ARTIKEL PENELITIAN

Chen dkk., Jurnal Mikrobiologi

Medis
C CESS
OP E N

DOI 10.1099 / jmm.0.001259 SEBUAH

Signifikansi klinis dari deteksi simultan patogen dari cairan lavage

bronchoalveolar dan sampel darah dengan metagenomic next-generation
sequencing pada pasien dengan pneumonia berat

Jinlian Chen 1,2 †, Yuxi Zhao 1,2 †, Yongpeng Shang 1,2 †, Zhiwei Lin 1,2, Guangjian Xu 1,2, Bing Bai 1,2, Jinxin Zheng 1,2, Peiyu Li 1,2,

Yuanchen Mao 3, Qiwen Deng 1,2, * dan Zhijian Yu 1,2, *

Abstrak

Pengantar. Infeksi aliran darah adalah komplikasi umum pada pasien dengan pneumonia berat dan dianggap sebagai faktor risiko independen untuk
memprediksi hasil yang buruk. Metagenomic next-generation sequencing (mNGS) telah diterapkan secara luas untuk penentuan patogen berbagai
spesimen klinis dari pasien dengan penyakit menular. Namun, signifikansi klinis dan kebutuhan untuk deteksi patogen simultan dari sampel darah dan
bronchoalveolar lavage fluid (BALF) oleh mNGS pada pasien dengan pneumonia berat masih belum jelas.

Pernyataan Hipotesis / Gap. Deteksi patogen secara simultan dari BALF dan sampel darah pada pasien dengan pneumonia berat
membantu menentukan komplikasi infeksi aliran darah.

Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan signifikansi klinis dan perlunya deteksi patogen secara bersamaan pada sampel darah dan sampel
BALF dengan aplikasi mNGS pada pasien pneumonia berat.

Metode. Dalam studi ini, 20 pasien dengan pneumonia berat terdaftar dan patogen potensial di BALF dan sampel darah dideteksi secara
bersamaan dengan pemeriksaan mikroba konvensional dan tesmNGS. Selain itu, beberapa deteksi mikroba berturut-turut dilakukan untuk
menyelidiki variasi dinamis patogen selama perkembangan penyakit pada dua dari 20 pasien.

Hasil. Pada 85% (17/20) pasien dengan pneumonia berat, berbagai patogen ditentukan secara positif di BALF oleh mNGS, termasuk 10 kasus
dengan infeksi bakteri, 5 kasus dengan infeksi virus dan 2 kasus dengan infeksi jamur. Sebaliknya, patogen pada 50% (10/20) kasus dapat dideteksi
secara positif di BALF dengan tes mikroba konvensional. Di antara 17 pasien pneumonia berat dengan BALF mNGS-positif, patogen juga
diidentifikasi dalam 10 kasus dengan sampel darah mNGS-positif. Sebaliknya, hanya 1 pasien dengan komplikasi infeksi aliran darah yang dapat
ditemukan dengan kultur bakteri konvensional. Selain itu, patogen dari BALF sangat konsisten dengan sampel darah yang terdeteksi oleh mNGS
pada tahap awal penyakit. Dengan perkembangan penyakit dan setelah pengobatan antibiotik berulang,

Kesimpulan. Studi ini menekankan kegunaan mNGS dalam deteksi simultan cepat patogen dari BALF dan sampel darah pada pasien dengan
pneumonia berat, dan dapat memungkinkan penentuan infeksi aliran darah dan membimbing dokter mengenai perawatan antimikroba.

PENGANTAR infeksi aliran darah, kegagalan banyak organ dan syok [3]. Infeksi aliran darah

Infeksi paru parah dianggap sebagai penyebab utama morbiditas dan
mortalitas di antara semua pasien di seluruh dunia [1, 2]. Pasien dengan
pneumonia yang didapat dari komunitas yang parah (CAP) sering
memerlukan masuk ke unit perawatan intensif (ICU) dan angka kematian dari
populasi ini tetap sangat tinggi [3]. Perkembangan penyakit pneumonia berat
seringkali dipercepat dengan disertai berbagai komplikasi, seperti
adalah salah satu komplikasi yang paling umum pada pasien dengan
pneumonia berat dan telah secara luas dianggap sebagai prediktor
independen dari memburuknya prognosis [3-5]. Salah satu tantangan
terbesar untuk terapi pneumonia berat adalah mengidentifikasi patogen
etiologi dengan cepat dan tepat [6]. Selain itu, beberapa laporan telah
menunjukkan bahwa infeksi aliran darah adalah hal yang umum

001259 © 2020 Penulis

Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan di bawah persyaratan Lisensi NonKomersial Atribusi Creative Commons.

