a1111111111 

a1111111111 
a1111111111 
a1111111111 
a1111111111 

AKSES TERBUKA 
Kutipan: Cuthbertson L, Craven V, Bingle L, Cookson WOCM, Everard ML, Moffatt MF (2017) Dampak bronkitis bakterial persisten
pada mikrobioma paru anak. PLoS ONE 12 (12): e0190075. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0190075 
Editor: Oliver Schildgen, Kliniken der Stadt Ko¨ln gGmbH, JERMAN 
Diterima: 25 Agustus 2017 

Diterima: 7 Desember 2017 

Diterbitkan: 27 Desember 2017 

Hak Cipta: © 2017 Cuthbertson et al. Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan di bawah persyaratan Lisensi Atribusi
Creative Commons, yang mengizinkan penggunaan, distribusi, dan reproduksi yang tidak dibatasi dalam media apa pun, dengan
mencantumkan nama penulis dan sumber aslinya. 
Pernyataan Ketersediaan Data: Pengurutan data yang dihasilkan selama studi ini telah diserahkan ke arsip nukleotida Eropa
(ENA), nomor proyek PRJEB18478, dan tersedia secara gratis. Skrip analisis data telah dikirimkan ke figshare, DOI: 10.6084 /
m9.figshare.4987016. 
Pendanaan: Studi ini didanai oleh Wellcome Trust di bawah WT097117 dan WT096964. Proyek ini didanai dan didukung oleh
NIHR Respiratory Disease Biomedical Research Unit di Royal Brompton and Harefield NHS Foundation
RESEARCH ARTICLE 

Dampak bronkitis bakterial persisten pada mikrobioma

paru anak-anak 
Leah Cuthbertson1,2☯*, Vanessa Craven3☯, Lynne Bingle4, William OCM Cookson1,2 ‡, Mark L. Everard5 ‡*, Miriam
F. Moffatt1 ‡ 

1 Institut Jantung dan Paru Nasional, Imperial College, London, Inggris Raya, 2 Royal Brompton dan Harefield NHS Foundation
Trust, Sydney Street, London, Inggris Raya, 3 Rumah Sakit Anak Sheffield, Sheffield, Inggris, 4 Sekolah Kedokteran Gigi
Universitas Sheffield, Sheffield, Inggris Raya, 5 School of Paediatrics, University of Western Australia, Perth, Australia 
☯ Para penulis ini memberikan kontribusi yang setara untuk pekerjaan ini. 
‡ Para penulis ini juga berkontribusi sama untuk pekerjaan ini. 
* mark.everard@uwa.edu.au (MLE); l.cuthbertson@imperial.ac.uk (LC) 

Abstrak 
Pendahuluan 
Bronkitis bakterial persisten (PBB) merupakan penyebab utama batuk basah kronis pada anak muda.
Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi mikrobiota bakteri pernafasan pada anak sehat dan mengkaji
dampak perubahan yang terkait dengan perkembangan PBB. 
Sikat buta dan terlindungi diperoleh dari 20 kontrol yang sehat dan 24 anak-anak dengan PBB, dengan sampel
tambahan terarah diperoleh dari pasien PBB. DNA diekstraksi, diukur menggunakan uji PCR kuantitatif gen
16S rRNA sebelum analisis komunitas mikroba dengan sekuensing gen 16S rRNA. 

Hasil 
Tidak ada perbedaan yang signifikan dalam keragaman bakteri atau komposisi komunitas (R = 0,01, P = 0,36)
2

diamati antara dipasangkan buta dan non-buta kuas, menunjukkan bahwa buta sikat ings adalah sarana yang
sah untuk mengakses mikrobiota saluran napas. Ini memiliki implikasi penting untuk mengumpulkan sampel
saluran pernapasan bawah dari anak-anak yang sehat. Sebuah penurunan yang signifikan dalam keragaman
bakteri (P <0,001) dan perubahan komposisi komunitas (R = 0,08, P = 0,004) yang diamati antara kontrol,
2

dibandingkan dengan pasien. Komunitas bakteri dalam pasien dengan PBB didominasi oleh Proteobacteria,
dan analisis spesies indikator menunjukkan bahwa Haemophilus dan Neisseria secara signifikan berhubungan
dengan kelompok pasien. Dalam 15 (52,9%) kasus organisme dominan dengan sekuensing tidak diidentifikasi
oleh kultur klinis rutin standar. 

