Enzim

• Suatu zat bekerja sebagai biokatalis pada organisme hidup,

mengatur kecepatan dimana reaksi kimia diproses dengan cara
menurunkan energi aktivasinya.

• Enzim telah dikenal berabad-abad silam dimana:

- Anselme Payen dan Jean-Franqois Persoz (1833) telah
mendapatkan diastase (amilase) dari ekstrak malt.
- Theodor Schwann berhasil mengektraksi pepsin dari cairan
lambung
- Summer (1926) berhasil mengkristalkan urease.
• Ada 2 karakteristik penting enzim :

1. Enzim tidak berubah masuk ke dalam reaksi

kimia dan bertindak hanya sebagai katalisis.

2. Enzim tidak mengubah keseimbangan yang

konstan pada reaksi kimia tersebut, enzim ini
hanya meningkatkan kecepatan dimana reaksi
mendekati keseimbangan.
 Sifat kimia enzim

Pada umumnya enzim adalah protein, dan tidak

dirusak selama reaksi dan tetap tidak berubah serta
dapat digunakan kembali.

Enzim protein :
Merupakan molekul besar terdiri dari sebuah rantai
asam amino atau lebih, disebut rantai polipeptida.
Rangkaian asam amino menentukan karakteristik
untuk spesifisitas enzim
1. Kelarutan: larut dalam air
2. Berat molekul berkisar dari 10000- beberap ratus ribu.
3.Absorbsi sinar UV. Absorpsi maksimum pada 280 nm
karena mengandung residu a.a. aromatik.
4. Enzim merupakan molekul yang bermuatan. Muatan
pada enzim tergantung pada pH larutan. Pada pH
rendah bermuatan positif dan pada pH tinggi
bermuatan negatif.
5. Enzim mempunyai kapasitas buffer. Enzim adalah
molekul amfoter, dapat berkelakuan sebagai asam
maupun basa.
6. Mempunyai pH [pI] isoelektrik spesifik. Muatan positif
dibawah pI, dan muatan negatif diatas pI.
Beberapa enzim dirujuk sebagai protein sederhana karena hanya
memerlukan struktur protein untuk aktivitas katalitiknya. Enzim
lain merupakan protein terkonjugasi, karena masing-masing
memerlukan suatu komponen non protein (kofaktor), untuk
aktivitasnya.

Enzim yang memerlukan kofaktor logam misalnya, Mg++, Fe++,

atau Zn++, disebut metaloenzim.Enzim lain memiliki biomolekul
organik, koenzim, sebagai kofaktor.

Kompleks yang terdiri dari suatu apoenzim (bagian protein dari

suatu enzim) dan kofaktornya disebut holoenzim.
 Istilah yang perlu diketahui
kofaktor – Komponen kimia tambahan yang diperlukan untuk katalis
- Sering suatu ion logam anorganik (mineral).
Contoh logam sebagai kofaktor :
alkohol dehidrogenase-Zn++
kinase-Mg++
cytochrome-Fe++
cytochrome oksidase-Cu++
- Dapat pula berupa molekul organik yang disebut koenzim
Koenzim : kompleks molekul organik yang diperlukan untuk katalis.
- seringkali suatu vitamin.
Biasanya berfungsi sebagai pembawa intermediate gugus fungsional
dari molekul yang spesifik, contoh :
Piridoksalfosfat - aminotransferase
NAD+ , NADP - dalam transfer H+
Tiamin pirofosfat – Penghilangan CO2
Gugus Prosthetic – bagian non asam amino dari enzim yang
dibutuhkan untuk katalis.
- Seringkali suatu koenzim atau ion logam.
Holoenzim – enzim aktif yang mengkatalisis sempurna, dengan semua
gugus prostetik yang dibutuhkan.
Apoenzim – bagian protein dari holoenzim .
Gugus prostetik tidak ada.
• Bagian enzim tertentu disebut sisi aktif, yang berikatan
dengan substrat, tempat aktif tersebut sebuah lekuk
atau kantong yang terbentuk oleh lipatan protein

• Sebuah molekul enzim yang khusus dapat mengubah

1.000 molekul substrat per detik, kecepatan reaksi
enzimatik meningkat dan konsentrasi substrat naik,
kecepatan yang ditentukan oleh kecepatan sisi aktif
dapat mengubah substrat menjadi produk.
 Tatanama Enzim

