditranskripsi, dibandingkan dengan
eukariot yang lebih tinggi. Ketika penyisipan dilakukan secara acak ke dalam suatu genom,
hanya 12% yang mematikan, dan 14% terhambat pertumbuhan. Sebagian besar (70%) dari
penyisipan tidak berpengaruh. Analisis seperti ini menunjukkan bahwa hanya sebagian kecil
gen memiliki efek mematikan atau langsung mengganggu pertumbuhan. Demikian pula,
kurang dari separuh gen bakteri E.coli tampak menjadi penting
Analisis yang paling luas dari jumlah gen yang terpenting telah dilakukan pada
Drosophila melanogaster melalui usaha untuk mengkorelasikan aspek yang dapat terlihat dari
struktur kromosom dengan jumlah fungsi unit genetis. Dugaan bahwa hal ini memungkinkan
untuk menaikkan secara alami dari kehadiran kelompok kromosom politen dari
D.melanogaster. (Kromosom ini di temukan pada level perkembangan tertentu dan
menunjukkan bentuk perpanjangan yang tidak biasa, dimana serangkaian seri dapat terlihat
(lebih secara formal disebut kromosom).
Berdasarkan konsep terakhir bahwa pita-pita itu kemungkinan ada akibat urutan gen-
gen tertentu. Kita telah sampai pada usaha untuk menhubungkan organisasi gen dengan
organisasi pita itu. Terdapat sejumlah ~5000 pita pada set haploid D. melanogaster, pita-pita
itu berbeda ukuran, namun jika dirata-rata maka setiap pita tersusun atas ~20 kb.
Pendekatan dasar adalah untuk mengetahui rezim kromosom dengan mutasi. Biasanya
mutasi dikelompokkan secara sederhana sebagai penyebab kematian (letal), diluar analisis
karena sifat letalnya tersebut. Beberapa mutasi yang telah diketahui membawa sifat letal
digunakan untuk mengidentifikasi lokus yang diperlukan oleh suatu organism. Terkadang
mutasi terjadi sebagai akibat dari efek yang mengganggu dimana ditimbulkan karena sifat letal,
dalam kasus ini kita juga dapat menghitungnya untuk mengidentifikasi lokus yang dibutuhkan.
Ketika mutasi ditempatkan ke dalam kelompok yang lengkap, jumlahnya dapat dibandingkan
dengan jumlah rangkaian pita pada area itu, masing-masing pita mungkin merupakan tanda
untuk setiap kelompok komplemen. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk menentukan
apakah ada hubungan yang konsisten antara pita dan gen, misalnya, apakah setiap pita
mengandung gen tunggal?
Total analisis yang telah dikeluarkan melebihi 30 tahun terakhir, jumlah dari kelompok
komplementasi mematikan (lethal) adalah 70% dari jumlah rangkaian (pita). Hal ini merupakan
sebuah pertanyaan terbuka apakah ada fungsi yang signifikan terhadap hubungan ini. Namun
terlepas dari penyebabnya, kesamaan memberi kita suatu perkiraan yang wajar untuk jumlah
gen letal ~3600. Jika kita mengasumsikan bahwa organisasi genom Drosophila melanogaster
dan mamalia pada prinsipnya sama, maka dengan perbandingan ukuran rata-rata gen dan
genom, kita akan dapat memprediksi lebih dari 75.000 gen letal bagi manusia. Dengan
pengukuran apa pun, jumlah lokus letal pada Drosophila melanogaster secara signifikan lebih
sedikit dari jumlah total gen, dan kemungkinan demikian pula yang terjadi pada manusia.
 Bagaimana kita menjelaskan gen-gen yang berperan untuk kelangsungan hidup tidak
berdampak pada saat terdelesi? Salah satu jawaban yang paling memungkinkan adalah
redundansi, dimana gen-gen terdapat dalam lebih dari satu copi. Hal ini tentunya benar dalam
beberapa kasus, di mana beberapa gen yang saling terhubung harus tersingkir agar dapat
menghasilkan sebuah dampak. Jelas bahwa ada kasus-kasus di mana genom memiliki lebih
dari satu gen yang mampu menyediakan protein untuk memenuhi fungsi tertentu, dan mereka
semua boleh dihilangkan untuk menghasilkan efek letal.