Kesimpulan 
Bakteri yang ada di paru-paru pasien dengan PBB kurang beragam dalam hal kekayaan dan kemerataan.
Hasilnya memvalidasi diagnosis klinis, dan menunjukkan bahwa lebih banyak perhatian pada komunitas
bakteri pada anak-anak dengan batuk kronis dapat menyebabkan pengenalan yang lebih cepat dari kondisi ini
dengan pengobatan dini dan pengurangan beban penyakit. 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017 1/13 

Trust and Imperial College London dan 

Pengantar 
Dampak PBB pada mikrobioma paru 

Dana Penelitian Amal Rumah Sakit Anak Sheffield. MF Moffatt dan WOCM Cookson adalah Investigator Senior Joint Wellcome
Trust. 
Kepentingan yang bersaing: Penulis telah menyatakan bahwa tidak ada kepentingan yang bersaing.
Bakteri bronkitis (PBB) persisten atau berkepanjangan adalah penyebab utama batuk basah kronis yang
berlangsung lebih dari 4 minggu pada anak kecil. PBB umum terjadi pada anak-anak prasekolah, sering
berkembang setelah infeksi saluran pernapasan bawah yang disebabkan virus [1, 2], tetapi dapat muncul
pada semua usia. 
Akibatnya,PBB sering baik salah didiagnosis sebagai asma atau gejala diberhentikan sebagai akibat
infeksi berulang virus[1-3]. 
Pengobatan standar untuk PBB adalah antibiotik oral dosis tinggi, batuk biasanya membutuhkan waktu
10-14 hari untuk sembuh [4]. Meskipun tujuan terapi adalah untuk memberikan penyembuhan yang pasti,
kekambuhan sering terjadi dan jika tidak berhasil diobati dapat menyebabkan bronkiektasis [1-4]. 
Pemahaman kita tentang peran bakteri dalam penyakit pernapasan kronis berubah drastis. Sampai saat
ini diyakini secara luas bahwa paru-paru yang sehat adalah lingkungan yang steril [5]. Semakin banyak
bukti, bagaimanapun, menunjukkan bahwa saluran udara yang sehat memiliki biota mikro penduduk yang
dapat bervariasi antar individu [5-7] dan dapat berubah secara signifikan sebagai akibat dari penyakit
pernapasan seperti fibrosis kistik, PPOK dan asma [8] . 
Sebuah studi sebelumnya pada anak-anak dengan PBB menggunakan sekuensing gen 16S rRNA
menunjukkan bahwa komunitas bakteri yang ada di paru-paru mereka menunjukkan kesamaan dengan
yang terlihat pada anak-anak dengan cystic fibrosis (CF) dan bronkiektasis non-CF [9]. Studi ini
memberikan wawasan yang berguna tentang komunitas bakteri yang terkait dengan PBB, meskipun
subjek kontrol menjalani bronkoskopi untuk indikasi klinis dan tidak dapat dianggap sehat [9-11]. 
Dalam penelitian ini penyikatan bronkial diperoleh dari bayi dan anak-anak dengan diagnosis PBB dan
dari anak sehat yang bebas dari gejala pernapasan atau penyakit saluran pernapasan bawah yang
signifikan sebelumnya. Hal ini telah memberikan kesempatan untuk pemahaman yang lebih baik tentang
mikrobiota saluran napas sehat di masa kanak-kanak, serta pemahaman tentang bagaimana gangguan
tersebut pada anak-anak dengan PBB. Selain itu, validitas karakterisasi mikrobioma jalur udara bawah
menggunakan penyikatan buta melalui tabung endotrakeal sebagai lawan dari pengambilan sampel
terpandu bronkoskop yang lebih invasif telah diselidiki. 

