LAPORAN TUGAS MANDIRI

FUNGSI ASAM NUKLEAT

Nama : Adam Haikal S
NPM : 1806199335

Outline
1. Fungsi asam nukleat (DNA)
2. Fungsi asam nukleat (RNA)
2.1 rRNA
2.2 tRNA
2.3 mRNA
2.4 RNA sebagai pencipta protein baru
2.5 SnRNA
2.6 HnRNA
2.7 Regulatory RNA
2.8 Transfer-messenger RNA
2.9 ds RNA
3. RNA Interference
4. Ribhozymes
5. Fungsi Purin dan Pirimidin

Abstrak
Asam nukleat merupakan biopolimer berbobot molekul tinggi yang tersusun atas
monomer nukleotida dan berikatan melalui ikatan fotodiester. Asam nukleat terdapat pada
semua sel hidup dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer materi genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing
masing sel. Asam nukleat secara umum dibagi menjadi dua jenis yaitu DNA dan RNA. Jika
suatu asam nukleat mengandung ribosa, maka akan membentuk asam ribonukleotida (RNA),
sementara bila nukleotida tersebut mengandung deoksiribosa maka asam nukleat yang
terbentuk adalah asam deoksiribonukleotida (DNA). Kedua jenis Asam nukleat tersebut
merupakan bagian utama biologimodern pada penelitian medis, pembentukan genom, serta
bioteknologi dan industri farmasi
 Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, mentransmisi, dan
mentranslasi informasi genetic; metabolisme antara dan reaksi-reaksi informasi energi; serta
pengatur sintesis protein. Berbagai macam riset telah dilakukan dan dikembangkan demi
mengetahui fungsi dan pengaplikasian Asam nukleat secara luas.

1. Fungsi Asam Nukleat (DNA)

DNA ialah suatu asam nukleat yang menyimpan semua informasi biologis yang unik dari
setiap makhluk hidup dan beberapa virus.
DNA merupakan singkatan dari deoxyribonucleic acid atau dalam Bahasa Indonesia
disebut juga asam deoksiribonukleat Struktur kimianya berupa makromolekul kompleks
yang terdiri dari 3 macam molekul yaitu :
- gula pentosa (deoksiribosa)
- asam fosfat
- basa nitrogen.

Gambar DNA
(sumber: rumusrumus.com)

Fungsi DNA secara umum yaitu untuk menyimpan dan menentukan karakteristik
biologis pada mahkluk hidup yang sesuai dengan pengaturan koneksi pada molekul yang
sangat spesifik.
 DNA juga berfungsi untuk keperluan sintesis biologis guna menciptaan protein seluler
dan pembentukan molekul RNA. Fungsi lainnya yaitu:
- Sebagai pembawa informasi genetik DNA.
- Membuat protein
- Mempunyai peran dalam menduplikasi diri dan dalam pewarisan sifat.
- Kode untuk pengaktifan protein dan penonaktifan gen.
- Sebagai ekspresi informasi genetik.
- Pengarah sintesis RNA pada sebuah proses kimia atau transkripsi

2. Fungsi Asam Nukleat (RNA)

RNA (Ribonucleic Acid) merupakan suatu molekul polimer yang terlibat didalam
berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, serta juga ekspresi gen. Seperti
DNA, RNA tersebut dirakit ialah sebagai rantai nukleotida, namun tidak seperti DNA, RNA
ini lebih sering ditemukan di alam sebagai untai tunggal yang melipat ke dirinya sendiri,
daripada untai ganda berpasangan.
RNA adalah sebuah hasil dari transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA ini
sebagai polimer yang jauh lebih pendek apabila dibandingkan DNA. Berbeda dengan DNA
pada umumnya dapat dijumpai dalam inti sel, Kebanyak dari RNA ini terdapat dalam
sitoplasma, khususnya pada dalam ribosom.

Gambar RNA
(sumber: gurupendidikan.co.id)
2.1. rRNA
Asam ribonukleat (RNA) adalah kelompok molekul besar yang memiliki banyak
peran yang berbeda. Mereka sangat penting dalam pengkodean, dekode, regulasi, dan
ekspresi gen kita. Seperti namanya, RNA ribosom (rRNA) merupakan bagian dari
ribosom. Sisanya ribosom terdiri dari protein. Selain itu, ada dua rRNA di setiap ribosom,
satu di subunit besar dan satu di subunit kecil. Fungsi ribosom adalah untuk membuat
protein.
Translasi adalah nama dari proses sel-sel kita gunakan untuk membuat protein.
Ribosom adalah organel yang dapat mengambil salinan materi genetik kita dan
menerjemahkannya ke dalam protein. Bahan genetik asli DNA dan disimpan dalam inti
sel. Ketika protein tertentu yang dibutuhkan, sel-sel kita membuat salinan DNA. Salinan
ini juga RNA, tapi itu disebut messenger RNA atau mRNA. Dengan demikian, ribosom
menerjemahkan mRNA menjadi protein.
Untuk membuat protein, ribosom menghubungkan asam amino bersama-sama.
MRNA memiliki urutan tertentu di mana asam amino harus bergabung dan masing-
masing protein memiliki urutan asam amino yang berbeda. Subunit kecil rRNA dapat
membaca urutan asam amino. Menghubungkan asam amino bersama-sama adalah
fungsi dari rRNA dalam subunit besar ribosom.

