RESUME PRESENTASI

KELOMPOK 1
 Judul Artikel :
Detecting Remote Evolutionary Relationships among Proteins by Large-Scale Semantic
Embedding
 Tujuan :
Mendeteksi hubungan evolusi antara protein dengan menggunakan pengukuran luas
semantik.
 Ringkasan :
Mendeteksi hubungan evolusi jarak jauh antara sekuens protein masih sulit dilakukan,
metode perbandingan berpasangan yang paling sukses melibatkan pembuatan model
lokal dari sekuens protein. Namun, karya terbaru dalam domain data besar-besaran
seperti pencarian web dan pemrosesan bahasa alami menunjukkan keuntungan dari
mengeksploitasi struktur global ruang data.
a. Pengindeksan protein semantik.
Gagasan utama dari pendekatan adalah mempelajari pemetaan sekuens domain
protein ke dalam ruang vektor yang menangkap 'kesamaan semantik', yaitu
kedekatan dalam ruang semantik harus mencerminkan hubungan homologi antara
sekuens.
b. Menambahkan informasi tentang struktur protein
Secara umum, mengenali hubungan homologi jarak jauh di antara struktur protein
lebih mudah daripada mengenali homologi jarak jauh hanya berdasarkan urutan
protein. Meskipun informasi struktural hanya tersedia untuk sebagian protein dalam
database, peneliti ingin memastikan bahwa penyertaan peneliti menangkap informasi
struktural ini selain informasi berbasis urutan yang disediakan oleh PSI-BLAST.
a) Data berbasis kelas, data berbasis peringkat
b) Kumpulan data
Pairwise alligment: digunakan untuk mengidentifikasi daerah kesamaan yang dapat
menunjukkan hubungan fungsional, struktural dan / atau evolusi antara dua sekuens
biologis (protein atau asam nukleat).
 PSI-BLAST: PSI-BLAST (Alat Pencari Penyelarasan Lokal Lokal Dasar Iteratif Spesifik
Posisi) memperoleh matriks skor spesifik posisi (PSSM) atau profil dari penyelarasan
urutan beberapa urutan yang terdeteksi di atas ambang batas skor yang diberikan
menggunakan protein-protein BLAST
ProtEmbed: Mendeteksi Hubungan Evolusioner Jarak Jauh di antara Protein dengan
Semantic Skala Besar

KELOMPOK 2
 Judul Artikel :
Comparison of the protein-coding genomes of three deep-sea, sulfur-oxidising bacteria:
Candidatus Ruthia magnifica, Candidatus Vesicomyosicius okutanii,and Thiomicrospira
crunogena.
 Tujuan :
Menguji kandungan protein dari Candidatus Ruthia magnifica, Candidatus
Vesicomyosocius okutanii, dan Thiomicrospira crunogena untuk studi kesamaan dan
mengetahui fungsi dari masing-masing sequens ketiga spesies yang ada .
 Ringkasan :
1. mencari kesamaan kandungan sequens protein dari Candidatus Ruthia magnifica,
Candidatus Vesicomyosocius okutanii, dan Thiomicrospira crunogena
2. mencari fungsi kesamaan kandungan sequens protein dari salinan kelompok protein
dari masing-masing spesies
OrthoMCL memprediksi 1070 kelompok protein berdasarkan kesamaan urutan 63,5%
mengandung protein tunggal dari masing-masing spesies. Dua kelompok memiliki
salinan protein duplikat di ketiga spesies. T. crunogena memiliki 123 kelompok unik, dan
banyak salinan dalam sepuluh kelompok yang hanya memiliki satu salinan di yang lain
dua spesies. Candidatus R. magnifca punya satu unik grup, dan memiliki banyak salinan
dalam satu grup tempat spesies lain memiliki satu salinan. Candidatus V. okutanii tidak
memiliki unique groups dan tidak memiliki banyak Salinan. Setiap kelompok hanya
memiliki salinan protein tunggal dari spesies lain. Tidak ada kelompok yang berisi
beberapa salinan protein dari dua spesies dan satu salinan di ketiga spesies.