Nama : Dewi Mawaddatus Sholekhah

NIM : 13018031

TK2205 – Biomolekul Dalam Sistem Sel

Program Studi Teknik Kimia – Fakultas Teknologi Industri
Institut Teknologi Bandung

A. Tujuan Pemuliaan Bakteri

Bacteroides ovatus direkayasa
untuk memproduksi dan mengeluarkan
MuIL2 (murine interleukin-2) yang aktif
secara biologis sebagai respons terhadap
xilan sehingga dapat mengarah pada
pengembangan imunoterapi untuk
penyakit radang usus (IBD).
B. Mikroba target Gambar 1. Dendogram dari Bacteroides
Bacteroides ovatus dijadikan target ovatus
modifikasi karena merupakan bakteri gram
Dalam pemuliaan ini akan
negatif komensal utama pada manusia dan
ditambahkan gen MuIL2 ke dalam operon
tikus. Bakteri ini mampu mendegradasi
xilanase untuk menghasilkan strain MuIL2
xilan polisakarida yang digunakan sebagai
BOMuIL2.
kendali promotor untuk menghasilkan dan
mengeluarkan MuIL2.
C. Sumber gen dan susunan gen yang
ditambahkan
Bacteroides ovatus memiliki 59
genom dengan 5009 gen, dengan panjang
6,47 mb, 4801 protein, 15 rRNA, 76 tRNA,
dan 2 RNA lainnya. Berikut dendogram
dari Bacteroides ovatus.

1
 Gambar 2. Konstruksi plasmid bioassay IL2 menggunakan garis sel
pBOMuIL2 indikator CTLL-2 yang digunakan untuk
mendeteksi keberadaan MuIL2 yang aktif
D. Vektor yang digunakan
secara biologis dalam sampel.
Vektor yang digunakan adalah
Untuk mendeteksi transkripsi
plasmid Escherichia coli. Sebelumnya
MuIL2 dapat menggunakan RT-PCR.
Escherichia coli DH5 α dan dan J53/RJ51
Bacteroides ovatus V975, BT2,
ditanam di medium LB (lysogeny Broth)
BOMuIL2, dan BOMuIL2-S ditanam di
kemudian kultur E.coli J53/R751 ditambah
RGM tanpa xilan selama 16 jam. Sampel
dengan 200 µg trimethoprim (antibiotik).
diambil setelah 1 jam sebelum xilan
Bacteroides ovatus V975
ditambahkan untuk menginduksi
ditumbuhkembangkan secara anaerob
transkripsi operasi xilanase. RNA total
pada suhu 37⁰C di infus otak jantung
diekstraksi dari sampel sel menggunakan
(BHI) kaldu dan ditambah 10 µg haemin.
kit RNeasy (Qiagen) diikuti dengan
E. Cara memasukkan vektor ke dalam sel
TURBO DNA-freeTM (Ambion) untuk
Pemindahan plasmid ke
menghilangkan sisa DNA yang
Bacteroides ovatus dilakukan dengan cara
terkontaminasi. RT-PCR dilakukan
konjugasi.
menggunakan sistem AccessQuickTM RT-
F. Cara menyeleksi atau cara melihat
PCR dan primer untuk fusi orf-MuIL2
keberhasilan proses
sebagai kontrol positif. Sedangkan untuk
Cara menyeleksi Escherichia coli
kontrol negatif, reaksi dilakukan tanpa
yaitu dengan menggunakan 50 µg
penambahan reverse transcriptase.
kanamisin, sedangkan Bacteroides ovatus
G. Parameter tercapainya tujuan
menggunakan agar BHI-haemin yang
pemuliaan
mengandung 200 µg gentasimin dan 5 µg
RT-PCR menunjukkan transkripsi
tetrasiklin. Cara melihat keberhasilan
operasi xilanase sebagai tanggapan
proses dapat menggunakan metode ELISA
terhadap xilan. Meskipun tingkat
dan Bioassay IL2. Metode ELISA yaitu
transkripsi dasar terdeteksi dalam sel yang
dengan menggabungkan IL2 anti-tikus
tumbuh tanpa xilan, tingkat produksi
dengan klon yang berbeda (klon JES6-
MuIL2 terlalu rendah (<20 pg ml-1) untuk
1112 dan JES65H4) yang masing-masing
dideteksi oleh ELISA. Kadar MuIL2 yang
sebagai antibodi dan nantinya dapat
diproduksi dan dikeluarkan oleh
mengukur kadar MuIL2 yang diproduksi
Bacteroides ovatus rendah, tetapi dalam
oleh strain rekombinan. Sedangkan
kisaran fisiologis. Ini sangat penting jika
2
 sistem ini digunakan untuk terapi, karena
MuIL2 cukup diproduksi untuk efek
biologis dan tidak boleh terlalu tinggi
karena dapat memiliki efek yang
merugikan.
H. Referensi
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?te
rm=Bacteroides+ovatus
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1583648
9/?from_single_result=Bacteroides+ovatu
s+MuIL2&expanded_search_query=Bact
eroides+ovatus+MuIL2