Gambar 4 Beberapa Kerusakan Gen Manusia yang berkaitan dengan batas mutasi.
Pendapat bahwa beberapa gen tidaklah penting (atau setidaknya tidak dapat
ditunjukkan untuk memiliki dampak yang serius terhadap fenotip) memunculkan beberapa
pertanyaan penting. Apakah genome berisi gen asli yang tidak penting, atau apakah gen
sebenarnya memiliki dampak terhadap fenotip yang signifikan setidaknya selama evolusi yang
panjang? Teori dari seleksi alam akan menyarankan hasil sebuah kerugian yang kecil, yang
meskipun tidak terbukti untuk kita, adalah cukup untuk gen menjadi tertahan selama evolusi
terjadi.
Pertanyaan kunci bahwa mengingkat untuk dijawab secara sistematik adalah : apa
proporsi (ukuran) dari jumlah total gen yang penting, pada berapa banyak hasil mutasi yang
setidaknya dampak yang dapat ditemukan, dan adakah gen yang secara asli tidak penting?
pertanyaan tambahan mengenai genome sebagai keseluruhan adalah: Apa fungsi (jika ada) dari
DNA yang tidak terletak dalam gen? Perubahan besar apa yang terjadi dalam ukuran total pada
operasi genome, seperti dalam permasalahan yang berhubungan dengan amphibi.
C. Transkripsi dan Proses Modifikasi RNA pada Organisme Eukariotik
Meskipun semua proses sintesis RNA sama antara prokariotik dan eukariotik, akan
tetapi pada organisme eukariotik lebih kompleks. Pada eukariota, RNA disintesis di inti, dan
sebagian besar RNA yang mengkode protein harus diangkutke sitoplasma untuk terjemahan
pada ribosom. Terdapat bukti yang menunjukkan bahwa beberapa terjemahan terjadi dalam
inti; Namun, sebagian besar jelas terjadi dalam sitoplasma.
mRNA prokariotik sering mengandung daerah pengkodean dua atau lebih gen; mRNA
tersebut dikatakan multigenic. Sebaliknya, banyak dari transkrip eukariotik yang telah ditandai
mengandung daerah pengkode gen tunggal (yang monogenik). Namun demikian, sampai
dengan seperempat dari unit transkripsi di kecil cacing Caenorhabditis elegans mungkin
multigenic. mRNA eukariotik mungkin termasuk baik monogenik atau multigenic.
Lima perbedaan RNA polimerase hadir pada eukariota, dan masing-masing enzim
mengkatalisis transkripsi gen kelas tertentu. Selain itu, pada eukariota, mayoritas
transkripsigen utama yang mengkodekan polipeptida menjalani tiga modifikasi besar
sebelum mereka transportasi ke sitoplasma untuk diterjemahkan.
1. 7-metil guanosin ditambahkan ke cap 5’ dari transkrip primer
2. Ekor Poli (A) ditambahkan ke 3’, berakhir pada transkrip, yang dihasilkan oleh
pembelahan bukan dengan penghentian perpanjangan rantai.
3. Ketika hadir, urutan intron disambung dari transkrip.
Cap 5’ pada kebanyakan mRNA eukariotik adalah 7-metil guanosin bergabung dengan
penginisiasi nukleosida transkrip oleh 5’ -5’ linkage fosfat. 3’ ekor poly (A) ekor adalah saluran
polyadenosine 20 sampai 200 nukleotida.
Pada eukariota, populasi transkrip utama dalam inti disebut heterogen
nuklear RNA (hnRNA) karena variasi besar dalam ukuran dari molekul RNA
yang hadir. Bagian utama dari hnRNAs ini tidak mengkode urutan intron, yang
dipotong dari transkrip primer dan terdegradasi dalam nukleus. Dengan demikian, banyak
hnRNA sebenarnya terdiri dari molekul pra-mRNA menjalani berbagai acara pengolahan
sebelum meninggalkan inti. Juga, pada eukariota, transkrip RNA yang dilapisi dengan RNA
binding protein selama atau segera setelah sintesis. Protein ini melindungi gen transkrip dari
degradasi oleh ribonucleases, enzim yang mendegradasi molekul RNA, selama pengolahan dan
transportasi ke sitoplasma. Rata-rata paruh transkrip gen pada eukariota adalah sekitar lima
jam, berbeda dengan setengah-hidup rata-rata kurang dari lima menit E. coli. Ini meningkatkan
stabilitas transkrip gen pada eukariota disediakan, setidaknya sebagian, oleh interaksi dengan
protein RNA-binding protein.
5 RNA POLIMERASE/5 SET GEN
Sedangkan single RNA polimerase mengkatalisis semua transkripsi dalam E.coli,
eukariota mulai kompleksitas dari ragi bersel tunggal menuju ke manusia yang mengandung
tiga hingga lima RNA polimerase yang berbeda. Tiga enzim, RNA polimerase yang ditunjuk
I, II, dan III, yang dikenal selalu hadir. Ketiganya lebih kompleks, dengan 10 atau lebih subunit,
dari E.coli RNA polimerase. Selain itu, tidak seperti enzim E. coli, semua RNA eukariotik
polimerase memerlukan bantuan lainnya protein yang disebut faktor transkripsi dalam rangka
untuk memulai sintesis rantai RNA.

