LIGAN Protein : Heteropolimer yang terdiri dari asam amino terikat

melalui ikatan peptide secara kovalen terbentuk dari

Ligan  : Molekul spesifik yang dapat mengikat reseptor dan
hasil informasi DNA.
menimbulkan efek biologis.
Ligan dapat berupa bukan protein atau protein :
Untuk menjalankan fungsinya protein akan mengikat bahan lain
1. hormon, growth factor, neurotransmitter, feromon
seperti ion dan koenzim yang dikenal sebagai ligan, jadi dibahas
2. stimulus fisik: cahaya, panas, sentuhan
PROTEIN-LIGAN.
3. perubahan konsentrasi metabolit
Fungsi protein ligan umumnya sebagai regulator contohnya
HEMOGLOBIN bukan sebagai katalisator tetapi meregulasi
oksigen.
Fungsi protein ligan itu sendiri :
 
1. Transpor  molekul  Hemoglobin    O2
Myoglobin 

2. Pergerakan Aktin-Miosin Ca2+

Tropomiosin-Troponin 
3. Imunitas Antibodi  Antigen 
Pada gambar di atas, stimulus dari luar sel berupa ligan, kemudian
terjadi ikatan antara ligan dengan reseptor di membran sel. Terus
4. Katalisis Reaksi Enzim Substrat 
ada suatu mekanisme penyampaian pesan yang akan
menyebabkan perubahan ekspresi gen.
5. Reseptor  Protein G Obat Morphine 
Konsepnya sama dengan pengikatan enzim-substrat
Prinsip ikatan protein-ligand • Modifikasi yang sering ditemukan adalah modifikasi berupa
1. Ikatan protein-ligan itu reversibel fosforilasi ( proses masuknya fosfat trivalent ke dalam molekul
2. Ikatan protein-ligan spesifik (strukturnya organik ) pada residu serin, treonin, dan tirosin.
komplementer/couple) • Selain fosforilasi, proses modifikasi lainnya adalah dengan cara
3. Protein itu fleksibel: Bisa merubah konformasi/ kesesuaian penambahan gugus karbohidrat yang dikenal sebagai
(Induced-Fit oleh ligan) glikosilasi pada residu serin, treonin, dan asparagine.
Seperti enzim dengan induced-fit model • Interaksi protein‐ligan dapat dituliskan melalui persamaan reaksi
berikut:
4. P+L ⇄ PL -> efek biologis
P : Protein
L : Ligan
PL : Kompleks Protein-Ligan (Holoprotein)
Kompleks PL bersifat REVERSIBEL, jika tidak dibutuhkan lagi
Provokator: Propagasi/menstimulus perubahan konformasi maka akan lepas.
protein yang lain • Persamaan tersebut memiliki tetapan keseimbangan
5. Interaksi protein-ligan bisa diatur tertentu, dan reaksi ini tunduk pada hukum kegiatan massa.
• Hukum kegiatan massa
• Protein yang mengikat ligan disebut sebagai apoprotein.
Dalam suatu sistem yang seimbang, tetapan keseimbangan khas
• Kompleks interaksi antara protein dan ligan disebut sebagai
bagi tiap sistem dan nilainya adalah hasil kali konsentrasi produk
holoprotein.
yang masing‐masing dipangkatkan dengan koefisien, dibagi
• Setelah protein selesai di translasi, maka ada beberapa protein
dengan hasil kali konsentrasi reaktan yang masing‐masing
yang akan mengalami modifikasi, hal tersebut disebut sebagai
dipangkatkan dengan koefisien.
modifikasi pascatranslasi.
mA + nB ⇄ oC + pD
Produk :A+B  NONCOOPERATIVE
Koefisien Produk : m dan n
Kompleks protein-ligan dengan kondisi yang sesuai tetapi
Reaktan :C+D
binding site tidak dapat berkomunikasi dengan yang lain,
Koefisien Reaktan : o dan p
TIDAK ADA REAKSI. Kenapa ? kemungkinan terjadi
mutasi ! atau terjadi ikatan bukan protein-ligan tetapi
dengan yang lain yang memiliki gugus yang sama (analog),
sehingga tidak terjadi reaksi.
Keq =

