Salah satu alasan dibentuknya suatu organisasi adalah adanya tujuan yang ingin dicapai. Untuk mencapai tujuan-tujuan tersebut, diperlukan adanya strategi. Untuk menjamin bahwa strategi tersebut dapat terlaksana secara efektif dan efisien, suatu organisasi memerlukan system pengendalian manajemen sehingga tujuan organisasi pun dapat tercapai. Adapun pengendalian manajemen meliputi beberapa aktivitas, yaitu perencanaan; koordinasi antar berbagai bagian dalam organisasi; komunikasi informasi; pengambilan keputusan; memotivasi orang-orang dalam organisasi agar berperilaku sesuai dengan tujuan organisasi; pengendalian; dan penilaian kerja. Namun tidak semua organisasi mampu mencapai tujuannya. Kegagalan organisasi dalam mencapai tujuan yang telah ditetapkan sebelumnya dapat terjadi karena adanya kelemahan pada salah satu atau beberapa tahap dalam proses pengendalian manajemen. System pengendalian manajemen sektor publik berfokus pada bagaimana melaksanakan strategi organisasi secara efektif dan efisien sehingga tujuan organisasi dapat tercapai. System pengendalian manajemen tersebut harus didukung dengan factor-faktor lain, yaitu berupa struktur organisasi yang sesuai dengan tipe pengendalian manajemen yang digunakan, manajemen sumber daya manusia, dan lingkungan yang mendukung. Adapun tipe pengendalian manajemen dapat dikategorikan menjadi tiga kelompok, yaitu pengendalian preventif yang terkait dengan perumusan strategi perencanaan strategik yang dijabarkan dalam bentuk program-program; pengendalian operasional yang terkait dengan pengawasan pelaksanaan program yang telah ditetapkan melalui anggaran, sehingga anggaran dapat menghubungkan perencanaan dan pengendalian; dan pengendalian kinerja berupa analisis evaluasi kinerja berdasarkan tolak ukur kinerja yang telah ditetapkan. Selain tipe pengendalian manajemen, factor lain yang juga mendukung system pengendalian manajemen adalah struktur organisasi yang baik. Struktur organisasi yang baik dapat membantu tercapainya tujuan organisasi secara efektif dan efisien. Dengan adanya struktur organisasi, manajer atau pimpinan perusahaan dapat mendelegasikan tugas dan wewenang ke unit- unit yang memiliki kompetensi sehingga mengurangi beban tugas manajer pusat dan akan menghasilkan output yang optimal. Proses pengendalian manajemen pada organisasi sektor publik dapat dilakukan dengan menggunakan saluran komunikasi formal dalam organisasi, yang meliputi perumusan strategi, perencanaan strategik, penganggaran, pelaksanaan anggaran, dan pengevaluasian kinerja. System pengendalian manajemen suatu organisasi dirancang untuk mempengaruhi orang-orang di dalam organisasi tersebut agar berperilaku sesuai dengan tujuan organisasi. Dalam organisasi, setiap individu juga memiliki tujuan personal. Untuk menyikapi hal tersebut, maka diperlukan adanya system pengendalian manajemen yang berfungsi sebagai penghubung yang mampu mengantarkan organisasi mencapai tujuannya namun tetap selaras dengan tujuan personal masing-masing individu dalam organisasi tersebut.