Gambar 1 Banyak gen yang mentranskrip 3 tipe berbeda dari proses post transkripsi

RNA polimerase I terletak di dalam nucleolus, Wilayah ini terdiri dari inti
di mana rRNA disintesis dan dikombinasikan dengan protein ribosom. RNA polimerase I
mengkatalisis sintesis RNA ribosom semua kecuali sub unit kecil 5 S rRNA. RNA polimerase
II mentranskripsi gen nuklear yang mengkode protein dan gen mungkin lain menentukan
hnRNAs. RNA polimerase III mengkatalisis sintesis molekul RNA transfer, molekul 5 S
rRNA, dan nuklear kecil RNA. Sampai saat ini, RNA polimerase IV dan V memiliki telah
diidentifikasi hanya pada tanaman; namun demikian, ada petunjuk bahwa mereka mungkin ada
dalam lainnya eukariota, terutama jamur.
 RNA polimerase IV dan V berperan penting dalam mematikan transkripsi
gen dengan memodifikasi struktur kromosom, proses yang disebut renovasi kromatin.
Kromatin renovasi terjadi ketika histon yang berbuntut pada nukleosom secara kimiawi
dimodifikasi dan protein berinteraksi dengan kelompok-kelompok yang dimodifikasi,
menyebabkan kromatin untuk menjadi lebih atau kurang kental. RNA polimerase IV
mensintesis transkrip yang diolah menjadi RNA pendek yang disebut RNA campur kecil
(siRNAs) yang merupakan regulator penting dari ekspresi gen. Salah satu mekanisme kerja
melibatkan berinteraksi dengan protein lain untuk memodifikasi (memadatkan atau bersantai)
kromatin struktur. RNA polimerase V mensintesis bagian dari SiRNAs dan noncoding
(antisense) transkrip gen yang diatur oleh siRNA. Meskipun rincian dari proses masih sedang
dikerjakan, tampaknya mungkin bahwa SiRNAs berinteraksi dengan noncoding transkrip dan
nukleosom terkait protein-beberapa yang ditandai, lain yang tidak diketahui-untuk menyingkat
kromatin menjadi struktur yang tidak dapat ditranskrip.

Gambar 2 Karakteristik 5 RNA polimerase dari Eukariot

B. Tahapan-Tahapan dalam Transkripsi

Tahap transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahapan, yaitu 1) inisiasi untai RNA baru,
2) elongasi/pemanjangan untai, dan 3) terminasi dari transkripsi dan pelepasan molekul RNA
yang terbentuk
1. Inisiasi Rantai RNA
Dalam melakukan inisiasi RNA polimerase organisme eukariotik membutuhkan
bantuan dari protein faktor transkripsi untuk memulai sintesis rantai RNA. Protein faktor
transkripsi ini harus menempel pada daerah promoter pada DNA dan membentuk suatu
komplek inisiasi yang sesuai sebelum RNA polimerase akan mengikat dan menginisiasi
transkripsi.
Inisiasi transkirpsi melibatkan pembentukan suatu bagian untai DNA yang terbuka
(unwound), sehingga untai DNA dapat bebas berfungsi sebagai template untuk pembentukan
untai RNA komplemen.