Metode 
Semua protokol penelitian tunduk pada persetujuan etis oleh Otoritas Riset Kesehatan Lokal, Komite
NRES dari Yorkshire & The Humber-Yorkshire Selatan (Referensi: 12 / YH / 0230). Rincian lengkap
metode pengambilan sampel, laboratorium dan analitik diberikan dalam Lampiran S1, Metode
Pelengkap. 
Subjek penelitian semuanya berusia 17 tahun atau lebih muda. Persetujuan tertulis diambil dari orang tua
atau perwakilan yang dapat diterima secara hukum dari anak-anak berusia 15 tahun ke bawah atau dari
pasien sendiri jika 16 tahun atau lebih. Studi ini dilakukan sesuai dengan Konferensi Internasional untuk
Harmonisasi Praktik Klinis yang Baik dan prinsip pedoman Deklarasi Helsinki dan Kerangka Tata Kelola
Penelitian untuk Kesehatan dan Perawatan Sosial. Tak satu pun dari subjek ini memiliki defisiensi imun
yang signifikan atau kondisi lain yang diidentifikasi. 
Subjek kontrol direkrut jika mereka menjalani intervensi yang memerlukan intubasi endotra cheal tetapi
dinyatakan sehat tanpa riwayat gejala saluran pernapasan atas atau bawah akut atau kronis. 
Enam belas ibu dari anak yang terdaftar berusia 2 tahun telah diambil usapan hidung dan orofaringeal
(tenggorokan) (S1 Apendiks, Tabel S1). Persetujuan tertulis dikumpulkan dan disimpan dalam catatan
klinis pasien untuk semua ibu yang terdaftar dalam penelitian. 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017 2/13 

Dampak PBB pada mikrobioma paru Pengumpulan 

sampel Sampel diambil pada saat bronkoskopi diagnostik untuk penderita PBB dan secara 
oportunistik dari orang sehat subjek yang menjalani prosedur bedah terencana. Sikat buta 
diperoleh pada kedua kelompok menggunakan sikat sitologi terlindung yang dimasukkan ke dalam
jalan napas 
melalui tabung ET. Dalam subjek PBB sampel kedua diperoleh melalui bronkoskop 
untuk membandingkan hasil dari sikat terarah dan buta. Setelah mendapatkan sikat 
, BAL dikumpulkan dari semua anak dengan PBB untuk pemeriksaan rutin bakteri, jamur dan virus 
di laboratorium klinis rumah sakit anak Sheffield. 
Setelah dikumpulkan, kuas dan usap segera disimpan pada suhu -80˚C sebelumlebih lanjut 
diproses. 

Ekstraksi 
DNA DNA diekstraksi dari penyeka dan sikat menggunakan kit spin MPBio FastDNA ™ untuk tanah 
sesuai instruksi pabrik. 

qPCR 
Sebelum mengurutkan beban bakteri total diukur menggunakan uji PCR kuantitatif yang menargetkan 
wilayah V4 dari gen 16S rRNA dan menggunakan primer 520F, 5'- 
AYTGGGYDTAA AGNG dan 820R, 5'-TACNVGGGTATCTAATCC. 

Pengurutan DNA 
Komunitas bakteri dalam setiap sampel dinilai menggunakan pengurutan gen 16S rRNA. 
Primer fusi barcode ganda digunakan untuk menargetkan wilayah V4 yang sebelumnya dikuantifikasi
dari 
gen (primer yang sama seperti untuk uji qPCR tetapi dengan barcode yang sesuai. Lihat S1 Apendiks,
S2 
Tabel untuk detail barcode). Sampel diurutkan pada platform Illumina MiSeq menggunakan 
kit siklus Illumina V2 2x250bp. Urutan diserahkan kedata nukleotida Eropa 
basis, nomor proyek PRJEB18478. 
Analisis sekuensing hilir dilakukan menggunakan Quantitative Insights in Microbial 
Ecology (QIIME) Versi 1.9.0 [12]. QIIME merekomendasikan ambang batas minimum 1.000 
pembacaan diterapkan dan sampel dengan kurang dari 1.000 pembacaan telah dihapus dari analisis
lebih lanjut. 
Semua sampel yang tersisa kemudian dijernihkan ke jumlah pembacaan minimum yang sama. 

Statistik 
Semua analisis statistik dilakukan dengan menggunakan R Versi 3.2.2 [13]. Analisis primer dan pra- 
pemrosesan dilakukan di Phyloseq [13]. Tes peringkat tanda Wilcoxon non-parametrik 
digunakan untuk menguji perbedaan yang signifikan antara rata-rata. DESeq2 [14] dan analisis spesies
Indikator 
[15] digunakan untuk mengidentifikasi Unit Taksonomi Operasional (OTU) yang secara signifikan terkait
dengan 
PBB. 

