TUGAS BESAR

TEKNOLOGI BIOPROSES

DISUSUN OLEH:
ROMBEL A 2018

JURUSAN TEKNIK KIMIA

FAKULTAS TEKNIK
UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
2020
 DAFTAR ISI

BAB 1 (Cell)
1. Apakah tiap cell sama
2. Bagian" dari cell
3. Nutrisi Cell
4. Hub antara pert sel dan produk
BAB 2 Enzyme
2.1 Bagaimana cara kerja enzim ok
2.2 Kinetika Enzim ok
2.3 Immobilisasi sistem enzim
2.4 Produksi enzyme
2.5 Aplikasi enzim di dunia industri dan medis
BAB 3 Microorganism
3.1 Kinetika mikroba
3.2 Apakah semua mikroba menghasilkan produk
3.3 Jenis mikroba berdasarkan suhu dan jenis bakteri berdasarkan kebutuhan oksigen
3.5 Perbedaan kinetika mikroba dan kinetika Micahelis Menten
 BAB 1

1. Are All Cells the Same?

1.1 Microbial Diversity

Sel-sel hidup dapat ditemukan dimana saja pada air dengan kondisi liquid. Ketepatan suhu,
pH, dan tingkat kelembapan bervariasi dari satu organisme ke organisme lain.

 Berdasarkan variasi suhu :

1. Psikrofil hidup pada pada suhu rendah (di bawah 20 ° C)
2. Mesofil pada suhu optimal dalam kisaran 20 ° hingga 50 ° C
3. Termofil pada suhu yang lebih besar dari 50 ° C
 Berdasarkan variasi pH :
a. Banyak organisme memiliki pH optima yang jauh dari netralitas
b. Beberapa lebih suka nilai pH turun ke 1 atau 2
c. Beberapa dapat tumbuh baik pada pH 9.
d. Beberapa organisme dapat tumbuh pada nilai pH rendah dan suhu tinggi.

 Organisme Aerob : membutuhkan oksigen untuk pertumbuhan dan metabolisme

 Organisme Anaerob : organisme yang dapat tumbuh tanpa membutuhkan oksigen

 Organisme fakultatif : organisme yang megubah jalur metabolisme untuk dapat tumbuh
dibawah keadaan apapun

Beberapa organisme dapat tumbuh dalam lingkungan yang tidak memiliki sumber nutrisi
yang jelas, organisme tersebut memiliki sifat fotosintesis yang daat mengubah CO 2 mejadi
senyawa organik yang diperlkan untuk kehidupan.

 Organisme dari lingkungan ekstrem (ekstrimofil) berperan dalam :

a. Proses pembuatan bahan kimia dan obat
b. Pemeliharaan siklu secara alami dan pemulihan bijih logam pada kelas rendah
c. Proses penguraian batu bara dan bahan bakar lainnya
  Organisme tidak hanya menempati habitat yang beragam tetapi memiliki ukuran dan
bentuk yang beragam seperti :
- sel berbentuk bulat/elips yaitu coccus (plural, cocci)
- sel berbentuk silinder yaitu bacillus (plural, bacilli)
- sel berbentuk spiral yaitu spirillum (plural, spirilla).

Dengan demikian, organisme dapat ditemukan di lingkungan yang paling ekstrim

dan telah mengembangkan berbagai bentuk, ukuran, dan kemampuan metabolisme yang
menakjubkan.

1. 2 Naming Cells

- Ilmu yang mengatur, mengorganisir, serta menamai kehidupan oraganisme yang ada
di dunia disebut sbg taxonomy.
- Klasifikasi organisme yang digunakan pada taxonomy umumnya menggunakan
bahasa latin, yang terdiri dari genus dan speciesnya.
- Genus adalah kelompok yang terkait spesies, sedangkan spesies termasuk organisme
yang secara substansial sama.
- Contoh Escherichia Coli atau E. Coli, dimana Escherichia berperan sbg genus dan
Coli sbg species.
- Dalam kharateristiknya pun E. Coli juga memiliki perbedaan dalam penggunaan
dalam laborotorium, misalnya E. Coli B/r dan E. Coli K12.

Setelah mengetahui pengaturan nama di taxonomy maka hal selanjutnya adalah

penentuan Kingdomnya. Ada dua kingdom utama dalam organisme yaitu eukariotik dan
prokariotik
  Pada zaman sekarang dengan teknologi yang maju ditemukan percabangan dari kingdom
organisme yang lebih rumit yaitu eucariotes, eubacteria, dan archaebcteria. Ketiganya ini
dapat dibilang sebagai leluhur dari organisme yang akhirnya setelah berpuluh-puluh
tahun mereka berevolusi membentuk mahkul hidup.

1.3 Virus

Virus memiliki ukuran 30-200 nm.Virus juga mengandung DNA(DNA Virus) dan
RNA(RNA Virus) sebagai materi genetiknya.DNA terdiri dari deoxyribonucleic acid
sedangkan RNA terdiri dari ribonucleid acid. Asam nukleat pada virus dilindungi oleh
protein yang disebut kapsid.
 Semua jenis sel rentan terhadap infeksi virus. Bakteri yang terinfeksi disebut
bacteriophage.Bakcteriophage menempel pada dinding sel inang kemudian menginfeksi
dengan ekornya setelah menginfeksi maka bacteriophage akan menginjeksikan asam
nukleat virus ke sel inang.

Asam nukleat bacteriophage berkembang biak di dalam sel inang untuk

menghasilkan lebih banyak fag.Pada tahap reproduksi virus tertentu,sel inang membelah
atau memecah dan partikel fag yang dilepaskan dapat menginfeksi sel inang baru. Model
reproduksi virus ini disebut siklus litik.

DNA fag dapat dimasukkan ke dalam DNA inang dan inang dapat terus berlipat ganda
disebut siklus lisogenik.

Repilkasi bacteriophage yang ganas. Fag yang ganas mengalami siklus litik untuk
menghasilkan fag baru di dalam sel bakteri.Lisis sel melepaskan partikel fag baru yang
dapat menginfeksi lebih banyak bakteri.

 Peran Virus dalam Teknologi Bioproses

- Serangan dari fag pada bakteri E. coli untuk membuat produk protein rekombinan
dapat bersifat merusak karena menyebabkan kehilangan keseluruhan biakan di dalam
media per ribuan liter.
 - Fag juga dapat digunakan sebagai agen untuk memindahkan material genetic ke
dalam bakteri E. coli
- Virus hewan yang dikombinasi dapat digunakan sebagai vector dalam rekayasa sel
hewan untuk menghasilkan protein dari teknologi DNA rekombinan.
- Virus yang telah dinonaktifkan dapat digunakan sebagai vaksin.Dimana virus hanya
tersusun dari kapsid sedangkan asam nukleatnya telah dihilangkan sehingga virus ini
tidak bereplikasi dan dapat digunakan sebagai vaksin.

1. 4 Procaryotes

1. Ukuran procaryotes sangat beragam (0,5-3 micrometers)

2. Setiap spesies mempunyai bentuk yang berbeda-beda

contoh : - Spherical/Coccus (Staphylococci)

- Cylindrical/Baccilus (E. Coli)

- Spiral/Spirillum (Rhodospirillum)

3. Sel prokariotik tumbuh dengan cara penggandaan setiap setengah jam sampai
beberapa jam
1.4.1 Eubacteria

 Eubacteria dapat dibagi menjadi :

1. Gram-negative cell (E. Coli)

- membran terluar : terdapat Peptidoglycan yang merupakan polisakarida

kompleks dengan asam amino

- membran kedua merupakan cycloplasmic membrane yang mengandung

50% protein, 30% lipid, 20% karbohidrat

Diantara membran terluar dan membran kedua terdapat pembatas yaitu periplasmic space
 2. Gram-positive cell (Bacillus subtilis)
- Pada sel gram positif tidak terdapat membran luar namun memiliki dinding sel rigid
yang sangat tebal yang mempunyai banyak layer peptydoglycan.
- Pada sel gram positif juga mengandung teichoic acid yang berikatan kovalen dengan
peptidoglikan.
- Karena sel gram positif hanya mempunyai cytoplasmic membran maka cocok untuk
excretion of protein
- Contoh: Actinomyces,Thermomonospora, dan Streptomyces
3. Beberapa bakteri bukan gram positif ataupun negatif.Sebagai contoh yaitu Mycoplasma

Perbedaan lain dalam eubacteria dapat dibuat berdasarkan nutrisi seluler dan metabolisme
energi. Salah satu contohnya yaitu fotosintesis

- cyanobacteria (blue-green algae) memiliki klorofil dan memperbaiki CO 2 menjadi

gula
- Anoxygenic photosynthe tic bacteria (the purple and green bacteria) memiliki pigmen
pengumpulan cahaya disebut juga bakterioklorofil.

Ketika diwarnai dengan benar, daerah yang ditempati oleh DNA sel procaryotic dapat dengan
mudah terlihat. Procaryotes memiliki struktur lain bila dilihat di bawah mikroskop seperti
ribosomes, granul penyimpanan, spora, dan volutins.
1. Ribosom adalah situs sintesis protein

- Jumlah: sel bakteri mengandung kira-kira 10.000 ribosom persel

- ukuran: 10-20 Nm
- terdiri dari 63% RNA dan 37% protein

2. Granul penyimpanan dapat digunakan sebagai sumber kunci metabolit dan sering
mengandung polisakarida, lipid, dan butiran belerang.

- ukuran: 0,5-1 mm

3. spora bakteri yang dihasilkan sebagai resistensi terhadap kondisi yang merugikan seperti
suhu tinggi, radiasi, dan bahan kimia beracun.

- ukuran: 1mm
- jumlah: 1 persel

4. Volutin adalah struktur intraseluler granular yang terbuat dari polymetaphosphates

anorganik yang ada dalam beberapa spesies. Beberapa bakteri fotosintesis, seperti
Rhodospirillum memiliki kromatofora yang besar tubuh inklusi (50 untuk 100 nm)
digunakan dalam fotosintesis untuk penyerapan cahaya.

1.4.2 Archaebacteria

Archaebacteria hampir identik dengan eubacteria. Namun, sel-sel ini sangat berbeda pada
tingkat molekuler. Berikut ini beberapa contoh perbedaan antara archaebacteria dan
eubacteria adalah sebagai berikut:

1. Archaebacteria tidak memiliki peptidoglikan.

2. Urutan nukleotida dalam RNA ribosomal serupa dalam archaebacteria tetapi jelas
berbeda dari eubacteria.

3. Komposisi lipid dari membran sitoplasma sangat berbeda untuk kedua kelompok.
 Archaebacteria biasanya hidup di lingkungan yang ekstrim dan memiliki metabolisme
yang tidak biasa. Beberapa contoh bakteri golongan archaebacteria :

- Metanogen, yang merupakan bakteri penghasil metana

- Termoasidofil, dapat tumbuh pada suhu tinggi dan nilai pH rendah.
- Halobacteria, yang hanya dapat hidup dalam larutan garam yang sangat kuat.

