NAMA : M.

AKRAM SYA’RAWI

KELAS : PEND. BIOLOGI B 2017

MATKUL : BIO MOLEKULER (Tugas Rutin)

1. Perbedaan Eukariotik dan Prokariotik secara molekuler

a) Prokariot
 Organisme prokariot merupakan organisme yang masih sederhana, ditandai
dengan inti yang belum terlindungi oleh membran inti, sehingga tidak ada
batas yang tegas antara inti dan sitoplasma sel.
 Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya
dirampungkan.
 Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan
berdasarkan arah dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot :
 tidak terdapat membran inti, sehingga tidak ada yang memisahkan
transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga
translasi dapat segera dilakukan.
Transkripsi pada Prokariot
1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : Daerah pengendali
(promoter); bagian struktural dan terminator.
a. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dalam
mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’. [ Promoter
pada prokariot juga terdiri atas operator ]
b. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir
(downstream) dari promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan
DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi.
c. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian
struktural yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses
transkripsi. Fungsi : memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar
menghentikan proses transkripsi.
Proses terminasi transkripsi pada prokariot dpt dikelompokkan
menjadi 2 kelas, yaitu :
 1) Terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent)
2) Diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent
2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon.
Contoh :
operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada
bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor
mengendalikan seluruh gen struktural.
3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa
kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda :
mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari
satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan
demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari
satu untaian mRNA yg sama.
4. Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi
translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon
STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam
amino.
Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan
mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens
nukleotida yang berurutan.
Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada
beberapa archaea tertentu.
5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang
membedakan dengan eukariot)
6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir
secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi
sudah dapat dimulai.
7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer
dengan cetakannya.
Misal :
Urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul
DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai
cetakan, hanya salah satu untaiannya.
 8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:
1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
2) pemanjangan
3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

b) Eukariot
 Transkripsi dan translasi pada eukariot berbeda dengan pada prokariot.
 Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat
terjadinya transkripsi dan translasi.
 Transkripsi terjadi di dalam inti Translasi terjadi di sitoplasma.
 Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat
melakukan translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi.
 Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks daripada
prokariot
Transkripsi pada Eukariotik
1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu:
 Gen kelas I : meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan
5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I). Pada gen kelas I terdapat
dua macam promoter yaitu
 promoter antara (spacer promoter)
 promoter utama
 Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan beberapa
RNA berukuran kecil yg terdapat di dalam nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu :
sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen
hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi,
kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream)
 Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan
bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA
polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan
berulang
2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan
seluruh gen struktural.
 3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg
dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA
hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam
polipeptida).
4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering
dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.
5. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan
faktor- faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah
promoter. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada
DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain,
yg disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF).
6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara
serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi
berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu
antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase pasca-
transkripsi.
Pada fase ini, terjadi proses :
1) Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);
2) Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);
3) Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan 4). Penyuntingan
mRNA
7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang
mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode
urutan spesifik (intron).

c) Perbedaan Translasi pada Prokariot dan Eukariot

{ Inisiasi Pada Translasi }

Perbedaan utama antara permulaan translasi eukariot dan prikariot -à pada
prokariot : yang kompleks permulaan tranlasi terjadi secara langsung di permulaan
codon, titik di mana sintesis protein akanmulai, à pada eukariot : memakai proses
tak langsung untuk menemukan permulaan titik. Fungsi faktor tranlasi prokariot:
faktor inisiasi, elongasi, release.
 { Elongasi Pada Translasi }
Elongasi pada eukariotik dan prokariotik, frameshifting terjadi selama elongasi,dan
terjadi secara acak karena polipeptida bersatu setelah frameshift mempunyai urutan
asam amino yang salah.