Hasil 
Dua puluh empat anak dengan PBB dan 20 kontrol sehat berhasil direkrut ke dalam 
penelitian (Tabel 1). Usap hidung dan tenggorokan diambil dari ibu untuk 16 anak; 11 
dari PBB anak dan 5 dari kontrol anak sehat. 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017 3/13

Dampak PBB terhadap mikrobioma paru Tabel 1. Tabel demografi pasien untuk kasus (PBB) dan

kontrol. 

Kasus 

24 

14 

24 

24 

4.3 (0.8,
13.7) 

9 (0.07, 12) 

1, 25 

2 

5 

2 

11 

Kontrol 

Jumlah subjek 20 

Wanita 12 
Sikat buta 21 Sikat 
tidak buta T / A 
Usia dalam tahun, rata-rata (min, maks ) 7.4 (1, 15.8) 
Disusui, hitung (min, max bulan) 11 (0.5, 24) 
Antibiotik, minggu sejak dosis terakhir (min, max) 4, 53 
Ibu merokok 4 
Ayah merokok 10 
Kedua orang tua merokok 4 
Ibu sampel 5 
https : //doi.org/10.1371/journal.pone.0190075.t001 

Sekuensing gen 16S rRNA 

Sebanyak 146 sampel diurutkan pada Illumina MiSeq. Ini termasuk komunitas tiruan 
, kontrol negatif PCR, kontrol kit, dan kontrol sikat bronkoskopi (Tabel S2). 
Setelah kontrol kualitas 143 sampel dimasukkan untuk analisis lebih lanjut, terdiri dari total 
8.833.294 bacaan dari 1.393 OTU yang berbeda (61.771,29 +/- 85.954,18 [mean +/- SD] jumlah 
bacaan / OTU). Sampel di atas 1.000 pembacaan cut off yang direkomendasikan oleh QIIME
dijernihkan ke 
jumlah minimum pembacaan yang ditemukan dalam sampel. 

sikat buta versus non-buta 

Pasien PBBdiambil sampelnya menggunakan metode menyikat buta dan tidak buta untuk menguji 
perbedaan potensial dalam komunitas bakteri karena metode pengambilan sampel. Perbedaan 
komunitas bakteri dari 21 sampel berpasangan dinilai menggunakanpenyelam alfa dan beta 
pengukuran. Sampel dijernihkan menjadi 1.067 bacaan. Tidak ada perbedaan signifikan dalamalfa 
keanekaragamanyang diamati antara sikat buta dan non-buta menggunakan kekayaan (diamati 
jumlah spesies yang, Z = 1,843, P = 0,068), Shannon-Weiner (bias terhadap organisme langka, 
Z = -0,017, P = 1 ), Simpsons timbal balik (bias terhadap organisme yang lebih dominan, Z = 0,261, 
P = 0,812) dan kemerataan (Z = -0,052, P = 0,973) (S1 Gambar). 
Mengingat komposisi komunitas, tidak ada perbedaan yang signifikan yang diamati antara 
metode pengambilan sampel yang berbeda (Adonis: R2 = 0,012, P = 0,344). Pengelompokan hierarki
menggunakan 
ketidaksamaan Bray-Curtis mengungkapkan bahwa sampel mengelompok lebih dekat di antara
pasien 
daripada di dalam kelompok sampel (Gambar 1). 

PBB versus kontrol sehat 

Komunitas bakteri pasien yang didiagnosis dengan PBB (N = 24) dibandingkan dengansehat 
kontrol(N = 18). Sampel dijernihkan menjadi 1.150 pembacaan, mengakibatkan hilangnya 2kontrol 
pasien. Tidak ada perbedaan dalam kelimpahan bakteri oleh qPCR yang diamati antarasehat 
kontrol yangdan pasien PBB (R2 = 0,021, P = 0,511) (Gambar 2). Investigasi terhadapkeragaman alfa 
ukuranmenunjukkan bahwa pasien PBB memiliki keragaman yang jauh lebih rendah daripada kontrol
yang sehat 
(Gambar S2). Ini terlihat di semua ukuran; tes jumlah peringkat Wilcoxon, kekayaan (W = 100,5, 
P = 0,001), Shannon-Weiner (W = 78, P < 0,001), timbal balik Simpson (W = 79, P < 0,001) 
dan kemerataan (W = 84, P < 0,001). 
Perbedaan komposisi komunitas diselidiki menggunakan ketidaksamaan Bray-Curtis. 
Adonis menunjukkan perbedaan yang signifikan dalam komposisi komunitas (R2 = 0,082, P = 0,001). 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017