• The International Union of Biochemistry (IUB) menetapkan

sebuah sistem enzim dan diklasifikasikan kedalam
6 kelas besar, yang t.a. beberapa Sub kelas dan Sub-sub
kelas, sehingga sebuah enzim ditetapkan menjadi angka
empat digit, digit keempat mengidentifikasi sebuah enzim
spesifik.
Contoh: alkohol dehidrogenase diidentifikasi dalam laporan
ilmiah sebagai alkohol: NAD+ oksidoreduktase, E.C. 1.1.1.1
(EC=Enzyme Commission). Nomor pertama mula-mula
mengacu pada kelas 1 (oksidoreduktase); kedua, dengan
gugusan yang dioksidasi (1=alkohol); ketiga, dengan zat
pengoksidasi (1=koenzim NAD+); dan keempat, reaksi spesifik
(1=alkohol dehidrogenase).
• Suatu enzim akan berinteraksi hanya dengan satu zat atau
kelompok zat yang disebut substrat, untuk mengkatalisis jenis
reaksi tertentu.

• Karena spesifisitas ini, enzim sering diberi nama dengan

menambahkan akhiran “ase” terhadap nama substrat (seperti
pada urease, yang mengkatalisis urea menjadi NH4+ dan HCO3-)

• Namun tidak semua enzim diberi nama seperti itu, suatu sistem
klasifikasi dikembangkan didasarkan pada jenis reaksi katalisis
enzim:
 KLASIFIKASI ENZIM

Enzim diklasifikasi menjadi 6 kelas, yakni:

1. Oksidoreduktase
2. Tranferase
3. Hidrolase
4. Liase
5. Isomerase
6. Ligase
Kelas 1 : Oksidoreduktase
Oksdoreduktase, terkait dalam transfer elektron.

Enzim Oksidoreduktase mengkatalisis reaksi

oksidasi dan reduksi, misalnya alkohol :
oksidoreduktase NAD+ mengkatalisis oksidasi
alkohol menjadi aldehid.

Enzim ini melepaskan 2 buah elektron seperti

2 buah hidrogen dari alkohol untuk menghasilkan
aldehid
 Oksidoreduktase mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi

Satu ikatan Dua ikatan Elektron

pada oksigen pada oksigen tersimpan
 Kelas 2 : Transferase
Transferase, mentransfer suatu gugus dari suatu
senyawa ke senyawa lainnya.
Enzim ini terlibat dalam memindahkan gugus
fungsional antara donor dengan akseptor.
Amino, asil, fosfat, satu karbon dan gugus glikosil
adalah salah satu dari 2 bagian sama besar yang
ditransfer.
1. Aminotransferase (transaminase), mentransfer
gugus amino dari satu asam amino ke akseptor
asam keto, dengan menghasilkan pembentukan
asam amino yang baru dan asam keto yang baru
2. Kinase, enzim yang memfosforilasi yaitu meng-
katalisis pemindahan gugus fosforil dari ATP atau
trifosfat nukleotida lainnya ke alkohol atau
akseptor gugus amino, misalnya glukokinase.

3. Glukosiltransferase, mengkatalisis transfer residu

glikosil yang aktif ke sebuah glikogen primer.
Ikatan esterfosfat didalam disfosfoglukosa uridin
adalah labil, yang menyebabkan glukosa berpin-
dah ke glikogen primer yang sedang berkembang
2. Transferase mengkatalisis reaksi pemindahan gugus.

Gugus amino dipindahkan

 Kelas 3: Hidrolase
Hidrolase, memotong substrat dengan mengambil suatu
molekul air (hidrolisis) Sebagai satu kelas khusus dari
transferase dimana gugus donor tertransfer ke air. Reaksi yang
sama rata melibatkan pemotongan ikatan peptida.
Contoh : hidrolisis pirofosfat menjadi fosfat

Air adalah senyawa

kimia untuk
memecah ikatan
 Kelas 4 : Liase
Enzim Liase, adalah enzim yang menambah atau
menghilangkan unsur air, ammonia atau CO2.

1. Dekarboksilase menghilangkan unsur CO2 dari asam

keto alfa, beta atau asam amino.