1
 Chen dkk., Jurnal Mikrobiologi Medis
2020

ditemukan dalam komplikasi pada pasien dengan pneumonia berat [4, 5]. Deteksi mikrobiologi konvensional
Identifikasi cepat dari infeksi aliran darah dan penentuan patogennya pada Pemeriksaan konvensional dilakukan pada semua pasien, termasuk
populasi ini akan memungkinkan kita untuk membuat pilihan yang tepat untuk apus dahak dan kultur, BALF dan kultur darah, deteksi antigen dan PCR
pengobatan antimikroba. [16].

Di klinik, kultur bakteri konvensional sering gagal menemukan patogen infeksi

aliran darah pada pasien dengan pneumonia berat, dan oleh karena itu Pengurutan metagenomik generasi berikutnya
sebagian besar pasien dengan pneumonia berat menerima pengobatan Pengujian mNGS dari BALF dan sampel darah dilakukan dan dianalisis
empiris tanpa bukti yang dapat diandalkan dari patogen [5, 7]. Baru-baru ini,
oleh BGI-Shenzhen seperti yang dilaporkan sebelumnya [17-19]. Sampel
beberapa bukti telah menunjukkan bahwa spektrum penyebab potensial yang
komprehensif (virus, bakteri, jamur, parasit, dll.) Dapat diidentifikasi dengan BALF dan darah diambil pada hari yang sama dan segera digunakan untuk
pengujian tunggal dengan metagenomic next-generation sequencing (mNGS), deteksi mNGS. Singkatnya, sampel disentrifugasi pada 1600 g selama 10
dan oleh karena itu pendekatan ini mungkin pendekatan yang menjanjikan menit pada suhu 4 ° C. DNA diekstraksi dari 300μl plasma atau BALF
untuk diagnosis penyakit menular [8-10]. Penerapan mNGS sangat sesuai menggunakan QIAamp DNAMini Kit (Qiagen). DNA yang diekstraksi
untuk deteksi patogen pada pasien dengan imunosupresi atau mereka dengan
difragmentasi dengan sonikasi untuk menghasilkan fragmen 200–500bp.
penyakit berat dan rumit yang disebabkan oleh etiologi langka, baru dan
atipikal [11-13]. Perpustakaan DNA kemudian dibangun dengan perbaikan ujung, dA-tailing,
ligasi adaptor dan amplifikasi PCR. AnAgilent 2100 Bioanalyzer digunakan
Di sini, 20 pasien dengan pneumonia berat dilibatkan dalam penelitian ini dan
untuk kontrol kualitas perpustakaan DNA. Library terakhir diurutkan
kebanyakan dari mereka menerima intubasi endotrakeal untuk bantuan
pernapasan setelah dirawat di rumah sakit. Nilai diagnostik dan kebutuhan menggunakan platform BGISEQ-100. Data mentah telah diproses
mNGS untuk deteksi simultan dari BALF dan sampel darah dari pasien sebelumnya dengan menghapus bacaan berkualitas rendah, adaptor sisa,
dievaluasi lebih lanjut. dan bacaan singkat. Bacaan yang dipetakan ke genom referensi manusia
telah dihapus dengan menggunakan penyelarasan Burrows– Wheeler.
METODE Selanjutnya, urutan yang tersisa diselaraskan dengan database

Pendaftaran pasien dan pengumpulan sampel klinis bakteri,virus dan jamur (NCBI; ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes).
Kedalaman dan cakupan setiap spesies dihitung menggunakan situs web
20 pasien dengan pneumonia berat terdaftar menurut kriteria diagnostik SOAP (http://soap.genomics. org.cn/). Untuk membandingkan akurasi dan
pneumonia berat yang direkomendasikan oleh pedoman konsensus signifikansi klinis uji mNGS secara akurat dengan pendekatan deteksi
Masyarakat Penyakit Amerika / American Thoracic Society (IDSA / ATS) [14]. mikroba konvensional, hasil deteksi konvensional disimpan secara rahasia
Diagnosis pneumonia berat didasarkan pada 2 kriteria utama dan 9 kriteria
kepada para ahli di BGI-Shenzhen sampai analisis NGS selesai dan hasil
minor (Tabel S1, tersedia dalam versi online artikel ini), dan skor SOFA
uji mereka dibuka.
(Sequential Organ Failure Assessment) dibuat untuk semua 20 pasien
dengan pneumonia berat [15]. BALF dan sampel darah dari 20 pasien
dengan pneumonia berat diperoleh pada saat yang sama untuk mNGS HASIL
dan deteksi mikroba konvensional. Karakteristik pasien
Karakteristik klinis dari 20 pasien dengan pneumonia berat ditunjukkan pada
Tabel 1, termasuk 12 pasien dengan penyakit fundamental, 9 pasien bebas
penyakit dan5 pasien dengan dukungan oksigenasi membran ekstra
korporeal (ECMO). Dinamika patogen penyebab di BALF dan sampel darah
dari dua pasien dengan parah

