beberapa organisme laut lebih rendah diketahui mampu bertahan hidup dalam kondisi

anaerob melalui jalur fermentasi, pelepasan malat, yang melibatkan penggunaan reduksi
fumarat yang diproduksi secara endogen sebagai penyerap elektron. Proses ini membutuhkan
adaptasi dalam rantai transpor elektronnya. Aspek sentral dari diskusi kami, yang ditinjau
dalam paragraf masing-masing, adalah penggunaan suksinat dehidrogenase versus fumarate
reduktase dan peran yang berbeda untuk berbagai kuinon dengan potensi titik tengah yang
berbeda: ubiquinone di satu sisi dan rhodoquinone dan menaquinone di sisi lain.

Mempertahankan keseimbangan redoks melalui reduksi fumarate

Pada organisme yang disesuaikan dengan fungsi anoksik melalui malat dismutasi,
karbohidrat didegradasi oleh jalur glikolitik biasa menjadi fosfoenolpiruvat, yang kemudian
dikonversi menjadi malat. Malat ini, diproduksi dalam sitosol, diangkut ke mitokondria untuk
degradasi lebih lanjut. Dalam jalur split, satu bagian dari malat ini dioksidasi melalui piruvat
menjadi asetat dan bagian lain dikurangi menjadi suksinat [2]. Meskipun beberapa variasi
pemutusan malat dengan berbagai produk akhir terjadi, penggunaan produksi suksinat
sebagai penyerap elektron bersifat universal. Pengurangan malat menjadi suksinat terjadi
dalam dua reaksi yang membalikkan bagian dari siklus Krebs, dan reduksi fumarat adalah
reaksi penting yang membutuhkan NADH untuk menjaga keseimbangan redoks. Reduksi
fumarat terkait dengan transpor elektron melalui kompleks enzim pemindahan elektron dalam
rantai transpor elektron yang berfungsi secara anaerob (Gbr. 1). Pemutusan malat terjadi pada
banyak cacing parasit parasit dewasa [2], yang secara konstan bergantung pada proses ini,
serta pada hewan laut rendah seperti kerang [3], tiram [4] dan lugworm [5], yang tergantung
pada proses ini secara intermiten. ketika gelombang laut memaksa mereka untuk berfungsi
secara anaerob

Adaptasi ETC dalam reduksi fumarat

Dalam invertebrata yang berfungsi secara anaerob seperti cacing parasit dan hewan laut yang
lebih rendah, jalur transpor elektron diubah karena oksigen tidak tersedia. Fungsi fumarat
yang diproduksi secara endogen sebagai akseptor elektron terminal. Reduksi fumarat adalah
reaksi kebalikan dari oksidasi suksinat dalam siklus Krebs, dikatalisis oleh suksinat
dehidrogenase, juga dikenal sebagai kompleks II dari rantai transpor elektron (Gbr. 1).
Namun, dalam prokariota, reaksi yang berlawanan ini dikatalisis oleh dua kompleks enzim
homolog yang berbeda yang diekspresikan dalam kondisi yang berbeda: suksinat
dehidrogenase (SDH) untuk oksidasi suksinat dalam kondisi aerob, dan fumarate reduktase
(FRD) untuk reduksi fumarate di bawah anaerob kondisi [7,8]. Kompleks enzim yang
berbeda untuk proses ini juga ada pada cacing parasit [9,10]. Penggantian oksidasi suksinat
ini dengan reduksi fumarat memiliki konsekuensi besar bagi rantai transpor elektron (Gbr. 1).
Dalam organisme yang berfungsi secara aerobik, elektron ditransfer dari NADH dan suksinat
ke ubiquinone (UQ) melalui kompleks I dan II dari rantai pernapasan, masing-masing.
Selanjutnya, elektron-elektron ini ditransfer dari ubiquinol yang terbentuk ke oksigen melalui
kompleks III dan IV dari rantai pernapasan (Gbr. 1, panah terbuka). Dalam kompleks
metabolisme anaerob III dan IV tidak lagi aktif karena oksigen tidak lagi berfungsi sebagai
akseptor elektron akhir. Reduksi fumarat oleh NADH, bagaimanapun, juga digabungkan
dengan fosforilasi ADP yang terkait transpor-elektron di situs 1 rantai pernapasan. Dalam hal
ini, elektron ditransfer dari NADH ke fumarat melalui kompleks I, rhodoquinone dan
fumarate reductase (Gambar 1, panah tertutup).