Dampak PBB pada mikrobioma paru
 4/13Gambar 1. Bagan batang terurut dari 20 OTU teratas yang ada baik pada tuna netra maupun non-tuna netra
sikat. Sampel diurutkan oleh cluster hierarki ketidaksamaan Bray Curtis yang ditunjukkan oleh plot teratas. Kunci warna
yang digunakan untuk setiap genus disertakan. Nomor pasien yang identik menunjukkan bahwa sampel diambil dari individu
yang sama. Jenis sampel ditunjukkan pada label di bawah grafik dengan warna merah menunjukkan sikat buta dan biru
menunjukkan sikat tidak buta. 
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075.g001 

Pengelompokan hierarki menggunakan ketidaksamaan Bray-Curtis menunjukkan bahwa komunitas

bakteri yang 
ada dalam kontrol yang sehat dikelompokkan secara terpisah dari mereka yang
mengalami PBB (Gambar 2). 
DESeq2 digunakan untuk mengidentifikasi OTU yang secara signifikan terkait dengan PBB.
Haemophilus 
dan Neisseria OTUdiidentifikasi meningkat secara signifikan pada pasien dengan PBB 
(P < 0,001) (Gambar S3). Hasil ini didukung dengan menggunakan analisis spesies indikator antara 
PBB dan komunitas kontrol. Dua OTU secara signifikan dikaitkan dengan kelompok PBB, 
Haemophilus_3673 (P = 0,043) dan Neisseria_4022 (P = 0,05). Haemophilus_3673 adalah
anggota 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017

Dampak PBB pada mikrobioma paru
 5/13Gambar 2. Diagram batang terurut dari 20 OTU teratas yang ada di PBB dan subjek kontrol. Sampel diurutkan
oleh cluster hierarki ketidaksamaan Bray Curtis, plot atas. Kunci warna yang digunakan untuk setiap genus disertakan.
Rincian nomor pasien di plot bawah dimana status penyakit juga ditunjukkan dengan warna batang dengan warna merah
menunjukkan PBB dan biru menunjukkan subjek kontrol. Selain itu, plot batang yang lebih rendah menunjukkan salinan
log10 per μl yang dihitung oleh qPCR. Tidak ada perbedaan signifikan yang ditemukan antara nilai-nilai qPCR antara PBB
dan pasien kontrol (R = 0,023, P = 0,445). 
2

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075.g002 

anggota dari 20 OTU paling melimpah yang diamati. Kelompok kontrol memiliki 35 OTU yangsecara 
terkaitsignifikan, 9 di antaranya termasuk dalam 20 OTU yang paling melimpah. 
Membandingkan hasil kultur klinis standar bakterisekuensing gen 16s rRNA 
dengan hasiluntuk 24 pasien PBB, 20 (83,33%) kultur positif. Keempat pasien 
yangbudaya negatif, oleh sequencing, didominasi baik oleh Moraxella, Neisseria atau Hae 
mophilus Otus. Meskipun tidak ada pasien yang dibudidayakan Neisseria, 5 dari pasien tersebut
ditemukan sebagai 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017 6/13

Dampak PBB terhadap mikrobioma paru 

didominasi oleh Neisseria OTU dari hasil sekuensing. Tujuh belas (70,83%) dari 24 
pasien dibiakkan Haemophilus influenzae, sementara hanya 9 (52,94%) dari pasien yang sama 
ditemukan Haemophilus didominasi oleh sekuensing. Moraxella dikultur dari 3 pasien, 
dua dari tiga Moraxella ditemukan sebagai organisme dominan dengan sekuensing. Lain 
2 pasien, bagaimanapun, didominasi oleh Moraxella OTU meskipun tidak menjadi positif padacul 
mendatanguntuk bakteri. Hanya lima belas dari 24 pasien (62,5%) yang membiakkan organisme
dominan 
yang diidentifikasi dengan sekuensing. 
Baik kebiasaan merokok orangtua (R2 = 0,037, P = 0,145) atau menyusui (R2 = 0,012, 
P = 0,846) ditemukan untuk mempengaruhi perbedaan komunitas bakteri antara pasien dengan 
PBB dan kontrol yang sehat. 
Untuk memastikan apakah mengi menjelaskan variasi komunitas bakteri yang diamati 
antara pasien, diagnosis mengi diselidiki. Tidak ada perbedaan signifikan yang diamati 
antara pasien dengan dan tanpa mengi (R2 = 0,048, P = 0,34)(S4Gambar).Tidak ada pasien kontrol 
yang didiagnosis mengi. 