Diterima 23 Mei 2020; Diterima 24 September 2020; Diterbitkan 24 November 2020

Afiliasi penulis: 1 Departemen Penyakit Menular dan Laboratorium Utama Shenzhen untuk Infeksi Endogen, Rumah Sakit Rakyat Shenzhen Nanshan dan Rumah Sakit Afiliasi ke-6 dari
Pusat Ilmu Kesehatan Universitas Shenzhen, No. 89, Jalan Taoyuan, Distrik Nanshan, Shenzhen 518052, PR China;
2 Pusat Pengendalian Kualitas Manajemen Infeksi Rumah Sakit di Shenzhen, Rumah Sakit Rakyat Nanshan Shenzhen dan Rumah Sakit Afiliasi ke-6 dari Pusat Ilmu Kesehatan Universitas
Shenzhen, No. 89, Jalan Taoyuan, Distrik Nanshan, Shenzhen 518052, PR China; 3 BGI-Shenzhen, Cina No. 146, Jalan Beishan, Distrik Yantian, Shenzhen 518083, PR Cina.

* Korespondensi: Qiwen Deng, qiwendeng@hotmail.com ; Zhijian Yu, yuzhijiansmu@163.com

Kata kunci: infeksi aliran darah; cairan lavage bronchoalveolar; pengurutan generasi berikutnya metagenomik; pneumonia berat.
Singkatan: ADV, adenovirus manusia; BALF, cairan lavage bronchoalveolar; CAP, pneumonia yang didapat dari komunitas; ECMO, oksigenasi membran ekstra-korporeal; ICU, unit perawatan intensif;
IDSA / ATS, pedoman konsensus Infectious Diseases Society of America / American Thoracic Society; mNGS, sekuensing generasi mendatang metagenomik; qRT-PCR, kuantitatif reverse transcriptase
PCR; SOFA, Penilaian Kegagalan Organ Berurutan. † Para penulis ini memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini

Satu tabel tambahan tersedia dengan versi online artikel ini.

2
 Tidak. Usia Seks Penyakit yang mendasari Imun- SOFA Mekanis ECMO Hasil
(tahun) dikompromikan skor ventilasi

P1 35 Pria Transplantasi ginjal + 10 + - Dipulihkan

P2 62 Pria Tidak ada - 1 - - Dipulihkan

P3 35 Pria Transplantasi ginjal + 7 + + Meninggal

P4 25 Pria Tidak ada - 6 + - Dipulihkan

P5 19 Pria Tidak ada - 2 + - Dipulihkan

P6 95 Perempuan PCI - 12 + - Meninggal

P7 34 Pria PCI, T 2 DM - 4 + - Ditransfer

P8 75 Pria Tidak ada - 4 + - Meninggal

P9 41 Perempuan Nefritis lupus + 6 + + Meninggal

P10 80 Pria PCI, infark serebral usang - 7 + - Dipulihkan

P11 84 Pria COPD, infark serebral usang, atrium - 10 + - Dipulihkan

fibrilasi

P12 56 Perempuan PCI, infark serebral usang, T 2 DM - 7 + - Dipulihkan

P13 43 Pria Tidak ada - 8 + - Sedang berlangsung

pengobatan

P14 41 Perempuan Tidak ada - 14 + + Sedang berlangsung

pengobatan

P15 74 Perempuan Anemia hemolitik autoimun + 12 + - Meninggal

P16 64 Perempuan Tidak ada - 10 + + Meninggal

P17 39 Perempuan Tidak ada - 6 + + Meninggal

P18 56 Pria Karsinoma nasofaring, radioterapi, + 10 + - Meninggal

kemoterapi

P19 56 Pria CKD - 9 + - Dipulihkan

P20 * 47 Perempuan Purpura trombositopenik imunologis - 13 + - Dipulihkan

* P20 tidak pernah menggunakan kortikosteroid atau agen imunosupresif untuk pemeriksaan awal saat dimasukkan dalam penelitian kami.

PCI, intervensi koroner perkutan; T DM, diabetes mellitus

2
tipe dua; COPD, penyakit paru obstruktif kronik; CKD, penyakit ginjal kronis; SOFA, penilaian kegagalan organ
berurutan; ECMO, oksigenasi membran ekstrakorporeal.

pneumonia (P1 dan P9) dianalisis menggunakan mNGS.