Gambar rRNA
(sumber: researchgate.net)
2.2. tRNA

Fungsi tRNA di lokasi tertentu dalam ribosom selama translasi, yang merupakan
proses yang mensintesis protein dari molekul mRNA. Protein dibangun dari unit yang
lebih kecil yang disebut asam amino, yang ditentukan oleh urutan mRNA tiga nukleotida
yang disebut kodon. Setiap kodon merupakan asam amino tertentu, dan masing-masing
kodon dikenali oleh tRNA tertentu.
tRNA adalah molekul yang memiliki struktur khas berupa lipatan dengan tiga
penjepit yang membentuk bentuk seperti semanggi berdaun tiga. Salah satu penjepit ini
berisi urutan disebut antikodon, yang dapat mengenali dan memecahkan kode kodon
mRNA. Setiap tRNA memiliki asam amino yang sesuai yang melekat pada ujungnya.
Ketika tRNA mengenali dan mengikat kodon yang sesuai pada ribosom, tRNA
mentransfer asam amino yang tepat untuk ujung rantai asam amino yang berkembang.
Kemudian tRNA dan ribosom terus memecahkan molekul mRNA sampai seluruh urutan
diterjemahkan ke dalam protein.
Molekul tRNA, atau molekul transfer asam ribonukleat, memiliki dua fungsi
tertentu. Menurut Scitable, fungsi pertamanya adalah seorang penerjemah. Ini
memutuskan apa asam amino yang dibutuhkan dengan melihat mRNA. Molekul mRNA
memiliki tiga nukleotida, atau kodon, yang merujuk pada asam amino tertentu. Setelah
molekul tRNA mengenali asam amino tertentu yang dibutuhkan, fungsi kedua
memasukan dan menjadi transferer, dengan menggerakan asam amino ke dalam rantai
asam amino yang sedang tumbuh.

Gambar tRNA
(sumber : en.wikipedia.org)
2.3. mRNA
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan) dengan
salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk
pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. Panjang pendeknya mRNA
berhubungan dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan
asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang
terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola
cetakan pembentuk polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-
kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk
bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma.

Gambar mRNA
(sumber: agrotek.id)