RNA Polimerase

Untai DNA
RNA cetakan
(template)

Untai DNA yang

terbuka

Gambar 3 Untai DNA yang terbuka dalam inisiasi transkripsi

Pembentukan untai DNA yang terbuka yang dibutuhkan untuk menginisiasi transkripsi
melibatkan interaksi dari beberapa faktor transkripsi dan sekuen spesifik pada daerah promoter.
Promoter yang dikenali oleh RNA polimerase II memiliki komponen yang terkonservasi,
terletak didaerah upstream (awal) dari titik transkripsi. Komponen dari promoter, misalnya
pada gen thymidine kinase dari tikus adalah seperti berikut.
Gambar 4 Struktur suatu promoter yang dikenali oleh RNA polimerase II. TATA dan CAAT
box terletak pada posisi yang sama hampir pada semua gen inti pengkode protein. GC dan
octamer box mungkin ada mungkin juga tidak, ketika ada, komponen GC dan octamterbox ini
terletak pada posisi yang berbeda-beda, baik hanya satu salinan atau banyak salinan.
Umunya daerah awal transkripsi suatu gen terdapat daerah yang disebut TATA box;
daerah ini tersusun atas sekuen TATAAAA (pembacaan 5’ ke 3’ pada untai template). TATA
box memainkan peranan penting dalam menentukan titik awal transkripsi. Komponen konserve
kedua yang itu CAAT box, yang tersusun atas sekuen GGCCAATCT. Komponen konserve
yang lain yaitu GC box, yang tersusun atas sekuen GGGCGG, dan octamer box, tersusun atas
ATTTGCAT, yang biasanya ada pada promoter RNA polimerase II. Komponen-komponen ini
mempengaruhi efisiensi dari satu promoter dalam inisisi transkripsi.
Inisiasi transkripsi oleh RNA polimerase II membutuhkan bantuan dari beberapa basal
transcription factor (faktor transkripsi dasar). Basal transcription factor ini harus berinteraksi
dengan promoter dalam sekuen yang benar untuk menginisiasi transkripsi secara efektif. Setiap
faktor didenotasikan dengan TFIIX (Transcription Factor X for RNA Polymerase II, dimana
X adalah huruf identitas dari tiap unit faktor)
 TFIID merupakan basal transcription
factor pertama yang berinterkasi dengan
promoter, mengandung TATA-binding protein
(TBP) dan beberapa protein aksesori kecil TBP
(small TBP-associated protein). Selanjutnya,
TFIIA berikatan dengan kompleks, diikuti
dengan TFIIB. TFIIF pertama kali berikatan
dengan RNA polimerase II, dan kemudian
keduanya baru membetuk kompleks inisiasi.
TFIIF tersusun atas dua subunit, unit pertama
memiliki aktifitas DNA-unwinding (membuka
ikatan heliks). TFIIE kemudian berkatan
dengan kompleks inisiasi, mengikat untai DNA
downstream (5’-3’) dari titik awal transkripsi.
Faktor transkripsi yang lain, TFIIH dan TFIIJ,
berikatan dengan kompleks setelah melekatnya
TFIIE. TFIIH memiliki aktifitas helikase dan
bergerak bersamaan dengan RNA polimerase II
selama elongasi, membuka untai heliks dari
daerah transkripsi (“transcription bubble”).
RNA polimerase I dan III menginisiasi
Gambar 5 Proses Inisiasi
proses transkripsi dengan cara yang mirip dengan
proses yang dilakukan oleh RNA polimerase II, namun prosesnya lebih sederhana. Sedangkan
proses yang dilakukan oleh RNA polimerase IV dan V belum diketahui.
Gen promoter yang ditranskripsikan oleh RNA polimerase I dan III dalam inisiasi
transkripsi berbeda dengan gen promoter yang ditranskripsikan oleh RNA polimerase II,
namun memiliki komponen regulator yang sama.
 2. Elongasi Rantai RNA dan Penambahan Gugus Metil Guanosie pada Ujung 5’ (5’
Methyl Guanosine Cap)
Setelah RNA polimerase dilepaskan dari kompleks inisiasi, RNA polimerase
selanjutnya mengkatalis pemanjangan rantai RNA. Pada awal proses elongasi, ujung 5’ dari
pre-mRNA eukariotik dimodifikasi
dengan dilakukan penambahan 7- metil
guanosin (7-MG) sebagai cap setelah
terbentuk beberapa nukleotida RNA.
Ujung tersebut nantinya akan dikenali
oleh kompleks protein dalam rangka
inisiasi translasi dan membantu menjaga
rantai RNA yang tumbuh (terbentuk) dari
proses degradasi oleh enzim nuklease.