Organisme ini adalah sumber penting untuk protein aktif katalitik (enzim) dengan sifat
baru

1.5. EUKARIOTIK

Eukariotik berukuran 5 – 10 kali lebih besar daripada diameter prokariotik.

Eukariotik mempunyai nukleus dan sejumlah organel seluler di dalam sitoplasma. Satu
perbedaan utama adalah adanya sterol di membran sitoplasma eukariotik.

Sterol memperkuat struktur dan membuat membran kurang fleksibel. Sel dinding sel
eukariotik menunjukkan variasi yang cukup besar.

Berikut adalah perbedaan prokariotik dan eukariotik:

 Dinding sel tanaman terdiri dari serat selulosa yang memberikan kekuatan pada dinding
sel, sedangkan sel hewan tidak memiliki dinding sel tetapi hanya memiliki sitoplasma.
Karena alasan ini, sel-sel hewan sangat sensitif terhadap geser dan rapuh.

2 Nukleus

Inti sel eukariotik mengandung kromosom yang dikelilingi oleh membran. Nukleolus
sendiri adalah area dalam nukleus yang memiliki noda berbeda dan merupakan tempat
sintesis ribosom. Namun, banyak kromosom mengandung sejumlah kecil RNA dan
protein dasar yang disebut dengan histones yang melekat pada DNA.

3 Pembelahan Sel

Pembelahan sel (aseksual) pada eukariotik melibatkan beberapa langkah utama,

seperti DNA sintesis, pembelahan nuklir, pembelahan sel, dan pemisahan sel.

Reproduksi seksual dalam eukariotik, sel melibatkan konjugasi dua sel yang
disebut gamet (sel telur dan sperma). Sel tunggal yang terbentuk dari konjugasi gamet
disebut zigot. Zigot memiliki dua kali lebih banyak kromosom seperti halnya gamet.
Gamet adalah sel haploid, sedangkan zigot diploid. Bagi manusia, sel haploid
mengandung 23 kromosom, dan sel diploid memilikinya 46.
 Skema Pembelahan Aseksual

• Membran eksternal terbuat dari bilayer fosfolipid dengan protein yang tertanam dalam
matriks lipid. Mitokondria mengandung sistem yang kompleks dari membran batin yang
disebut cristae.

• Retikulum endoplasmic adalah sistem membran yang kompleks dan berbelit-belit yang
mengarah dari membran sel ke dalam sel.

• Lysosomes berkontribusi pencernaan nutrisi dan menyerang zat. Peroxisomes melakukan

reaksi oksidatif yang menghasilkan hidrogen peroksida.

• Glyoxysomes juga sangat kecil partikel membran-terikat yang mengandung enzim dari
siklus glioksilat

• Golgi tubuh adalah situs di mana protein yang dimodifikasi oleh penambahan berbagai
gula dalam proses yang disebut glikosilasi. Modifikasi tersebut penting untuk fungsi
protein dalam tubuh.

• Vacuoles merupakan organel membran-terikat dari kepadatan rendah dan bertanggung

jawab untuk pencernaan makanan, regulasi osmotik, dan penyimpanan produk limbah.

Gambar diagram mitokondria

 Kloroplast relatif besar, mengandung klorofil, organel hijau yang bertanggung jawab
untuk fotosintesis di eucaryotes fotosintetik

Contoh :alga dan sel tanaman.

Setiap kloroplast mengandung membran luar dan sejumlah besar membran batin yang
disebut thylakoids.

 Kloroplast adalah unit otonom yang mengandung mesin DNA dan sintesis protein
sendiri. Organisme prokariotik dan eukariotik tertentu mengandung flagela — struktur
panjang dan berseraung yang melekat pada satu ujung sel dan bertanggung jawab atas
gerak sel.

 Filamen sangat penting dalam gerakan sel, transduksi kekuatan mekanik ke dalam respon
biologis, dan pemisahan kromosom ke dalam dua sel putri selama pembelahan sel.

 Sel jamur lebih besar dari sel bakteri, dan struktur internal mereka yang khas, seperti inti
dan vacuoles, dapat dilihat dengan mudah dengan mikroskop cahaya.

Dua kelompok utama jamur yaitu : ragi dan cetakan.

1. Ragi adalah satu sel kecil dengan ukuran 5 sampai 10-mm. Sel ragi biasanya bulat,
silindris, atau oval. Ragi dapat mereproduksi dengan cara aseksual atau seksual.
 Ragi yang paling banyak digunakan, Saccharomyces Cerevisiae, digunakan dalam
pembentukan alkohol di bawah kondisi anaerobik (misalnya, dalam anggur, bir dan wiski
membuat) dan juga untuk produksi ragi Baker di bawah kondisi aerobik.

2. Cetakan adalah jamur berseradan memiliki struktur Mycelial.

Beberapa cetakan mereproduksi dengan cara seksual dan membentuk spora

seksual. Spora ini memberikan perlawanan terhadap panas, pembekuan, pengeringan, dan
beberapa agen kimia. Baik seksual dan aseksual spora dari cetakan dapat berkecambah
dan membentuk hyphae baru.

STRUKTUR DAN REPRODUKSI ASEKSUAL PADA JAMUR CETAKAN

Jamur biasanya membentuk sel-sel yang panjang dan sangat bercabang dan mudah
tumbuh pada permukaan nutrisi yang lembab dan padat. Ukuran khas dari bentuk cetakan
filamen adalah 5 sampai 20 mm.

KLASIFIKASI JAMUR

Berdasarkan mode reproduksi seksual:

1. Fitocomycetes adalah jamur seperti alga

2. Ascomycetes membentuk spora seksual yang disebut askospora

3. Basidiomycetes berkembang biak dengan basidiospora

 4. Deuteromycetes (Jamur imperfecti) tidak dapat bereproduksi dengan cara seksual

1.6 ALGA DAN PROTOZOA

Alga biasanya merupakan organisme uniseluler. Semua alga adalah fotosintesis dan
mengandung kloroplas, yang biasanya memberikan warna hijau bagi organisme.

Protozoa adalah sel eucaryotic uniseluler, motil, relatif besar (1 mm hingga 50

mm) yang tidak memiliki dinding sel. Berikut merupakan gambar mikroskopis dari
protozoa:

2. Struktur Sel

2.1 DEFINISI
Biopolimer/polimer alami adalah struktur utama sel hidup. Sel hidup terdiri dari senyawa
polimer berat molekul tinggi seperti protein, asam nukleat, polisakarida, lipid, dan bahan
penyimpanan lainnya (lemak, polihidroksibutirat, glikogen). Selain biopolimer, sel mengandung
metabolit lain dalam bentuk garam anorganik (misalnya : NH +4, PO3 -4, K +, Ca2 +, Na +,
SO2 -4), zat antara metabolisme (misalnya : Piruvat, asetat), dan vitamin. Sel hidup dapat
divisualisasikan sebagai reactor yang sangat komplek dimana lebih dari 2000 reaksi terjadi.
Reaksi ini (jalur metabolisme) saling terkait dan dikendalikan dengan cara yang rumit.
2.2 Amino Acids and Proteins

Meskipun urutan asam amino menentukan struktur primer protein, struktur sekunder dan
tersier ditentukan oleh interaksi yang lemah di antara berbagai kelompok sisi. Struktur tiga
dimensi utama sangat penting untuk aktivitas biologis protein. Dua jenis utama konfirmasi
protein adalah (1) protein berserat dan (2) protein globular. Gambar 2.9 menguraikan contoh
protein berserat dan globular. Protein memiliki fungsi biologis yang beragam, yang dapat
diklasifikasikan dalam lima kategori utama.

1. Structural proteins : glycoproteins, collagen, keratin

2. Catalytic proteins : enzymes
3. Transport proteins : hemoglobin , serum albumin
4. Regulatory proteins : hormones (insulin, growth hormone)
5. Protective proteins : antibodies, thrombin.
 Hanya asam L-amino yang ditemukan dalam protein. Asam D-amino jarang ditemukan di
alam; mereka ditemukan di dinding sel beberapa mikroorganisme dan beberapa antibiotik. Asam
amino memiliki gugus asam (-COOH) dan basa (-NH2). Gugus asam netral pada pH rendah
(COOH) dan bermuatan negatif pada pH tinggi (COOH-). Pada lembah pH intermedieate, asam
amino memiliki kelompok bermuatan positif dan negatif, molekul dipolar yang disebut
zwitterion.

Nilai pH di mana asam amino tidak memiliki muatan bersih disebut titik isoelektrik, yang
bervariasi tergantung pada kelompok asam amino R. Pada titik isoelektriknya, asam amino tidak
bermigrasi di bawah pengaruh medan listrik. Pengetahuan tentang titik isoelektrik dapat
digunakan dalam mengembangkan proses untuk pemurnian protein.
 Protein adalah rantai asam amino. Reaksi kondensasi antara dua asam amino
menghasilkan pembentukan ikatan peptida. Ikatan peptida adalah planar. Peptida mengandung
dua atau lebih asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Polipeptida biasanya
mengandung kurang dari 50 asam amino. Rantai asam amino yang lebih besar disebut protein.
Banyak protein mengandung komponen organik atau anorganik selain asam amino. Komponen-
komponen ini disebut kelompok prostetik, dan protein yang mengandung kelompok prostetik
disebut protein terkonjugasi.
 Struktur tiga dimensi protein dapat digambarkan pada empat tingkatan yang berbeda.
1. Struktur primer: Struktur primer protein adalah urutan linier asam amino.
2. Struktur sekunder: Ini adalah cara rantai polipeptida diperpanjang dan merupakan hasil
ikatan hidrogen antara residu yang tidak dipisahkan secara luas.
3. Struktur tersier: Ini adalah hasil interaksi antara kelompok-kelompok R yang dipisahkan
secara luas di sepanjang rantai.
 4. Struktur kuarter: Hanya protein dengan lebih dari satu rantai polipeptida yang memiliki
struktur kuaterner. Interaksi antara rantai polipeptida menentukan struktur kuaterner
(Gbr. 2.9)
Antibodi atau imunoglobulin adalah protein yang mengikat molekul atau bagian tertentu dari
molekul besar dengan tingkat spesifisitas tinggi.Molekul antibodi spesifik dapat bergabung
dengan antigen untuk membentuk kompleks antigen-antibodi, disebut respon imun. Antibodi
adalah produk industri penting untuk digunakan dalam kit diagnostik dan skema pemisahan
protein. Molekul antibodi memiliki situs pengikatan dan sangat spesifik untuk protein asing yang
menginduksi pembentukannya.
Lima kelas utama imunoglobin dalam plasma darah manusia adalah: IgG, IgA, gD, IgM, dan
IgE, dimana IgG globulin adalah yang paling melimpah dan paling baik dipahami.
Imunoglobulin memiliki empat rantai polipeptida: dua rantai berat (H) (sekitar 430 asam
amino) dan dua rantai ringan (L) (sekitar 214 asam amino). Rantai ini dihubungkan bersama oleh
ikatan disulfida ke dalam struktur fleksibel berbentuk-Y (Gbr. 2.13).
2.3 Carbohydrates: Mono- and Polysaccharides
Karbohidrat memiliki rumus umum (CH2O)n, dimana n lebih dari sama dengan 3 dan disintesis
melalui fotosintesis
 Gas CO2 dan H2O dikonversi melalui fotosintesis menjadi gula dengan bantuan sinar
matahari dan kemudian dipolimerisasi untuk menghasilkan polisakarida, seperti selulosa dan pati
Monosakarida adalah karbohidrat terkecil yang mengandung tiga sampai sembilan atom karbon.
Monosakarida yang umum adalah aldehida dan keton.
Jenis monosakarida yang sangat pentong adalh D-ribosa dan deoksiribosa, karena mereka
memiliki lima molekul gula yang berstruktur cincin karbon dan merupakan komponen penting
dari DNA dan RNA.