2. Dehidratase menghilangkan unsur H2O dalam sebuah

reaksi dehidrasi.
3. Liase mengkatalisis pemecahan substrat

CO2 dihilangkan
 Kelas 5 : Isomerase
Enzim Isomerase bekerja dengan cara memindahkan satu
kelompok didalam suatu molekul untuk membentuk isomer

Enzim dari kelas ini, sangat heterogen dalam mengkatalisis

isomerase beberapa jenis.
Diantaranya cis-trans, keto-enol dan interkonversi (perubahan
bentuk) aldose-ketose.
Isomerase yang mengkatalisis inversi karbon asimetrik terjadi
pada epimerase atau resemase.
D-Ribulosa 5-fosfat D-silulosa 5-fosfat
L-Alanin D-Alanin
Mutase melibatkan transfer intramolekul pada suatu gugus
seperti fosforil.
Contoh Isomerase yang mengkatalisis perubahan
struktural dalam suatu molekul tunggal

Gugus amino dipindahkan letaknya.

 Kelas 6 : Ligase
Enzim Ligase atau Sintetase, menggandakan pemben-
tukan berbagai ikatan kimia sampai pada gangguan
ikatan pirofosfat didalam trifosfat adenosin atau
sebuah nukleotida yang sama.
Enzim Ligase, berarti mengikat, enzim yang termasuk
kelas ini terlibat dalam reaksi sintesis, dimana 2
molekul tergabung dengan pemecahan sebuah ATP.
Contoh kelas Ligase yang mengkatalisis ligasi, atau
penggabungan dari dua substrat.

Dua substrat tergabung bersama

L-Glutamat
 Persamaan Michaelis - Menten
Menurut Michaelis dan Menten, enzim berikatan dengan substrat-
nya membentuk kompleks enzim-substrat (ES) yang kemudian
terurai menjadi enzim dan substrat atau menjadi enzim dan
produk.
k1
k2
E+S k
ES E + P
-1

Kecepatan di mana reaksi parsial model ini terjadi diterangkan

oleh konstante kecepatan k1 , k -1 dan k2. Menurut model ini,
terjadi peningkatan vi bila [S] dinaikkan. Ini disebabkan karena
peningkatan jumlah [ES] yang terbentuk.
Pada Vmax semua enzim terikat pada kompleks [ES]
Dengan menggunakan model ini, Michaelis dan Menten mengem-
bangkan persamaan yang menyatakan kecepatan awal (vi) ,
reaksi dalam kaitannya dengan Vmax , [S], dan konstante
kecepatan k1 , k -1 , dan k2 , sebagai berikut ini:

Vmax . [ S ]
vi =
[S] +(k -1 + k2 )
k1
Bila rasio konstante kecepatan ditetapkan sebagai konstante
Michaelis (Km), k -1 + k2
Km =
k1
Persamaan Michaelis-Menten kemudian dapat ditulis kembali sbb:
Vmax . [ S ]
vi =
[S] + Km
Vmax
Jika [S] = Km , maka vi =
2
Km adalah konsentrasi substrat dimana kecepatan reaksi yang di
katalisis enzim adalah setengah kecepatan maksimal (Gb 1-1).
 V

Gambar 1-1 : Km adalah konsentrasi substrat di mana

kecepatan reaksi setengah kecepatan maksimal
 Bila [S] = 1/10 Km , maka vi = Vmax / 11 dan
Bila [S] = 10 x Km , maka vi = Vmax / 1,1
Jadi, pada konsentrasi substrat kurang lebih dibawah Km
kecepatan reaksi hanya 9 % dari kecepatan maksimal, dan pada
kons. substrat yang besarnya kira-kira diatas Km enzim bekerja
pada kecepatan mendekati Vmax.
Bila kons. substrat meningkat, kecepatan reaksi enzimatik juga
meningkat. Dua enzim yang berbeda nilai Km nya memberi respon
terhadap peningkatan kecepatan yang berbeda.
Heksokinase dalam otak mempunyai Km glukosa = 5x10-5 mol/L.
Glukokinase dalam hati, mempunyai Km glukosa = 2x10-2
mol/L.)
Sementara persamaan Michaelis-Menten menjelaskan suatu
kurva, pers. Reciprocal disusun kembali menjadi pers. Garis lurus.
1 Km 1 1
= x +
vi Vmax [S] Vmax

Pada grafik Lineweaver-Buck, aksis y adalah 1/vi ; dan aksis x

adalah 1/ [S];
Perpotongan dengan x adalah – 1/ Km ; dan kemiringan garis
adalah Km / Vmax , seperti tertera pada gambar dibawah ini.
 = kemiringan

Slope

1 Km
v = V
1
+ .1
max [S] Vmax
Gambar 1-2 : Grafik Lineweaver-Buck
Enzim yang tidak memperlihatkan kinetika Michaelis-Menten