Perlu diingat bahwa, gen pada

eukariotik tersusun menjadi nukleosom.
RNA polimerase II mampu mengubah
nukleosom dengan bantuan kompleks
protein yang disebut FACT (facilitates
chromatin transcription), yang akan Gambar 6 Proses Elongasi

memindahkan protein histon dimer H2A/H2B dari nukleosom sehinga terurai menjadi
komponen protein penyusunnya. Setelah polimerase II melewati sekuan DNA yang
ditranskripsi, FACT dan protein asesoris lain mengembalikan protein-protein penyusun
nukleosom.

3. Terminasi Melalui Pemutusan Untai dan Penambahan Poly A pada Ujung 3’

(3’Poly (A) Tails
Ujung 3’ dari transkrip RNA yang dibentuk oleh RNA polimerase II pada umumnya
merupakan hasil dari pemutusan untai transkrip primer (pre-mRNA) melalui aktifitas
pemutasan endonukleotik dari pada hasil terminasi dari transkripsi.
Gambar. Poly (A) tail ditambahkan pada ujung 3’ RNA hasil transkripsi oleh enzim poly (A)
polymerase. Substrat ujung 3’ untuk poly (A) polymerase diproduksi oleh pemecahan
endonuklotik pada untai transkrip bagian downstream dari suatu sinyal polyadenilasi, yang
memiliki sekuen AAUAAA.
Terminasi dari transkirpsi umumnya terjadi di berbagai site yang terletak antara 1000
hingga 2000 nukleotida bagian downstream yang nantinya akan menjadi ujung 3’ dari
transkrip RNA yang matang. Pemotongan ujung transkrip RNA biasanya teradi pada daerah
nukleotida ke-10 hingga ke-30 bagian downstream akibat adanya sinyal poliadenilisasi, yang
tersusun atas sekuen AAUAAA dan sekuen yang kaya akan basa nukleotida GC. Setelah
pemotongan, enzim poly(A) polymerase menambahkan poly(A) tail (ekor rantai A), suatu
rantai molekul adenosine monophospat sekitar 200 nukleotida pada ujung 3’ dari transkrip
RNA. Penambahan poly(A) tail pada mRNA eukariotik disebut poliadenilasi. Poly(A) tail
pada mRNA eukariotik berperan dalam meningkatkan stabilitas dan memainkan peranan
penting dalam transpor mRNA dari inti sel menuju sitoplasma.
Berbeda dengan RNA polimerase II, baik RNA polimerase I dan III memiliki sinyal
terminasi yang berbeda. RNA polimerase I melakukan terminasi transkripsi akibat adanya
sekuen khusus sepanjang 18 nukloetida yang dikenali oleh protein aksesoris. RNA polimerase
III melakukan terminasi karena adanya sinyal protein yang mirip dengan terminator rho-
dependent seperti pada E.coli.
C. Editing RNA
Informasi genetik mengalir dari DNA ke RNA ke protein selama ekspresi gen, menurut
dogma sentral biologi molekuler, sehingga informasi genetik tidak diubah dalam perantara
mRNA selama ekspresi gen. Proses editing RNA dapat dilakukan dengan dua cara: 1)
mengubah struktur dasar individu; dan 2) memasukkan atau menghilangkan residu uridin
monofosfat.
Jenis pertama editing RNA, yang menghasilkan substitusi satu basa untuk basa lain
jarang terjadi tapi dapat ditemukan dalam studi tentang gen apolipoprotein-B (apo-B) dan
mRNA pada kelinci dan manusia. Apolipoprotein adalah protein darah yang membawa
beberapa jenis molekul lemak dalam sistem peredaran darah. Dalam hati apo-B mRNA
mengkode protein yang panjangnya 4563 asam amino. Dalam usus apo-B mRNA mengarahkan
sintesis protein hanya sepanjang 2153 asam amino. Di sini residu C dalam pre-mRNA diubah
menjadi U menghasilkan UAA intern translasi terminasi kodon yang dihasilkan pemotongan
apolipoprotein (Gambar 8). UAA adalah salah satu dari tiga kodon akhir rantai polipeptida
selama translasi. Jika kodon UAA diproduksi dalam daerah pengkode mRNA maka akan
mengakhiri polipeptida selama translasi menghasilkan produk gen yang tidak lengkap.
Perubahan C  U dikatalisis oleh urutan protein specific RNA-binding tertentu yang
menghilangkan gugus amino dari residu sitosin.

