KONJUGASI PADA BAKTERI DAN REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

RESUME
Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika II yang Dibimbing Oleh
Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd dan bapak Deny Setiawan, M.Pd

Oleh:
Kelompok 1/Off B
S1 Pendidikan Biologi
Dinda Ratu Ragil Ayu 170341615049
Mia Agustina 170341615034
Mochammad Abdul Hafidh 160342606252

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PRODI PENDIDIKAN BIOLOGI
Oktober 2019
Topik 1: 1) BAB 13: Konjugasi sebagai bentuk rekombinasi pada bakteri

Konjugasi Pada Bakteri

Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui
kontak sel langsung antara suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien. Sel bakteri
donor dipandang sebagai yang berkelamin jantan, sedangkan sel resipien dipandang sebagai yang
berkelamin betina. Lederberg dan Tatum mempelajari dua strain E. coli yang berbeda kebutuhan
nutrisinya, yaitu strain A dan B. strain A bergenotif met bio thr + leu + thi+ sedangkan strain B
bergenotip met + bio + thr leu thi. Strain yang memiliki genetic wild – type tidak membutuhkan
tambahan nutrisi terkait dalam medium pertumbuhan. Strain yang membutuhkan tambahan
nutrisi dalam medium pertumbuhan agar dapat hidup disebut auxotroph. Di lain pihak suatu
strain yang tergolong wild- type untuk seluruh gen yang bersangkutan dengan kebutuhan nutrisi
disebut prototroph. Jelaslah bahwa suatu bakteri prototroph mampu hidup dalam medium
minimal.
Sebagai control kedua strain ditumbuhkan pada medium minimal secara terpisah pada
medium minimal. Sebaliknya pada medium tempat kultur campuran A dan B, ternyata beberapa
koloni dapat tumbuh.kenyataan itu membuktikan bahwa koloniitu mampu mensisntesi sendiri
nutrisi tertentu yang kurang atau bahkan tidak tersedia dalam medium minimal.Bahwa pada
perlakuan campuran strain A dan B yang ditumbuhkan bersama pada medium minimal, beberapa
koloni terbukti dapat tumbuh, hal itu diartikan sebagai akibat suatu pertukaran genetic yang
bukan tergolong mutasi. Dalam hal ini memang sangat mustahil bahwa suatu sel mengandung
dua atau tiga gen mutan telah sempat mengalami mutasi secara serempak pada dua atau tiga
tapak gen tersebut.pertukaran genetic yang terjadi dinyatakan sebagai sel auxotroph berubah
menjadi prototroph. Pada percobaan tersebut laju perubahan sel auxotroph menjadi sel
prototroph sebenarnya sangat rendah, yaitu satu di dalam 10 juta atau 1/10, bahwa reaksi tersebut
disebabkan oleh konjugasi hal ini terbukti dari percobaan dengan strain A dan B yang diletakkan
dalam medium cair terpisah oleh suatu filter berpori sangat halus yang tidak dapat dilewati oleh