Selain itu, P20 memiliki riwayat penggunaan kortikosteroid
atau agen imunosupresif untuk tes mNGS awalnya setelah
dimasukkan dalam penelitian ini.
Kinerja deteksi serentak BALF dan sampel darah dengan mNGS dan
perbandingannya dengan pengujian konvensional
Patogen dari BALF pada 85% (17/20) pasien dengan pneumonia berat
ditentukan secara positif oleh mNGS, termasuk 10 infeksi bakteri, 5
infeksi virus dan 2 infeksi jamur (Tabel 2). Sebaliknya, patogen dari
BALF ditentukan secara positif hanya dalam 10 kasus dengan metode
mikrobiologi konvensional, termasuk 1 dengan pewarnaan metenamin
Patogen secara simultan terdeteksi secara positif pada sampel darah dan
BALF oleh mNGS pada 10 kasus pneumonia berat, menunjukkan bahwa
hampir 50% pasien dengan pneumonia berat mengalami komplikasi infeksi
aliran darah, dan patogen dari BALF sangat konsisten dengan sampel
darah yang terdeteksi oleh mNGS. Selain itu, jumlah pembacaan
mikrobiologi yang terdeteksi dari sampel darah pasien secara signifikan
lebih rendah daripada yang ditemukan di BALF oleh mNGS, menunjukkan
lebih banyak pembacaan mikrobiologi di lokasi infeksi primer. Di P14,
Streptococcus pyogenes hanya ditemukan dengan kultur darah tetapi
terlewat oleh tes mNGS sampel darah, menunjukkan bahwa mNGS
kadang-kadang gagal untuk mendeteksi patogen yang ditemukan dengan
metode kultur konvensional dan tidak dapat menggantikan peran kultur

perak, 3 dengan transkriptase balik kuantitatif (qRT-PCR) dan 6 bakteri konvensional untuk penentuan patogen. Untuk P16 dan P17,

dengan kultur bakteri BALF (Tabel 2). diagnosis tambahan Staphylococcus aureus infeksi dilengkapi dengan uji
mNGS dari contoh darah dan BALF atas dasar diagnosis infeksi influenza B
dengan RT-PCR.
Tabel 2. Kinerja mNGS relatif terhadap pengujian konvensional

Tidak. Hasil NGS (pengurutan DNA) Hasil metode konvensional

Sampel BALF Sampel darah

Patogen yang terdeteksi Jumlah bacaan Patogen yang terdeteksi Jumlah bacaan Budaya BALF PCR Patologi

P1 * ADV 2856 ADV 1134 - - -

P2 spn 14456 spn 9461 - - -

P3 PCP 333 PCP 10 - - Pewarnaan Methenamine silver

(+)

BKV 11 BKV 3110 - -

M. absesus 6

P4 ADV 4331 ADV 1882 - - -

P5 sau 62 sau 25 sau - -

P6 kal 653 kal 1 cal, cgl - -

cgl 547

P7 ADV 3475 ADV 702 - - -

P8 HSV1 95764 HSV1 25 - - -

P9 * ADV 996 ADV 4 kal - -

Pandoraea apista 12

pma 102

P10 pma 2183 Methylo-bakteri 153 pma - -

P11 kpn 3513 - - - - -

P12 pma 385 - - pma - -

P13 kpn 273 - - - - -

P14 mengintai 52539 - - mengintai† - -

P15 aba 55 - - - - -

M. absesus 73 - - - - -

P16 sau 2056 - - - Influenza B -

P17 sau 4723 sau 16 - Influenza B -

P18 - - - - - Influenza A -

P19 - - - - - - -

P20 - - - - - - -

* P1 dan P9 menjadi sasaran pengujian mNGS lebih dari satu kali tetapi hanya hasil mNGS pertama yang ditampilkan; informasi lebih lanjut tersedia pada Gambar 1 dan 2.

† Streptococcus pyogenes juga terdeteksi oleh kultur darah di P14. ADV, adenovirus manusia; spn, Streptococcus pneumoniae; PCP, Pneumocystis jirovecii; BKV, BK polyomavirus; M.
abcessus, Mycobacterium abcessus; sau, Staphylococcus aureus; kal, Candida albicans; cgl, Candida glabrata; HSV1, Virus herpes alfa manusia 1; pma, Stenotrophomonas maltophilia; kpn, Klebsiella
pneumoniae; mengintai, Streptococcus pneumoniae; aba, Acinetobacter baumannii.
Pelacakan longitudinal infeksi patogen oleh mNGS Data kami menunjukkan bahwa patogen yang diidentifikasi dari sampel

