Deimination

This reaction involves the conversion of an arginine to a citrulline. In mammalian cells, this

reaction on histones is catalysed by the peptidyl deiminase PADI4, which converts peptidyl

arginines to citrulline. One obvious effect of this reaction is that it effectively neutralizes the

positive charge of the arginine since citrulline is neutral. There is also evidence that PADI4

converts mono-methyl arginine to citrulline, thereby effectively functioning as an arginine

demethylase. However, unlike a ‘true’ demethylase, the PADI4 reaction does not regenerate an

unmodified arginine.

Reaksi ini melibatkan konversi arginin menjadi sebuah citrulline. Dalam sel mamalia, reaksi ini

pada histones dikatalisis oleh PADI4 peptidyl deiminase, yang mengubah peptidyl arginine

menjadi citrulline. Satu efek yang jelas dari reaksi ini adalah bahwa ia secara efektif menetralkan

muatan positif arginin sejak citrulline netral. Ada juga bukti bahwa PADI4 mengkonversi mono-

metil arginin menjadi sitrulin, dengan demikian efektif berfungsi sebagai arethine demethylase.

Namun, tidak seperti demethylase 'benar', reaksi PADI4 tidak tidak meregenerasi arginin yang

tidak dimodifikasi.

β-N-acetylglucosamine

Many non-histone proteins are regulated via modification of their serine and threonine side

chains with single β-N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) sugar residues. Recently, histones were

added to the long list of O-GlcNAcmodified proteins . Interestingly, in mammalian cells, there

appears to be only a single enzyme, O-GlcNAc transferase, which catalyses the transfer of the

sugar from the donor substrate, UDP-GlcNAc, to the target protein. Like most of the other

histone PTMs, O-GlcNAc modification appears to be highly dynamic with high turnover rates
and, as with the forward reaction, there appears to be only a single enzyme capable of removing

the sugar, β-N-acetylglucosaminidase (O-GlcNAcase). So far, histones H2A, H2B and H4 have

been shown to be modified by O-GlcNAc

Banyak protein non-histone diatur melalui modifikasi rantai samping serin dan treonin dengan

residu gula β-N-asetilglukosamin (O-GlcNAc) tunggal. Baru-baru ini, histones ditambahkan ke

daftar panjang protein O-GlcNAcmodified. Menariknya, dalam sel mamalia, tampaknya hanya

ada satu enzim tunggal, O-GlcNAc transferase, yang mengkatalisis transfer gula dari substrat

donor, UDP-GlcNAc, ke protein target. Seperti kebanyakan PTM histone lainnya, modifikasi O-

GlcNAc tampaknya sangat dinamis dengan tingkat pergantian yang tinggi dan, seperti halnya

dengan reaksi ke depan, ada tampaknya hanya enzim tunggal yang mampu menghilangkan gula,

β-N-acetylglucosaminidase (O-GlcNAcase). Sejauh ini, histones H2A, H2B dan H4 telah

terbukti dimodifikasi oleh O-GlcNAc

ADP ribosylation

Histones are known to be mono- and poly-ADP ribosylated on glutamate and arginine residues,

but relatively little is known concerning the function of this modification. What we do know is

that once again the modification is reversible. For example, poly-ADPribosylation of histones is

performed by the poly-ADPribose polymerase (PARP) family of enzymes and reversed by the

poly-ADP-ribose-glycohydrolase family of enzymes. These enzymes function together to control

the levels of poly-ADP ribosylated histones that have been correlated with a relatively relaxed

chromatin state. Presumably, this is a consequence, at least in part, of the negative charge that the

modification confers to the histone. In addition, though, it has been reported that the activation of

PARP-1 leads to elevated levels of core histone acetylation. Moreover, PARP-1-mediated

ribosylation of the H3K4me3 demethylase KDM5B inhibits the demethylase and excludes it

from chromatin, while simultaneously excluding H1, thereby making target promoters more

accessible. Histone mono-ADP-ribosylation is performed by the mono-ADP-ribosyltransferases

and has been detected on all four core histones, as well as on the linker histone H1. Notably,

these modifications significantly increase upon DNA damage implicating the pathway in the

DNA damage response.