sel bakteri, namun filter dapat dilewati oleh medium cair tersebut, pada medium minimal tak ada
satu bakteripun yang tumbuh. Ini membuktikan bahwa tidak prototrofik yang terbentuk, dan
disimpulkan bahwa kontak antar sel memang dibutuhkan agar terjadi suatu perubahan genetic
yang bukan terjadi karena suatu bahan yang disekresikan oleh sel – sel bakteri sebelumnya. Dan
disimpulkan bahwa E.coli mempunyai suatu tipe sistem perkawinan yang disebut konjugasi yang
memungkinkan transfer materi genetic antar bakteri. Konjugasi inilah sebenarnya yang
menyebabkan terjadinya rekombinasi, seperti pada percobaan tersebut.
Pada konjugasi terjadi transfer DNA dari suatu sel donor ke sebuah sel resipient
melewati suatu penghubungan antar sel khusus, yang disebut tabung konjugasi. Dalam hal ini
tabung konjugasi itu memang terbentuk antar sel –sel bakteri. Sel bakteri berkemampuan
menjadi donor selama proses konjugasi, memiliki karakteristik pembeda berupa adanya jaluran
tambahan (khusus) serupa rambut di permukaan sel yang disebut sebagai f pili. Medium-medium
khusus yang digunakan lebih lanjut adalah yang mengandung sodium azida, fag T1, laktose dan
galaktose. Hasil pengujian yang menggunakan medium-medium khusus lain itu menunjukkan
bahwa sekitar 9 menit setelah percampuran sel-sel Hfr H dan F-, gen azir ditransfer ke sel
resipien. Gen tonr ditransfer ke sel resipien sekitar 10 menit setelah pencampuran sel-sel Hfr H
dan F-; gen lac+ dan gal+ masing-masing ditransfer sekitar 17 menit dan 25 menit setelah
pencampuran.
Pada menit-menit berikut setelah bukti pentransferan pertama terdeteksi, memang terjadi
peningkatan frekuensi (persentase) rekombinan yang terkait dengan tiap penanda atas dasar
seluruh rekombinan yang terdeteksi. Sebagai contoh misalnya pada 10 menit pertama frekuensi
rekombinan azir (yang merupakan bukti transfer penanda azir) adalah sekitar 10%; sedangkan
pada waktu 5 menit berikutnya (15 menit pertama), frekuensi itu sudah mencapai sekitar 70%.
Pengkajian lebih lanjut terhadap konjugasi terputus yang menggunakan strain-strain induk Hfr
maupun F- yang lain, memperlihatkan urut-urutan transfer yang serupa, sekalipun tiap strain Hfr
memulai transfer dari tapak yang berlainan. Diketahui pula bahwa factor F dapat berintegrasi
diberbagai tapak pada kromosom sirkuler E. coli. Dalam hal ini tapak integrasi menentukan asal-
usul karakter transfer suatu strain Hfr. Orientasi integrasi factor F menentukan apakah urutan
penanda kromosom yang ditransfer itu searah atau berlawanan dengan arah jarum jam dalam
hubungannya dengan peta kromosom E. coli. Tapak-tapak integrasi faktor F serta arah transfer
kromosom pada konjugasi beberapa strain Hfr ditunjukkan pada lingkaran dalam.

Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Hasil Percobaan Konjugasi Terputus

Data tentang transfer gen-gen penanda pada percobaan konjugasi terputus seperti yang
telah dikemukakan memperlihatkan bahwa transfer kromosom Hfr ke dalam sel F- berlangsung
dalam pola linear. Transfer sebuah kromosom lengkap dari suatu sel Hfr ke satu sel F-
berlangsung dalam waktu 90-100 menit, tergantung kepada macam strain yang digunakan
sebagai strain Hfr maupun F-. Data percobaan konjugasi terputus memang menunjukkan bahwa
transfer kromosom tampaknya berlangsung dalam laju yang konstan. Suatu jarak peta seukuran
satu menit berhubungan dengan panjang segmen kromosom yang ditransfer dalam satu menit
selama konjugasi. Standar peta kromosom E. coli terbagi dalam interval-interval menit dari 0
(secara arbitrer ditetapkan pada gen thr A) hingga ke 100 menit (atas dasar hasil percobaan
konjugasi terputus). Satuan menit pada pemetaan bakteri ekivalen dengan “unit peta” (map unit)
di kalangan makhluk hidup eukariotik.
Pada saat melakukan berbagai percobaan konjugasi terputus lain yang menggunakan
strain-strain induk Hfr maupun F- yang lain, Wollman dan Jacob memperoleh hasil yang serupa,
sebagaimana yang telah dikemukakan secara umum sebelumnya. Namun demikian ditemukan
satu perbedaan penting. Wollman mengajukan postulat bahwa data yang terungkap, disebabkan
oleh wujud kromosom E. coli yang bersifat sirkuler. Dalam hubungan ini dinyatakan bahwa jika
awal O berbeda-beda antar strain, maka urutan gen yang akan ditransfer berbeda-beda pula,
tetapi apa yang menentukan O. Diduga bahwa pada berbagai strain Hfr faktor F berintegrasi ke
dalam kromosom pada titik-titik yang berbeda, dan posisi titik itu menentukan tapak O. Pada
tahap 1 ditunjukkan satu contoh integrasi faktor F ke dalam kromosom inang sehingga
menyebabkan sel F+ berubah menjadi sel Hfr. Selama konjugasi antara sel Hfr dan sel F-, posisi
faktor F menentukan titik awal transfer (tahap 2 dan 3). Gen-gen yang letaknya dekat dengan
tapak O pertama kali ditansfer, dan faktor F ditransfer paling akhir (tahap 4); jarang terjadi
konjugasi berlangsung dalam waktu cukup lama sehingga seluruh kromosom ditransfer (tahap 5).
Inilah alasannya bahwa setiap kali sel Hfr berkonjugasi dengan sel F-, sel resipien tetap tergolong
sel F-.

Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Percobaan Konjugasi yang Tidak Terputus
Sebenarnya percobaan konjugasi yang tidak terputus, dapat juga digunakan untuk
melakukan pemetaan kromosom E. coli. Jika pada percobaan sebelumnya, proses konjugasi
diupayakan terputus-putus, pada percobaan ini konjugasi dibiarkan berlangsung selama 1-2 jam
tanpa terputus. Pada kenyataannya frekuensi tiap penanda rekombinan lain (azir tonr lac+ gal+),
identik dengan gambaran frekuensi penanda-penanda itu, yang terungkap pada percobaan
konjugasi terputus. Frekuensi penanda-penanda rekombinan lain (azir tonr lac+ gal+) masing-
masing adalah 90%, 80%, 40% dan 25%. Pertama, putusnya tabung konjugasi maupun
kromosom per satuan waktu mempunyai peluang yang hampir tetap; dan kedua, tiap dua
penanda donor diintegrasikan ke dalam kromosom resipien melalui sepasang kejadian
rekombinasi mempunyai peluang yang rendah, karena integrasi suatu fragmen donor ke dalam
sebuah kromosom resipien selalu membutuhkan dua kejadian rekombinasi.

Topik 2: 1) BAB 14: Proses rekombinasi pada fag bakteri

Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri

Rekombinasi intergenik adalah rekombinasi yang melibatkan dua lokus (dua strain yang
berbeda) yang mana dua strain mutan dibiarkan menginfeksi satu biakan bakteri yang sama
secara simulan. Contoh percobaan menggunakan sistem E. coli T2. Fag induk yang bergenotip
h+r (rentang inang wild type, lisis cepat) dan hr+(rentang inang lebar, lisis normal). Jumlah fag
yang diintroduksi cukup untuk menginfeksi tiap bakteri. Setelah satu jam, bakteri lisis dan
sampel turunan fag ini dibiakkan pada cawan petri yang mengandung campuran E. coli strain B
dan B/2. Jika pada percobaan tersebut tidak terjadi rekombinasi, maka kedua genotip induk
inilah yang dijumpai pada genotip turunan. Ternyata ditemukan genotip rekombinan hr+ dan hr
disamping genotip-genotip induk. Hasil percobaan ini berupa adanya plak yang ada pada media
cawan petri.
Perhitungan frekuensi (presentase) rekombinan dihitung atas dasar rumus sebagai berikut:
(h+r+) + (hr) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan
Nilai frekuensi rekombinan itu merefleksikan jarak antar gen.
Frekuensi rekombinan yang kecil banyak gen yang terangkai bersama sebagai satu
kelompok, selalu menunjukkan jarak kelompok pautan yang sama sebesar 30%. Hipotesis
Hasley atas percobaan ini yaitu ada tiga kelompok pautan pada fag T2, proses penggabungan
(kombinasi) secara bebas (independent assortment) antara kelompok-kelompok pautan itu
ditandai oleh frekuensi rekombinasi sebesar 30%, dan bukan sebesar 50%. Terungkap bahwa
sekalipun ditemukan berbagai jarak pautan, tidak ada satupun yang melampaui frekuensi 30%.
Tidak hanya terbatas pada fag T2, tetapi juga dilakukan percobaan rekombinasi fag bakteri yang
memanfaatkan infeksi simultan tiga strain yang melibatkan tiga gen yang digunakan untuk
pemetaan gen fag. Tiap strain melibatkan gen h, m, dan r.
Kejadian rekombinasi hanya dapat terjadi karena ada pertukaran genetik antara ketiga
strain, pertukaran genetik itu berlangsung melalui dua alternatif cara:
1. Terjadi dua rekombinasi berurutan dalam sel yang sama; kombinasi yang pertama
berlangsung antara kromosom dua strain, sedangkan rekombinasi kedua berlangsung
antara strain rekombinan yang telah terbentuk dan strain ketiga.
2. Terjadi “perkawinan serempak” antara ketiga kromosom dari ketiga strain pada suatu
waktu yang sama.
Kejadian unik yang menyebabkan terjadinya rekombinasi pada fag ternyata juga
berdampak pada nilai interferensi genetik, yang bersangkut paut dengan perhitungan frekuensi
rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan. Pada kebanyakan makhluk hidup, nilai
interferensi genetik positif yang berarti bahwa peristiwa pindah silang yang terjadi pada daerah
kromosom akan menghambat pindah silang pada daerah kromosom yang ada didekatnya. Pada
banyak persilangan antar fag, interferensi genetik justru malah negatif. Hal itu berarti bahwa
pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan kejadian pindah silang pada
daerah kromosom di dekatnya. Nilai frekuensi rekombinasi ganda lebih tinggi dibandingkan nilai
harapan.
Frekuensi rekombinasi ganda pada fag tampaknya tidak terjadi karena ada peningktan
pertukaran genetik simultan yang riil pada dua interval disebut fenomena low negative
interference. Terdapat fenomena lain yang disebut high negative interference. Pada fenomena ini
frekuensi rekombinasi ganda dapat meningkatkan mencapai nilai yang 30 kali lebih tinggi
daripada frekuensi harapan. Perpasangan dan pertukaran yang terjadi di lingkup suatu daerah
kromosom yang kecil akan meningkatkan peluang pertukaran genetik tambahan di dalam batas
daerah sempit tersebut.