• Sistem tersebut memiliki kejenuhan. Dimana laju reaksi tidak
akan meningkat meskipun substrat ditambahkan, karena semua
sisi aktif enzim telah mengikat substrat.
• Dengan persamaan berikut, P+L ⇄ PL, maka dapat ditentukan:
1. Afinitas P&L
Afinitas : Kemampuan ligan mengikat reseptor.
Semakin besar, semakin mudah berikatan dengan reseptor.
2. Bilangan pergantian (turnover number)
• Contoh interaksi protein‐ligan antara lain ialah:
a. Hemoglobin
• Hemoglobin dan mioglobin adalah protein yang berfungsi
untuk mengangkut oksigen di dalam tubuh. Mioglobin
mengikat oksigen di dalam sel otot sehingga oksigen akan selalu
tersedia untuk metabolisme sel‐sel otot. Hem berfungsi sebagai
gugus prostetiknya.

Ikatan Protein-Ligan

 COOPERATIVE

Jadi setelah terbentuk kompleks protein-ligan akan

mengaktifkan protein lain kemudian mengaktifkan protein
yang lain lagi, seterusnya dan seterusnya.
Hem terdiri dari sebuah cincin porfirin hidrofobik yang berikatan Substitusi pada rantai asam amino pada struktur
dengan besi kemudian berikatan dengan kantong hidrofobik pada hemoglobin dapat berakibat serius, contohnya adalah penyakit
protein yang mengandung 2 residu histidin. anemia sel sabit yang terjadi karena adanya substitusi valin
dengan glutamate.

Hemoglobin mengandung 4 subunit, yaitu 2 subunit α dan 2

subunit β.
Rantai α memiliki 141 residu asam amino.
Rantai β memiliki 146 residu asam amino.
Kerja hemoglobin tergantung pada tekanan O2. Karakteristik
Hb :
Hb S (Sickel cell)
1. Ditemukan di dalam eritrosit sekitar 34% dari berat
Positive site : resisten terhadap malaria.
2. Struktur tetramer α2β2
3. Struktur subunitnya mirip myoglobin
4. Sensitive terhadap perubahan O2 karena struktur
kuartenernya.
5. Afinitas terhadap O2 lebih rendah dari myoglobin.
Sickle cell anemia normal
Bentuk eritrosit yang cekung itu mempengaruhi terhadap Hemoglobin (Hb) akan mengikat O2 di paru‐paru dimana
pengikatan O2 . tekanannya tinggi dan akan melepasnya ke tempat yang
tekanannya rendah, yaitu di dalam sel dan jaringan tubuh.
• Pada tekanan O2 yang tinggi
Menyebabkan terjadinya afinitas rendah sehingga hemoglobin • Perbedaan antara mioglobin dan Hb, terletak pada
dan mioglobin akan mengalami kejenuhan. struktur keduanya.
 Pada tekanan O2 yang rendah O2 berikatan dengan rantai polipeptida tunggal dari mioglobin,
Menyebabkan afinitas tinggi supaya mengikat O2 lebih banyak. sedangkan O2 dapat berikatan dengan keempat subunit dari Hb.
Mioglobin akan mengandung oksigen lebih banyak daripada Hb dapat berada dalam keadaan “tegang” (T) dan dalam keadaan
hemoglobin. “rileks” (R). O2 akan mudah terikat pada Hb jika dalam keadaan
Oleh karena itu hemoglobin berfungsi sebagai pengangkut R.
oksigen yang efektif.
Why? Because myoglobin is insensitive to small change in
[O2] (pO2) when pO2 is larger than certain value, myoglobin T state tidak ada His HC3 yang berfungsi untuk mengikat Hem. R
with its high affinity for O2 is good for storage, but not good for state ada His HC3 ditengah untuk mengikat Hem.
transport. Apabila oksigen dalam darah rendah, maka oksigen harus
Jadi myoglobin .. meningkat cukup banyak agar Hb dapat mengikat oksigen
1. Dia tidak sensitif terhadap perubahan O2 pertama. Namun, apabila beberapa oksigen telah terikat, hanya
2. Jadi, saat tekanan parsial O2 lebih besar dari angka diperlukan peningkatan sedikit tekanan oksigen agar persen
standarnya, perubahan konsentrasi O2 yang sedikit belum saturasi hemoglobin oleh oksigen meningkat. Hasilnya adalah kurva
bisa membuat ikatan O2-myoglobin lepas. saturasi oksigen yang berbentuk sigmoid.
3. Makanya, dia bagus untuk menyimpan O2 tapi tidak bagus
untuk transpor. Karena nantinya bisa mengikat tapi tidak
bisa melepas.
 Imunoglobulin (Ig) terdiri atas 2 rantai, yaitu rantai ringan
dan rantai berat yang diikatkan oleh ikatan disulfida.
• Ig yang paling banyak di dalam tubuh manusia adalah IgG
yang juga dikenal sebagai globulin ɣ yang terdiri dari 220 asam
amino pada rantai ringan dan 440 asam amino pada rantai
berat.