Dua pasien (P1 dan P9) secara klinis dianggap dalam status darah sering kali terlewatkan dengan metode bakteri konvensional pada

immunocompromised seperti yang dijelaskan pada Tabel 1, dan tes mNGS pasien dengan pneumonia berat. Konsistensi yang tinggi dari spesies

dilakukan secara dinamis untuk menentukan variasi dalam spesies mikrobiologi
dari BALF dan sampel darah pada kedua pasien ini selama pengobatan
( ditunjukkan pada Gambar 1 dan 2).
Pada tahap awal pneumonia berat P9, mikroba koinfeksi dengan human
adenovirus (ADV), Stenotrophomonas maltophilia dan Pandoraeaapista
ditentukan oleh mNGS. Infeksi aliran darah dengan Stenotrophomonas
maltophilia ditentukan secara berurutan dengan konvensional kultur bakteri
selama periode pengobatan antimikroba. Dengan perkembangan penyakit,
penurunan beban ADV di BALF ditemukan, sedangkan koinfeksi persisten oleh
Stenotrophomonas maltophilia dan Pandoraeaapista adalah ditunjukkan oleh
tes mNGS dan mengakibatkan gangguan pada pneumonia berat. Hanya
Maltophilia dari Stenotrophomonas sampel darah dan BALF ditemukan secara
konvensional pada kultur bakteri. Karena sifatnya yang tidak terkendali pada
perkembangan penyakit, tes mNGS dinamis pada P9 menunjukkan adanya
spesies mikroba yang ditentukan dalam BALF kemungkinan juga ada terus-
menerus ditemukan di infeksi aliran darah, menunjukkan bahwa patogen dari
sampel darah ditentukan oleh mNGS kadang-kadang bisa membantu
memprediksi bahwa di BALF pada pasien dengan pneumonia berat.
DISKUSI
Diagnosis mikrobiologis merupakan tantangan di antara pasien dengan
kekebalan yang rentan tidak hanya terhadap patogen yang sering menginfeksi
pejamu yang imunokompeten, tetapi juga banyak patogen oportunistik yang
mungkin rewel atau tidak dapat dibudidayakan. Beberapa laporan telah
menunjukkan keuntungan NGS sebagai deteksi cepat dan metode deteksi
mikroba yang akurat terutama di antara pasien immunocompro- mis [5, 11-13].
Dalam studi ini, mNGS membantu mengidentifikasi etiologi infeksi
sebagian besar pasien dengan pneumonia berat, yang berpotensi memandu
dokter mengenai pengobatan antimikroba. Hasil mikrobiologi dari pasien
dengan pneumonia berat dapat dilengkapi dengan mNGS, sedangkan 6 dari 20
pasien diidentifikasi dengan kultur bakteri konvensional.
menunjukkan bahwa mNGS dapat memberikan rekomendasi tambahan kepada
dokter untuk pengobatan antimikroba penyakit menular berat dan melengkapi
hasil mikrobiologi yang diperoleh dengan metode kultur bakteri konvensional
dan PCR.
patogen utama dari BALF dan sampel darah dengan tes mNGS
menunjukkan, untuk sebagian besar, patogen dapat ditularkan dari paru-paru
ke aliran darah pada pasien dengan pneumonia berat. Data kami juga
menunjukkan patogen utama yang ditemukan dari sampel darah oleh mNGS
mungkin sebagian memprediksi yang ada di BALF pada pasien dengan
pneumonia berat. Oleh karena itu, aplikasi mNGS untuk mendeteksi BALF
dan sampel darah secara bersamaan sangat disarankan untuk mikroba yang
teridentifikasi pada populasi ini. Apalagi untuk P16 dan P17 yang terdiagnosis
influenza B. oleh RT-PCR, koinfeksi Staphylococcus aureus ditemukan oleh
mNGS adalah penentu penting dalam memutuskan pengobatan yang efektif
[22, 23]. Di P1, dinamika patogen di BALF dan sampel darah terdeteksi oleh
mNGS secara bersamaan menunjukkan spesies mikroba yang ditemukan
antara mNGS dan kultur bakteri konvensional serupa pada awalnya fase
pneumonia berat. Namun, ketidakkonsistenan spesies mikroba dari spesimen
klinis yang berbeda harus menjadi catatan setelah pengobatan antibiotik
berulang atau jangka panjang perkembangan penyakit.
Sebagai kesimpulan, data kami sangat merekomendasikan penerapan mNGS
untuk deteksi simultan patogen dari BALF dan sampel darah pada pasien
dengan pneumonia berat stadium awal. Studi kami menekankan kegunaan tes
mNGS dalam deteksi cepat patogen secara simultan dari BALF dan sampel
darah pada pasien.
pada
Data kami