Gambar 8 Editing apolipoprotein-B m-RNA dalam usus manusia

Jenis kedua editing RNAyang lebih kompleks terjadi di mitokondria dari trypanosomes.
Dimana residu monofosfat uridin dimasukkan atau dihapus kedalam gen saat transkripsi,
menyebabkan perubahan besar dalam polipeptida yang ditentukan oleh molekul mRNA. Proses
editing RNA dimediasi oleh guide RNAs ditranskripsikan dari gen mitokondria yang berbeda.
Guide RNAs mengandung urutan sebagian yang melengkapi pre-mRNA menjadi editing.
Pasangan antara guide RNA dan pre-mRNA menghasilkan celah dengan residu A berpasangan
dalam guide mRNA. Guide mRNA berfungsi sebagai template untuk mengedit, dimana U
dimasukkan dalam celah di molekul pre-mRNA, lawannya A dalam guide RNA.

Gen Pengganggu pada Eukariot: Exon dan Intron

Gen eukariotik mengandung urutan nonkode (intron) yang mengganggu urutan
pengkode (ekson). Intron dihilangkan dari transkripsi RNA sebelum ditransport ke sitoplasma.
Intron gen mamalia β-globin menghasilkan visualisasi genom hibrid DNA-mRNA dengan
mikroskop elektron. Karena kompleks DNA-RNA lebih stabil dari DNA heliks ganda, ketika
DNA heliks ganda terdenaturasi diinkubasi dengan molekul homolog RNA pada kondisi yang
sesuai, untai RNA akan berhibridisasi dengan untai DNA komplementer, memotong untai
DNA yang setara (Gambar 9a). Struktur hibrida yang dihasilkan DNA-RNA akan berisi daerah
DNA tunggal yang disebut R-loop, dimana molekul RNA telah dipotong dari untai DNA untuk
membentuk daerah DNA–RNA duplex.
Pada β-globin tikus yang dimurnikan ditemukan dua R-loop yang dipisahkan oleh loop
untai ganda DNA (Gambar 9b). Hasil ini menunjukkan adanya urutan pasangan nukleotida
ditengah gen β-globin yang tidak hadir dalam β-globin mRNA sehingga tidak dapata
menyandikan asam amino dalam polipeptida β-globin. Tapi ketika memurnikan transkripsi gen
β-globin yang diisolasi dari inti dan diyakini transkripsi molekul pre-mRNA di sitoplasma
hanya teramati satu R-loop. Hal tersebut menunjukkan transkripsi primer menghasilkan urutan
gen struktural lengkap termasuk ekson dan intron. Selanjutnya R-loop yang diperoleh di
sitoplasma mRNA dan pre-mRNA di inti menunjukkan bahwa intron dipotong dan ekson
disusun bersama-sama transkripsi primer ke mRNA matang.
Beberapa Gen Eukariotik Sangat besar

Gen kolagen mengandung 37.000 pasang nukleotida tetapi menghasilkan mRNA hanya
sekitar 4600 nukleotida. Gen lain yang mengandung beberapa intron yang sangat besar
contohnya gen ultrabithorax (Ubx) Drosophila berisi intron kira-kira 70.000 pasang nukleotida.
Gen terpanjang saat ini pada manusia yang disebut gen DMD yang menyebabkan Duchenne
distrofi otot saat terdapat mutasi, yang mecakup 2,5 juta pasang nukleotida dan berisi 78 intron.
Meskipun intron ada pada sebagian besar gen dari hewan tingkat tinggi dan tumbuhan, itu tidak
penting karena tidak semua gen tersebut mengandung intron. Gen histon landak laut dan gen
heat-shock ternyata terbukti kurang intron. Sehingga dapat diketahui bahwa gen hewan tingkat
tinggi dan tanaman ada yang kekurangan intron.

