Elongation

Proses perpanjangan rantai polipeptida pada dasarnya sama yang terjadi pada prokariota dan
eukariota. Penambahan setiap asam amino ke polipeptida terjadi dalam tiga langkah: (1)
pengikatan aminoasil-tRNA ke situs A ribosom, (2) transfer rantai polipeptida dari tRNA di situs
P ke tRNA di situs A dengan pembentukan ikatan peptida baru, dan (3) translokasi ribosom
sepanjang mRNA untuk memposisikan kodon berikutnya di situs A (Snustad & Simmons, 2012).
(1) Pengikatan suatu aminoasil-tRNA ke situs A ribosom
Tiga nukleotida dalam antikodon pada aminoasil-tRNA harus dipasangkan dengan
nukleotida pada kodon mRNA di situs A. Langkah ini membutuhkan faktor elongasi
Tu yang membawa molekul GTP (EF-Tu.GTP). GTP diperlukan untuk pengikatan
aminoasil-tRNA pada situs A tapi tidak dirombak sampai ikatan peptida
terbentuk. Setelah perombakan GTP, EF-Tu.GDP dilepaskan dari ribosom. EF-Tu.GDP
tidak aktif dan tidak akan mengikat aminoasil tRNA-. EF-Tu.GDP diubah menjadi bentuk
EF-Tu.GTP aktif oleh faktor elongasi Ts (EF-Ts), yang menghidrolisis satu molekul
GTP. EF-Tu berinteraksi dengan semua aminoasil-tRNA kecuali methionyl-tRNA A
(Snustad & Simmons, 2012).
(2) Transfer rantai polipeptida dari tRNA pada situs P ke tRNA pada situs A dengan
pembentukan ikatan peptida baru,
Langkah kedua dalam perpanjangan rantai adalah pembentukan ikatan peptida
antara gugus amino dari aminoasil-tRNA di situs A dan terminal karboksil dari rantai
polipeptida tumbuh yang melekat pada tRNA di situs P. Ini memisahkan rantai tumbuh
dari tRNA di situs P dan secara kovalen bergabung dengan rantai ke tRNA di situs A
Reaksi kunci ini dikatalisis oleh transferase peptidil, suatu aktivitas enzimatik yang
dibangun ke dalam subunit 50 S dari ribosom. Pembentukan ikatan peptida membutuhkan
hidrolisis molekul GTP yang dibawa ke ribosom oleh EF-Tu pada langkah 1 A (Snustad
& Simmons, 2012).
(3) Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon berikutnya pada situs A ribosom,
Peptidyl-tRNA yang ada di situs A dari ribosom ditranslokasi ke situs P, dan
tRNA yang tidak bermuatan di situs P ditranslokasi ke situs E, ketika ribosom bergerak
tiga nukleotida ke arah 3' ujung molekul mRNA. Langkah translokasi membutuhkan
GTP dan G faktor elongasi (EF-G). Ribosom mengalami perubahan konformasi selama
proses translokasi, menunjukkan bahwa ia mungkin berpindah sepanjang molekul
mRNA. Energi untuk pergerakan ribosom disediakan oleh hidrolisis GTP. Translokasi
peptidyl-tRNA dari situs A ke situs P membuat situs A tidak dihuni dan ribosom siap
untuk memulai siklus berikutnya dari perpanjangan rantai A (Snustad & Simmons,
2012).
Gambar 1. Pemanjangan Rantai Polipetida pada E.coli.
(Sumber: Snustad & Simmons, 2012).

Termination (Pemutusan Rantai)

Pemanjangan rantai polipeptida mengalami pemutusan ketika salah satu dari tiga kodon terminasi
rantai (UAA, UAG, atau UGA) memasuki situs A di ribosom. Ketiga kodon stop ini dikenali oleh
faktor pelepasan/rilis (RFs). Dalam E. coli, ada dua faktor rilis, RF-1 dan RF-2. RF-1 mengenali
kodon terminasi UAA dan UAG; RF-2 mengenali UAA dan UGA. Pada eukariota, faktor
pemutusan tunggal (eRF) mengenali ketiga kodon terminasi. Kehadiran faktor rilis di situs A
mengubah aktivitas peptidil transferase sehingga menambahkan molekul air ke ujung karboksil
polipeptida yang baru terbentuk. Reaksi ini melepaskan polipeptida dari molekul tRNA di situs P
dan memicu translokasi tRNA bebas ke situs E. Pemutusan diselesaikan dengan pelepasan
molekul mRNA dari ribosom dan pemisahan ribosom dari subunitnya. Subunit ribosom kemudian
siap untuk memulai putaran lain sintesis protein lainnya, seperti yang dijelaskan sebelumnya
(Snustad & Simmons, 2012).
Gambar 2. Pemanjangan Rantai Polipetida pada E.coli. Grup formil formilmetionin dihilangkan
selama proses translasi.
(Sumber: Snustad & Simmons, 2012).