2.4. RNA sebagai pencipta protein baru

Dalam setiap harinya masing-masing makhluk hidup membutuhkan makanan
demi kelangsungan hidupnya. Makanan yang mereka makan nantinya akan dicerna
dalam sistem pencernaan mereka yang nantinya akan diolah menjadi energi dalam
tubuh. Dalam proses pencernaan makanan ada istilah yang disebut dengan sintesis
protein.
Sintesis protein adalah proses untuk mengubah asam amino yang terdapat
dalam linear menjadi protein dalam tubuh. Pada proses ini memerlukan peran dari DNA
& RNA serta enzim. Hasil dari proses ini adalah sebuah protein yang telah diproses
secara mekanik dan kimiawi yang terdapat di dalam sel makhluk hidup.
 Tahap atau proses sintesis protein pertama kali dipraktekkan oleh Paul
Zamecnik pada tahun 1950 silam. Awal mulanya Paul menggunakan tikus sebagai
bahan percobaan untuk mengamati proses tersebut, caranya adalah dengan
memasukkan asam amino radioaktif ke dalam tubuh tikus. Hasil dari percobaan tersebut
adalah ditemukannya tempat terjadinya proses sintesis protein.
Setelah melakukan percobaan diatas, Paul kemudian melakukan penelitian
kembali bersama Mahlon dan mendapatkan kesimpulan bahwa molekul RNA pemindah
(RNA t) berperan dalam proses sintesis tersebut. Namun, pada akhirnya Francis Crick
menemukan sesuatu yang penting, yaitu RNA pemindah terlebih dahulu harus
mengenal urutan dari nukleotida untuk dapat disusun sebagai asam amino, dimana
kemudian akan dibawa oleh RNA pembawa.
Pada tiap sel yang terdapat pada makhluk hidup tentunya akan mengalami
pembelahan sel, dimana biasanya pembelahan sel ini dapat terbagi berdasarkan
kelipatannya, contohnya disini adalah pembelahan 4 sel menjadi 8 sel. Akan tetapi,
sebelum sel tersebut melakukan proses pembelahan, terdapat proses penggandaan
komponen yang terdapat dalam sel, salah satunya adalah DNA. Penggandaan DNA
inilah yang kemudian disebut sebagai replikasi. Jadi, pengertian dari replikasi adalah
proses sintesis DNA baru yang terjadi di dalam nukleus sel. Pada proses replikasi DNA
ini membutuhkan bantuan dari enzim helikase yang bertugas untuk melepaskan basa
dan ikatan hidrogen yang terdapat pada rangkaian DNA. Pada saat proses replikasi
berlangsung, induk DNA akan membentuk anak DNA yang memiliki bentuk yang sama
dengan induknya, dengan demikian dapat disimpulkan bahwa induk DNA memiliki tugas
untuk membentuk DNA baru. Baltimore, Muzushima dan Temin (1970) berpendapat
bahwa dari sekian banyak virus, terdapat beberapa virus yang ternyata dapat
mensintesis DNA yang berasal dari RNA dengan hasil rantai tunggal. Enzim yang
bertugas dalam proses sintesis tersebut dinamakan DNA polimerase.
Tahap transkripsi adalah tahapan dimana DNA akan membentuk RNA dengan
menguraikan kode genetik yang berasal dari DNA. Pada tahap ini akan menghasilkan 3
jenis RNA, yaitu: mRNA, tRNA, dan rRNA. Tahap ini dapat berlangsung di dalam
sitoplasma dengan diawali proses pembukaan rantai ganda yang dimiliki oleh DNA
dengan bantuan enzim RNA polimerase. Pata tahap ini terdapat rantai tunggal yang
bertugas sebagai rantai sense, sedangkan rantai lain yang berasal dari pasangan DNA
dinamakan rantai anti sense. Tahap transkripsi sendiri terbagi atas 3 tahap, yaitu tahap
inisiasi, elongasi dan terminasi.
Pada saat proses replikasi terdapat daerah yang disebut sebagai pangkal
replikasi, lalu pada proses transkripsi juga dikenal nama promoter yang merupakan
wilayah DNA yang digunakan sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk
melakukan transkripsi. Terdapat proses dimana RNA kemudian akan melekat dengan
promoter, kemudian promoter akan mengikat kumpulan protein yang kemudian proses
ini disebut sebagai faktor transkripsi. Dari sini, RNA polimerase, promoter dan factor
transkripsi akan disebut sebagai kompleks inisiasi transkripsi. Dimana selanjutnya RNA
polymerase akan bertugas membuka rantai ganda yang dimiliki oleh DNA.
Ketika RNA polimerase suah membuka rantai ganda DNA, maka RNA tersebut
akan menyusun uraian nukleotida-nukleotida RNA dengan ketentuan arah 5′ ke 3′. Pada
tahap ini, RNA akan mengalami pemanjangan diri seiring dengan proses pembentukan
pasangan DNA dengan basa nitrogen. Pada RNA tidak memiliki yang namanya basa
pirimidin timin (T), akan tetapi memiliki urasil (U). Maka dari itu, RNA kemudian akan
membentuk pasangan basa urasil dengan bantuan adenin yang terdapat pada rantai
DNA. Dalam rantai RNA terdapat 3 jenis basa, yaitu guanin, sitosin dan adenin, dimana
nantinya 3 basa ini akan berpasangan dengan basa komplemen yang sudah ditetapkan
sesuai dengan aturan pasangan basa. Pada tahap ini, adenin nantinya akan
berpasangan dengan urasil, sedangkan guanin akan berpasangan dengan sitosin.
Setelah tahap transkripsi selesai, rantai DNA akan menyatu kembali seperti semula, lalu
RNA polimerase akan lepas dari rantai DNA. RNA yang terlepas dari DNA tersebut
kemudian akan membentuk RNA m yang baru.
Di dalam sel prokariotik, RNA hasil dari transkripsi akan berperan aktif sebagai
RNA m. Akan tetapi, RNA yang dihasilkan dari transkripsi kode akan menjadi RNA m
yang akan aktif setelah melalui tahap tertentu. Dari sini dapat disimpulkan bahwa pada
rantai tunggal RNA m memiliki beberapa urutan basa nitrogen. Tiap 3 jenis urutan dari
basa nitrogen yang terdapat pada nukleotida RNA m hasil dari transkripsi akan disebut
sebagai kodon atau triplet. Translasi adalah proses menerjemahkan kode kodon yang
berasal dari RNA m untuk menjadi asam amino yang nantinya akan membentuk protein.
Masing-masing urutan dari basa nitrogen yang berbeda nantinya akan diterjemahkan
menjadi asam amino yang berbeda pula. Contohnya disini adalah asam amino
fenilalanin yang merupakan terjemahan dari kodon UUU (3 basa urasil), asam amino
glisin (CGC), asam amino serin (UCA) dan asam amino triptofan (UGG). Pada tahap ini
setidaknya terdapat 20 macam jenis asam amino yang dibutuhkan untuk dapat
membentuk protein yang berasal dari terjemahan kodon mRNA. Selanjutnya, beberapa
dari asam amino tersebut akan menghasilkan rantai polipeptida yang spesifik dan
nantinya akan membentuk protein yang spesifik pula. Proses translasi sendiri terbagi
atas 3 tahap.
Pada tahap awal translasi, unit kecil dari ribosom akan mengikat pada mRNA
yang sudah membawa kode genetik untuk asam amino yang akan dibuat, juga akan
mengikat bagian inisiator dari tRNA. Kemudian, molekul dari ribosom akan mengikat
bersama 3 molekul tersebut dan membentuk komplek inisiasi. Langkah selanjutnya
adalah molekul dari tRNA tersebut akan mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma ke ribosom dengan bantuan enzim dan energi GTP. Masing-masing ujung
tRNA akan membawa 1 antikodon dan 1 asam amino. Langkah selanjutnya adalah
asam amino akan diaktifkan oleh tRNA dan menghubungkan antara kodon dan
antikodon pada mRNA.
Setelah asam amino diaktifkan, maka akan dihubungkan lagi oleh ikatan peptida
yang membentuk polipeptida di ujung tRNA yang membawa asam amino. Contohnya
adalah tRNA membawa sebuah asam amino fenilalanin, dengan demikian antikodonnya
akan AAA yang kemudian akan berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Pada proses
ini, rantai polipeptida akan memanjang, hal ini disebabkan oleh adanya menambahan
dari asam amino.
Tahap akhir adalah ketika antikodon yang dibawa oleh tRNA bertemu dengan
kodon UAA, UGA dan UAG. Hal tersebut dikarenakan rantai polipeptida yang sudah
terbentuk akan dilepaskan dari ribosom dan diolah untuk menjadi protein yang
fungsional.

2.5. snRNA
Small nuclear RNA memiliki fungsi utama untuk melakukan proses pre-mRNA
atau hnRNA di dalam nucleus. Selain itu snRNA juga berfungsi mengatur telomere,
membantu dalam regulasi, membentuk snRNP, dan membantu dalam penyambungan
RNA.