Gambar 9 R-loop merupakan bukti intron dalam gen β-globin tikus

Intron: Pentingkah dalam Biologi?

Intron sangat bervariasi dalam ukuran, mulai dari 50 pasang nukleotida sampai ribuan
pasang panjangnya. Fakta ini menimbulkan spekulasi bahwa intron mungkin memainkan peran
dalam mengatur ekspresi gen. Meskipun tidak jelas bagaimana intron mengatur ekspresi gen,
intron mengandung urutan yang dapat mengatur ekspresi gen baik secara positif atau negatif.
Intron lainnya mengandung alternatif promotor jaringan tertentu, lainnya mengandung urutan
akumulasi peningkatan transkrip. Fakta bahwa intron menumpuk mutasi baru jauh lebih
cepatdari pada ekson, menunjukkan bahwa banyak urutan nukleotida yang spesifik untuk
urutan sepasang nukleotida intron.

D. Modifikasi Pasca Transkripsi

Sintesis RNA prokaryot dan eukaryot hampir memiliki mekanisme sebagian besar sama,
tepai, pada eukaryot proses sintesisnya lebih kompleks. Pada eukaryot, RNA disintesis di
nukleus sedangkan hampir seluruh RNA yang mengkode protein harus ditransport ke
sitoplasma untuk ditranslasikan di ribosom. Ada sebagian penemuan bahwa beberapa translasi
terjadi di nukleus, namun mayoritas translasi terjadi di sitoplasma. Pada eukaryot, populasi
transkrip primer pada nukleus disebut dengan heterogeneous nuclear RNA (hnRNA).
Umumnya transkrip RNA diselubungi oleh RNA-binding protein (Rbp) sesaat setelah
ditranskripsi selama pemrosesan hingga ditransport menuju sitoplasma untuk mencegah
degradasi oleh ribonuklease yaitu enzim yang mendegradasi molekul RNA. Ikatan dengan Rbp
tersebut juga menyebabkan transkrip primer dapat bertahan hingga 5 jam, jauh berbeda dengan
pada E.coli yang hanya dapat bertahan selama kurang lebih 5 menit. Pada eukaryot umumnya
RNA melalui tiga jenis modifikasi sebelum ditransport ke sitoplasma untuk ditranslasikan oleh
ribosom, termasuk eksisi intron. Modifikasi ini disebabkan oleh 5 enzim berbeda yang
mengkatalis transkripsi pada eukariotik seperti yang terlihat pada gambar di bawah ini.

Gambar. Penghilangan sekuen intron dari transkrip primer dengan splicing RNA.
Pada gambar diatas, ada 3 jenis modifikasi yaitu:
1) penambahan tudung 7-Methyl guanosin pada ujung 5’ dari RNA primer;
2) penambahan ekor Poly (A) pada ujung 3’ RNA;
3) pemotongan sekuen intron dari RNA (jika ada).
Mekanisme penghilangan sekuen intron dari transkripsi primer dengan splicing RNA
berlangsung memlalui 3 tahap, yaitu:
1. Intron prekursor tRNA dipotong tepat pada saat pembelahan inti dan reaksi ligasi yang
dikatalisis oleh enzim endonuklease.( Splicing Prekursor tRNA: Kekhususan Nuklease dan
Ligase)
2. Intron dari beberapa prekursor rRNA dihapus secara autokatalis dalam suatu reaksi yang
unik dimana reaksi itu dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas
enzimatik protein terlibat.) (Autokatalisis Splicing)
3. Intron dari pre-mRNA transkrip (hnRNA) digabungkan melalui dua tahap reaksi yang
dipengaruhi kompleks partikel ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”.