- Disakarida dibentuk oleh kondensasi dua monosakarrida, contohnya, maltosa dibentuk

oleh kondensasi dua molekul glukosa melalui a-1,4 glikosidik
- Sukrosa tersusun dari a-D-glukosa dan B-D-fruktosa, sedangkan laktosa tersusun dari B-
D-glukosa dan B-D-galaktosa
- Laktosa dapat ditemukan dalam susu dan whey, sedangkan sukrosa adalah gula utama
dalam fotosintesis tanaman.
- Polisakarida dibentuk oleh kondensasi lebih dari dua monosakarida oleh ikatan glikosidik
Industri pengolahan polisakarida memanfaatkan ekstensif pemrosesan enzimatik dan teknik
biokimia .
Amylose adalah rantai lurus molekul glukosa dihubungkan oleh-1, 4 glisidik linkages.
 - Amillopectin adalah rantai bercabang dari molekul D-glukosa. Molekul Amilopektin
lebih besar daripada amilosa
- Glikogen adalah rantai bercabang molekul glukosa yang menyerupai amillopectin.
- Selulosa adalah rantai panjang dan tidak bercabang dari D-glukosa dengan MW antara
50.000 dan 1.000.000 Daltons. Linkage antara monomer glukosa dalam selulosa adalah
linkage b-1, 4 glisidik.

2.4 Asam Nukleat, RNA, dan DNA

1. Asam Nukleat
Asam Nukleat berperan dalam reproduksi sel hidup. Nukleotida adalah pembangun DNA dan
RNA serta berfungsi sebagai molekul untuk menyimpan energi dan mengurangi daya. 3
komponen utama dalam semua nukleotida adalah asam fosfat, pentosa (ribosa atau deoksiribosa),
dan basa (purin atau pirimidin).

Struktur nukleotida dan basa purin-pirimidin. Dua purin utama yang ada dalam nukleotida
adalah adenin (A) dan guanin (G), dan tiga pirimidin utama adalah timin (T), sitosin (C), dan
urasil (U). Deoxyribonucleic acid (DNA) mengandung A, T, G, dan C, dan Ribonucleic acid
(RNA) mengandung A, U, G, dan C sebagai basa. Ini adalah urutan dasar dalam DNA yang
membawa informasi genetik untuk sintesis protein.
 Ikatan fosfat dalam ATP (adensosine triphosphate) dan GTP (guanosine triphosphate)
adalah ikatan berenergi tinggi. Pembentukan ikatan fosfat ini atau hidrolisisnya adalah cara
utama energi seluler disimpan atau digunakan. Dua pembawa daya reduksi yang paling umum
adalah nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) dan nicotinamide adenine dinucleotide
phosphate (NADP) Dalam reaksi yang melepaskan energi (misalnya, oksidasi gula), energi itu
"ditangkap" dan disimpan oleh pembentukan ikatan fosfat dalam reaksi terpotong di mana ADP
diubah menjadi ATP.

2. Deoxyribonucleic Acid (DNA)

DNA adalah makromolekul ulir yang sangat besar (MW, 2 ¥ 109 D dalam E. coli) dan
memiliki struktur tiga dimensi heliks ganda. Urutan basa (purin dan pirimin) dalam DNA
membawa informasi genetik, sedangkan kelompok gula dan fosfat melakukan peran struktural.
Deoxyribonucleic acid (DNA) berperan dalam menyimpan dan menjaga informasi genetik
dalam urutan dasarnya.
 Ketika segmen DNA direplikasi, satu untai segmen DNA baru datang langsung dari DNA
induknya, dan untai lainnya baru disintesis menggunakan segmen DNA induk sebagai templat.
Beberapa sel mengandung segmen DNA sirkular dalam sitoplasma yang disebut plasmid.
Plasmid adalah segmen DNA non-kromosom, otonom, dan dapat bereplikasi sendiri. Plasmid
mudah dipindahkan dan keluar dari sel dan sering digunakan untuk rekayasa genetika.

3. Ribonucleic Acid (RNA)

RNA adalah makromolekul panjang yang tidak bercabang yang terdiri dari nukleotida yang
bergabung dengan ikatan fosfodiester 3 ¢ –5 ¢. Molekul RNA dapat mengandung dari 70 hingga
beberapa ribu nukleotida. Molekul RNA biasanya beruntai tunggal, kecuali beberapa RNA virus.
Fungsi RNA yaitu mentranskripsi Informasi genetik dalam DNA diterjemahkan dalam
sintesis protein.
kelas spesies RNA:
- Messenger RNA (m-RNA)
- Transfer RNA (t-RNA)
- RNA ribosom (r-RNA)

3.Nutrisi sel

3.1 Nutrient Cell

Sel mempunyai komposisi yang berebda dari lingkungannya. Sel harus menyeleksi
senyawa yang diinginkan dari lingkungan dan mempertahankan senyawa yang ada di dalamnya.
Membran semipermeabel adalah kunci dalam selektivitas ini. Sel juga harus mengeluarkan
energi lebih besar untuk mempertahankan dirinya dari kesetimbangan termodinamika.

Sekitar 50% berat kering sel mengandung protein, protein mengandung enzim di
dalamnya yang dapat berfungsi sebagai katalis. Secara umum, komposisi dalam sel bermacam-
macam tergantung jenis, usia sel, dan komposisi media nutrisi. . Nutrisi yang dibutuhkan dalam
sel diklasifikasikan menjadi 2 macam:

1. Makronutrien dengan konsentrasi lebih dari 10M. Sedangkan karbon, nitrogen, oksigen,
hidrogen, sulful, fosfor , Mg, dan K merupakan nutrisi makro utama.

2. Mikronutrien dengan konsentrasi kurang dari 10M. Unsur-unsurnya seperti Zn, Cu, Mn
, Ca, Na, vitamin, hormon pertumbuhan, dan perkusor metabolisme merupakan
mikronutrien

MAKRONUTRIENT

Makronutrient merupakan jenis nutrient yang dibutuhkan oleh mikroorganisme

dalam jumlah yang banyak. Senyawa karbon merupakan sumber utama karbon seluler
dan energi. Mikroorganisme adalah diklasifikasikan dalam 2 kategori berdasarkan
sumber karbonnya :

1. Heterotrof menggunakan senyawa seperti karbohidrat, lipid, dan hidrokarbon sebagai

karbon dan sumber energi.

2. Autotrof menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon.

Mixotrophs secara bersamaan tumbuh di bawah kondisi autotrofik dan heterotrofik. Autotrof
fakulatif biasanya tumbuh dibawah di bawah kondisi heterotrofik, namun juga dapat di bawah
kondisi heterotrofik tanpa adanya CO2 dan sumber energi anorganik. Kemoautotrof
memanfaatkan CO2 sebagai sumber karbon dan mendapatkan energi dari oksidasi senyawa
anorganik. Photoautotrophs menggunakan CO2 sebagai sumber karbon dan memanfaatkan
cahaya sebagai sumber energi.

Beberapa makronutrient yang dibutuhkan oleh mikroba bagi kelangsungan hidup dan
pertumbuhannya.

Sumber karbon yang paling umum dalam fermentasi industri adalah molases (sukrosa), pati
(glukosa, dekstrin), sirup jagung, dan limbah cair sulfit (glukosa). Sedangkan dalam fermentasi
laboratorium, glukosa, sukrosa, dan fruktosa yang menjadi sumber karbon paling umum. Sumber
karbon murah yang lainnya yaitu metanol, etanol, dan metana. Dalam fermentasi aerobik, sekitar
50% karbon substrat dimasukkan ke dalam sel dan sekitar 50% dari itu digunakan sebagai
sumber energi. Sedangkan dalam fermentasi anaerob, sebagian besar substrat dikonversi
menjadi produk dan sebagian kecil dikonversi menjadi massa sel (kurang dari 30%).

Nitrogen berat kering sel mengandung sekitar 10% hingga 14% nitrogen. Nitrogen yang
paling banyak digunakan sumber trogen adalah amonia atau garam ammonium [NH 4Cl, (NH4)
2SO4, NH4NO3], protein, peptida, dan asam amino.

Oksigen terdapat di semua komponen sel organik dan air seluler yang merupakan sekitar
20% dari berat kering sel. Oksigen molekuler diperlukan sebaga akseptori elektron terminal
dalam metabolisme aerobik senyawa karbon.

Hidrogen merupakan sekitar 8% dari berat kering sel dan berasal terutama dari senyawa
karbon, seperti karbohidrat. Beberapa bakteri seperti methanogen dapat dimanfaatkan hidrogen
sebagai sumber energi.

Fosfor merupakan sekitar 3% dari berat kering sel dan terdapat dalam asam nukleat dan
di dinding sel beberapa bakteri gram positif seperti asam teichoic. Garam fosfat anorganik,
seperti KH2PO4 dan K2HPO4 adalah garam fosfat yang paling umum. Gliserofosfat juga dapat
digunakan sebagai sumber fosfat organik.

Belerang merupakan hampir 1% dari berat kering sel dan terdapat dalam protein dan
sebagian koenzim. Garam sulfat seperti (NH4) 2SO4 adalah sumber sulfur yang paling umum.
 Kalium merupakan kofaktor untuk beberapa enzim dan diperlukan dalam metabolisme
karbohidrat. Garam kalium yang biasa digunakan adalah K2HPO4, KH2PO4, dan K3PO4.

Magnesium adalah kofaktor untuk beberapa enzim dan hadir di dinding sel dan membran.
Magnesium biasanya tersedia dalam bentuk MgSO4.7H2O atau MgCl2.

