Transkripsi dan Pembuatan RNA Pada Eukariotik

Transkripsi adalah proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Pada
organisme eukariotik proses ini terjadi pada inti sel/nukleus. Sedangkan pada
organisme prokariotik berada di sitoplasma karena tidak memiliki inti sel (tepatnya
pada kromosom)1. Dalam proses transkripsi, RNA disintesis menggunakan DNA
sebagai cetakan. Maka penyalinan DNA ke RNA belum mampu menerangkan bahwa
informasi genetik dalam bentuk DNA telah diekspresikan. Jauh sebelum DNA
diidentifikasi sebagai pembawa informasi genetik, telah diketahui bahwa protein
dalam bentuk enzim merupakan mesin-mesin sel yang terlibat dalam berbagai reaksi
biokemis. Pada eukariot RNA disisntesis pada nukleus dan Banyak RNAs hraus
ditransport menuju sitoplasma untuk melakukan trasnslasi pada ribosom. Lima
macam RNA polimerase terdapat pada eukariot dan juga terdapat beberapa enzim
katalis untuk proses transkripsi. Terdapat 3 poin penting mdifikasi untuk transportasi
menuju sitoplasma untuk proses translasi. Pertama adalah 7-Metil guanosin
ditambahkan pada 5’ dari transkripsi primer, kedua Poly(A) tails ditambahkan pada
3’ pada transkripsi akhir dan terkahir intron sekuen spliced out from transkripsi.
Pada eukariot populasi transkripsi pertama pada nukleus disebut
heterogeneous nuclear RNA (hnRNA) karena banyak variasi ukuran dari RNA
molekul. Pada eukariot terdapat tiga RNA polimerase I, II, III. RNA polimerase I
terdapat pada nukleolus mengkatalis sisntesis semua dari ribosomal rRNA kecuali 5S
rRNA. RNA polimerase II mentranskrip nuclear gen dan menerjemahkan protein
( prouksi nuklear pre- mRNAs). RNA polimerase III mengkatalis sistesis dari
molekul transfer RNA, 5S rRNA, dan small nuclear RNAs. Dan sekarang sudah
teridentifikasi terdapat RNA polimerasi IV dan V. RNA polimerase IV dan V
berperan penting dalam pergatian perputaran transkripsi dari gen dengan
memodifikasi struktur kromosom. Proses ini disebut dengan chromatin remodeling.
chromatin remodeling terjadi ketika histon tail pada nukleosom secara kimia
termodifikasi dan protein berinterkasi dengan modifikasi ini, kemudian membuat
kromatin terkondensasi. RNA polimerase IV mensintesis transkrip kejadian tadi dan
memprosesnya menjadi short RNA atau biasa disebut small interfering RNAs
(siRNAs) yang berfungsi penting dalam sebagai regulator untuk ekspresi gen. RNA
polimerase V mensistesis subset dari siRNAs dan antisense transkrip gen di
kendalikan oleh siRNAs.
Proses transkripsi dapat dibagi ke dalam beberapa tahapan: (1) Tahapan
pengakuan cetakan (template recognition), (2) Tahapan pengawalan (initiation), (3)
Tahapan pemanjangan (elongation), dan (4) Tahapan pengakhiran (termination).
1. Tahapan pengakuan cetakan, RNA polimerase membentuk kompleks dengan
rantai ganda DNA, ikatan hidrogen dilelehkan, dan menciptakan gelembung
transkripsi. Daerah yang dibutuhkan oleh RNA polimerase membentuk
kompleks dengan rantai ganda DNA disebut promotor.
2. Tahapan pengawalan mendeskripsikan pembentukan ikatan nukleotida
pertama dalam RNA. Enzim RNA polimerase tetap berada di daerah promotor
sambil mensintesis ~9 nukleotida pertama. Namun demikian, pembentukan
nukleotida pendek ini terkadang mengalami keguguran (abortion), yaitu:
enzim mensintesis transkrip kurang dari 9 basa, melepaskannya kembali, dan
memulai kembali mensintesis RNA baru. Tahapan pengawalan berakhir
apabila enzim mampu mensintesis rantai RNA baru melewati batas panjang
ini.
3. Tahapan pemanjangan adalah selang selama enzim bergerak sepanjang DNA
cetakan dan memperpanjang rantai RNA. Sambil ia bergerak, ia membuka
rantai ganda DNA dan menyingkapkan sandi rantai tunggal DNA dengan
nukleotida-nukleotida yang datang menyerang ujung 3′ dari rantai RNA yang
sedang mengalami pemanjangan, membentuk molekul hibrida RNA-DNA di
daerah yang dibuka gulungannya. Persis dibelakang gulungan DNA yang
terbuka ini, rantai tunggal DNA berpasangan kembali membentuk rantai
ganda dengan pasangan aslinya. RNA kemudian muncul sebagai rantaitunggal
yang bebas, yang ujung pemanjangannya masih terkait dengan
kompleksDNA-RNA-enzim.
4. Tahapan pengakhiran melibatkan pengakuan titik dimana tidak ada lagi basa
yang ditambahkan ke dalam rantai. Untuk mengakhiri transkripsi,
 pembentukan ikatan fosfodiester harus dihentikan, dan kompleks transkripsi
harus dibubarkan. Sewaktu nukleotida terakhir ditambahkan akan diikuti oleh
runtuhnya gelembung transkripsi, dan dilepaskannya hibrida RNA-DNA.
DNA kembali ke keadaan rantai ganda, RNA dan enzim dibebaskan. Urutan
basa nukleotida dalam DNA yang digunakan agar terjadinya pengakhiran
transkripsi disebut terminator. Berbeda halnya dari organisasi gen pada
prokaryot yang pada umumnya bersifat polisistronik, gen-gen pada jasad
eukaryot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi.
Pada jasad eukaryot tidak dikenal adanya sistem operon karena satu gen
struktural dikendalikan oleh satu promoter. Gen-gen eukaryot tersebar pada beberapa
kromosom. Banyak gen eukaryot yang bagian strukturalnya berselang-seling antara
sekuens yang mengkode satu uratan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak
mengkode uratan spesifik (intron). Tidak seperti pada prokaryot, pada jasad eukaryot
terdapat tiga macam RNA polymerase yang bertanggung jawab di dalam proses
transkripsi tiga kelas gen. Pada eukaryot dapat dibedakan tiga kelas gen, yaitu: (1)
gen kelas I (ditranskripsi oleh RNA polimerase I), meliputi gen-gen yang mengkode
18S rRNA dan 28S rRNA, dan 5,8S rRNA, (2) gen kelas II (ditranskripsi oleh RNA
polimerase II), meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa RNA
berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus, dan (3) gen kelas III (ditranskripsi
oleh RNA polimerase kelas III), meliputi gen-gen yang mengkoede tRNA, 5S rRNA,
dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam nukleus. Perbedaan kelas gen tersebut
mempunyai implikasi dalam hal struktural gen.