{ Terminasi Pada Translasi }

Sintese Protein berakhir ketika salah satu dari ke tiga penghentian codon dicapai.
Suatu lokasi tidak dimasukkan oleh suatu tRNA tetapi oleh suatu protein yang
melepaskan faktor.
faktor pelepasan :
* Prokariot :
RF-1 yang mengenali penghentian codon 5’-UAA-3’ dan 5’-UAG-3’, RF-2 yang
mengenali 5’-UAA-3’ dan 5’-UGA-3’. RF2 dari ribosome setelah penghentian, di
dalam suatu reaksi yang menuntut energi dari hidrolisis GTP. RF-3 yang
merangsang pelepasan RF1.
* Eukariot :
eRf-1, yang mengenali penghentian codon
eRF-3, yang mungkin berperan sama
Secara garis besar translasi pada eukariot sama dengan translasi pada
prokariot, perbedaannya hanya pada beberapa hal saja, misalnya, kelompok protein
dari methyonil-dRNAi Afet tidak dibentuk dan sebagian besar mRNA eukariot
dipelajari untuk memperoleh monogenik.

2. Perbedaan Aechaebacteria Dan Eubacteria

Aspek Archaebacteria Eubacteria
Tidak terkandung peptidoglikan,
Dinding sel Mengandung peptidoglikan
lipopolisakarida
Membran lipid Berbagai macam lipid Fosfolipid
Cabang rantai hidrokarbon
Polimer asam lemak gliserol yang dihubungkan dengan gliserol
Membran sel
dihubungkan dengan ikatan ester melalui ikatan ester dan tidak
ditemukan rantai asam lemak
Sensitifitas Biokimia Tidak sensitif terhadap antibiotik Sensitif terhadap antibiotik
Lingkungan yang ekstrem Kosmopolitan(Dimana-mana,
Habitat
(Bersuhu tinggi/panas, asam) lingkungan biasa/normal)
Intron Ada Tidak ada
Ukuran 0,1 s.d. 15 mikron 0.5 s.d. 5 mikron
Reproduksi/Berkembang
Aseksual Aseksual dan paraseksual
biak
RNA Polimerase Beberapa jenis Satu jenis
Sama dengan organisme Mempunyai struktur ribosom
Struktur Ribosom
eukaryotik sendiri
Sebagai alat gerak dan sistem
Fungsi Flagel Sebagai alat gerak
sekresi