Tabel makronutrient utama dan fungsi fisiologinya

Mikronutrien

Mikronutrien merupakan unsur penting yang dibutuhkan oleh organisme dalam jumlah
yang bervariasi sepanjang hidup untuk mengatur berbagai fungsi fisiologis untuk menjaga
kesehatan. Fungsi fisiologis mikronutrien meliputi bertindak sebagai: co-enzim dalam reaksi
metabolisme utama antioksidan dalam mengendalikan kerusakan yang disebabkan oleh reaktif
spesies oksigen modulator transkripsi gen komponen dan faktor pendamping untuk enzim
komponen struktural jaringan (Combet, 2019). Kekurangan bahkan satu mikronutrien dapat
mengganggu perkembangan organisme dan menyebabkan pengurangan substansial dalam
organisme (Nadeem, 2019).
Dalam mikronutrien terdapat Trace Element. Trace Element sangat penting untuk nutrisi
mikroba. Kurangnya Trace Element akan berpengaruh pada peningkatkan fase lag (waktu dari
inokulasi ke replikasi sel aktif dalam kultur batch) dan dapat menurunkan laju pertumbuhan
spesifik dan hasil.
1. Trace Element yang paling banyak dibutuhkan meliputi Fe, Zn, dan Mn. Peran elemen
tersebut sebagai kofaktor enzim (Fe), mengatur fermentasi Penisilin (Zn), dan mengatur
metabolisme (Mn).
2. Trace Element yang dibutuhkan dalam kondisi pertumbuhan spesifik meliputi Cu, Co,
Mo, Ca, Na, Cl, Ni, dan Se. Sebagian besar elemen berperan sebagai kofaktor enzim (Cu,
Mo, Ca, Ni), pembentukan vitamin B12 (Co), untuk kesetimbangan ion (Na).
3. Trace Element yang jarang diperlukan meliputi B, Al, Si, Cr, V, Sn, Be, F, Ti, Ga, Ge,
Br, Zr, W, Li, dan I. Elemen ini diperlukan dalam konsentrasi kurang dari 10 -6 M dan
beracun pada konsentrasi tinggi atau lebih dari 10-6 M .
(Shuler, 2002)
Fungsi biokimia dari beberapa mikronutrien diuraikan di bawah ini:
Mikronutrien diperoleh dari berbagai sumber yang bersifat intrinsic dalam matriks jaringan
bagian tanaman dan hewan yang dapat dimakan dan dari komponen fluida. Itu dari sumber
ekstrinsik termasuk nutrisi spesifik yang digunakan dalam proses fortifikasi; tiamin menjadi
tepung putih, yodium ditambahkan ke garam. Biofortifikasi dari tanaman selama
pertumbuhannya dapat meningkatkan kandungan nutrisi spesifik makanan seperti zat besi dalam
nasi. Beberapa nutrisi ditambahkan ke dalam makanan peningkatan komersial dan daya tarik
konsumen. Juga, banyak orang akan mengkonsumsi suplemen gizi dalam bentuk persiapan
farmasi untuk meningkatkan tingkat mikronutrien masing-masing. Pertumbuhan, penyimpanan,
pemrosesan dan memasak makanan dapat mempengaruhi kandungan gizi dan ketersediaan hayati
nutrisi dari makanan dan dengan demikian menentukan asupan nutrisi individu dapat
mencapainya dari jenis diet yang mereka konsumsi (Shergil, 2017).

1. Hubungan antara pertumbuhan

Hubungungan antara pertumbuhan dan produk dapat diklasifikasikan dalam 3 jenis yaitu :

1.1 Grow-associated products

Produk ini diprosuksi sebanding dengan pertumbuhan dari mikroba, maka dari itu
tingkat pembentuan produk (qp) sebanding dengan tingkat pertumbuhan
mikroba(g).
 X = Cells mass concentration (g/L)
g = gross specific growth rate (hr-1)
Y P μ g = ∆ P yield coefficient of product on cell mass
X ∆X

Contoh dari produk ini adalah produk yang berasal dari enzim konstitutif ( enzim
yang selalu tersedia didalam sel mikroba dalam jumlah yang relatif konstan).

1.2 Nongrowth-associated product

Produk ini terlihat ketika fase stationary dimana growth rate nya berada dikeadaan
0 (tidak ada pembelahan sel namun metabolisme sel masih aktifdan menghasilkan
metabolt sekuner). Untuk spesifik rate dari produk ini adalah konstan. Dengan
rumus :

Contoh produk non-growth-associated adalah antibiotik (penisilin)

1.3 Mixed-growth-associated product

Produk terjadi selama pertumbuhan sel sedang lambat dan pada fase stationary.
Persamaan tingkat spesifik pembentukan produk : Pesamaan Luedeking-Piet

Jika α = 0, maka produk hanya kategori non-growth associated

Jika β=¿0, maka produk merupakan kategori growth-associated
Contoh produk mixed-growth-associated adalah fermentasi asam laktat, Xanthan
gum, dan Secondary metabolites
 BAB 2

ENZYME

2.1 Pendahuluan

Enzim adalah protein dengan berat molekul tinggi (15.000 <MW <beberapa juta dalton)
yang bertindak sebagai katalis. Enzim adalah katalis biologis spesifik, serbaguna, dan sangat
efektif, menghasilkan tingkat reaksi yang jauh lebih tinggi dibandingkan dengan reaksi yang
dikatalisis secara kimiawi dalam kondisi sekitar. Beberapa enzim protein memerlukan kelompok
nonprotein untuk aktivitasnya. Kelompok ini dapat berupa kofaktor, seperti ion logam, Mg, Zn,
Mn, Fe, atau koenzim

2.2 Cara Kerja Enzim

Enzim menurunkan energi aktivasi reaksi yang dikatalisis dengan mengikat substrat dan
membentuk kompleks enzim-substrat. Sebagai contoh, energi aktivasi untuk dekomposisi
hidrogen peroksida bervariasi tergantung pada jenis katalisis

Interaksi antara enzim dan substratnya biasanya oleh kekuatan lemah Substrat adalah molekul
yang relatif kecil dan cocok dengan daerah tertentu pada molekul enzim, yang merupakan
molekul yang jauh lebih besar. Model paling sederhana yang menggambarkan interaksi ini
adalah model kunci-dan-kunci, di mana enzim mewakili kunci dan substrat mewakili kunci,
seperti yang dijelaskan pada Gambar 3.2.
2.3 Kinetika Enzim

2.3.1 Pendahuluan

Kinetika reaksi sederhana yang dikatalisis enzim sering disebut sebagai kinetika
Michaelis-Menten atau kinetik saturasi.

Dimana E adalah enzim , S adalah substrat, dan P adalah produk. Dua pendekatan utama yang
digunakan dalam mengembangkan ekspresi laju reaksi enzim terkatalisis adalah (1) pendekatan
keseimbangan cepat dan (2) pendekatan kondisi semu.

2.3.2 Model Mekanis untuk Kinetika Enzim Sederhana

Tingkat pembentukan produk dirumuskan

di mana v adalah tingkat pembentukan produk atau konsumsi substrat dalam mol / l-s.
Konstanta laju k2 sering dilambangkan sebagai kcat dalam literatur biologis. Tingkat
variasi kompleks ES adalah

Karena enzim tidak dikonsumsi, persamaan konservasi pada enzim menghasilkan

 Pada titik ini, diperlukan asumsi untuk mencapai solusi analitis.

Asumsi Keseimbangan Cepat

Henri dan Michaelis -Menten pada dasarnya menggunakan pendekatan ini.

Dengan asumsi keseimbangan cepat antara enzim dan substrat untuk membentuk
kompleks [ES], kita dapat menggunakan koefisien kesetimbangan untuk
mengekspresikan [ES] dalam bentuk [S]. Konstanta kesetimbangan adalah

Karena [E] = [E0] - [ES] jika enzim dilestarikan, maka

di mana K’m = k-1 / k1, yang merupakan konstanta disosiasi kompleks ES. Jika
disubstitusikan pada persamaan v tingkat pembentukan produk maka menjadi

di mana Vm = k2 [E0]. Dalam hal ini, kecepatan gerak maju maksimum dari reaksi adalah
Vm. Vm berubah jika lebih banyak enzim ditambahkan, tetapi penambahan lebih banyak
substrat tidak memiliki pengaruh pada Vm. K’m sering disebut konstanta Michaelis-
Menten. Nilai K’m yang rendah menunjukkan bahwa enzim tersebut memiliki afinitas
tinggi untuk substrat.

2.3.3 Parameter Penentuan Eksperimental untuk Kinetika Jenis Michaelis-Menten

Penentuan nilai untuk Km dan Vm dengan presisi tinggi bisa sulit. Produk (atau
konsentrasi media) diplot berdasarkan waktu. Kemiringan awal kurva ini diperkirakan
Nilai v ini kemudian tergantung pada nilai [E0] dan [S0] dalam muatan ke reaktor. Banyak
percobaan semacam itu dapat digunakan untuk menghasilkan banyak pasangan data v
dan [S].

2.3.3.1 Plot dua-timbal balik (plot Lineweaver – Burk).

Persamaan dapat dilinearisasi dalam bentuk resiprokal:

Plot 1/v versus 1/[S] menghasilkan garis linier dengan kemiringan Km / Vm dan sumbu y
intercept 1/Vm. Plot dua-timbal balik memberikan perkiraan yang baik untuk Vm, tetapi
tidak harus pada Km. Karena kesalahan tentang kebalikan dari titik data tidak simetris,
pembaca harus berhati-hati dalam menerapkan analisis regresi (kuadrat terkecil) untuk
plot tersebut. Poin data pada konsentrasi substrat rendah mempengaruhi kemiringan dan
intercept lebih banyak daripada yang pada konsentrasi substrat tinggi.

2.3.3.2 Eadie – Hofstee Plot

Plot v versus v/[S] menghasilkan garis kemiringan -Km dan sumbu y dari Vm, seperti yang
digambarkan pada Plot Eadie-Hofstee dapat mengalami error besar karena kedua
koordinat mengandung u, tetapi ada sedikit bias pada titik di [S] rendah.

2.3.3.3 Plot Hanes – Woolf

Plot [S]/v versus [S] menghasilkan garis kemiringan 1/Vm dan sumbu y interecept Km/
Vm. Plot ini digunakan untuk menentukan Vm lebih akurat.

2.3.3.4 Batch Kinetics

 Kursus waktu variasi [S] dalam reaksi enzimatik batch dapat ditentukan dari

Plot 1/t ln [S0]/[S] versus {[S0] - [S]}/t menghasilkan garis kemiringan -1/Km dan intercept
Vm/Km.

2.4 IMOBILISASI ENZIM

2.4.1. Metode Imobilisasi

Metode utama imobilisasi dirangkum dalam Gambar 3.16. Dua kategori utama adalah jebakan
dan imobilisasi permukaan.

2.4.2. Jebakan.

Jebakan adalah selungkup fisik enzim dalam ruang kecil. Jebakan matriks dan jebakan
membran, termasuk mikroenkapsulasi, adalah dua metode utama jebakan. Matriks yang
digunakan untuk imobilisasi enzim biasanya adalah bahan polimer seperti Ca-alginat, agar, k-
carrageenin, poliakrilamida, dan kolagen. Namun, beberapa matriks padat seperti karbon aktif,
keramik berpori, dan tanah diatom juga dapat digunakan untuk tujuan ini. Matriksnya bisa
berupa partikel, membran, atau serat. Ketika immobilisasi dalam matriks polimer, larutan enzim
dicampur dengan larutan polimer sebelum polimerisasi terjadi. Enzim yang mengandung gel
terpolimerisasi diekstrusi atau diolah digunakan untuk membentuk partikel-partikel dari
campuran polimer-enzim cair. Entrapment dan attachment permukaan dapat digunakan dalam
kombinasi dalam beberapa kasus.