c. Kolagen
• Merupakan protein fibrosa sebagai komponen utama
Adapun bahan yang mempengaruhi pengikatan oksigen
jaringan ikat dan merupakan protein yang jumlahnya paling
antara lain ialah 2,3-bifosfogliserat berfungsi untuk
banyak di dalam tubuh mamalia. Kolagen dapat dijumpai di
menurunkan afinitas Hb terhadap oksigen, sehingga
tulang, tendon, kulit, pembuluh darah, dan kornea mata. Kolagen
oksigen akan mudah dilepaskan kedalam jaringan tubuh.
mengandung sekitar 33% glisin dan 21% prolin.
• Jika Hb mengikat proton, maka proton juga akan
• Tropokolagen adalah protein yang mengalami modifikasi
menurunkan afinitas Hb, sehingga menimbulkan fenomena
pascatranslasi ekstensif dan merupakan prekusor bagi kolagen.
yang dikenal sebagai efek Bohr. Ketika darah masuk ke
dalam jaringan, maka pH darah akan menurun dan
d. Insulin
konsentrasi proton akan meningkat karena adanya peranan
• Berfungsi untuk mengubah glukosa menjadi glikogen.
CO2.
Terdiri dari 2 rantai polipeptida, yaitu rantai A yang
mengandung 21 asam amino dan rantai B yang mengandung 30
b. Imunoglobulin
asam amino yang keduanya disatukan oleh 2 ikatan disulfida.
• Imunoglobulin berfungsi mengikat antigen asing yang
masuk ke dalam tubuh.
e. Heksokinasi
Berfungsi untuk fosforilasi glukosa dan membentuk keseimbangan nitrogennya adalah keseimbangan negatif dan
glukosa‐6‐ fosfat. Terdapat 2 konformasi molekul berbeda, aktivitas fisiknya akan terganggu dan bila dibiarkan terus
yaitu struktur terbuka dan struktur tertutup. Ketika mengikat menerus, massa otot‐otot rangkanya akan berkurang.
glukosa maka struktur enzim berubah dari struktur terbuka menjadi
struktur tertutup. Kegunaan

1. Afinitas sangat penting untuk :

Turnover Protein
 Konsep turnover protein membandingkan antara sintesis protein
dengan degradasi protein.
 Sumber utama terjadinya degradasi protein adalah asam amino,
namun asam amino tersebut nantinya akan digunakan untuk
sintesis asam amino yang baru. Namun tidak semua asam amino
hasil degradasi akan digunakan untuk sintesis asam amino
kembali, ada sebagaian asam amino yang akan dirombak dan
nitrogennya dikeluarkan dari dalam tubuh melalui urin.
 Pada masa pertumbuhan, sintesis protein lebih sering terjadi
daripada degradasinya. Turnover protein berhubungan dengan
keseimbangan nitrogen.
 Mengetahui peran enzim dan proses metabolisme
 Pemilihan obat
 Mamahami keracunan dan pengobatannya
 Marancang obat untuk inhibit kerja enzim dalam rangkaian
metabolisme / protein dalam jalur transduksi sinyal.
2. Turnover number :
 Memahami peran fisiologis suatu enzim / protein
 Memahami proses amplifikasi sinyal dalam kaskade.

 Pada orang yang proses sintesis proteinnya lebih banyak

daripada proses degradasinya maka orang tersebut memiliki
keseimbangan nitrogen positif sehingga ia dapat melakukan
aktivitas fisik dengan baik. Namun pada orang yang sintesis
proteinnya lebih sedikit daripada proses degradasinya, maka