Kode Genetik
Kode genetik adalah kode non - tumpang tindih, dengan masing-masing asam amino plus
inisiasi dan terminasi polipeptida yang ditentukan oleh kodon RNA yang terdiri dari tiga
nukleotida.

SIFAT-SIFAT KODE GENETIK

Pada pertengahan 1960-an, kode genetik sebagian besar dipecahkan. Adapun sifat-sifatnya yang
paling penting adalah sebagai berikut.
1. Kode genetik terdiri dari kembar tiga nukleotida. Tiga nukleotida dalam mRNA
menentukan satu asam amino dalam produk polipeptida; dengan demikian, setiap kodon
mengandung tiga nukleotida.
2. Kode genetik tidak tumpang tindih. Setiap nukleotida dalam mRNA hanya milik satu kodon
kecuali dalam kasus yang jarang terjadi di mana gen tumpang tindih dan urutan nukleotida
dibaca dalam dua kerangka pembacaan yang berbeda.
3. Kode genetik bebas koma. Tidak ada koma atau bentuk tanda baca lain dalam daerah
pengkodean molekul mRNA. Selama Translasi, kodon dibaca secara berurutan.
4. Kode genetik mengalami degenerasi. Semua kecuali dua asam amino ditentukan oleh lebih
dari satu kodon.
5. Kode genetik dipesan. Banyak kodon untuk asam amino yang diberikan dan kodon untuk
asam amino dengan sifat kimia yang serupa saling terkait erat, biasanya berbeda dengan
nukleotida tunggal.
6. Kode genetik berisi kode start dan stop. Kodon khusus digunakan untuk memulai dan
mengakhiri rantai polipeptida.
7. Kode genetik hampir universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki arti yang sama
di semua organisme hidup, dari virus hingga manusia.

Tiga Nucleotides Per Codon

Dua puluh asam amino yang berbeda dimasukkan ke dalam polipeptida selama
translasi. Dengan demikian, setidaknya 20 kodon yang berbeda harus dibentuk dengan empat
basis yang tersedia dalam mRNA. Dua basis per kodon akan menghasilkan hanya 42 atau 16
kodon yang mungkin — jelas tidak cukup. Tiga basis per kodon menghasilkan 43 atau 64
kodon yang mungkin — suatu kelebihan nyata.

Interaksi Codon- tRNA

Kodon dalam molekul mRNA dikenali oleh aminoasil-tRNA selama translasi.
Translasi pada urutan nukleotida dalam mRNA ke dalam urutan asam amino yang tepat dalam
produk polipeptida membutuhkan pengenalan kodon yang akurat oleh aminoasil-
tRNA. Karena degenerasi kode genetik, beberapa tRNA yang berbeda harus mengenali kodon
yang berbeda yang menentukan asam amino yang diberikan atau antikodon dari tRNA
yang diberikan harus dapat dipasangkan dengan beberapa kodon yang berbeda. Sebenarnya,
kedua fenomena ini terjadi. Beberapa tRNA ada untuk asam amino tertentu, dan
beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon.
Pertanyaan Siti Nurhikmah Mustadjuddin (190341864415)
1. Setelah tahap translasi selesai, maka akan terbentuk protein baru yang akan ditransfer oleh
ribosom untuk dikeluarkan dari membran sel. Bagamana mekanisme ribosom dalam
mengeluarkan protein tersebut?
Jawaban:
Terdapat beberapa sinyal yang akan membantu ribosom untuk mencapai membran,
antara lain: signal peptide dan Signal Recognition Particle (SRP). Signal peptide yang
mengarahkan ribosom menuju membran dan menyisipkan protein keluar membran, sinyal
peptida akan berikatan dengan signal recognition particle (SRP). Ikatan yang kompleks antara
ribosom, signal peptide dan SRP akan terjadi difusi protein dan peptida pada membran sel,
karena SRP berikatan dengan docking protein (DP). Dengan penambahan GTP sehingga
menempel pada SRP dan GTP yang terhidrolisis akan menjadi GDP + Pi menyebabkan SRP
terlepas dari protein docking (DP), kemudian sintesis peptida dilanjutkan, dimana peptida baru
disintesis melewati translocon dalam membran lalu sebuah signal peptidase pada sisi lain dari
membran akan menghilangkan signal peptide. Proses translasi telah selesai secara sempurna,
sehingga ribosom berdisosiasi bebas dari translocon tersebut.
2. Bagaimanakah langkah-langkah dalam penambahan setiap asam amino ke polipeptida?
Jawaban
Penambahan setiap asam amino ke polipeptida terjadi dalam tiga langkah: (1)
pengikatan aminoasil-tRNA ke situs A ribosom, (2) transfer rantai polipeptida dari tRNA di
situs P ke tRNA di situs A dengan pembentukan ikatan peptida baru, dan (3) translokasi
ribosom sepanjang mRNA untuk memposisikan kodon berikutnya di situs A.