Jebakan membran pada enzim adalah mungkin ; misalnya, unit serat berongga telah
digunakan untuk menjebak larutan enzim antara selaput tipis dan membran semipermeabel.
Membran dari nilon, selulosa, polisulfon, dan poliakrilat umumnya digunakan. Konfigurasi,
selain serat berongga, dimungkinkan, tetapi dalam semua kasus membran semipermeabel
digunakan untuk mempertahankan senyawa berat molekul tinggi (enzim), sementara senyawa
berat molekul kecil (substrat atau produk) akses ke enzim.

Bentuk khusus jebakan membran adalah mikroenkapsulasi. Dalam teknik ini, bidang
berongga mikroskopis terbentuk. Bidang berisi larutan enzim, sementara bidang tertutup dalam
membran berpori. Membran dapat berupa polimer atau fase antarmuka yang diperkaya yang
terbentuk di sekitar mikrodrop.

Terlepas dari keuntungan yang disebutkan di atas, jebakan enzim mungkin memiliki
sifatnya yang masalah melekat, seperti kebocoran enzim ke dalam larutan, keterbatasan difusi
yang signifikan, berkurangnya aktivitas dan stabilitas enzim, dan kurangnya kontrol kondisi
lingkungan mikro. Kebocoran enzim dapat diatasi dengan mengurangi cutoff MW dari membran
atau ukuran pori matriks padat. Keterbatasan difusi dapat dihilangkan dengan mengurangi
ukuran partikel dari matriks dan / atau kapsul. Aktivitas dan stabilitas enzim yang berkurang
disebabkan oleh kondisi lingkungan mikro yang tidak menguntungkan, yang sulit untuk
dikendalikan. Namun, dengan menggunakan matriks berbeda dan bahan kimia, dengan
mengubah kondisi pemrosesan, dan dengan mengurangi ukuran partikel atau kapsul, kondisi
lingkungan mikro yang lebih menguntungkan dapat diperoleh. Penghalang difusi biasanya
kurang signifikan dalam mikrokapsul dibandingkan dengan manik-manik gel.

2.4.3. Imobilisasi permukaan.

 Dua jenis utama imobilisasi enzim pada permukaan bahan pendukung adalah adsorpsi
dan ikatan kovalen. Adsorpsi adalah perlekatan enzim pada permukaan partikel pendukung oleh
kekuatan fisik yang lemah, seperti van der Waals atau gaya dispersi. Sisi aktif enzim yang
teradsorpsi biasanya tidak terpengaruh, dan aktivitas yang hampir penuh dipertahankan pada
adsorpsi. Namun, desorpsi enzim adalah masalah umum, terutama di hadapan gaya hidrodinamik
yang kuat, karena kekuatan ikatan lemah. Adsorpsi enzim dapat distabilkan oleh hubungan silang
dengan glutaraldehid. Perawatan glutaraldehyde dapat mengubah sifat beberapa protein. Bahan
pendukung yang digunakan untuk adsorpsi enzim dapat berupa bahan anorganik, seperti
alumina, silika, kaca berpori, keramik, tanah diatom, tanah liat, dan bentonit, atau bahan organik,
seperti selulosa (CMC, DEAE-selulosa), pati, karbon aktif, dan pertukaran ion resin, seperti
Amberlite, Sephadex, dan Dowex. Permukaan bahan pendukung mungkin perlu diolah terlebih
dahulu (secara kimia atau fisik) untuk imobilisasi yang efektif.

Ikatan kovalen adalah retensi enzim pada permukaan pendukung oleh pembentukan
ikatan kovalen. Molekul enzim mengikat untuk mendukung bahan melalui kelompok fungsional
tertentu, seperti sebagai gugus amino, karboksil, hidroksil, dan sulfhidril. Grup fungsional ini
tidak boleh berada di sisi aktif. Salah satu trik umum adalah memblokir sisi aktif dengan
membanjiri larutan enzim dengan inhibitor kompetitif sebelum pengikatan kovalen. Kelompok
fungsional pada bahan pendukung biasanya diaktifkan dengan menggunakan pereaksi kimia,
seperti sianogen bromida, karbodiimid, dan glutaraldehid. Bahan pendukung dengan berbagai
gugus fungsi dan reagen kimia yang digunakan untuk pengikatan kovalen protein tercantum
dalam Tabel 3.3.
 Kelompok pengikat pada molekul protein biasanya adalah kelompok amino atau
karboksil dari rantai polipeptida.

Hubungan silang molekul enzim satu dengan yang lain menggunakan agen seperti
glutaraldehyde, bisdiazobenzidine, dan 2,2-disulfonic acid adalah metode lain dari imobilisasi
enzim. Hubungan silang dapat dicapai dengan beberapa cara berbeda: enzim dapat dihubungkan
secara silang dengan glutaraldehida untuk membentuk agregat yang tidak larut, enzim yang
teradsorpsi dapat menjadi hubungan silang, atau hubungan silang dapat terjadi setelah
impregnasi bahan pendukung berpori dengan larutan enzim. Hubungan silang dapat
menyebabkan perubahan signifikan pada sisi aktif enzim, dan juga keterbatasan difusi yang
parah dapat terjadi.

Bahan pendukung yang paling cocok dan metode imobilisasi bervariasi tergantung pada
enzim dan aplikasi khusus. Dua kriteria utama yang digunakan dalam pemilihan bahan
pendukung adalah

(1) kapasitas pengikatan bahan pendukung, yang merupakan fungsi dari kepadatan
muatan, kelompok fungsional, porositas, dan hidrofobisitas permukaan pendukung, dan

(2) stabilitas dan retensi aktivitas enzimatik, yang merupakan fungsi dari kelompok
fungsional pada bahan pendukung dan kondisi lingkungan mikro. Jika imobilisasi menyebabkan
beberapa perubahan konformasi pada enzim, atau jika kelompok reaktif pada sisi aktif enzim
terlibat dalam pengikatan, hilangnya aktivitas enzim dapat terjadi pada saat imobilisasi.
Biasanya, imobilisasi mengakibatkan hilangnya aktivitas dan stabilitas enzim. Namun, dalam
beberapa kasus, imobilisasi dapat menyebabkan peningkatan aktivitas enzim dan stabilitas
karena kondisi lingkungan mikro yang lebih baik. Karena enzim seringkali punya lebih dari satu
sisi fungsional yang dapat mengikat permukaan, persiapan imobilisasi enzim mungkin sangat
heterogen. Bahkan ketika pengikatan tidak mengubah struktur enzim, beberapa enzim dapat
diikat dengan sisi aktif yang berorientasi menjauh dari larutan substrat dan menuju permukaan
pendukung , mengurangi akses substrat ke enzim. Retensi aktivitas bervariasi dengan metode
yang digunakan. Tabel 3.4 merangkum retensi aktivitas aminoasilase yang diimobilisasi dengan
metode berbeda.
2.4.4. Keterbatasan Difusi dalam Imobilisasi Sistem Enzim

Resistensi difusi dapat diamati pada tingkat yang berbeda dalam enzim yang
diimobilisasi tergantung pada sifat bahan pendukung (berpori, tidak keropos),
hidrodinamik kondisi di sekitar bahan pendukung, dan distribusi enzim di dalam atau di
permukaan bahan pendukung. Resistensi difusi tergantung pada laju relatif reaksi laju dan
laju difusi, yang ditandai dengan angka Damköhler (Da).

Keterangan :

[Sb] : konsentrasi substrat dalam cairan curah (g / cm3)

kL : koefisien perpindahan massa (cm / s).

Tingkat konversi enzimatik dapat dibatasi oleh difusi substrat atau reaksi, tergantung
pada nilai nomor Damköhler :

 Jika Da > 1, laju difusi terbatas,

 Jika Da < 1, laju reaksi terbatas, dan
 Jika Da = 1, difusi dan reaksi resistensi sebanding.

2.4.5. Bahan Tidak Keropos

Ketika enzim terikat dan didistribusikan secara merata pada permukaan bahan
pendukung tidak keropos, semuanya enzim sama-sama aktif, dan media berdifusi melalui
film cair tipis yang mengelilingi permukaan pendukung untuk dijangkau permukaan
reaktif, seperti yang digambarkan pada

Gambar 3.17. Dengan asumsi lebih lanjut bahwa proses imobilisasi belum mengubah
struktur protein, dan parameter kinetik intrinsic (Vm, Km) tidak berubah.
Pada steady state, laju reaksi sama dengan laju perpindahan massa:

Dengan :

V’m : laju reaksi maksimum per unit luas permukaan eksternal

kL : cairan koefisien perpindahan massa.

Persamaan tersebut dapat diselesaikan secara grafis seperti yang digambarkan pada :
 Alur seperti itu juga membuatnya mudah untuk memvisualisasikan efek dari perubahan
parameter seperti laju pengadukan, perubahan dalam konsentrasi substrat massal, atau
pemuatan enzim.

Solusi grafis untuk jumlah reaksi per satuan luas permukaan untuk enzim diimobilisasi
dengan katalis tidak keropos. Kurva A dihasilkan dari pengetahuan tentang intrinsic
parameter kinetik berbasis solusi dan pemuatan permukaan. Baris B adalah persamaan
perpindahan massa. Persimpangan dua garis adalah laju reaksi, u yang dapat dipertahankan
dalam sistem.

≈
Ketika Ss 0:

Ketika sistem terbatas reaksi (Da << 1) :

Dalam keadaan ini, konstanta Michaelis – Menten yang tampak jelas adalah fungsi dari
kecepatan pengadukan. Biasanya, Km,app aplikasi diperkirakan secara eksperimental sebagai
nilai [Sb], memberikan onehalf dari laju reaksi maksimal.

2.4.6. Efek difusi pada enzim yang dimobilisasi kedalam matriks berpori

Enzim mengalami imobilisasi hingga menempel di permukaan pori internal dari matriks berpori,
substrat yang ada di permukaan berpori kemudian berdifusi masuk ke dalam celah-celah pori dan
bereaksi dengan enzim yang mengalami imobilisasi pada permukaan internal pori.Kinetika
Reaksi Enzim dinyatakan dengan persamaan kinetic Michaelis-Menten
Batas kondisi [S]= [Ss], saat r=R, dan d[S]/dr=0 saat r=0 ketika V”m adalah kecepatan reaksi per
unit volume dan De adalah efektifitas difusi substrat dalam matriks berpori.

