CARA MENYUSUN SEKUEN PALINDROM

Pertama-tama, pahami terlebih dahulu bagaimana sekuensing DNA. Suatu sekuen DNA dibaca
dengan arah sekuen 5’ ke 3’, dan untuk DNA, pasangannya 3’ ke 5’. Misalnya kita memiliki
sekuen sebagai berikut:

5’ AGTCC 3’………….(1)
Maka pasangannya adalah berikut ini:

5’ AGTCC 3’………….(1)
3’ TCAGG 5’………….(2)
A diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan T
G diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan C
T diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan A
C diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan G

Hal ini berdasarkan teori basa nitrogen, dimana basa nitrogen pada asam nukleat terbagi menjadi
2 jenis, yaitu basa purin dan basa pirimidin. Basa purin pada DNA adalah Adenin yang
dilambangkan dengan A, dan Guanin yang dilambangkan dengan G. Sementara itu, basa
pirimidin pada DNA adalah Timin yang dilambangkan dengan T, dan Cytosin yang
dilambangkan dengan C. Hukumnya adalah basa purin akan selalu berpasangan dengan basa
pirimidin. masing-masing basa sudah memliki pasangannya masing-masing, di manan A
berpasangan dengan T, dan G berpasangan dengan C. Oleh sebab itulah, sekuen (1) berpasangan
dengan sekuen (2) dengan cara demikian.

Sekarang kita akan masuk ke sekuen palindrom. Sekuen palindrom adalah sekuen yang seolah
memiliki cermin, di mana cermin yang dimaksud adalah berpasangan secara basa purin-
pirimidin apabila ditarik garis khaya di tengah. Karena merupakan cermin, maka secara
otomatis merupakan suatu sekuen yang simetris apabila dibagi menjadi dua/ditarik garis
cerimnnya di tengahnya. Dari sekuen (1) di atas, kita akan membuat sekuen palindrom. Langkah-
langkahnya adalah sebagai berikut.
1. Siapkan 5 sekuen terlebih dahulu

5’ AGTCC 3’
2. Terjemahkan sekuen dengan ketentuan:
A diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan T
G diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan C
T diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan A
C diterjemahkan menjadi/berpasangan dengan G

5’ AGTCC 3’
3’ TCAGG 5’
3. Sekarang kita akan membuat cerminnya. Perhatikan langkah-langkahnya dengan baik.
a. Sekarang kita mempunyai sekuen sebagai berikut

5’ AGTCC | ABCDE 3’
3’ TCAGG | ABCDE 5’
Bagian yang distabilo kuning, ketikkan ulang di bagian hijau dengan cara
mengetikkannya dari belakang ke depan, sehingga menjadi seperti ini:

5’ AGTCC | GGACT 3’
3’ TCAGG | ABCDE 5’
b. Sekarang kita akan membuat cermin untuk bagian bawah.

5’ AGTCC | GGACT 3’
3’ TCAGG | ABCDE 5’

Bagian yang distabilo biru, ketikkan ulang di bagian pink dengan cara
mengetikkannya dari belakang ke depan, sehingga menjadi seperti ini:
 5’ AGTCC | GGACT 3’
3’ TCAGG | CCTGA 5’
c. Sekarang, kita sudah mempunyai pasangan sekuen palindrom DNA dengan panjang
10 basa.

5’ AGTCC | GGACT 3’
3’ TCAGG | CCTGA 5’
Jika ingin memastikan benar atau salah, silakan cek pasangannya sesuai aturan yang
sudah ditulis sebelumnya.

5’ AGTCCGGACT 3’
3’ TCAGGCCTGA 5’