Archaebacteria berasal dari bahasa yunani archaios artinya kuno, dan bakterion
(batang kecil). Archaebacteria sangat beraneka ragam baik secara morfologi atau fisiologi.
Mereka bisa bewarna atau terwarnai baik gram positif atau gram negatif. Walaupun begitu
struktur dinding dan kimiawinya berbeda dari eubacteria. Mereka tidak mempunyai asam
muramik dan asam D-amino seperti terdapat pada peptidoglikan eubacteria. Oleh karena itu
seluruh arkhaebacteria rentan serangan oleh lisozim dan β-laktam antibiotic seperti penisilin
karena tidak memiliki asam muramat dan D-asam amino. Gram positif arkhebacteria dapat
mempunyai varietas complex polimer pada dinding-dinding mereka. Misalnya bakteri
methanogen mempunyai dinding dengan pseudomurein, sebuah peptidoglikan yang
mempunyai L-asam amino pada struktur cross link. Hal yang paling membedakan
kenampakan dari membrane arkhaebacteria adalah sifat alami dari lipid membrannya.
Mereka berbeda baik eubacteria maupun eukariot dalam mempunyai rantai hidrokarbon
bercabang yang tertanam pada gliserol dengan ikatan eter daripada ikatan ester. Lipid polar
kadang-kadang nampak pada membrane arkhaebacteria, seperti phospolipid, sulfolipid, dan
glikolipid. Sekitar tujuh sampai tiga puluh persen lipid membrane arkhaebacteria adalah lipid
nonpolar yang merupakan derivatik squalene. Lipid ini dapat berkombinasi dengan berbagai
cara untuk membentuk kekakuan membrane dan ketebalannya.
Secara genetic arkhaebacteria juga berbeda, genom dari arkhaebacteria berukuran
lebih kecil dari eubakteri normal. Akhir-akhir ini genom dari arkhaebacteria telah diurutkan
dan dibandingkan dengan genom organism lain. Sekitar 56 % dari keseluruhan genom
arkhaebacteria tersebut sangat berbeda dengan genom dari eubacteria dan eukariot.
Archaebacteria merupakan mikroba utama dalam lingkungan terrestrial dan akuatik,
hidup dalam lingkungan anaerobic, dalam kadar garam tinggi, atau air panas, dan dalam
lingkungan yang terkena panas bumi serta beberapa terdapat sebagai simbion saluran
pencernaan. Kelompok yang termasuk aerob, anaerob dan fakultatif aerob yang
tumbuh secara khemolitoautotrofik, organotrofik. Archaebacteria dapat bersifat mesofil atau
thermofil, bahkan beberapa spesies dapat tumbuh pada suhu diatas 100° C.
Perbedaan eubacteria dan arkhaebacteria
 Dinding sel, membrane sel, dan RNA ribosomalnya berbeda dari bagian tersebut dari
bakteri lain. Pada archaebacteria tidak ditemukan adanya peptidoglikan (protein-karbohidrat)
seperti yang ditemukan pada eubacteria. Archaebacteria dapat tinggal di lingkungan dimana
organism khususnya bakteri lain tidak dapat bertahan.
Archaebacteria dapat dibedakan dari eubacteria dengan tidak adanya dinding sel
peptidoglikan mereka, posisi dari isoprenoid dieter atau digliserol tetra eter lipid, dan
karakteristik susunan RNA ribosom. Archaebacteria juga memiliki beberapa ciri molekuler
yang sama dengan eukariota. Sel memiliki bentuk yang berbeda termasuk didalamnya adalah
bentuk sferis, spiral, pipih atau batang; bentuk uniseluler dan multiseluler pada filament atau
agrigat ditemukan. Perbanyakan terjadi dengan pembelahan binary, tunas, penggabungan,
fragmentsi, atau dengan mekanisme lain yang belum diketahui.
Arkhaebakteria tidak mempunyai peptidoglikan, pembeda utama antara
arkhaebacteria dan eubacteria. Sementara itu dinding sel Arkhaebacteria tersusun atas
molekul komponen-karbohidrat yang disebut pseudopeptidoglycan. Membran sel eubacteria
tersusun atas asam lemak dengan gliserol yang diikat melalui ikatan ester, sementara
membran archaebacteria tersusun atas isoprenoids yang berikatan dengan asam lemak melalui
ikatan eter. Selain itu archaebacteria mempunyai lebih banyak RNA dibanding eubacteria.
Secara genetic arkhaebacteria juga berbeda, genom dari arkhaebacteria berukuran lebih kecil
dari eubakteri normal.
Arkhaebacteria juga berbeda dengan eubacteria yaitu pada lingkungan hidupnya yang
sangat ekstrim (contohnya: temperatur tinggi, kadar garam tinggi dan PH rendah) dan
melangsungkan reaksi metabolisme yang tidak biasa, misalnya dalam pembentukan methane.
Peptidoglikan atau murein adalah susunan polimer dari banyak sub unit yang identik.
Polimer mempunyai dua derivate gula, N-asetilgukosamin dan asam N-asetilmuramik
(bentuk eter laktil dari N-asetilglusamin)(gambar 2). Dan beberapa jenis asam amino, tiga
darinya adalah asam D-glutamit, D-alanin, dan asam meso-diaminopimelic yang tidak
terdapat dalam protein. Sub unit peptidoglikan terdapat dalam kebanyakan bakteri gram
negative dan beberapa pada bakteri gram positif. Rantai utama polimer adalah residu N-
asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramik. Sebuah rantai peptida dari D- dan asam L-
amino terhubung dengan grup karboksil asam N- asetilmuramik.
Rantai sub unit peptidoglikan tergabung dengan cross link diantara peptidanya.
Seringkali grup karboksil dari terminal D-alanin terhubung langsung ke grup amino dari asam
diaminopimelic, kecuali ”peptide interbridge” juga digunakan untuk mengganti cross link.
Kebanyakan gram negative kandungan peptidoglikan di dindingnya kurang terdapat ”peptide
interbridge”.
Cross link mengakibatkan kepadatan yang tinggi dan saling berhubungan rapat
dengan peptidoglikan dinding selnya. Hal ini mengakibatkan bentuk sel relative tetapi
dinding selnya tetap elastic dan mudah mengulur. Selain itu juga terdapat banyak pori
sehingga molekul-molekul dapat menembusnya.
Archaebacteria mempunyai proteksi yang tinggi terhadap tekanan, suhu dan pH, dan
segala bentuk ancaman lingkungan yang ekstrim. Untuk archaebacteria yang hidup
dilingkungan bertekanan tinggi, mereka menggunakan methanochondroitin pada dinding
selnya untuk proteksi tekanan. Struktur membrane dan dinding (lemak & protein) inilah yang
berperan untuk merespon secara khusus.
Methanochondroitin merupakan dinding sel Methanosarcina. Yang tersusun atas
galaktosamine, glucuronic atau asam galacturonik dan glukosa, mengingatkan kepada
sulphate chondroitin pada jaringan ikat pada vertebrata. Bagaimanapun juga methacondroitin
bukan sulphate dan perbandingan molar antara GaINAc:GIcA adalah 2 : 1 dan bukan 1 : 1
seperti pada chondroitin
Fluiditas pada membrane archae juga dipengaruhi oleh adanya hopaloid. Pada sel
eukariot terdapat sterol pada membrane selnya, sedangkan pada archae terdapat Hopanoid.
Untuk Archae yang tahan terhadap suhu, mereka memiliki struktur membrane yang khusus.
Pada phospolipidnya terdapat ikatan lemak jenuh. Sehingga sifat dari ikatan lemak jenuh
inilah yang menambah proteksi terdapat suhu. Ketahanan terhadap suhu pada archae juga
disebabkan karena adanya ikatan sulfur pada cross-link bridgenya.