Jika persamaan di atas diturunkan maka persamaannya menjadi

Dimana nilai
Batas kondisi Ś= 1, saat ŕ =1, dan d Ś/dŕ=0 saat ŕ=0

Laju konsumsi substrat sama dengan laju perpindahan substrat melalui permukaan luar dan
mendukung partikel berada pada kondisi steady state

Faktor Efektivitas laju per unit volume dapat dinyatakan sebagai berikut

Faktor efektivitas didefinisikan sebagai perbandingan antara laju reaksi dengan limit laju
difusi( laju difusi)

Konstanta laju instrinsik dapat diperoleh dengan menghilangkan resistensi difusi,menggunakan

ukuran partikel kecil,turbulensi tingkat tinggi di sekitar partikel dan konsentrasi substrat yang
tinggi.
2.4.7. Efek Elektrostatik dan Sterik dalam Imobilisasi Sistem Enzim

Imobilisasi enzim dalam matriks bermuatan terjadi akibat perubahan lingkungan mikro enzim.
Imobilisasi ini mengakibatkan pH nyata optimal enzim bergeser dari enzim yang larut.
Perubahan aktivitas pH profil dirumuskan sebagai berikut :

Dimana : pHi = pH internal

pHe = pH eksternal
z = valensi pada substrat
F = konstanta Faraday (96.500 coulomb /eq. g)
 = potensi elektrostatik
R = konstanta gas
Aktivitas enzim terhadap substrat dengan berat molekul tinggi biasanya berkurang lebih tinggi
pada saat imobilisasi daripada substrat dengan berat molekul rendah karena hambatan sterik oleh
dukungan. Imobilisasi juga memengaruhi stabilitas termal enzim dan stabilitas pH enzim.
Stabilitas termal sering meningkat pada imobilisasi karena adanya hambatan difusi termal dan
kendala pada protein berlangsung.

2.5 Produksi enzyme

Di antara berbagai enzim yang diproduksi dalam skala besar adalah protease (subtilisin,
rennet), hidrolase (pektinase, lipase, laktase), isomerase (glukosa isomerase), dan
oksidase (glukosaoksidase). Enzim ini diproduksi menggunakan galur organisme tertentu
yang kelebihan produksi. Pemisahan dan pemurnian enzim dari suatu organisme
membutuhkan gangguan sel, penghilangan puing sel dan asam nukleat, pengendapan
protein, ultrafiltrasi enzim yang diinginkan, pemisahan kromatografi (opsional),
kristalisasi, dan pengeringan. Itu skema proses bervariasi tergantung pada apakah enzim
itu intraseluler atau ekstraseluler. Dalam beberapa kasus, mungkin lebih menguntungkan
untuk menggunakan sel yang tidak aktif (mati atau istirahat) dengan sel aktivitas enzim
yang diinginkan dalam bentuk amobil. Pendekatan ini menghilangkan enzim yang mahal
langkah pemisahan dan pemurnian dan karenanya secara ekonomis lebih layak.
 Langkah pertama dalam produksi skala besar enzim adalah membudidayakan
organisme yang menghasilkan enzim yang diinginkan. Produksi enzim dapat diatur dan
kondisi fermentasi dapat dioptimalkan untuk produksi berlebih dari enzim. Protease
diproduksi dengan menggunakan strain Bacillus, Aspergillus, Rhizopus, dan Mucor yang
kelebihan produksi pektinase diproduksi oleh Aspergillus niger; laktase diproduksi oleh
ragi dan Aspergillus; lipase diproduksi oleh strain ragi dan jamur tertentu; glukosa
isomerase diproduksi oleh Flavobacterium arborescens atau Bacillus coagulans. Setelah
langkah budidaya, sel-sel dipisahkan dari media biasanya dengan penyaringan atau
terkadang dengan sentrifugasi. Tergantung pada sifat enzim intraseluler atau
ekstraseluler, baik sel atau kaldu fermentasi diproses lebih lanjut untuk memisahkan dan
memurnikan enzim. Pemulihan enzim intraseluler lebih rumit dan melibatkan gangguan
sel dan menghilangkan puing-puing sel dan asam nukleat. Gambar 3.23 menggambarkan
skema enzim yang memproduksi enzim intraseluler.
Pada kasus tertentu, enzim mungkin tergolong sebagai intrasellular dan ekstrasellular,
yang dimana membutuhkan pemrosesan baik pada sel dan broth. Enzim intraseluler dapat
dilepaskan dengan meningkatkan permeabilitas membran sel. Garam tertentu seperti
CaCl2 dan bahan kimia lainnya sebagai dimethylsulfoxide (DMSO) dan perubahan pH
dapat digunakan untuk tujuan ini. Jika pelepasan enzim tidak lengkap, maka gangguan sel
mungkin penting. Proses yang digunakan untuk memproduksi enzim industri ini memiliki
banyak kesamaan.

2.6 Aplikasi enzim di dunia industri dan medis

Aplikasi Enzim di Dunia Industri dan Medis

No Nama Enzim Aplikasi Enzim

1. Enzim Mananase Enzim mananase dapat diaplikasikan sebagai biobleaching agent
pada industri pulp dan kertas serta untuk meningkatkan konversi
pakan ternak. Hasil hidrolisis mananase dapat digunakan sebagai
anti tumor, cytothesis, imunoregulasi, dan prebiotik.
2. Enzim Arginase Enzim ini telah digunakan dalam pengobatan leukimia
limpoblastik. Diindustri farmasi sebagai antitumor
 3. Enzim Natokinase Natokinase juga membantu mengurangi faktor-faktor penyebab
terjadinya penggumpalan darah dan lemak dikaitkan dengan
meningkatnya resiko terkena penyakit jantung
4. Enzim Lipase Untuk obat neuroaktif, membunuh rasa sakit, dan sebagai zat
anti-kecemasan yang digunakan untuk pengobatan epilepsi
5. Enzim Kitinase Untuk agen biokontrol hama tanaman dan untuk pengolahan
limbah industri yang mengandung kitin, seperti industri
pembekuan udang, kerang dan kepiting.
6. Enzim Pektinase Enzim ini mampu menurunkan viskositas, meningkatkan
rendemen dan kecerahan sari buah namun tetap mempertahankan
rasa sehingga penampilan sari buah menjadi lebih baik secara
sensoris dan dapat lebih lama disimpan.
7. Enzim Trypsin Konversi pati menjadi glukosa, produksi sirup jagung fruktosa
tinggi, produksi prebiotik
8. Enzim Monoamine sintesis perantara untuk produksi bahan-bahan farmasi aktif.

9. Enzim Xylanase Produksi ester asam lemak, dekomposisi bahan lignoselulotik

untuk produksi bioethanol.
10. Enzim Amylase Penghapusan noda, penghapusan lemak dan minyak, retensi
warna.

BAB 3

3.1 Kinetika Mikroba

 Menggunakan pengakuan sifat terstrutur dari setiap sel dan pemisahan kultur menjadi
individu unit(sel) yang mungkin berbeda satu dengan yang lain. Model dapat terstruktur dan
terpisah, terstruktur dan tidak tersegregasi, tidak terstruktur dan dipisahkan, dan tidak terstruktur
dan tidak teregregasi. Model mengandung keduanyan struktur dan segregasi adalah yang paling
realistis, tetapi mereka juga secara komputasi kompleks. Model yang terstruktur secara kimia
membagi massa sel menjadi komponen-komponen.
Tingkat realisme dan kompleksitas yang diperlukan dalam suatu model tergantung pada
apa yang sedang dijelaskan; pemodel harus selalu memilih model paling sederhana yang dapat
dijelaskan secara memadai sistem yang diinginkan. Model yang tidak terstruktur mengasumsikan
komposisi sel yang tetap sama dengan mengasumsikan pertumbuhan seimbang. Asumsi
pertumbuhan seimbang adalah valid terutama dalam kultur kontinu satu-tahap, kondisi-mapan
dan fase eksponensial bets
budaya; gagal selama kondisi sementara.
Jika respons sel cepat dibandingkan dengan perubahan eksternal dan jika besarnya
perubahan ini tidak terlalu besar (mis., variasi 10% atau 20% dari awal kondisi), maka
penggunaan model yang tidak terstruktur dapat dibenarkan, karena penyimpangan dari
pertumbuhan seimbang mungkin kecil.

3.2 Menggunakan Model Tidak Terstruktur yang Tidak Terstruktur untuk

Memprediksi Tingkat Pertumbuhan Spesifik
3.2.1. Pertumbuhan terbatas substrat
Hubungannya laju pertumbuhan spesifik untuk konsentrasi substrat sering kali mengasumsikan
bentuk kinetika saturasi. mengasumsikan bahwa satu spesies kimia, S, adalah pembatas laju
pertumbuhan (mis., An peningkatan S mempengaruhi laju pertumbuhan, sementara perubahan
konsentrasi nutrisi lainnya tidak berpengaruh). Kinetika ini mirip dengan Langmuir –
Hinshelwood (atau Hougen – Watson) kinetika dalam kinetika kimia tradisional atau kinetika
Michaelis-Menten untuk reaksi enzim. Ketika diterapkan pada sistem seluler, kinetika ini dapat
dijelaskan oleh Monod persamaan:
 - adalah tingkat pertumbuhan spesifik maksimum ketika S >> Ks.

- Jika metabolisme endogen tidak penting, maka .

- Konstanta Ks dikenal sebagai konstanta saturasi atau halfvelocity konstan dan sama
dengan konsentrasi substrat pembatas laju saat laju pertumbuhan spesifik sama dengan
setengah dari jumlah maksimum.
- Persamaan Monod bersifat semiempiris; itu berasal dari premis bahwa sistem enzim
tunggal dengan Kinetika Michaelis-Menten bertanggung jawab atas penyerapan S, dan
jumlah enzim itu atau aktivitas katalitiknya cukup rendah untuk membatasi laju
pertumbuhan.

3.2.2. Model dengan penghambat pertumbuhan.

Pada konsentrasi media yang tinggi atau produk dan dengan adanya zat penghambat dalam
medium, pertumbuhan menjadi terhambat, dan tingkat pertumbuhan tergantung pada konsentrasi
inhibitor. Penghambatan pola pertumbuhan mikroba analog dengan penghambatan enzim. Jika
satu substrat Reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah langkah pembatas laju dalam
pertumbuhan mikroba, kemudian kinetik
konstanta dalam ekspresi laju secara biologis bermakna. Seringkali, mekanisme yang
mendasarinya rumit, dan konstanta kinetik tidak memiliki makna biologis dan diperoleh dari data
eksperimen dengan fitting curve.
1. Penghambatan substrat: Pada konsentrasi substrat tinggi, laju pertumbuhan mikroba adalah
dihambat oleh substrat. Seperti dalam kinetika enzim, penghambatan pertumbuhan substrat
mungkin terjadi kompetitif atau tidak kompetitif. Jika satu reaksi substrat enzim yang dikatalisis
enzim adalah ratelimiting langkah dalam pertumbuhan mikroba, kemudian penghambatan
aktivitas enzim menghasilkan penghambatan pertumbuhan mikroba dengan pola yang sama. Pola
dan ekspresi substrat-penghambat utama adalah sebagai berikut:

2. Penghambatan produk: Konsentrasi produk yang tinggi dapat menghambat mikroba

pertumbuhan. Penghambatan produk mungkin kompetitif atau tidak kompetitif, dan dalam
beberapa kasus ketika mekanisme yang mendasarinya tidak diketahui, laju pertumbuhan yang
dihambat diperkirakan untuk ekspresi peluruhan eksponensial atau linear.