2.6. hnRNA
Pada mamalia termasuk manusia, memiliki Heterogeneous nuclear yang
merupakan molekul RNA inti yang mempunyai ukuran sangat heterogen dan kompak.
Molekul hnRNA kemudian akan diproses untuk menghasilkan mRNA. hnRNA ini sendiri
merupakan hasil langsung dari transkripsi DNA yang dikenal dengan pre-mRNA. hnRNA
dapat ditemukan pada sel euukariot.

2.7. Regulatory RNA

Regulatory dapat ditemukan di organ yang berbeda serta beredar dalam darah.
Selain itu, mereka dapat diekspresikan dengan cara yang sangat spesifik, khususnya
dalam kaitannya dengan keadaan penyakit. Misalnya, ada yang diperkaya di jantung,
ada yang di otak, ada juga yang di hati. Beberapa regulatory RNA tidak diatur dalam
banyak penyakit. Spesifisitas seperti itu menunjukkan bahwa mereka memainkan peran
penting dalam mengatur ekspresi gen dan mungkin menjelaskan untuk mengobati
penyakit ini.

Dalam beberapa tahun terakhir, berbagai penelitian telah menunjukkan pentingnya

regulatory RNA untuk perkembangan jantung dan diferensiasi sel dan beberapa telah
terlibat dalam penyakit kardiovaskular.

