Mutasi, Polimorfisme, Genetik, dan Epigenetik

1. DNA - Gen
a. DNA : makromolekul jenis asam nukleat
b. Gen : DNA yang diekspresikan  fungsional 
c. 37 trillion sel, 3.2 milliar nukleotida/sel
d. Junk DNA : ternyata bukan  isinya sekuens berulang2 dan tiap
individu memiliki sekuens yang beda
e. Sifat suatu organisme yang disimpan dalam gen diturunkan ke
keturunannya dengan akurat
2. Gen terbagi menjadi 2 bagian utama
a. Bagian pengatur ekspresi gen (promoter)
b. Bagian structural
i. Exon : expression sequence
ii. Intron : Intervening sequence
c. Intron termasuk Gen, Junk DNA bukan
d. 1.5% DNA pengkode protein
e. Kodon : 3 nukleotida yang mengkode suatu asam amino
3. Ekspresi Gen
a. Transkripsi
i. Proses pembentukan mRNA
1. RNA Polimerasi : penginduksi proses
2. Promoter : TATA box dan CAAT Box
3. Ada enhancer dan silencer
4. Trankripsi : salin
5. Struktur kimia dari RNA tidak memungkinkan Timin,
digantikan urasil karena ada hubungan sama gulanya
6. HnRNA copy atau preRNA
Udh dibuang intron(diawal GT dan diakhiri AG)
RNA lariat : intron yang mau dibuang
7. Jadi mRNA pergi ke sitoplasma
ii. Kodon 
1. 20 asam amino yang memiliki rantai samping spesifik
2. Membuat macem2 struktur protein
3. Ada enzim, protein kanal, mikrotubul, dkk
4. Mutasi Gen
a. Perubahan susunan nukleotida pada suatu gen yang dapat
diturunkan
b. Kapan terjadinnya mutase gen
i. Mutasi germinal
1. Terjadi pada sel germinal(spermatogenesis dan
oogenesis)
2. Akan diturunkan ke keturunannya
3. Mutase gen akan menetap pda organisme tersebut dan
ada pada setiap sel dari tubuhnya
ii. Somatik
1. Terjadi pada sel somatic
2. Terjadi pada suatu waktu dalam kehidupan suatu
mahlujk hidup
3. Gak diturunkan
c. Jenis2 mutasi
i. Substitusi
aSatu atau lebih basa nitrogen digantikan oleh basa nitrogen
yang lain  dapat menyebabkan perubahan struktur asam
amino bisa parah
ii. Delesi
Satu atau lebih basa nitrogen hilang opada sautu untaian DNA
iii. Insersi
Satu atau lebih basa nitrogen masuk pada suatu untaian DNA
iv. Delesi dan insersi menyebabkan framseshift  oembacaan
kodon menjadi bergeser menjadi penyebab penyakit
v. Perubahan basa nitrogen bisa:
1. Merubah asam amino : Missense
2. Tidak merubah AA : Silent
3. Kodon jadi kodon stop : Nonsense
4. Mutasi yang tidak dapat merubah fenotip suatu
organisme Mutasi netral
Ex : mutasi pada protein enzim Cuma bukan di bagian
binding mungkin gak berubah
vi. Buta warna ada 6
d. Berdasarkan factor penyebab mutase
i. Mutasi spontan
1. Sangat jarang terjadi
2. Penyebabnya tidak diketahui
3. Di sel eukariota, kecepatan mutase 10-7 sampe 10-9 basa
per tiap generasi. Kecepatan mutase gen 10-4 sampe 10-7
per generasi
ii. Mutasi yang diinduksi
1. Adanya paparan zat agent yang bisa menyebabkan
mutasi (mutagen)
2. Diklasifikasikan menjadi 3 bagian
a. Bahan kimia
i. Zat alkulating, dapat memindahkan gugs
alkir ke basa nitrogen pada untaian DNA
Ex: Gas mustard, gas EMS
ii. Basa analog  punya struktur yang mirip
dengan basa nutrigen sehingga dapat
terintegrasi ke dalam molekul DNA
iii. Zat yang dapat mendeaminasi gugus amino
pada basa nitrogen
iv. Zat yang dapat menhidrolasi
v. Zat warna akridin, yang dapat
menginterkalasi moleul DNA sehingga DNA
menjadi kaku dank kerad dan dapat
merubah struktur DNA
Ex: Proflavin, Akridin orange
b. Agen fisik
i. Radiasi sinar berion
Menyebabkan pelepasan electron,
membentuk ion bebas yang radikal 
menyebabkan perubahan struktur kromosom
Ex : sinar gamma, sinar X dan sinar cosmic
ii. Radiasi sinar non-ionik
 Energi yang rendah hanya menembus
permukaaan sel atau jarangan dan tidak
menyebabkan ionisasi
Ex ; Sinar UV  menyebabkan pirimidin
hidrat dan pirimidin dimer
c. Elemen genetik yang dpt pindah(transpose)
i. Dalam tubuh ada DNA yang bisa
pindah/loncat, namanya Jump DNA