3. Penghambatan oleh senyawa beracun: digunakan untuk kompetitif, penghambatan

pertumbuhan yang tidak kompetitif, dan tidak kompetitif dalam analogi dengan penghambatan
enzim.

4.Persamaan logistic
Persamaan logistik adalah seperangkat persamaan yang mencirikan pertumbuhan dalam hal
membawa kapasitas. Pendekatan biasa didasarkan pada formulasi di mana pertumbuhan spesifik
Tarif terkait dengan jumlah daya dukung yang tidak digunakan:

5.Model pertumbuhan untuk organisme berfilamen.

sel-sel filamen dapat tumbuh pada permukaan padatan yang lembab. Seperti itu
Pertumbuhan biasanya merupakan proses yang rumit, tidak hanya melibatkan kinetika
pertumbuhan tetapi juga difusi nutrisi dan produk sampingan metabolisme toksik. Namun, untuk
koloni terisolasi tumbuh pada media yang kaya, kita dapat mengabaikan beberapa komplikasi ini.
Dengan tidak adanya batasan perpindahan massa, telah diamati bahwa jari-jari mikroba dalam
kultur terendam atau koloni kapang yang tumbuh pada permukaan agar meningkat secara linear
seiring waktu.

3.3 Model untuk Perilaku Sementara

Sebagian besar aplikasi praktis kultur mikroba, kondisi lingkungan atau kultur
dapat bergeser, secara dramatis mengarah pada perubahan komposisi seluler dan biosintesis
kemampuan. Perubahan seluler ini tidak instan tetapi terjadi selama periode yang dapat diamati
waktu.Digunakan untuk menguji model yang dapat menggambarkan atau memprediksi
tergantung waktu tersebut (atau sementara) perubahan.
3.3.1 Model dengan waktu tunda
Model pertumbuhan yang tidak terstruktur ditingkatkan untuk digunakan dalam situasi dinamis
melalui penambahan penundaan waktu. Penggunaan penundaan waktu menggabungkan struktur
secara implisit., di atas premis bahwa respon dinamis sel didominasi oleh proses internal dengan
waktu tunda pada urutan waktu respons yang diamati. Proses internal lainnya diasumsikan terlalu
cepat (pada dasarnya selalu pada pseudoequilibrium) atau terlalu lambat untuk mempengaruhi
sangat respons yang diamati. Dengan menggunakan teknik black-box yang setara dengan
tradisional pendekatan ke kontrol proses kimia, dimungkinkan untuk menghasilkan transfer
fungsi yang dapat mewakili respons dinamis suatu budaya.
3.3.2 Model terstruktur secara kimia
Awalnya, model terstruktur secara kimia adalah berdasarkan dua komponen, tetapi setidaknya
tiga komponen muncul diperlukan untuk memberikan hasil yang baik.
Model yang lebih canggih dengan 20 hingga 40 komponen sedang digunakan di banyak
laboratorium. Menulis model tersebut mengharuskan pemodel memahami sistem fisik pada
tingkat perincian lebih besar dari pada saat model itu ditulis, sehingga asumsi yang sesuai dapat
di buat. Yang pertama adalah bahwa semua reaksi harus diungkapkan dalam hal konsentrasi
intrinsik. Konsentrasi intrinsik adalah jumlah senyawa per satuan massa sel atau volume sel.
Konsentrasi ekstrinsik, jumlah senyawa per satuan volume reaktor, tidak dapat digunakan dalam
ekspresi kinetik. Meskipun ini mungkin tampak jelas, semua model terstruktur awal cacat dengan
penggunaan ekstrinsik.
 3.4 Model Cybernetic
Cybernetic berarti bahwa suatu proses adalah pencarian tujuan (mis., Maksimalisasi tingkat
pertumbuhan).Digunakan untuk memprediksi respon mikroba budaya untuk pertumbuhan pada
serangkaian sumber karbon yang dapat disubstitusikan, telah diperluas untuk memberikan
metode alternatif untuk mengidentifikasi struktur pengaturan biokimia yang kompleks jaringan
reaksi (seperti metabolisme seluler) secara sederhana, seperti tingkat pertumbuhan maksimum,
dipilih dan matematika berorientasi tujuan analisis digunakan. Analisis ini serupa dengan banyak
analisis ekonomi untuk sumber daya distribusi.Hal ini menggambarkan dengan memuaskan
pertumbuhan budaya pada media yang kompleks. Namun, kekuatan potensial dari pendekatan ini
sekarang sedang direalisasikan dalam upaya dalam rekayasa metabolik dan dalam
menghubungkan informasi tentang Urutan DNA dalam suatu organisme untuk fungsi fisiologis.
Namun memiliki keterbatasan, karena fungsi objektif untuk setiap organisme adalah
memaksimalkan kelangsungan hidup jangka panjangnya sebagai spesies.

3.5 Apakah semua mikroba tumbuh selalu menghasilkan produk?

3.5.1.1 Mikroba adalah organisme kecil yang hidup. Sebagian besar mikroba termasuk dalam
salah satu dari empat kelompok utama: bakteri, virus, jamur, atau protozoa. Mikroba
dapat tumbuh di berbagai kondisi: pada suhu di atas titik didih dan di bawah titik
beku; dalam konsentrasi garam tinggi; di bawah tekanan tinggi (> 1000 atm) dan di
lingkungan asam atau kaustik yang kuat (pH sekitar 1–10). Sel yang harus
menggunakan oksigen dikenal sebagai aerob. Sel yang menemukan oksigen beracun
adalah anaerob. Sel yang bisa beradaptasi pertumbuhan baik dengan atau tanpa
 oksigen bersifat fakultatif. Keragaman mikroba menyediakan insinyur bioproses
beradaptasi alat untuk setiap kondisi bioproses yang dibutuhkan.
3.5.2 Bagi mikroba, pertumbuhan adalah respons paling esensial terhadap lingkungan
fisiokimia mereka. Pertumbuhan adalah hasil dari replikasi dan perubahan ukuran sel.
Mikroorganisme dapat tumbuh dengan berbagai kondisi fisik, kimia, dan nutrisi.
Dalam nutrisi yang cocok pada mediumnya, organisme mengekstrak nutrisi dari
medium dan mengubahnya menjadi senyawa biologis. Sebagian nutrisi ini digunakan
untuk memproduksi energi dan sebagian digunakan untuk biosintesis dan
pembentukan produk.
3.5.3 Setelah periode waktu tertentu dalam pembentukan produk, sistem biasanya mencapai
kondisi stabil di mana sel, produk, dan konsentrasi substrat berada pada keadaan
konstan. Kultur berkelanjutan memberikan kondisi lingkungan yang konstan untuk
pertumbuhan dan pembentukan produk serta memasok produk berkualitas seragam.
Sistem berkelanjutan mempunyai peranan yang penting untuk menentukan respon
mikroorganisme terhadap lingkungan untuk menghasilkan produk yang diinginkan
dalam kondisi lingkungan yang optimal. Dari hal-hal ini dapat disimpulkan bahwa
setiap mikroba berpotensi untuk memproduksi produk dengan keadaan tertentu.

3.6 Jenis mikroba berdasarkan suhu dan jenis bakteri berdasarkan kebutuhan oksigen

Sel-sel hidup merupakan mikroorganisme tak kasat mata yang dapat ditemukan disekitar kita.
Sel tersebut memiliki syarat-syarat dan faktor lingkungan agar bisa tetap tumbuh. Syarat agar sel
dapat tumbuh dan faktor lingkungan yang mempengaruhi pertumbuhan pada sel berupa suhu,
derajat keasaman (pH), oksigen dan nutrient. Mikroorganisme satu dengan yang lain memiliki
variasi lingkungan tempat hidupnya.

Suhu, tinggi rendahnya suhu mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme. Setiap sel

memiliki waktu optimum yang bervariasi. Beberapa sel dapat tumbuh pada suhu rendah −20°C
dan yang lain dapat tumbuh pada suhu 120°C. Mikroba dapat tumbuh 2 kali lebih cepat pada
setiap kenaikan 10°C pada rentang suhu optimumnya, saat tercapai suhu maksimal,
pertumbuhan bakteri akan menurun, bahkan terjadi kematian termal saat melebihi suhu
maksimalnya. Jenis sel berdasarkan rentang suhu pertumbuhannya, diklasifikasikan menjadi;

a. Suhu <20°C
Sel yang dapat tumbuh pada kisaran suhu ini disebut sebagai Psikrofil, suhu optimum
mikroorganisme jenis ini pada suhu 15°C. Karakteristik istimewa dari semua bakteri psikrofil
adalah akan tumbuh pada suhu 0 – 5°C dan banyak di temukan di tempat dingin, baik di
daratan maupun di perairan.

b. 20°C < Suhu < 50°C

Mesofil merupakan sel yang dapat tumbuh dengan baik pada suhu optimum range
20°C-
50°C. bakteri ini banyak di temukan di daerah tropis dengan suhu tidak terlalu ekstrim.
Mikroorganisme mesofil dibagi menjadi 2 berdasarkan suhu pertumbuhan optimumnya
yaitu:
1. Suhu pertumbuhan optimum 20-35°C, termasuk tumbuhan saprofit.
2. Suhu pertumbuhan optimum 35-50°C, termasuk organisme yang tumuh pada tubuh
inang berdarah panas.

c. Suhu > 50°C

Organisme yang tumbuh paling baik pada suhu lebih dari 50°C adalah Termofil. Jenis ini
dibedakan menjadi tiga kelompok sebagai berikut:
1. Termofilik fakultatif yaitu mikroorganisme yang memiliki suhu maksimum
50°C-65°C, contohnya yaitu Bacillus Stearothermophillus
2. Termofilik obligat yaitu mikroorganisme yang mempunyai suhu maksimum
65°C-70°C, contohnya yaitu bakteri Bacillus Coagulans
Bakteri obligat diklarifikasikan menjadi bakteri obligat aerob (mutlak
aerob), yang memerlukan oksigen untuk pertumbuhannya karena system
pembangkit ATP-nya sangat bergantung pada Oksigen sebagai akseptor hydrogen
(misalnya : Mycobacterium tuberculosis). Kemudian bakteri obligat anaerob,
yaitu bakteri yang tidak dapat tumbuh jika ada oksigen karena bakteri tersebut
tidak mempunyai enzim superoksida dismutase atau katalase atau keduanya
 (misalnya Porphyromonas gingivalis). Pengembangbiakan mikroorganisme yang
bersifat obligat anaerob dapat dilakukan menggunakan metoda Hungate.