Kompleks I
Kompleks I dari rantai transpor elektron eukariota yang berfungsi secara anaerob mentransfer
elektron dari NADH ke rhodoquinone. Dalam rantai pernapasan tipe mamalia klasik,
bagaimanapun, kompleks I mentransfer elektron dari NADH ke ubiquinone. Kuinon ini,
rhodoquinone dan ubiquinone, berbeda tidak hanya dalam struktur (Gbr. 2), tetapi mereka
juga berbeda dalam potensi elektron standar mereka. Di Escherichia coli, situasi serupa
terjadi. Selama respirasi aerob, NADH dehidrogenase mentransfer elektron dari NADH ke
ubiquinone, sedangkan selama respirasi fumarat, elektron dipindahkan dari NADH ke
menaquinone [11,12]. Potensi elektron standar dari menaquinone (E ° '= -80 mV) sebanding
dengan rhodoquinone (E °' = -63 mV). E. coli diketahui memiliki dua dehidrogenase NADH
yang berbeda, I dan II, yang masing-masing dikodekan oleh gen nuo dan ndh [13]. NADH
dehydrogenase I (nuo) terdiri dari 14 subunit dan mentranslokasi empat proton per NADH
teroksidasi, sedangkan NADH dehydrogenase II (ndh) adalah enzim subunit tunggal yang
tidak mentranslokasi proton pada oksidasi NADH. Selama respirasi aerobik, E. coli
menggunakan dehidrogenase II NADH dominan, dan pada tingkat yang lebih rendah
dehidrogenase I NADH, sedangkan hanya dehidrogenase NADH I yang digunakan untuk
oksidasi NADH selama respirasi dengan fumarat [11,12]. Rupanya, penggunaan
dehydrogenase biasanya tidak dipilih untuk konservasi energi pada E. coli, kecuali
dehydrogenase menyediakan satu-satunya tempat sambungan dalam rantai pernapasan,
seperti pada pengurangan fumarate. Belum diketahui apakah dehidrogenase NADH yang
berbeda juga terdapat pada eukariota yang berfungsi secara anaerob.
Komposisi quinon
Dalam kondisi aerobik, ekuivalen pereduksi kompleks I dan II dipindahkan ke ubiquinone
(Gbr. 1). Namun, selama reduksi fumarat, prokariota diketahui menggunakan kuinon yang
berbeda, yang memiliki potensi redoks lebih rendah (menaquinone dan
demethylmenaquinone) [14]. Menaquinone dan demethylmenaquinone tidak ada pada
eukariota, tetapi pada cacing parasit keberadaan rhodoquinone selain ubiquinone sudah
dikenal sejak lama [15]. Karena rhodoquinone hadir terutama dalam tahap cacing parasit
anaerobik, pereduksi fumarat, disarankan bahwa rhodoquinol berfungsi sebagai donor
elektron dalam reduksi fumarate, mirip dengan menaquinol pada organisme lain. Baru-baru
ini ditunjukkan bahwa rhodoquinone adalah komponen penting untuk transpor elektron yang
terkait dengan reduksi fumarat pada eukariota secara umum [16]. Rhodoquinone hadir tidak
hanya di semua cacing parasit yang diselidiki tetapi juga di semua eukariota yang diperiksa
yang mengurangi fumarat dalam kondisi anaerob in vivo, seperti kerang laut Mytilus edulis,
tiram Crassostrea angulata, lugworm Arenicola marina dan lugworm Arenicola marina dan
siput air tawar Lymnea stagnalis [ 16]. Dalam eukariota uniseluler rendah yang mengurangi
fumarat selama anoksia, seperti Euglena gracilis, rhodoquinone juga ada, sedangkan
eukariota uniseluler yang tidak mengurangi fumarat selama anoksia, tidak memiliki
rhodoquinone [16,17]. Rhodoquinone juga merupakan komponen tak terpisahkan dari jalur
lain yang berfungsi sebagai penenggelaman elektron dalam cacing parasit parasit Ascaris