ii. Transposon DNA dikenali oleh transpoase
iii. DNAnya bisa cleavage keluar DNA trus
masuk DNA lain
iv. Adanya delesi dan insersi meyebabkan
gen tidak berfungsi
3. 3 Faktor penyebab terjadinya mutasi gen
a. Ketidakakuratan proses replikasi DNA
Tautomerisasi : atom H pindah dari satu posisi ke
posisi lain pada purin dan pirimidin.
Ex : timin dan guanine yg keto form jadi enol form,
sitosin amino form jadi iminoform. Akibatnya
nukleotida berikatan dengan yang tidak
seharusnya (A-C dan G-T)
b. Kegagalan proses perbaikan dna yang rusak
i. Mutasi transisi
Pergantain basa pruin dengan purin/
primidin dgn primidin
ii. Mutasi transversi
Pergantian purin dgn pirimidin dan vice
versa
Ex : Sickle cell anemia ( AT)
iii. Mekanisme perbaikan DNA yang rusak ada
2 cara
1. Menggunting
a. Enzim DNA glikosilasi
mengenal dan menggunting
 b. DNA polimerasi’
mengisi kekosongan nukleotida
c. DNA ligase
menyabmbung untaian yang
putus
2. Perbaikan dengan menggunakan
sinar
a. DNA fotoliase megenali dan
mengikat timin dimer
b. Menggunakan sinar untuk
memutuskan ikatan timin
3. Xeroderma pigmentosum
a. DNA rusak akibat paparan sinar
UV, mengalami gangguan
b. Berlanjut ke kanker kulit
c. Tingkat pemaparan bahan mutagen yang
menyebabkan terjadinya mutasi gen
5. Polimorfisme
a. Bentuk yang banyak
b. Keadaan di mana 2 alel atau lebi dalam suatu lokus denga frekuensi
di suatu populasi lebih dari 1 %
Ex : golongan darah ABO dan MN
c. Kalo alel frekuensi kurang dari 1 % maka disebut sebagai varian/alel
jarang
Ex : golongan darah O Bombay, sickle cell anemia
d. Bentuk Polimorfism
i. Single Nucleotide Polimorfism (SNP)
1. Polimorfisme pada untaian DNA yang berisi variasi basa
nitrogen
ii. Variable number of tandem repeat (VNTR)  minisattelite
1. Pengulangan fragment DNA lebih dari 6 nukleotida
2. 50% dari DNA kita ada repetisi DNA
3. Saia bosan
iii. Microsattleites (Short Tandem Repeat Polymorphism STRP
 1. Polimorfisme yang dibentuk oleh pengulangan beberapa
nukleotida seperti (TG)n, (CAA)n, (GATA)n,
2. Bisa buat ngecek mayat forensik, dengan menganalisis
VTRP dan STRP
3. Ayahnya alel (AC)10, (AC)18. Ibunya (AC)26,(AC)14. Anaknya
bisa (AC)10,(AC)14 atau (AC)18, (AC)26.
e. Deteksi Polimorphisme
1. RFLP
a. Diagnosis Sickle cell anemia
b. Pake enzim restriksi yang membaca sequence
palindrome
c. HbA CCT GAG GAG
d. HbB CCT GTG GAG
e.
2. PCr
3. PCR – DNA Sequencing
4. Southern Blot
f. Genetic and Epigenetic
i. Epigenetik : Perubahan fenotip berubah karena
1. Metilasi DNA
Metil nempel di DNA
penambahan/transfer gugus metil ke C5 sitosin soalnya
Cuma itu yang strukturnya memungkinkan
CpG island : CGCGCGCG  Cnya bisa termetilasi
Di bagian promoter ada yang namanya CpG island, kalo
ada metil di C jadi tidak bisa nempel faktor
transkripsinya. p = ikatan fosfodiester
60-90% dari CpG sekuens udh termetilasi
Walaupun replikasi DNA membentuk rantai DNA yang
baru, tetep ae termetilasi yang baru
Untuk menginduksi transkripsi, 1000 protein bekerja
sama nempel di bagian promoter
Tingkat metilasi DNA
Hipometilasi : Berkaitan dengan peningkatan ekspresi
gen dan gemone instabilitu
 Hipermetilasi : Penekanan ekspresi gen
Deaminasi ;Mutasi MeCpG TpG
Meningkatkan Uv-induced mutation
Carcinogen induced mutations
2. Modifikasi Histone
Terjadi di ekor histone Tidak aksesibel ke faktor
transkripsi soalnya kalo mau transkripsi harus lepas dari
histonenya
- Fosfolirasi, Asetilasi, metilasi, Ubiquitylation(jarang)

3. Pengaruhnya ke ekspresi gen

4. Gen juga bisa Cuma kalo mutasi di promoter
5. Yang dihambat proses translasi
ii. Differensiasi
1. Sel normal  sel kanker pada kolon
2. Epitel kolon yang paling dalam menglami diferensiasi
3. Kanker kolon ada pengaruh dari Dna metilasi
4. Normal epitelium Hiperproliferasi Adenoma Klas I
Adenoma klas II Adenoma klas III Carcinoma
5.