2.8. tmRNA

Transfer-messenger RNA (tmRNA) adalah RNA dwifungsi yang memiliki sifat tRNA dan
mRNA. tmRNA menggunakan dua fungsi ini untuk melepaskan ribosom yang terhenti
selama penerjemahan dan menargetkan polipeptida yang baru lahir untuk degradasi.
Reaksi terpadu ini, yang dikenal sebagai trans-translasi, berkontribusi pada kontrol
kualitas translasi dan regulasi ekspresi gen pada bakteri. tmRNA dilestarikan di seluruh
bakteri, dan merupakan salah satu RNA yang paling melimpah di dalam sel,
menunjukkan bahwa trans-translasi sangat penting untuk kebugaran bakteri.
Mutan yang kekurangan aktivitas tmRNA biasanya memiliki fenotipe yang
parah, termasuk cacat viabilitas, virulensi, dan respons terhadap tekanan
2.9. dsRNA
Double-strand RNA (dsRNA) adalah sinyal untuk pembungkaman ekspresi gen-
spesifik di sejumlah organisme. Fenomena ini ditunjukkan baru-baru ini di
Caenorhabditis elegans ketika dsRNA disuntikkan ke dalam cacing dan produk gen
yang sesuai menghilang dari kedua sel somatik organisme serta dalam keturunan F1-
nya (Fire et al. 1998). Gangguan RNA ini, RNAi, telah digeneralisasi ke banyak gen
dalam C. elegans (Montgomery dan Fire 1998; Shi dan Mello 1998; Tabara et al. 1998;
Timmons dan Fire 1998). ds-RNA juga dapat menekan ekspresi gen spesifik pada
tanaman, komponen dari fenomena yang disebut cosuppression (Vionnet et al. 1998;
Waterhouse et al. 1998). Dua laporan terbaru mendokumentasikan gangguan yang
dimediasi dsRNA dengan ekspresi gen spesifik pada organisme lain. RNA untai ganda
menghasilkan fenotipe spesifik gen di Trypanosoma brucei (Ngo et al. 1998) dan, baru-
baru ini, gangguan yang dimediasi dsRNA ditunjukkan pada Drosophila (Kennerdell dan
Carthew 1998). Dengan demikian, fenomena RNAi mungkin menjadi mekanisme umum
untuk regulasi gen dan mungkin penting untuk banyak proses perkembangan dan
antivirus.
ii. Montgomery et al. (1998) telah menyelidiki bagaimana RNAi menekan
ekspresi gen endogen dalam C. elegans. dsRNA mungkin bisa mengarahkan mutasi
gen endogen sehingga menonaktifkan fungsi. Namun, fakta bahwa progeni F2 dari C.
elegans yang diobati dengan RNAi umumnya dikembalikan ke fenotipe normal yang
menentang modifikasi gen yang tidak dapat diubah. Pengurutan lebih lanjut dari lokus
target gagal mendeteksi perbedaan nukleotida, bukti langsung terhadap mekanisme
mutasi. Double-untai RNA terutama menekan ekspresi gen oleh mekanisme pasca-
transkripsi di C. elegans (Montgomery et al. 1998). Mekanisme pasca transkripsional
telah diramalkan oleh percobaan sebelumnya yang menunjukkan bahwa dsRNA dari
sekuens dalam RNA dewasa, yaitu ekson, memiliki aktivitas RNAi, sedangkan dsRNA
dari sekuens intron tidak (Fire et al. 1998). Bukti paling langsung untuk efek pasca
transkripsional muncul dari analisis efek RNAi pada operasi multi-gen. Operon tersebut
diekspresikan dalam transkripsi C. elegan dengan RNA prekursor panjang yang
kemudian diproses dengan trans-splicing dan pembelahan untuk menghasilkan mRNA
tertentu. Gen thelin-15b dan lin-15a adalah bagian dari satu operon dan keduanya harus
dinonaktifkan untuk menghasilkan fenotip multivulva. Injeksi dsRNA dari kedua gen
menghasilkan fenotipe, sedangkan injeksi dsRNA dari kedua gen saja tidak. Ini sangat
menunjukkan bahwa penekanan gen hulu tidak menonaktifkan gen hilir dan dengan
demikian bahwa efek RNAi adalah pasca-transkripsi. Efek post-transkripsi RNAi secara
langsung diamati menggunakan hibridisasi in situ untuk mengikuti transkrip gen yang
ditekan dengan injeksi dsRNA (Montgomery et al. 1998). Ada penurunan RNA nuklir dari
gen yang ditekan serta tidak adanya mRNA spesifik dalam sitoplasma. Ini menunjukkan
bahwa dsRNA membentuk keadaan intraseluler yang menghancurkan RNA yang
ditranskripsi dan disambungkan dari gen tertentu. Baik penelitian ini dan hasil lainnya
paling mudah dijelaskan jika degradasi RNA spesifik terjadi pada nukleus dan
sitoplasma.
iii. dsRNA memediasi penekanan ekspresi gen spesifik juga telah diamati pada
tanaman. Satu demonstrasi dari fenomena ini mengikuti ekspresi dalam sel-sel tanaman
dari virus RNA rekombinan yang mengandung sekuens eksonik dari gen seluler
endogen. Ekspresi gen seluler ditekan dalam sel-sel ini ketika RNA virus rekombinan
mampu mereplikasi dan tidak ketika mereka replikasi tidak kompeten (Angell dan
Baulcombe 1997). Replikasi RNA virus melibatkan dsRNA. Fenomena serupa dapat
diamati ketika transgen dimasukkan ke dalam sel tanaman. Gen endogen yang sesuai
dengan transgen dapat menjadi ditekan (mis., Vionnet et al. 1998), mungkin karena
transkripsi simetris dari kedua untaian transgen. Transkripsi simetris seperti itu dapat
muncul dengan inisiasi dalam urutan mengapit karena adanya situs promotor kebetulan
dalam DNA plasmid. Efek tanaman dan nematoda berbagi properti penyebaran.
Contohnya sangat mencolok. Cacing yang diberi makan dsRNA menunjukkan fenotip
gangguan sistemik yang kuat (Timmons dan Fire 1998) dan pengenalan (ke dalam
tanaman) fragmen 500-bp dari gen yang diserap pada permukaan proyektil manik-manik
emas dapat mengakibatkan penindasan gen dalam sel yang keduanya berbatasan
langsung. ke situs yang ditembus oleh bead serta di lokasi yang sangat jauh (Vionnet et
al.1998).
iv. Demonstrasi paling murni bahwa dsRNA memediasi pembungkaman gen
pada tanaman adalah studi genetik dari Waterhouse et al. (1998). Tumbuhan transgenik
didirikan yang mengekspresikan indera atau antisense dari gen virus kentang Y (PVY).
Kedua jalur tembakau transgenic rentan terhadap infeksi PVY. Namun, persilangan
garis tembakau ini yang mengekspresikan transgen untuk orientasi indera dan antisense
dan dengan demikian dapat menghasilkan dsRNA menjadi resisten terhadap PVY. Ini
menunjukkan bahwa dua RNA komplementer yang ditranskripsi dari lokus yang tidak