3. Termofilik ekstrim, yaitu mikroorganisme yang mempunyai suhu maksimum di

atas 70°C, contohnya yaitu Bacillus Caldolyticus.

Gambar Hubungan suhu dan pertumbuhan pada kelompok mikroorganisme dengan suhu
yang berbeda (Madigan, et.al., 2009)

Derajat keasaman (pH), pengaruh pH terhadap pertumbuhan mikroorganisme juga tidak

kalah penting dari suhu. Pada bahasan mengenai pH akan ditemukan pH minimum, pH optimum
dan pH maksimum. Mikroorganisme tumbuh pada suhu yang jauh dari pH netral yaitu 7, dapat
tumbuh pada pH asam yaitu pH 1 atau 2 dan beberapa ada yang dapat tumbuh dengan baik pada
pH 9 yaitu pH basa.

Mikroorganisme dapat tumbuh secara optimal pada pH yang optimum, seperti contoh
bakteri mempunya pH optimum 3-8, Ragi 3-6, sel tanaman 5-6, sel hewan 6,5-7,5.
Mikroorganisme mempunyai mekanisme untuk mempertahankan pH agar tetap konstan karna
adanya fluktuasi dengan pH lingkungan. Ketika pH tidak sesuai dengan nilai optimal nya, maka
kebutuhan energi yang di gunakan akan meningkat juga.
Selain mempunyai suhu optimum, setiap mikroorganisme juga mempunyai pH
optimum, dimana pada kisaran pH tersebut, mikroorganisme dapat tumbuh secara maksimal.
Mikroorganisme di bagi menjadi 3 jenis berdasarkan pH Optimum nya, yaitu:
 1. Mikroorganisme yang asidofilik, yaitu jasad yang dapat tumbuh optimum pada pH
antara 2,0-5,0
2. Mikroorganisme yang mesofilik (Neutrofilik), yaitu jasad yang dapat tumbuh optimum
pada pH antara 5,5-8,0
3. Mikroorganisme yang alkalifilik, yaitu jasad yang dapat tumbuh optimum pada pH
antara 8,4-9,5

Mikroorganisme dapat tumbuh pada pH minimum dan maksimum, namun pertumbuhan terjadi
secara lambat, hal ini dikarenakan pH yang tidak sesuai dengan lingkungan hidup
mikroorganisme. Saat pH kurang dari pH minimum atau lebih dari pH maksimum, maka pH
akan bersifat toksik pada mikroorganisme tersebut dan akan menimbulkan kematian pada
mikroorganisme.

Menurut penelitian yang di lakukan Dian Setyawati Mansyur et all, dengan variasi pH
2,5;3;5;7. Dapat di lihat penggunaan variasi pH pada bakteri asam laktat dan pertumbuhan
maksimum terjadi saat pH optimum yaitu 5, selain itu pertumbuhan tetap terjadi dengan laju
lambat.

Oksigen, tidak mutlak diperlukan oleh mikroorganisme karena beberapa jenis mikroba
tidak membutuhkan oksigen bahkan menjadi racun bagi pertumbuhannya. Berdasarkan
kebutuhan oksigen dapat dibagi menjadi dua, yaitu mikroorganisme aerob dan anaerob
 Bakteri aerob adalah mikroorganisme yang melakukan metabolisme dengan bantuan
oksigen. Ini memiliki kemampuan untuk mendetoksifikasi oksigen dengan bantuan
enzim.

Contoh bakteri aerob:

a. Bacillus
b. Nocardia

Bakteri aerob adalah spesies bakteri yang membutuhkan oksigen untuk kelangsungan
hidup, pertumbuhan, dan proses reproduksi dasar mereka. Sangat mudah untuk
mengisolasi bakteri ini dengan membiakan sejumlah strain bakteri dalam beberapa media
cair. Karena mereka membutuhkan oksigen untuk bertahan hidup, mereka cenderung
muncul ke permukaan dalam upaya untuk mendapatkan oksigen maksimum yang
tersedia.
 Bakteri anaerob adalah jenis bakteri yang suka hidup pada  lingkungan yang tidak
mengandung oksigen, oleh karena itu biasanya bakteri jenis ini hanya hidup pada
lingkungan tertutup seperti pada gusi, rahang, tenggorokan, sinus, telinga, tonsil.

Contoh bakteri anaerob :

a. Clostridium tetani
b. Escherichia coli

Terdapat 2 tipe bakteri anaerob yaitu :

1. Anaerob obligatif
Merupakan tipe bakteri yang mengganggap bahwa oksigen adalah racun baginya
sehingga terkena oksigen dapat menyebabkan kematian.
2. Anaerob fakultatif

Merupakan tipe bakteri yang mampu bertahan hidup dengan kondisi ada maupun tidak
ada oksigen. Oksigen sama sekali tidak mempengaruhi kehidupannya melainkan tidak juga
membutuhkan oksigen untuk bertahan hidup.
 Nutrien diperlukan mikroorganisme untuk dapat tumbuh dengan optimal.
Mikroorganisme memerlukan komponen-komponen tertentu untuk pertumbuhannya, yaitu:

1. Energi
Mikroorganisme berdasarkan kebutuhan dibagi menjadi dua, yaitu fototrof dan autotrof.
Fototrof menggunakan cahaya sebagai sumber energinya sedangkan kemotrof
memperoleh energi dengan mengoksidasi senyawa organik dan anorganik.
2. Karbon
Berdasarkan kebutuhan karbon, mikroorganisme dibagi menjadi dua, yaitu autotrof dan
heterotrof. Autotrof adalah jenis mikroorganisme yang menggunakan karbon anorganik
sebagai sumber karbonnya, sedangkan pada heterotrof menggunakan karbon organik
seperti glukosa.
3. Nitrogen
Mikroorganisme mengambil sumber nitrogen (N) untuk dijadikan nutrient dalam bentuk
gas nitrogen, ammonium, garam nitrat, atau berupa N dari senyawa organik seperti asam
amino.

3.7 Perbedaan kinetika mikroba dan kinetika Micahelis Menten

Kinetika Michaelis-Menten dapat diperoleh dari skema reaksi yang sederhana melibatkan
langkah-langkah yang reversible untuk pembentukan kompleks enzim-substrat dan langkah
disosiasi ES kompleks. Nilai rendah Michaelis-Menten menunjukkan bahwa enzim tersebut
memiliki afinitas tinggi untuk substrat. Ketika konsentrasi substrat berada pada Km atau
konstanta saturasi, laju katalitik adalah setengah dari laju maksimum. Diplot linear-linear, laju
katalitik meningkat dengan cepat pada konsentrasi substrat rendah dan profil laju parabola.

Sedangkan, kinetika pertumbuhan mikroba merupakan suatu rangkaian reaksi kimia yang
mengendalikan sintesis penyusunan biomassa yang diperoleh pada akhir biakan secara
menyeluruh yang mengikuti prinsip kekekalan massa.
Laju pertumbuhan mikroba dan waktu generasi

1. Jika sejumlah sel mikroba (Xo) dibiakkan dalam waktu (t) pada suatu medium, maka sel
akan membelah dan jumlahnya akan bertambah menjadi (Xt)
2. Pertambahan jumlah sel berhubungan dengan laju pertumbuhan serta waktu generasi sel
tersebut membelah

Metode mengukur pertumbuhan mikroba

3.7.1 Metode langsung

Penentuan berat kering sel yang paling umum digunakan adalah metode langsung yaitu untuk
menentukan konsentrasi massa sel dan hanya berlaku untuk sel yang tumbuh dalam medium
bebas padatan. Jika digunakan pada padatan nonseluler, seperti padatan molase, selulosa, atau
cairan curam jagung, pengukuran berat kering tidak akurat.

 sampel kaldu kultur disentrifugasi atau disaring dan dicuci dengan larutan buffer atau air.
 kemudian dikeringkan pada suhu 80C selama 24 jam
 kemudian berat sel kering diukur.
 Volume sel yang dikemas digunakan untuk memperkirakan konsentrasi sel dalam
fermentasi (misalnya fermentasi antibiotik industri)
 Metode cepat lain didasarkan pada penyerapan cahaya oleh sel-sel yang tersuspensi
dalam media kultur sampel. Intensitas cahaya yang ditransmisikan diukur menggunakan
spektrometer.
 Prosedur yang tepat melibatkan penggunaan panjang gelombang yang meminimalkan
penyerapan oleh komponen medium (panjang gelombang 600 hingga 700-nm sering
digunakan), dan penggunaan kurva kalibrasi. Kurva kalibrasi berhubungan dengan
kerapatan optic (OD) untuk pengukuran berat kering

3.7.2 Metode Tidak Langsung

 Metode tidak langsung digunakan pada pengukuran konsumsi substrat atau pembentukan
produk selama jalannya pertumbuhan. Komponen sel intraseluler seperti RNA, DNA, dan
protein dapat diukur sebagai ukuran tidak langsung dari pertumbuhan sel. Selama siklus
pertumbuhan batch, konsentrasi komponen intraseluler ini dapat berubah seiring berjalannya
waktu. Gambar dibawah menggambarkan variasi komponen intraseluler tertentu dengan waktu
selama siklus pertumbuhan batch. Konsentrasi RNA (RNA/berat sel) bervariasi secara signifikan
selama siklus pertumbuhan batch. Namun, DNA dan konsentrasi protein tetap konstan. Oleh
karena itu, dalam medium yang kompleks, DNA konsentrasi dapat digunakan sebagai ukuran
pertumbuhan mikroba.
Konsentrasi ATP intraseluler (mg ATP/mg sel) kira-kira konstan untuk organisme yang
diberikan. Dengan demikian, konsentrasi ATP dalam kaldu fermentasi dapat digunakan sebagai
ukuran konsentrasi biomassa. Metode ini didasarkan pada aktivitas luciferase, yang
mengkatalisasi oksidasi luciferin dengan mengorbankan oksigen dan ATP dengan emisi cahaya.
Ketika kelebihan oksigen dan luciferin, total emisi cahaya sebanding dengan total ATP yang
terdapat dalam sampel. Fotometer dapat digunakan untuk mendeteksi cahaya yang dipancarkan.
Konsentrasi biomassa kecil dapat diukur dengan metode ini, karena konsentrasi ATP yang sangat
rendah. Produk metabolisme sel dapat digunakan untuk memantau dan mengukur pertumbuhan
seluler. Produk tertentu diproduksi dalam kondisi anaerob, seperti etanol dan asam laktat, dapat
dihubungkan secara stoikiometri dengan pertumbuhan mikroba.

Dari penjabaran diatas, dapat juga dituliskan:

1. Metode langsung:
Penetapan konsentrasi sel: perhitungan jumlah sel dibawah mikroskop
Penetapan bahan kering sel dengan cara ditimbang
2. Metode tak langsung:
Metode turbidity (kekeruhan)
Penetapan penyusun sel
Analisis persenyawaan (reaksi) biakan

Tabel rendemen biomassa dan kebutuhan oksigen

Jenis-jenis kinetika Michaelis Menten dapat dipakai dalam kinetika mikroba