Rekombinasi Intragenik
Rekombinasi intragenik misalnya terjadi pada fag T4 melalui pengamatan dan pengkajian
rinci terhadap lokus rII fag T4 oleh Benzer. Benzer berhasil mengungkap keberadaan
rekombinan-rekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran yang berlangsung
dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan sebelumnya. Peristiwa rekombinasi
semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan terhadap E.coli.
Mutan-mutan rII tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu
strain E.coli yang lain, yaitu K12 (λ) yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-
mutan itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Upaya lain juga dilakukan
Benzer untuk menghitung jumlah total turunan mutan maupun jumlah total rekombinan wild-
type. Dalam hubungan ini Benzer memanfaatkan teknik pengenceran serial, dan dengan teknik
Benzer mampu menentukan mutan rII yang dihasilkan pada E.coli B maupun jumlah total
rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 (λ).
Satu upaya yang juga dilakukan itu adalah uji komplementasi. Uji komplementasi itu
dilakukan karena selama melakukan kontrol terhadap percobaannya terutama disaat E.coli strain
K12 (λ) secara simultan diinfeksi oleh pasangan strain mutan yang berbeda, Benzer menemukan
adanya E.coli yang mengalami lisis. Apabila banyak pasangan mutan diperlakukan pada uji
komplementasi, maka tiap mutan pasti terkelompok ke dalam salah satu dari dua kelompok
komplementasi, yang disebut sebagai A dan B. Pasangan-pasangan mutan uji yang melakukan
komplementasi satu sama lain dikelompokkan ke dalam komplementasi yang lain. Tiap
kelompok komplementasi ini disebut sebagai cistron A dan B oleh Benzer. Cistron A dan B pada
lokus rll fag T4, sudah diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan dan cistron A adalah
bagian dari cistron B. Melalui uji komplementasi, 20.000 mutan pada lokus rII dapat dipisahkan
menjadi dua yaitu cistron A dan B dan 307 di antaranya berhasil dipetakan. Hal ini mengungkan
rekombinasi intragenik yang terjadi pada cistron A maupun cistron B
Nilai frekuensi rekombinan (%) itu dipandang setara dengan jarak antara 2 mutan (pada
saat ini  keduanya sama-sama merupakan bagian dari cistron yang sama).
Perhitungan tersebut perlu dikali dua karena tiap peristiwa rekombinan menghasilkan 2 produk
yang resiprok dan hanya satu diantara wild-type yang dideteksi. Sangat banyak percobaan
intragenik yang sama sekali  tidak memunculkan rekombinan wild-type. Hal ini disebabkan oleh
delesi pada mutan di daerah cistron A dan B. Tapak-tapak yang mengalami mutasi disebut titik
panas atau hot spots. Dilain pihak ada pula tapak yang tidak pernah mengalami mutasi (sehingga
tidak memilki mutan). Percobaan Benzer ini berhasil membuktikan suatu gen bukanlah partikel
yang tidakdapat dibagi. Gen merupakan bagian molekul DNA yang tersusun oleh nukleotida-
nukleotida.
PERTANYAAN
1. Apakah rekombinasi intragenik dapat berupa paralel antara alel mutan berbeda dari gen
yang sama ? (Mia Agustina)
Jawab : Dalam studi rekombinasi ketika masing-masing dari dua mutasi merusak fungsi
yang sama, mutan tidak saling melengkapi. Tetapi kadang-kadang ada komplementasi
intragenik atau paralel antara alel mutan berbeda dari gen yang sama, yang menghasilkan
sebagian kecil fenotip normal. Dalam beberapa jamur dan bakteri masing-masing alel
yang secara fungsional terkait spesifik urutan asam amino dari subunit berbeda dari
enzim tunggal. Setiap subunit menjalankan fungsinya sendiri. Asosiasi subunit
menghasilkan struktur sekunder polipeptida; struktur sekunder ini bertanggung jawab
untuk aktivitas enzim. Jadi komplementasi intragenik diamati melalui struktur sekunder
polipeptida, dan bukan struktur primernya yang ditentukan oleh urutan asam amino.
2. Apa hubungannya jika frekuensi rekombinasi pada dua interval kromosom berdekatan
menjadi lebih kecil maka peningkatan interferensi negatif menyolok? (Dinda Ratu)
Jawab : dalam hubungan ini terlihat peperpasangan dan pertukaran yang terjadi di
lingkup suatu daerah kromosom yang kecil akan meningkatkan peluang pertukaran
genetik tambahan di dalam batas daerah sempit tersebut.
3. Mengapa pada eukariot, nilai frekuensi rekombinan dipandang setara dengan jarak antara
dua mutan? (Dinda Ratu)
Jawab : hal itu disebabkan karena tiap peristiwa rekombinan menghasilkan dua produk
yang resiprok, hanya satu di antaranya wild-type yang dideteksi.
4. Bagaimana aplikasi percobaan konjugasi terputus ? (Mochammad Abdul Hafidh)
Jawab: Contoh dari percobaan konjugasi terputus yaitu terjadi pada transfer kromosom
Hfr ke dalam sel F- berlangsung dalam pola linear. Transfer sebuah kromosom lengkap
dari suatu sel Hfr ke satu sel F- berlangsung dalam waktu 90-100 menit, tergantung
kepada macam strain yang digunakan sebagai strain Hfr maupun F-. Data percobaan
konjugasi terputus memang menunjukkan bahwa transfer kromosom tampaknya
berlangsung dalam laju yang konstan. Standar peta kromosom E. coli terbagi dalam
interval-interval menit dari 0 (secara arbitrer ditetapkan pada gen thr A) hingga ke 100
menit (atas dasar hasil percobaan konjugasi terputus). Satuan menit pada pemetaan
bakteri ekivalen dengan “unit peta” (map unit) di kalangan makhluk hidup eukariotik.