terhubung dapat mengalami anil pada nukleus dan menginduksi keadaan supresif
spesifik-gen.
v. Ada indikasi C. elegans dan bukti langsung pada tanaman bahwa dsRNA juga
dapat bertindak dengan menghasilkan mekanisme kedua, pembungkaman transkripsi
gen tertentu. Pada tanaman, gen yang dibungkam telah terbukti hipermetilasi, mungkin
berkontribusi pada keadaan tidak aktif (Wassenegger et al. 1994). Dalam C. elegans,
satu-satunya indikasi penindasan terkait-gen adalah bahwa efek RNAi untuk beberapa
gen dapat ditransmisikan ke generasi F2 (Tabara et al. 1998). Pembungkaman lokus
endogen oleh transgen juga telah diamati di Drosophila (lihat, mis., Pal-Bhadra et al.
1997). Dalam kasus ini, jumlah salinan transgen tampaknya penting dan tidak ada bukti
langsung bahwa mekanisme pembungkaman dimediasi oleh dsRNA. Satu studi sangat
menyarankan bahwa mekanisme pembungkaman adalah transkripsional, dengan
protein dari kompleks polycomb menjadi terkait dengan lokus endogen yang dibungkam
(Pal-Bhadra et al. 1997). Kompleks polycomb diketahui penting untuk pembungkaman
gen selama pengembangan. Dalam penelitian ini, di mana dsRNA telah terbukti sebagai
penghambat aktivitas gen spesifik yang kuat dan spesifik di Drosophila (Kennerdell dan
Carthew 1998), penularan melalui jalur kuman tidak diamati. Dalam hal ini, dsRNA
disuntikkan ke dalam embrio syncastial blastoderm dan menghasilkan fenotipe pada
larva L1 tetapi tidak pada keturunan.
vi. Temuan bahwa dsRNA dapat menyebabkan pembungkaman transkripsional
dari gen tertentu bisa menjadi penting dalam beberapa fenomena biologis. Sebagai
contoh, hasil terbaru menunjukkan bahwa aktivitas promotor antisense di intron pertama
gen untuk reseptor tikus untuk faktor pertumbuhan seperti- insulin tipe-2 (Igf2r) penting
untuk represi spesifik ayah (Wutz et al. 1997). Dalam hal ini, dsRNA yang dihasilkan
oleh transkripsi simetris dari dua promotor yang berlawanan mungkin merupakan sinyal
untuk membangun represi spesifik alel.
vii. Fenomena cosuppression dan khususnya aspek pembungkaman gen pasca-
transkripsional (PTGS) pada tanaman telah dipelajari selama beberapa tahun. Beberapa
kesimpulan mengejutkan dari percobaan ini mungkin memiliki implikasi untuk efek RNAi
pada organisme lain. Pertama, bahwa efek PTGS, apakah diinduksi oleh segmen DNA
atau oleh dupleks RNA sebagai bagian dari perantara replikasi virus RNA, mungkin ada
dalam sitoplasma karena menghambat ekspresi gen spesifik dari virus RNA yang tidak
diketahui masuk. nukleus. Kedua, agen spesifik gen yang menstimulasi atau memediasi
efek cosuppression diamplifikasi oleh sel normal dan akan menyebar melalui tanaman
baik oleh saluran plasmodematal dan floem (Vionnet et al. 1998). Lebih lanjut, agen
penekan akan melewati sel-sel yang tidak mengandung gen endogen yang dipengaruhi
oleh efek cosuppression. Ini menunjukkan bahwa agen, yang kemungkinan terdiri dari
asam nukleat karena asal-usul dan efek spesifik-gennya, dapat ditransmisikan, dan
mungkin diperkuat, oleh sel-sel yang menggunakan informasi genetik dalam agen saja.
viii. Bukti untuk amplifikasi agen spesifik gen berasal dari perbandingan jumlah
input dsRNA dan jumlah sel dan jumlah mRNA dalam sel-sel yang ditekan. Sebagai
contoh, jaringan tanaman dengan keadaan PTGS dapat dicangkokkan ke tanaman
normal lainnya dengan hasil penyebaran keadaan PTGS ke jaringan inang yang
dicangkokkan (Vionnet et al. 1998). Demikian pula, sejumlah terbatas dsRNA akan
menghasilkan RNAi di kedua jaringan somatik cacing dan keturunan F1 (Fire et al.
1998). Satu-satunya penjelasan alternatif untuk efisiensi RNAi yang luar biasa selain
amplifikasi adalah pembentukan proses degradasi RNA yang sangat katalitik. Adalah
mungkin, pada kenyataannya kemungkinan, bahwa baik proses amplifikasi maupun
proses katalitik adalah bagian dari fenonemon RNAi dalam beberapa organisme.
ix. Pembatasan infeksi oleh virus RNA hampir pasti merupakan salah satu
konsekuensi biologis dari keadaan PTGS atau RNAi. Tidak mengherankan, beberapa
virus tanaman tampaknya menyandikan produk gen yang menghalangi perkembangan
negara PTGS (Kasschau dan Carrington 1998). Mekanisme penindasan dsRNA yang
diinduksi pembungkaman spesifik gen oleh protein virus masih harus diselidiki. x. Dalam
sistem vertebrata, dsRNA telah lama dikenal sebagai molekul pensinyalan yang poten
dalam induksi interferon dan eksekusi keadaan antivirus. Secara singkat, paparan sel
pada dsRNA, seperti poli (IC), berpotensi menginduksi transkripsi interferon yang
menginduksi keadaan antivirus dalam sel. Keadaan antivirus ditandai oleh sintesis
sejumlah protein yang mengenali dsRNA, sifat umum dari perantara replikasi virus RNA.
Protein-protein ini termasuk kinase, PKR yang diaktivasi oleh dsRNA, sintetase 2′-5′-
oligoadenylated yang diaktivasi oleh dsRNA dan aktivitas adenosine deaminase khusus-
dsRNA. Aktivitas PKR kinase menekan terjemahan dengan fosforilasi faktor inisiasi dan
sintesis oligo-2′-5 ′ poli mengaktifkan RNase L endoribonuklease, yang menurunkan
RNA. Namun, penindasan terjemahan atau degradasi mRNA ini tidak terbukti spesifik
dalam aksi gen. Faktanya, tetap menjadi misteri bagaimana sel-sel yang dirawat dengan
interferon secara spesifik menekan terjemahan mRNA virus dalam sitoplasma mereka
dan bukan mRNA seluler. Mungkin beberapa aspek efek RNAi terjadi atau dapat
diinduksi dalam sel mamalia
3. RNA Interference
RNA interference merupakan strategi pertahanan kuno yang dimiliki oleh tumbuhan dan
invertebrate tingkat rendah untuk melawan infeksi virus dan kerusakan genomic akibat
menyisipnya materi genetik asing. RNAi dapat menghambat ekspresi gen pada sekuens
yang spesifik dengan cara memutuskan mRNA yang mempunyai sekuens pendek.
Mekanisme dasar RNAi yaitu:

• Rantai dsRNA masuk ke dalam sitoplasma dan akan langsung dikenali oleh enzim yang
disebut Dicer. Enzim ini akan memotong rantai dsRNA menjadi rantai yang pendek-
pendek.
• Dicer akan sangat aktif memotong dsRNA sehingga akan terdapat banyak potongan
kecil dsRNA yang disebut dengan siRNA yang masih memiliki rantai ganda.
• siRNA akan dikenali ole RNA-Induced Silencing Complex yang mengandung enzim
Argonaut. Pada fase ini siRNA akan dibelah menjadi rantai tunggal yang akan
mengaktifkan RISC.
• RISC yang aktif akan mencari mRNA yang baru keluar dari inti sel setelah transkripsi.
Singlestranded diRNA pada RISC akan dengan tepat mengenali target dan mengikat
basa komplemen di mRNA.
• Setiap RISC mengandung aktifitas enzim endonuclease yag memiliki fungsi memotong
target mRNA menjadi bagian-bagian kecil sehingga informasi genetik dari DNA yang
mau diubah menjadi protein bisa hilang.

4. Rhibozymes
a. Enzim nonprotein disebut dengan istilah ribozim. Istilah tersebut berasal dari jenis zat
penyusun ribozim yaitu RNA (asam ribonukleat) dan bukannya protein. Ribozim biasanya
mengkatalisis proses metabolisme yang terkait dengan reaksi transesterifikasi dan hidrolisis
ikatan fosfodiester. Substrat ribozim biasanya adalah RNA, atau bahkan bagian dari ribozim
itu sendiri. Ribozim berinteraksi dengan substrat terutama yang berupa RNA dengan cara
memanfaatkan interaksi pasangan basa nitrogen.
b. Ribozim dapat dikelompokkan berdasarkan struktur, fungsi dan mekanisme katalitiknya,
yang amat dipengaruhi oleh urutan dan jumlah nukleotida. Ada beberapa jenis ribozim yang
telah dikarakterisasi dengan baik. Diantaranya adalah intron grup I dan II, RNase P, dan
hammerherad ribozim. Jumlah nukleotida dari jenis-jenis ribozim ini sangat bervariasi. Intron
grup I tersusun atas lebih dari 400 nukleotida, sedangkan hammerhead ribozim tersusun
hanya 41 nukleotida. RNase P secara struktur membentuk kompleks dengan protein.
Protein ini berfungsi hanya untuk menstabilkan struktur RNase P, sedangkan yang memiliki
kemampuan katalitik tetaplah RNA.
c. Intron grup I merupakan RNA pertama yang berhasil diketahui memiliki kemampuan
katalitik. Intron grup I berfungsi untuk melakukan self-splicing, yaitu kemampuan untuk
memotong bagian intron dari bagian ekson dari suatu RNA. Dengan adanya self-splicing ini,
intron akan terpisah dan tidak ikut ditranslasi menjadi protein. Selain memiliki aktivitas
katalitik, intron grup I ini juga memiliki berbagai karakteristik enzim lainnya, seperti spesifik
terhadap substrat, dan kinetikanya yang serupa dengan kinetika enzim pada umumnya.
Intron grup I juga dapat dihambat secara kompetitif dengan 3-deoxyguanosin. Sifatnya yang
spesifik terhadap substrat disebabkan adanya suatu urutan nukleotida tertentu yang disebut
sebagai ‘internal guide sequence’. Urutan nukleotida ini mampu membentuk ikatan dengan
bagian ujung ekson yang akan terpotong melalui ikatan pasangan basa yang spesifik.
d. Satu hal yang agak berbeda adalah intron grup I tidak mampu mengkatalisis reaksi lebih
dari satu. Setelah terjadi self-splicing, bagian ujung dari intron grup I mengalami perubahan
secara kimia. Setelah self-splicing tersebut, nukleotida intron grup I mengalami serangkaian
siklisasi dan pemutusan, sehingga nukleotida-nukleotida tersebut kehilangan 19
nukleotidanya. Sisa nukleotida yang ada berbentuk linear dan disebut sebagai ribozim L-19
IVS.
e. Ribozim L-19 IVS juga memiliki aktivitas katalitik. Ia mampu mengkatalisis reaksi untuk
memindahkan nukleotida dari suatu oligonukleotida ke nukleotida lainnya. Mekanismenya
hampir serupa dengan reaksi self-splicing. Akan tetapi, ribozim L-19 IVS dapat terbentuk
kembali di akhir reaksi. Ribozim L-19 IVS juga bersifat spesifik karena juga memiliki ‘internal
guide sequence’ yang memilah oligonukleotida tertentu saja yang dapat ditransfer
nukleotidanya. Secara kinetika Ribozim L-19 IVS mengikuti kinetika Michellis-Menten,
kinetika yang sama untuk enzim protein.
f. Ribozymes (Ribo asam nukleat enzymes) adalah molekul RNA yang mampu mengkatalis
reaksi biokimia tertentu, mirip dengan aksi enzim protein. Penemuan ribozim pada tahun
1982 menunjukkan bahwa RNA dapat menjadi bahan genetic (seperti DNA) dan katalis
biologis (seperti enzim protein), dan berkontribusi pada hipotesis dunia RNA, yang
menunjukkan bahwa RNA mungkin penting dalam evolusi prebiotik sendiri. mereplikasi
sistem. Aktivitas paling umum dari ribozim alami atau in vitro-berevolusi adalah pembelahan
atau ligasi RNA dan DNA dan pembentukan ikatan peptida. Dalam ribosom, ribozim
berfungsi sebagai bagian dari RNA ribosom subunit besar untuk menghubungkan asam
amino selama sintesis protein. Mereka juga berpartisipasi dalam berbagai reaksi
pemrosesan RNA, termasuk splicing RNA, replikasi virus, dan transfer biosintesis RNA.
Contoh ribozim termasuk ribozim martil, VS ribozyme, Leadzyme dan ribozim hairpin.
g. Peneliti yang mempelajari asal usul kehidupan telah menghasilkan ribozim di
laboratorium yang mampu mengkatalisasi sintesis mereka sendiri dari monomer teraktivasi
dalam kondisi yang sangat spesifik, seperti ribozim RNA polimerase. Mutagenesis dan
seleksi telah dilakukan menghasilkan isolasi varian yang lebih baik dari ribozim polimerase
“18-18” dari tahun 2001. “B6.61” mampu menambahkan hingga 20 nukleotida ke template
primer dalam 24 jam, sampai terurai oleh pembelahan. ikatan fosfodiesternya. The ribosyme
“tC19Z” dapat menambahkan hingga 95 nukleotida dengan kesetiaan 0,0083 mutasi /
nukleotida. Upaya telah dilakukan untuk mengembangkan ribozim sebagai agen terapeutik,
sebagai enzim yang menargetkan sekuens RNA didefinisikan untuk pembelahan, sebagai
biosensor, dan untuk aplikasi dalam genomik fungsional dan penemuan gen.