suum: produksi asam lemak rantai bercabang melalui enoyl-CoA reductase [18].
Rhodoquinone, seperti menaquinone, memiliki potensi redoks yang lebih rendah daripada
ubiquinone, dan karenanya dapat berfungsi sebagai donor elektron untuk fumarat (Gbr. 3).
Rupanya, reduktase fumarate eukariotik berinteraksi dengan rhodoquinone (benzoquinone),
sedangkan sebagian besar FRD prokariotik berinteraksi dengan naphthoquinones,
menaquinone, dan demethylmenaquinone [19]. Menariknya, anggota keluarga
Rhodospirillaceae yang mengurangi fumarate, yang merupakan bakteri nonsulphur ungu,
juga mengandung rhodoquinone. Asal usul perbedaan ini dalam Rhodospirillaceae ini
dibandingkan dengan semua prokariota pengurang fumarate diketahui lainnya masih belum
diketahui, tetapi mungkin terkait dengan hubungan filogenetik dekat diduga antara prokariota
dan eukariota [20]. Namun, perlu dicatat bahwa hanya Rhodospirillaceae yang mengandung
rhodoquinone atau menaquinone yang memiliki fumarate reductase, sedangkan spesies yang
mengandung ubiquinone secara eksklusif hanya memiliki suksinat dehidrogenase [21].
Ubiquinone tidak dapat menggantikan rhodoquinone dalam proses pengurangan fumarate in
vivo, karena ubiquinone hanya dapat menerima elektron dari kompleks II dan tidak dapat
menyumbangkannya ke fumarate (Gbr. 3). Rhodoquinone, dengan potensi redoks yang lebih
rendah dari ubiquinone, mampu menyumbangkan elektron ke fumarat, yang terjadi melalui
kompleks enzim yang sangat sebanding (lihat di bawah). Dalam hal ini harus ditekankan
bahwa dalam semua sistem yang diselidiki, termasuk yang eukariotik, reduksi fumarat
digabungkan ke kuinon khusus dengan potensi redoks yang lebih rendah [7,8,16,19,22,23].
Oleh karena itu, selama pengembangan cacing parasit, perubahan konten kuinon terjadi,
sejajar dengan perubahan metabolisme energi [16,24-26]. Tahapan dengan metabolisme
energi aerobik dengan aktivitas siklus Krebs, dan karenanya aktivitas dehidrogenase suksinat,
memiliki terutama ubiquinone, sedangkan tahapan yang bergantung pada reduksi fumarat
sebagian besar didominasi rhodoquinone. Organisme laut anaerobik fakultatif yang lebih
rendah, di sisi lain, mengandung sejumlah besar ubiquinone dan rhodoquinone [16]. Ini
berkorelasi dengan metabolisme energi mereka, yang berubah setiap 6 jam dengan
gelombang laut. Ketika direndam dalam air, mereka memiliki metabolisme energi aerobik
dan bergantung pada aktivitas siklus Krebs, termasuk oksidasi suksinat, sedangkan sebagian
waktu, saat air surut ketika mereka tidak tertutup air, mereka berfungsi secara anaerob dan
mengurangi fumarat [6] . Oleh karena itu, baik ubiquinone dan rhodoquinone diperlukan
dalam jangka waktu terbatas beberapa jam, dan oleh karena itu, kedua zat tersebut harus terus
menerus hadir dalam jumlah yang substansial karena waktu paruh kuinon adalah dalam
urutan hari [25,27] . Jumlah absolut rhodoquinone dalam organisme laut yang lebih rendah
ini lebih rendah daripada di cacing parasit [16]. Namun, tidak seperti kebanyakan cacing
parasit, organisme laut ini tidak semata-mata bergantung pada reduksi laju, tetapi juga
menggunakan jalur fermentasi yang lain, menghasilkan produk akhir yang spesifik seperti
octopine, alanopine dan strombine.