3. Cakupan Biologi Molekuler dan Bandingkan Dengan Ilmu Imunologi dan Genetika
 Pendekatan Biologi Molekuler dan Imunologi Untuk Pengembangan Diagnosis
Penyakit Parasit dengan menggunakan teknik radiologi, CT-Scan, MRI, teknik
laboratorium barn dalam imunologi dan genetika molekul. Kemajuan dalam
berbagai bidang ilmu dasar ini memungkinkan diagnosis yang lebih tepat untuk
penyakit yang tergolong hematologi-onkologi medis seperti leukemia, lymphoma
dan sebagainya.
 Teknik molekuler seperti PCR dll membantu dalam program pengendalian
penyakit. Teknik molekuler dapat mendeteksi infeksi penyakit.
 Genetika yang mengkaji bahan genetik dan ekspresi genetik di tingkat subselular
(di dalam sel). Subjek kajiannya mencakup struktur, fungsi, dan dinamika dari
bahan-bahan genetika serta hasil ekspresinya.
 Seringkali genetika molekular disamakan dengan biologi molekular. Hal ini tidak
sepenuhnya bisa disalahkan, karena biologi molekular lahir dari kajian genetika
dan keduanya memakai teknik-teknik analisis yang sama. Sampai sekarang pun
genetika molekular masih merupakan kajian biologi molekular yang terpenting.
Namun sekarang dapat dilihat bahwa biologi molekular telah merambah bidang
biologi lain, khususnya fisiologi dan ekologi, dalam arti teknik-teknik biologi
molekular dipakai untuk menjelaskan gejala-gejala fisiologi dan ekologi.