Pada banyak enzim, termasuk enzim alosterik, grafik vi dan [S]

tidak hiperbolik, melainkan sigmoid atau hiperbola datar (Lihat
Gambar 1-3).
Banyak enzim yang menunjukkan sifat kinetika ini adalah
multimer yang mempunyai permukaan aktif lebih dari satu.
Sifat kinetika mereka menunjukkan kerja sama antara subunit
multimer. Enzim yang kecepatannya dinyatakan oleh kurva
sigmoid sangat peka terhadap konsentrasi substrat dan
memberi respon terhadap peningkatan substrat yang sedikit
dengan disertai peningkatan aktivitas yang besar.
Bentuk kurva sigmoid menunjukkan kerjasama positif pada
peristiwa katalitik; yakni aktivitas pada satu permukaan aktif
meningkatkan kesempatan aktivitas permukaan aktif yang lain
pada enzim yang sama. Pada kurva hiperbola datar, enzim
relatif tidak peka terhadap perubahan konsentrasi substrat.
Sifat ini mungkin menunjukkan kerja sama negatif.
Gambar 1-3 A:Kurva sigmoid yang tergantung pada vi, dan [S] menunjukkan
kerja sama positif.
B: Kurva hiperbola datar diduga akibat kerja sama negatif.
Inhibitor
Aktivitas enzim dipengaruhi oleh molekul kecil, termasuk obat-
obatan dan racun, yang berikatan secara reversibel maupun
irreversibel pada enzim. Efek inhibitor dan aktivator dapat dengan
mudah diketahui dengan menggunakan kinetika enzim.
Berdasarkan efeknya, inhibitor reversibel digolongkan sebagai
kompetitif dan nonkompetitif.
Kompetitif inhibitor bersaing dengan substrat dengan
mengurangi kemungkinan substrat berikatan dengan enzim
membentuk ES dan meningkatkan Km enzim untuk substrat
Kompetitif inhibitor tidak mempunyai efek pada Vmaks reaksi sebab
pada konsentrasi substrat yang tidak terbatas, suatu keadaan
dimana Vmaks diukur, substrat menjenuhkan enzim, menghilangkan
kompetitif inhibitor.
Sebaliknya, nonkompetitif inhibitor tidak bersaing dengan
substrat pada reaksi untuk menduduki enzim. Karenanya tidak
mencegah pembentukan kompleks enzim-substrat. Sebagai
gantinya mereka mengurangi kecepatan produktivitas ES yang
berdisosiasi menghasilkan produk reaksi.
Nonkompetitif inhibitor dapat mencegah atau menghambat
langkah reaksi.
Nonkompetitif inhibitor mengurangi Vmaks reaksi yang dikatalisis
dan tidak mempunyai efek pada Km
Jadi, non kompetitif inhibitor mempunyai efek dengan mudah
membuang sebagian molekul enzim dari reaksi.
 “Uncompetitive inhibition”

• The inhibitor bind to ES and results in

decrease of both ES and P (also free E).
• E+S ES E+S
+
I
Ki

ESI
 Enzyme Inhibition (Mechanism)

I Competitive I Non-competitive I Uncompetitive

E
Equation and Description Cartoon Guide

Substrate
S S E I
S

E S I I
I
Compete for S I
Inhibitor active site Different site

→ ES → E + P
E + S← E + S←→ ES → E + P → ES → E + P
E + S←
+ + + +
I I I I
↓↑ ↓↑ ↓↑ ↓↑
EI EI + S →EIS EIS
[I] binds to free [E] only, [I] binds to free [E] or [ES] [I] binds to [ES] complex
and competes with [S]; complex; Increasing [S] can only, increasing [S] favors
increasing [S] overcomes
not overcome [I] inhibition. the inhibition by [I].
Inhibition by [I].

Juang RH (2004) BCbasics

 Enzyme Inhibition (Plots)

I Competitive I Non-competitive I Uncompetitive

Vmax Vmax Vmax
vo vo
Direct Plots

Vmax’ Vmax’
I I I

K m K m’ [S], mM Km = Km’ [S], mM Km’ Km [S], mM

Vmax unchanged Vmax decreased
Both Vmax & Km decreased
Double Reciprocal

Km increased Km unchanged
1/vo I 1/vo I 1/vo
I
Two parallel
Intersect lines
at Y axis 1/ Vmax Intersect 1/ Vmax 1/ Vmax
at X axis

1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S]

Juang RH (2004) BCbasics