Complex II succinate dehydrogenase and fumarate reductase

Metabolisme energi aerobik dengan aktivitas siklus Krebs disertai dengan transfer elektron
dari suksinat ke ubiquinon melalui kompleks II rantai pernapasan, sedangkan dalam
metabolisme anaerob di mana fumarat berfungsi sebagai akseptor terminal, elektron
ditransfer dari kuinon ke fumarat, yang merupakan arah terbalik (Gbr. 1). Dalam E. coli, yang
juga dapat mengubah antara metabolisme aerob dan anaerob, dua enzim yang berbeda
diekspresikan untuk reaksi ini: suksinat dehidrogenase (SDH, suksinat-ubiquinon
oksidoreduktase, juga disebut Kompleks II) untuk oksidasi suksinat dalam kondisi aerobik,
dan fumarat reductase (FRD, menaquinol-fumarate oxidoreductase) untuk reduksi fumarate
ketika oksigen tidak ada tetapi fumarat hadir berfungsi sebagai akseptor elektron terminal
[7,8,19]. Interkonversi suksinat dan lemak mudah dibalik pada kedua enzim. Namun, dalam
kondisi standar dalam sel, reaksi oksidasi dan reduksi secara istimewa terjadi ketika elektron
ditransfer ke akseptor dengan potensial redoks standar yang lebih tinggi (Gbr. 3). Oleh karena
itu, seperti dijelaskan di atas, kompleks FRD berinteraksi dengan kuin yang memiliki potensi
redoks yang lebih rendah, sedangkan kompleks SDH berinteraksi dengan kuinon dengan
potensi redoks yang lebih tinggi. Kompleks FRD dan SDH secara struktural sangat mirip dan
masing-masing terdiri dari empat subunit yang tidak identik: subunit A yang mengandung
ravin (subunit Fp), subunit B yang berisi tiga kluster belerang besi (subunit Ip), dan dua
hidrofobik, sitokrom subunit yang mengandung b C dan D yang penting untuk perlekatan
subunit katalitik A dan B ke membran dan untuk interaksi subunit katalitik dengan kuinon
[7,8,19,24,28,29]. Dibandingkan dengan SDH dan FRD, arah aliran elektron melalui dua
kompleks enzim ini dibalik dan ini menyiratkan perbedaan dalam afinitas untuk elektron
(potensial redoks standar) dari domain pengikatan elektron dari kompleks enzim ini [7,19].
Subunit Fp dan Ip dari SDH sangat terkandung dalam spesies yang berbeda dan juga terkait
erat dengan subunit Fp dan Ip dari FRD. Namun demikian, kedua enzim ini jelas berbeda dan
diekspresikan secara berbeda pada prokariota: tergantung pada kondisi eksternal, baik SDH
atau FRD diekspresikan. Telah ditunjukkan bahwa Haemonchus contortus memiliki dua gen
yang berbeda untuk subunit Ip yang diekspresikan secara berbeda selama pengembangan
cacing parasit ini [9]. Ekspresi diferensial selama perkembangan juga terjadi pada cacing
parasit lain, A. suum, di mana keberadaan dua bentuk tahap II spesifik kompleks II juga
ditunjukkan [10]. Analisis kinetika enzim, serta perbedaan yang diketahui dalam struktur
primer kompleks prokariotik dan eukariotik yang mereduksi fumarate, memunculkan saran
bahwa fumarate-reduksi ing eukariota memiliki kompleks enzim untuk pengurangan fumarat
yang secara struktural terkait dengan SDH- tipe kompleks II, tetapi memiliki karakteristik
fungsional dari kompleks FRD prokariota [16]. Rupanya juga pada cacing parasit, kompleks
enzim ini diekspresikan secara berbeda sesuai dengan kondisi, yaitu ada atau tidak adanya
oksigen. Studi tentang kompleks II eukariota yang berfungsi secara anaerob sebagian besar
terbatas pada parasit cacing Ascaris (untuk ulasan pada studi ekstensif ini lihat Acuan
[24,30]). Kompleks enzim yang bertanggung jawab untuk pengurangan fumarat pada
eukariota selain cacing parasit belum diteliti. Namun, kehadiran kuinon khusus,
rhodoquinone, pada organisme laut yang lebih rendah menunjukkan bahwa organisme
anaerob fakultatif ini memiliki kompleks reduktase fumarate yang sebanding dengan yang
ada dalam cacing parasit.