Dampak virus pernapasan terhadap komposisi bakteri 

pasien PBB diuji keberadaan virus pernapasan. Kehadiran virus 
(R2 = 0,166, P = 0,167) atau jumlah virus yang berbeda hadir (R2 = 0,227, P = 0,095) pada 
pasien tidak berpengaruh signifikan terhadap komposisi komunitas bakteri. Tidak satupun dari 6 
virus pernafasan yang menunjukkan pengaruh yang signifikan terhadap komposisi komunitas bakteri, 
rhi novirus (R2 = 0.057, P = 0.266), Respiratory Syncytial virus (RSV) (R2 = 0.048, P = 0.406), Coro 
navirus (R2 = 0,027, P = 0,844), metapneumovirus manusia (HMP) (R2 = 0,052, P = 0,314), 
adenovirus (R2 = 0,008, P = 0,99), parainfluenza (R2 = 0,057, P = 0,259). 

Pengambilan sampel ibu, usap tenggorokan versus usap hidung 

Ibu dari 16 anak (11 kasus PBB dan 6 kontrol sehat) diambil sampelnya menggunakanhidung 
usapdan tenggorokan. Untuk menyelidiki apakah metode pengambilan sampel ini sebanding, sampel 
dijernihkan menjadi 1.154 pembacaan (4 sampel hilang setelah penghalusan) setelahmultidimensi non-
metrik 
penskalaan(NMDS) menggunakan jarak Bray-Curtis digunakan untuk menyelidiki pengelompokan
berdasarkan 
kesamaan komunitas bakteri (S5 Gambar). 
Terutama sampel dari ibu yang sama tidak mengelompok bersama (S6 Fig). Tidak ada perbedaan
signifikan 
dalamShannon-Weiner (Z = -0.44, P = 0.7) atau timbal balik Simpson (Z = -1.24, P = 0.24) 
keragamanyang diamati antara dua kelompok sampel usap hidung versus tenggorokan.ada 
Namun  perbedaan yang signifikan dalam kekayaan (Z = 2,58, P <0,01)dengan swab tenggorokan
memiliki 
lebih berbeda Otus dari penyeka hidung. Selain itu, jumlah bakteri yang ditentukan oleh 
qPCR secara signifikan lebih tinggi pada usap tenggorokan dibandingkan dengan usap hidung (Z =
2,84, P < 0,01) 
(Gambar S6). Analisis oleh ADONIS dikonfirmasi hasil ini, dengan 11% dari variasi antarasam 
prinsip keuanganyang dijelaskan oleh jenis sampel (R2 = 0,11, P = 0,02). 

Anak-anak dan ibu 

Komunitas bakteri dalam paru-paru anak di bawah usia 2 tahun, baik dengan 
(N = 11) dan tanpa diagnosis PBB (N = 5), dibandingkan dengan komunitas bakteri yang 
ada di hidung dan tenggorokan mereka. ibu. Sampel dijernihkan menjadi 1.067 bacaan. Tidak ada 
usapan hidung atau tenggorokan ibu yang ditemukan memiliki kekayaan bakteri yang berbeda secara
signifikan 
dibandingkan dengan komunitas anak-anak menggunakan uji Wilcoxon rank sum test, diterapkan pada
sampel independen 
(hidung; kekayaan, W = 111, P = 0,317, tenggorokan; kekayaan, W = 164,5, P = 0,032). Perbedaan
signifikan 
pada timbal balik Shannon-Weiner dan Simpson diamati antara 
kedua grup (hidung; Shannon-Weiner, W = 138, P = 0,019, timbal balik Simpson, W = 138, 

PLOS ONE | https://doi.org /10.1371/journal.pone.01900757/13 27 Desember 2017

Dampak PBB pada mikrobioma paru 

P = 0,019; tenggorokan; Shannon-Weiner, W = 177, P = 0,007, timbal balik Simpson, W = 185, 