Sebagai catatan, mNGS dapat membantu mengidentifikasi infeksi aliran darah

pada pasien dengan pneumonia berat. Bukti yang meningkat baru-baru ini
menunjukkan bahwa infeksi aliran darah merupakan prediktor penting dari
memburuknya prognosis pada pasien dengan pneumonia berat [19, 20]. Oleh
karena itu, frekuensi deteksi yang tinggi dari komplikasi akibat infeksi aliran
darah pada pasien dengan pneumonia berat perlu diperhatikan. Identifikasi
awal sepsis atau infeksi aliran darah pada pasien dengan pneumonia berat
akan memandu dalam pengobatan antimikroba yang tepat. Beberapa laporan
sebelumnya telah menunjukkan penerapan mNGS dalam identifikasi spesies
mikroba dari sampel darah dan telah menunjukkan keunggulannya
dibandingkan dengan metode bakteri konvensional [20, 21].
 Chen dkk., Jurnal Mikrobiologi Medis
2020

Gambar 1. Pelacakan longitudinal tes mikroba, pengobatan antimikroba dan perkembangan penyakit di P1. (a) Perkembangan pengobatan P1. P1 dianggap sebagai
individu immunocompromised dengan riwayat medis transportasi ginjal dan menerima pemberian jangka panjang agen imunosupresif. Di tahap awal, ia terus mengalami
demam tinggi dan secara bertahap mengembangkan hipoksemia berat. Pada hari ke-8, gejala hipoksemia semakin memburuk dan dia segera dipindahkan ke ICU untuk
bantuan pernapasan awal dan setelah itu diperlukan ECMO. Kemanjuran pengobatan dibatasi dengan pengobatan kombinasi meropenem, linezolid, vorikonazol dan TMP-
SMX. Adenovirus (ADV) dalam BALF dan sampel darah ditemukan dengan mNGS dan kemudian pemberian cidofovir ditambahkan. Kemudian, suhunya kembali normal
dan DNA membaca jumlah ADV di BALF dan sampel darah yang ditentukan oleh mNGS menurun dengan cepat, menunjukkan kemanjuran cidofovir terhadap infeksi ADV.
Secara bertahap, setelah ADV dikeluarkan dari pasien ini, E. faecium dan A. baumannii ditentukan oleh mNGS yang ditemukan di BALF dan sampel darah dengan
pengobatan antimikroba. Akhirnya, setelah pengendalian pneumonia berat, P1 pulih setelah ECMO dilepas dan ventilasi mekanis. (b) Penjelasan uji mikroba ditentukan
oleh mNGS dari P1. (c) Hasil kerentanan bakteri P1 dengan kultur bakteri konvensional. (d) Cakupan genom ADV dari sampel BALF. (e) Cakupan genom ADV dari sampel
darah. Data kami menunjukkan bahwa cakupan genom ADV berkorelasi dengan angka pembacaan DNA. AMC, amoksisilin / klavulanik; AMK, amikacin; ATM,
aztreonam; CAZ, ceftazidime; CHL, kloramfenikol; ETP, ertapenem; FEP, cefepime; GM, gentamisin; IPM, imipenem; LVX, Llevofloxacin; MEM, meropenem; MNO,
minocycline; NIT, nitrofurantoin; SCF, cefoperazone / sulbactam; TMP-SMX, trimetoprim / sulfametoksazol; ICU, unit perawatan intensif; ECMO, oksigenasi membran
ekstra-korporeal; ADV, adenovirus manusia; efm, Enterococcus faecium; ctr, Candida tropicalis; Sebuah ba, Acinetobacter baumannii.