5. Fungsi Purin dan Pirimidin

Ada dua fungsi seluler utama untuk purin dan pirimidin. Pertama, purin adenin dan guanin
dan pirimidin sitosin, timin dan urasil semua digunakan untuk produksi DNA dan RNA. Basa
nitrogen disintesis terkait dengan residu gula ribosa terfosforilasi, dan ini monofosfat
nukleosida yang dimasukkan ke dalam tumbuh untai DNA baru atau RNA selama replikasi
atau transkripsi. Fungsi kedua pirimidin dan purin adalah penyimpanan energi jangka
pendek. Bentuk yang paling umum dari energi di semua sel adalah adenosin trifosfat, atau
ATP. Pelepasan fosfat ketiga untuk menghasilkan adenosine diphosphate, atau ADP,
merupakan reaksi yang sangat menguntungkan dan dapat mendorong reaksi memerlukan
masukan energi. Trifosfat guanin difosfat dan guanin yang digunakan oleh enzim dan
reseptor tertentu sebagai on / off, sementara trifosfat sitosin dan uridin trifosfat keduanya
digunakan dalam produksi biomolekul.

Kesimpulan
Asam nukleat berperan penting dalam kehidupan makhluk hidup. Asam nukleat
itu sendiri terbagi menjadi dua jenis yaitu Deoxyribonucleic Acid (DNA) dan Ribonucleic Acid
(RNA). Hal ini berdasarkan ada atau tidakny oksigen pada gugus hidroksil karbon 2’ pada
gula dalam nukleotidanya. Adanya perbedaan ini juga memberikan diferensiasi fungsi. Baik
pada DNA ataupun RNA, mempunyai fungsi genetik maupun non-genetis. Fungsi DNA-
Coding atau genetik adalah sebagai pengontrol aktivas sel serta penyimpan informasi
genetik yang kemudian akan diwariskan. Yang dimaksud sebagai pengontrol aktivitas sel,
adalah asam nukleat seperti yang telah diketahui terletak dalam inti sel. DNA memiliki
informasi gen apa sajakah yang ingin disintesis hingga menghasilkan protein atau enzim
yang diperlukan. Protein atau enzim inilah yang akan terlibat langsung dalam aktivitas sel.
Selain itu, DNA juga dapat mereplikasikan dirinya untuk menggantikan gen-gen yang sudah
lama dengan baru. Adapun fungsi DNA-Non Coding, junk DNA atau non-genetik DNA
belum diketahui secara persis namun baru dapat disimpulkan bahwa junk DNA tersebut
juga turut berperan dalam regulasi maupun kontrol pengemasan sel. Selain DNA, RNA juga
memiliki fungsi baik genetik dan non-genetik. Pada fungsi genetik, RNA bekerja layaknya
DNA pada makhluk hidup eukariotik. RNA pada beberapa jenis virus berperan sebagai
penyimpanan kode genetik yang kemudian akan digunakan dalam sintesis protein. Terdapat
beberapa jenis RNA dengan fungsi non-genetik, yaitu mRNA, siRNA, tRNA, rRNA, xistRNA,
hnRNA, RNAi, snoRNA, miRNA, ncRNA, dan lain sebagainya. Setiap jenis RNA tersebut
tidak berperan sebagai pembawa materi genetik, namun dapat berperan dalam proses
sintesis protein seperti mRNA, rRNA, serta tRNA. Tak hanya RNA dan DNA, purin dan
pirimidin juga dapat menyimpan materi genetik serta menyimpan energi jangka pendek.
Daftar Pustaka
Anonim. 2012. Sintesis Protein dan Kode Genetik. [ONLINE] Tersedia:
http://www.biologisel.com/2012/06/sintesis-protein-dan-kode-genetik.html. [Diakses 18
Februari 2020].
Aris Tjahjoleksono. 2003. Teknologi DNA Rekombinan. [ONLINE] Tersedia:
http://web.ipb.ac.id/~tpb/files/materi/genetika/dnarekombinan/textdnarekombinanpdf.pdf.
[Diakses 18 Februari 2020].
JF, Waring; R, Ciurlionis; RA, Jolly; M, Heindel; RG, Ulrich. 2001. Fingerprint DNA. Toxicol
Lett. Julia Willingale-Theune. 2016. What Does DNA Do. [ONLINE] Tersedia:
http://www.yourgenome.org/facts/what-does-dna-do. [Diakses 18 Februari 2020].
Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003. Fundamental Concepts of Bioinformatics. San
Francisco: Benjamin Cummings.
Mount, D.W. 2001. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor:
Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Purdue University. 2016. Nucleic Acids. [ONLINE] Tersedia:
http://chemed.chem.purdue.edu/genchem/topicreview/bp/1biochem/nucleic8.html. [Diakses
18 Februari 2020].
Sembiring, L. 2009. Biologi : Kelas XII untuk SMA dan MA. Pusat Perbukuan, Departemen
Pendidikan Nasional, Jakarta, p. 282.
Sklar J. 1985. DNA hybridization in diagnostic pathology. [ONLINE] Tersedia:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2989147. [Diakses 18 Februari 2020].
Sridianti. 2016. Apakah Fungsi Purin dan Pirimidin. [ONLINE] Tersedia:
http://www.sridianti.com/apakah-fungsi-purin-dan-pirimidin.html. [Diakses 18 Februari 2020].
Stansfield, William, Rano Carlo, dan Jaime Colome. 2003. Schaum’s Easy Outline:
Molecular & Cell Biology. New York: McGraw-Hill.