Evolutionary aspects of fumarate reduction in eukaryotes

Subunit Fp dari semua FRD dan SDH yang berkarakter memiliki kesamaan urutan asam
amino yang luar biasa, dan ini juga merupakan kasus untuk subunit Ip, tetapi pada tingkat
yang sedikit lebih rendah [19]. Kesamaan ini merupakan indikasi untuk nenek moyang yang
sama untuk subunit katalitik dari FRD dan SDH. Organisme primitif hadir pada awal
kehidupan karbohidrat terdegradasi menjadi laktat melalui glikolisis [31]. Kemudian dalam
evolusi fermentasi ini diperluas dengan pengurangan piruvat menjadi suksinat, sebuah proses
di mana NADH dioksidasi ulang, dan oleh karena itu, proses ini berfungsi sebagai bak
elektron ekstra untuk mempertahankan keseimbangan redoks dalam sel [31,32]. Disarankan
bahwa sistem reduksi fumarat awal ini larut dan relatif sederhana, dan hanya berfungsi untuk
memastikan keseimbangan redoks [33]. Dalam perjalanan evolusi, secara energetik
menguntungkan untuk menggabungkan fosforilasi dengan transpor elektron menjadi fumarat
melalui hubungan enzim dengan membran. Ini membutuhkan keberadaan pembawa elektron
menengah dari potensi redoks yang sesuai: kluster besi-sulfur, menaquinone dan sitokrom b
[31]. Selama evolusi lebih lanjut, beberapa jalur biosintesis berevolusi, seperti konversi
suksinat menjadi suksinil-KoA untuk sintesis tetrapirrol, dan produksi 2-oksoglutarat dari
asetil-KoA dan oksaloasetat melalui sitrat untuk sintesis glutamat. Diasumsikan bahwa proses
biosintesis ini, bersama dengan produksi suksinat dari piruvat melalui reduksi fumarate dan
pengembangan 2-oxoglutarate dehydrogenase dan suksinat tiokinase, dihubungkan untuk
membentuk siklus asam sitrat ketika konsentrasi oksigen dalam atmosfer - ada peningkatan
karena aktivitas fotosintesis [34]. Reduktase fumarat hadir pada waktu itu, digunakan dalam
arah oksidasi suksinat dan selama evolusi sistem enzim ini mungkin diadaptasi untuk suksinat
oksidasi dengan pengikatan kovalen flavin [35], peningkatan potensi redoks standar dari
gugus sulfur besi-sulfur dari enzim [31], dan sintesis ubiquinone bukan menaquinone untuk
meningkatkan potensi redoks akseptor elektron. Skenario hipotetis semacam itu menjelaskan
adanya sistem dehidrogenase suksinat yang berfungsi dengan ubiquinone, dan sistem
reduktase fumarat yang berfungsi dengan menaquinone. Kedua sistem masih ada di banyak
prokariota dan keberadaan paralel dari kedua sistem ini kemungkinan besar berevolusi
melalui duplikasi gen. Sekarang umumnya dipercayai bahwa mitokondria berevolusi oleh
suatu peristiwa endosimbiotik antara eubacterium atau archaebacteria yang berfungsi secara
anaerobik dan oL-proteobacterium yang aerob. Meskipun teori ini sudah dipostulasikan pada
abad ke-19, investigasi terhadap Margulis [36] mengangkat bukti untuk mendukung teori ini.
Telah dibuktikan bahwa organisme di mana fumarat berkurang secara efisien in vivo
mengandung rhodoquinone selain ubiquinone, sedangkan organisme yang tidak mengurangi
fumarate in vivo hanya mengandung ubiquinone [16]. Asal usul evolusioner dari mitokondria
dari aerob fakultatif ini masih membingungkan. Sangat menggoda untuk berspekulasi bahwa
mitokondria yang berfungsi secara aerobik yang berfungsi secara aerobik yang mengandung
rhodoquinone, berevolusi dari mitokondria yang berfungsi secara aerobik normal yang
mengandung ubiquinone dan dehidrogenase suksinat, dan tidak memiliki rhodoquinone dan
menaquinone serta reduktase fumarat. Selanjutnya, mitokondria yang berfungsi secara
aerobik ini dapat memperoleh rhodoquinone dari prokariota (leluhur) melalui transfer gen
horizontal, dan dengan demikian diadaptasi menjadi fungsi anaerob fakultatif. Prokariot
leluhur ini, yang darinya rhodoquinone mungkin diperoleh, kemungkinan besar juga
merupakan nenek moyang Rhodos- pirillaceae, dan mengandung rhodoquinone tetapi tidak
memiliki menaquinone. Hipotesis bahwa mitokondria yang berfungsi secara anaerob
berevolusi dari mitokondria yang berfungsi secara aerobik dengan memperoleh rhodoquinone
didukung oleh gagasan bahwa mitokondria telah menurunkan dan kehilangan informasi
genetik selama evolusi [37]. Namun, penelitian di masa depan pada DNA dan protein dari
berbagai jenis mitokondria serta dari eubacteria yang berbeda akan diperlukan untuk
mengungkap evolusi rhodoquinone yang tepat dan mitokondria yang berfungsi secara
anaerob.