Histon dikenal sebagai mono dan poli-ADP ribosilasi pada residu glutamat dan arginin, tetapi

relatif sedikit yang diketahui tentang fungsi modifikasi ini. Yang kami tahu adalah bahwa sekali

lagi modifikasi dapat dibalik. Sebagai contoh, poli-ADPribosilasi histone dilakukan oleh

keluarga poli-ADPribose polimerase (PARP) enzim dan dibalik oleh keluarga poli-ADP-ribosa-

glikohidrolase enzim. Enzim-enzim ini berfungsi bersama-sama untuk mengontrol kadar histone

ribosilasi poli-ADP yang telah dikorelasikan dengan keadaan kromatin yang relatif santai.

Agaknya, ini adalah konsekuensi, setidaknya sebagian, dari muatan negatif yang diberikan

modifikasi kepada histone. Selain itu, telah dilaporkan bahwa aktivasi PARP-1 mengarah pada

peningkatan kadar asetilasi inti histone. Selain itu, ribosilasi yang dimediasi oleh PARP-1 dari

demetilase H3K4me3 KDM5B menghambat demetilase dan mengeluarkannya dari kromatin,

sementara secara bersamaan tidak termasuk H1, sehingga membuat promotor target lebih mudah

diakses. Histone mono-ADP-ribosylation dilakukan oleh mono-ADP-ribosyltransferases dan

telah dideteksi pada keempat histones inti, serta pada histone linker H1. Khususnya, modifikasi

ini meningkat secara signifikan pada kerusakan DNA yang melibatkan jalur dalam respon

kerusakan DNA.
 Sumoylation

Sumoylation is a modification related to ubiquitylation, and involves the covalent attachment of

small ubiquitin-like modifier molecules to histone lysines via the action of E1, E2 and E3

enzymes. Sumoylation has been detected on all four core histones and seems to function by

antagonizing acetylation and ubiquitylation that might otherwise occur on the same lysine side

chain. Consequently, it has mainly been associated with repressive functions, but more work is

clearly needed to elucidate the molecular mechanism(s) through which sumoylation exerts its

effect on chromatin.

Sumoylasi adalah modifikasi yang terkait dengan ubiquitilasi, dan melibatkan perlekatan kovalen

dari molekul pengubah kecil yang mirip ubiquitin ke histone lisin melalui aksi enzim E1, E2, dan

E3. Sumoylation telah terdeteksi pada keempat histones inti dan tampaknya berfungsi dengan

memusuhi asetilasi dan ubiquitylation yang mungkin terjadi pada rantai samping lisin yang

sama. Akibatnya, ini terutama dikaitkan dengan fungsi represif, tetapi lebih banyak pekerjaan

jelas diperlukan untuk menjelaskan mekanisme molekuler (s) di mana sumoylasi memberikan

efeknya pada kromatin.

Histone tail clipping

Perhaps the most radical way to remove histone modifications is to remove the histone N-

terminal tail in which they reside, a process referred to as tail clipping. It was first identified in

Tetrahymena in 1980, where the first six amino acids of H3 are removed. However, it is now

apparent that this type of activity also exists in yeast and mammals (mouse) where the first 21

amino acids of H3 are removed. In yeast, the proteolytic enzyme remains unknown, but the

clipping process has been shown to be involved in regulating transcription . The mouse enzyme
was identified as Cathepsin L, which cleaves the N-terminus of H3 during ES cell

differentiation .

Mungkin cara paling radikal untuk menghilangkan modifikasi histone adalah dengan menghapus

histone N-terminal tail di mana mereka berada, suatu proses yang disebut sebagai kliping ekor.

Ini pertama kali diidentifikasi dalam Tetrahymena pada 1980 , di mana enam asam amino

pertama H3 dihapus. Namun, sekarang jelas bahwa jenis aktivitas ini juga ada di ragi dan

mamalia (tikus) di mana 21 asam amino pertama H3 dihapus . Dalam ragi, enzim proteolitik

tetap tidak diketahui, tetapi proses kliping telah terbukti terlibat dalam mengatur transkripsi .

Enzim tikus diidentifikasi sebagai Cathepsin L, yang memotong N-terminus H3 selama

diferensiasi sel ES .