6
Gambar 2. Pelacakan longitudinal tes mikroba, pengobatan antimikroba dan perkembangan penyakit di P9. (a) Perkembangan pengobatan P9. P9 didiagnosis dengan
lupus nephritis selama 11 tahun dan menerima pengobatan jangka panjang dengan kortikosteroid dan agen imunosupresif. Pada hari ke-8, pasien dipindahkan ke ICU
untuk eksaserbasi pneumonia berat dan gagal jantung yang membutuhkan CRRT. Pada hari 18, mNGS dilakukan pertama kali untuk menentukan patogen etiologi, yang
menunjukkan koinfeksi adenovirus manusia (ADV), Stenotrophomonas maltophilia dan Pandoraea apista. Selanjutnya mNGS dilakukan untuk kedua dan ketiga kalinya dengan
pelacakan infeksi mikroba secara longitudinal. Setelah melacak penghapusan ADV, deteksi S. maltophilia dan Pandoraeaapista ditemukan oleh mNGS, yang mencerminkan
bahwa bakteri ini memainkan peran patogen dalam menyebabkan pneumonia P9 yang parah. Akhirnya, P9 menderita DIC sekunder dan meninggal karena perdarahan
gastrointestinal selama terapinya. (a) Perkembangan pengobatan P9. (b) Penjelasan uji mikroba yang terdeteksi oleh mNGS dari P9. (c) Hasil kerentanan bakteri P9 dengan
kultur konvensional. (d) Cakupan genom ADV dari sampel BALF. (e) Cakupan genom ADV dari sampel darah. Data kami menunjukkan bahwa cakupan genom ADV berkorelasi
dengan angka pembacaan DNA. AMK, amikacin; ATM, aztreonam; CAZ, ceftazidime; GEN, gentamisin; IPM, imipenem; LVX, levofloxacin; MEM, meropenem; PIP, piperasilin;
SAM, ampisilin / salbaktam; TCC, ticarcillin / klavulanik; TIC, ticarcillin; TOB, tobramycin; TZP, piperasilin / tazobaktam; CHL, kloramfenikol; TMP-SMX, trimetoprim /
sulfametoksazol; PE, pertukaran plasma; ADV, adenovirus manusia; pma, Stenotrophomonas maltophilia; kal, Candida albicans; ICU, unit perawatan intensif; ECMO, oksigenasi
membran ekstra-korporeal; CRRT, terapi penggantian ginjal berkelanjutan; DIC, koagulasi intravaskular diseminata.
 Chen dkk., Jurnal Mikrobiologi Medis
2020
pada pneumonia berat, perawatan mikroba dapat memandu dokter dalam
mengidentifikasi infeksi dalam aliran darah. Namun, nilai diagnostik mNGS
pada populasi ini dan dampak infeksi aliran darah pada prognosis
pneumonia berat masih harus dievaluasi lebih lanjut.
Informasi pendanaan
Studi ini didukung oleh Komisi Sains, Teknologi, dan Inovasi Kota Shenzhen (No.
JCYJ20170412143551332); Dana Konstruksi Disiplin Medis Utama Shenzhen (No.
SZXK06162); Program Penelitian Ilmiah Distrik Nanshan Shenzhen dari Republik Rakyat 12.
Tiongkok (No. 2019032, 2019001, 2019004, 2019005,
2019027, 2018064) dan dana medis provinsi Guangdong (No. B2017019, A2018163).
Ucapan Terima Kasih
Kami berterima kasih kepada BGI-Shenzhen atas dukungannya dengan mNGS.
Konflik kepentingan
Penulis menyatakan bahwa tidak ada konflik kepentingan.
Pernyataan etis
Semua prosedur yang dilakukan telah disetujui oleh Komite Etik Rumah Sakit Rakyat 14.
Shenzhen Nanshan dan sesuai dengan prinsip deklarasi Helsinki tahun 1964 dan
amandemen selanjutnya.
Referensi
1. Lozano R, Naghavi M, Mandor K, Lim S, Shibuya K dkk. Global
dan mortalitas regional dari 235 penyebab kematian untuk 20 kelompok usia pada
tahun 1990 dan 2010: analisis sistematis untuk studi beban global penyakit 2010.
Lanset 2012;
380: 2095–2128.
2. Magill SS, Edwards JR, Bamberg W, Beldavs ZG, Dumyati G dkk.
Survei prevalensi titik multistate dari infeksi terkait perawatan kesehatan. N Engl J Med
2014; 370: 1198–1208.
3. Lim WS, Baudouin SV, George RC, Hill AT, Jamieson C dkk. Pedoman BTS untuk
pengelolaan pneumonia yang didapat komunitas pada orang dewasa: pembaruan
2009. Thorax
2009; 64: iii1 – iii55.
4. Søgaard M, Nørgaard M, Dethlefsen C, Schønheyder HC. Perubahan temporal dalam
insiden dan kematian 30 hari terkait dengan bakteremia pada pasien rawat
inap dari tahun 1992 hingga 2006: studi kohort berbasis populasi. Clin Infect Dis 2011;
52: 61–69.
5. Lee JH, Kim YH. Faktor prediktif bakteremia sejati dan kegunaan klinis kultur