P = 0,002). Adonis menunjukkan terdapat perbedaan yang signifikan komposisi komunitas ketika 
membandingkan antara metode pengambilan sampel yang berbeda, sedangkan kontrol untuk sampel
keluarga (R2 = 
0,182, P < 0,001), hal ini menunjukkan bahwa saluran pernapasan bagian atas ibu tidak sebanding
dengan 
anaknya. 
Pengelompokan hierarkis Bray-Curtis digunakan untuk mendeteksi pola kesamaan dalam 
komposisi komunitas antara ibu dan anak mereka (Gambar 3). Secara keseluruhan sampel yang
dikumpulkan 
dari ibu dibandingkan dengan yang dari anak PBB berbeda nyata, namun 
ada satu pengecualian. Komunitas bakteri yang ada di usap tenggorokan 
ibu dan sikat buta dari anak dari keluarga 34 ditemukan memiliki 
banyak Streptococcus yang sama, serta Veillonella dan Neisseria (Gambar S6). 

Diskusi 
Studi ini memberikan wawasan pertama tentang komposisi komunitas bakteri yang ada 
di dalam paru-paru bayi dan anak-anak yang sehat dan mereka yang menderita bronkitis bakteri
persisten 
. Penyelidikan terhadap komunitas bakteri di dalam paru-paru anak-anak ini menyoroti 
dampak PBB pada mikrobiota paru-paru dan memberikan wawasan tentang perkembangan
penyakit. 
Di berbagai penyakit paru, termasuk COPD, non-CF bronkiektasis danfibrosis, 
cystic  penurunan keragaman dan penampilan dominan Otus dariberpotensi 
generapatogen telah diamati[16-20].Oleh karena itu, mungkin tidak mengherankan bahwa dalam 
penelitian ini terjadi penurunan signifikan dalam keanekaragaman bakteri yang terkait dengan PBB. 
Dalam penelitian ini, Haemophilus, Neisseria, Streptococcus dan Moraxella semuanya 
terwakili di antara OTU dominan dalam sampel PBB, meskipun DESeq2 danspesies indikator 
analisismenunjukkan bahwa hanya Haemophilus dan Neisseria OTU yang secara signifikan terkait 
dengan PBB. Hal ini kemungkinan besar disebabkan oleh jumlah pasien yang didominasi dalamsampel
khusus ini 
kumpulan(Gambar 3). Yang penting dalam banyak kasus, organisme dominan dengan pengurutan
bukanlah yang 
diidentifikasi oleh kultur, menyoroti keterbatasan potensial dari teknik kultur tradisional 
yang hasilnya biasanya menentukan strategi terapeutik. Telah diamati sebelumnya bahwa 
mikrobiologi konvensional memiliki potensi untuk melewatkan keberadaanberpotensi patogen 
organisme yang[16, 21]. 
Pengurutan mengidentifikasi Neisseria OTU sebagai dominan dalam sejumlah subjek dalam penelitian
ini 
namun kultur gagal mengidentifikasi Neisseria pada pasien mana pun. Kegagalan untuk mengenali
organisme pada 
penyakit saluran napas kronis ini mungkin menyebabkan hasil kultur 'negatif' dariBAL dan 
sampelsputum yang sering ditemui dengan adanya sekresi purulen. Ini 
mungkin sangat penting ketika datang ke Neisseria spesies, yang biasanya 
ditemukan berkoloni di mukosa nasofaring [22]. Meskipun banyak Neisseria spesies 
dianggap non-patogen, mereka telah terlibat dalam kasus pneumonia [23],periodontal 
penyakit[22] dan PPOK [24]. 
Tidak ditemukan perbedaan yang signifikan pada komunitas bakteri pasien PBB yang orangtuanya 
perokok dibandingkan dengan bukan perokok. Namun, karena rendahnya jumlah individu 
dalam penelitian ini, kami tidak dapat mengecualikan merokok memiliki efek pada komunitas bakteri
pada- 
anakanak. Penting untuk memperluas penelitian ini untuk memasukkan kumpulan sampel yang jauh
lebih besar untuk 
menyelidiki hal ini lebih lanjut. 
Mengi adalah gejala umum yang terkait dengan PBB [25], namun dalam dataset ini 
hanya didiagnosis pada sebagian anak yang menderita PBB dan bukan pada kelompok kontrol. Tidak
ada perbedaan 
dalam komunitas bakteri yang dikaitkan dengan diagnosis mengi, namun ini mungkin karena 
daya yang tidak mencukupi. 

PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017

Dampak PBB pada mikrobioma paru
8/13Gambar 3. Bagan batang terurut dari 20 OTU teratas yang ada di ibu dari anak-anak yang belajar lebih sedikit
dari 2 tahun dan anak-anaknya. Subkelompok ini mencakup anak-anak sehat (merah) dan mereka yang didiagnosis
PBB (biru). Ibu ditunjukkan dengan warna hijau. Sampel diurutkan oleh cluster hierarki ketidaksamaan Bray Curtis, yang
ditunjukkan di atas. Kunci warna yang digunakan untuk setiap genus disertakan. Plot batang bawah menunjukkan salinan
log 10 per μl yang dihitung oleh qPCR. 
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075.g003 
PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190075 27 Desember 2017 9/13

Dampak PBB pada mikrobioma paru 

Dalam penelitian ini sampel hidung dan tenggorokan diambil dari ibu yang memiliki anak di bawah 2 
tahun dan dibandingkan dengan hasil dari saluran udara bagian bawah keturunannya. Usap hidung 
dari ibu secara signifikan berbeda dari usap tenggorokan mereka sendiri, yang menunjukkan bahwa
ada 
perbedaan besar antara area saluran pernapasan bagian atas ini. Penelitian sebelumnya telah 
menunjukkan bahwa tidak seperti hidung, komunitas bakteri dari tenggorokan lebih mirip dengan 
saluran udara bagian bawah [11]. Dihipotesiskan bahwa komunitas bakteri yang ada di 
saluran pernapasan ibu dan anak berpotensi memiliki kesamaan, karena 
kedekatan mereka dan lingkungan bersama ketika anak-anak berusia di bawah 2 tahun. Namun
pada 
sebagian besar kasus, komposisi komunitas sampel ibu 
sangat berbeda dengan anak-anak mereka. Hanya satu kasus yang diamati dimanaoroibu 
komunitasfaringdan komunitas bakteri saluran napas bawah anak mereka serupa, dan 
sampel ini didominasi oleh organisme yang sama. 
Dimasukkannya sampel saluran napas bagian bawah dari kontrol yang sehat memberikan tantangan, 
terutama dalam penelitian pediatrik, karena sifat invasif dari metode pengambilan sampel yang
diperlukan untuk 
mengakses saluran pernapasan bagian bawah. Hal ini telah menghasilkan banyak studi pediatrik baik
pengambilan sampel 
saluran pernapasan bagian atas [26] atau termasuk "kontrol" dengan indikasi pernapasan lainnya [9, 
11]. Hilty dkk. mengamati penurunan Proteobacteria dan peningkatan Bacteroidetes pada 
kontrol dibandingkan dengan penderita asma, meskipun hanya 3 dari 7 kontrol mereka tidak memiliki
gejala pernapasan 
[11]. Studi saat ini menunjukkan bahwa data yang dihasilkan dari menyikat buta melalui 
tabung ET sebanding dengan yang diperoleh dengan visualisasi menggunakan bronkoskopi, yang
disebut 
sikat non-buta, memungkinkan masuknya anak-anak sehat yang dirawat di rumah sakit untuk alasan
yang 
tidak terkait dengan gejala pernapasan . 
Hal ini memiliki implikasi penting untuk penelitian mikrobiota saluran napas bagian bawah di masa
mendatang, terutama yang melibatkan bayi dan anak-anak, karena metode non-invasif akan
memungkinkan lebih banyak subjek untuk dipelajari dan memberikan kesempatan untuk melakukan
penelitian longitudinal dengan 
pengambilan sampel yang lebih teratur. 

Kesimpulan 
Sebagai kesimpulan, komunitas bakteri di dalam paru-paru anak dengan PBB menunjukkan keragaman
yang jauh lebih rendah daripada yang diamati pada anak sehat. Hal ini disebabkan tingginya tingkat 
dominasi Haemophilus, Neisseria, Streptococcus dan Moraxella. Dalam banyak kasus, 
organisme dominan dengan sekuensing bukanlah organisme yang diidentifikasi oleh kultur. Studi ini
adalah langkah pertama 
dalam menggunakan metode pengurutan generasi berikutnya untuk meningkatkan pemahaman kita
tentangbakteri komunitasdi dalam paru-paru anak dengan PBB. Metode-metode ini berpotensi
menghasilkan  perawatan yang lebih cepat dan lebih efektif, mengurangi risiko kekambuhan atau
perkembangan penyakit.