5 RNA Polimerase/5 Pasang Gen

3 enzim yang diperlukan yaitu RNA polymerase I, II dan III, enzim ini sering muncul
di eukariotik. Ketiga enzim ini sangat kompleks dengan 10 atau lebih sub unit. RNA
polymerase I terletak di nucleolus. RNA polymerase I mensintesis dan bersinergi
dengan ribosom RNA. Polimerase II mentranskripsi gen nuclear. RNA III membantu
pembentukan molekul transfer RNA. RNA polymerase IV dan V memainkan peran
penting dalam mengehentikan proses transkripsi dari gen dengan memodifikasi
struktur kromosom.

Salah satu mekanisme aksi melibatkan interaksi dengan protein lain untuk
memodifikasi (memadatkan atau mengendurkan) kromatin struktur. RNA polimerase
V mensintesis subset si RNA dan noncoding (antisense) transkrip gen yang diatur
oleh siRNA. Meskipun rincian pro-cess masih dikerjakan, nampaknya siRNA
berinteraksi dengan ini transkrip nonkode dan protein terkait nukleosom — beberapa
dikarakterisasi dengan baik, lainnya tidak diketahui — untuk memadatkan kromatin
menjadi struktur yang tidak dapat ditranskripsikan.

Inisiasi Rantai RNA

Pada eukariot protein disebut faktor transkripsi karena digunakan mediasi
untuk pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. Diingat pada paragaraf
diatas kromosom eukariot membentuk kompleks dengan histon dan protein lain
sebagai kromatin. Setelah faktor transkripsi melekat pada promotor RNA polimerase
II dapat berikatan dengan faktor transkripsi. Gabungan kedua ini disebut kompleks
inisiasi transkripsi. Elemen tadi yang berada didekat posisi start dalam transkripsi
disebut dengan TATA Box. TATA box membaca sekuen TATAAAA dan
meletakkan pada posisi tengah-30. TATA box memainkan peran penting dalam
memposisikan penempatan titik awal. Banyak macam dari faktor trakripsi yatu TFIID
(Trnskription factor D plimerase II,dimana D adalah faktor individual). Masih ada
banyak lagi macamnya antaralain adalah TFIIB, TFIIA yang berperan dalam proses
ini.

Pemanjangan Rantai RNA dan Penambahan 5’ metil guanosin

Ketika RNA polimerase II bergerak, enzim ini terus membuka puntiran heliks
ganda, mengekspos sekitar 10 sampai 20 basa DNA dalam satu waktu pemasngan
dengan RNA. Kemudian penambahkan nukleotida 7-methyl guanosine (7-MG) caps
ke ujung 5’ RNA yang sedang tumbuh sambil terus menyusuru heliks ganda. Setelah
gelombang sintesis maka molekul RNA baru akan melepaskan diri dari cetakan
DNA-nya. Pengelompokan banyak molekul polimerase yang mentrasnkripsikan suatu
gen secara bersamaan akan meningkatkan jumlah mRNA yang ditanskripsi.