darah sebagai alat prognostik pada pasien dengan pneumonia onset komunitas. Obat
2016; 95: e5058.
6. Jain S, Self WH, Wunderink RG, Fakhran S, Balk R dkk. Komunitas- Pneumonia
didapat yang membutuhkan rawat inap di antara orang dewasa AS.
N Engl J Med 2015; 373: 415–427.
7. Ramanujam P, Rathlev NK. Kultur darah tidak mengubah manajemen pada pasien
rawat inap dengan pneumonia yang didapat dari komunitas. AcadEmerg Med 2006;
13: 740–745.
8. Forbes JD, Knox NC, Ronholm J, Pagotto F, Reimer A dkk.
Metagenomics: pengubah permainan budaya-independen berikutnya. Microbiol depan
2017; 8: 1069.
9. Goldberg B, Sichtig H, Geyer C, Ledeboer N, Weinstock GM dkk.
Membuat lompatan dari laboratorium penelitian ke klinik: tantangan dan
peluang untuk pengurutan generasi berikutnya dalam diagnosis penyakit menular. mBio
2015; 6: e01888–15.
10. Thorburn F, Bennett S, Modha S dkk. Penggunaan urutan generasi berikutnya dalam
diagnosis dan jenis infeksi saluran pernapasan. J Clin Virol 2015.
11. Horiba K, Kawada JI, Okuno Y, Tetsuka N, Suzuki T. dkk. Deteksi komprehensif
patogen pada anak dengan gangguan sistem imun dengan infeksi aliran darah
dengan pengurutan generasi berikutnya. Rep. Sci 2018; 8: 3784.
Parize P, Muth E, Richaud C, Gratigny M, Pilmis B dkk. Diagnosis lini pertama
berbasis sekuensing generasi berikutnya yang tidak ditargetkan pada orang dewasa
yang immunocompromised: studi prospektif multisenter, buta. Clin Microbiol Infect
2017; 23: 574.e1–57574.
13. van Beek J, de Graaf M, Smits S, Schapendonk CME, Verjans GMGM dkk.
Sequencing Whole-Genome next-generation untuk mempelajari evolusi in-host
norovirus
(nov) di antara pasien immunocompromised dengan infeksi nov kronis. J Infeksi Dis
2017; 216: 1513–1524.
Mandell LA, Wunderink RG, Anzueto A, Bartlett JG, Campbell GD
dkk. Masyarakat penyakit menular pedoman konsensus Amerika / American thoracic
Society tentang pengelolaan pneumonia yang ditularkan melalui komunikasi pada
orang dewasa. Clin Infect Dis 2007; 44 Suppl 2: S27 – S72.
15. de Grooth HJ, Geenen IL, Girbes AR, Vincent JL, Parienti JJ dkk.
SOFA dan titik akhir kematian dalam uji coba terkontrol secara acak: tinjauan
sistematis dan analisis meta-regresi. Perawatan Crit
2017; 21:38.
16. Selvaraju SB, Selvarangan R, Rangaraj S. Evaluasi tiga uji PCR transkripsi balik
influenza A dan B waktu nyata dan uji H1N1 2009 yang baru untuk mendeteksi virus
influenza. J Clin Microbiol 2010; 48: 3870–3875.
Bai B, Wang H, Li M, Ma X, Zheng J dkk. Dua kasus komplikasi pneumonia fulminan
17.
fatal terkait virus influenza B Staphylococcus aureus infeksi di China yang
didiagnosis menggunakan urutan generasi berikutnya (2018). Depan Kesehatan
Masyarakat 2020; 8
18. Chen N, Jin K, Xu J, Zhang J, Weng Y. Trypanosomiasis Afrika manusia disebabkan
oleh Trypanosoma brucei gambiense: laporan kasus pertama di Cina. Int J Infect Dis
2019; 79: 34–36.
19. Zhou X, Wu H, Ruan Q, Jiang N, Chen X. dkk. Evaluasi klinis dari kemanjuran
diagnosis aktif Mycobacterium tuberculosis infeksi kompleks melalui sekuensing
metagenomik generasi berikutnya dari sampel klinis langsung. Mikrobiol Infeksi Sel
Depan 2019; 9: 351
20. Vincent J, Rello J, Marshall J, Silva E, Anzueto A dkk. Studi internasional tentang
prevalensi dan hasil infeksi di unit perawatan intensif. JAMA 2009; 302: 2323–2329.
21. Brooks D, Smith A, Muda D, Fulton R, Booth MG dkk. Kematian dalam perawatan
intensif: dampak bakteremia dan kegunaan sindrom respons inflamasi sistemik. Am
J Kontrol Infeksi
2016; 44: 1291–1295.
22.
Klein EY, Monteforte B, Gupta A, JiangW, Mei L dkk. Frekuensi koinfeksi influenza
dan bakteri: tinjauan sistematis dan meta-analisis. Influenza Virus Pernafasan
Lainnya 2016; 10: 394–403.
Rozencwajg S, Bréchot N, Schmidt M, Hékimian G, Lebreton G dkk.
23.
Co-Infeksi dengan sindrom gangguan pernapasan akut terkait influenza yang
membutuhkan oksigenasi membran ekstrakorporeal. Agen Antimikrob Int J. 2018;
51: 427–433.