Terminasi dari Celah Rantai dan Pertambahan 3’ Poly(A) Tail

 RNA polimerase II mentrankripsikan sekuens pada DNA yang disebut sinyal
sekuens poliadenilasi yangmengkode sinyal pliadenilasi (AAUAAA) pada pre-
mRNA. Kemudian pada suatu titik dimana nukleotida mengarah ke hilir dari sinyal
AAUAAA, protein berasosiasi dengan transkrip RNA yang sedang tumbuh
memotong bagian itu hingga terlepas dari polimerase dan pre-mRNA pun terlepas.
Akan tetapi polimerase akan terus mentranskripsikan ratusan nukleotida setelah pre-
mRNA terlepas.
Pembentukan ekor poli (A) pada transkrip membutuhkan kekhususan
komponen yang mengenali dan mengikat urutan AAUAAA, a faktor stimulasi yang
mengikat urutan kaya GU, endonuklease, dan poli (A) polimerase. Protein ini
membentuk kompleks multimerik yang menjalankan keduanya pembelahan dan
poladenilasi dalam reaksi yang sangat erat. Ekor poli (A) mRNA eukariotik
meningkatkan stabilitasnya dan memainkan peran penting dalam mRNA tersebut
transportasi dari inti ke sitoplasma. Berbeda dengan RNA polimerase II, RNA
polimerase I dan III merespons sinyal terminasi diskrit. RNA polimerase I
menghentikan transkripsi sebagai tanggapan ke urutan sepanjang 18 nukleotida yang
dikenali oleh terminator terkait protein. RNA polimerase III merespons sinyal
terminasi yang mirip dengan terminator rho-independen di E. coli

Pengaturan RNA: Pengalihan Kandungan Informasi Molekul mRNA

 Menurut dogma utama biologi molekuler, informasi genetik mengalir dari
DNA menjadi RNA menjadi protein selama ekspresi gen. Biasanya, informasi
genetik tidak diubah di perantara mRNA. Namun, penemuan pengeditan RNA telah
menunjukkan bahwa pengecualian memang terjadi. Proses pengeditan RNA
mengubah konten informasi transkrip gen dalam dua cara: (1) dengan mengubah
struktur basis individu dan (2) dengan memasukkan atau menghapus residu
monofosfat uridin.
Jenis pengeditan RNA pertama, yang menghasilkan substitusi satu basis untuk
pangkalan lain, jarang. Jenis pengeditan ini ditemukan dalam studi apolipoprotein-B
(apo-B) gen dan mRNA pada kelinci dan manusia. Apolipoprotein adalah protein
darah yang mengangkut jenis molekul lemak tertentu dalam sistem peredaran darah.
Di hati, mRNA apo-B menyandi protein besar sepanjang 4563 asam amino. Di usus,
itu mRNA apo-B mengarahkan sintesis protein yang hanya sepanjang 2.153 asam
amino. Di sini, C residu di pra-mRNA diubah menjadi U, menghasilkan terjemahan
UAA internal– kodon terminasi, yang menghasilkan apolipoprotein terpotong
(Gambar 11.18). UAA adalah salah satu dari tiga kodon yang mengakhiri rantai
polipeptida selama translasi. Jika kodon UAA diproduksi di dalam wilayah
pengkodean mRNA, itu akan terjadi sebelum waktunya menghentikan polipeptida
selama penerjemahan, menghasilkan produk gen yang tidak lengkap. Konversi C →
U dikatalisis oleh protein pengikat RNA spesifik-urutan dengan suatu aktivitas yang
menghilangkan gugus amino dari residu sitosin. Contoh serupa dari Pengeditan RNA
telah didokumentasikan untuk mRNA yang menentukan protein (glutamat reseptor)
hadir dalam sel otak tikus. Pengeditan mRNA yang lebih ekstensif untuk tipe C → U
terjadi di mitokondria tumbuhan, tempat sebagian besar transkrip gen diedit beberapa
derajat. Mitokondria memiliki genom DNA dan sintesis proteinnya sendiri.

Pertanyaan: Mochammad Abdul Hafidh 160342606252

1. Apakah perbedaan transkripsi yang terjadi antara eukariot dan prokariot?
Jawab:
 Transkripsi yang terjadi pada eukariot dan prokariot memiiki ciri yang sama,
perbedaannya terletak pada detailnya. Hal ini membuat para peneliti
menggunakan RNA polymerase E. coli untuk mempelajari perbedaan
transkripsi yang terjadi antara eukariot dan prokariot.

2. Mengapa pada trankripsi hanya terjadi dari ujung 5’ ke 3’?

Jawab:
Transkripsi terjadi dari dari ujung 5’ ke 3’ secara berturut-turut dalam molekul
mRNA. Sintesis DNA secara terminologi selalu terjadi dari arah 5’ ke 3’.
Transkripsi urutan DNA cocok dengan segmen 5’ dan 3’ sehingga
transkripsinya secrara spesifik relatif terjadi pada poin ini.