3g.

Identifikasi asal organisme dari gen GSTM2

Jawab :
Gen GSTM2 berasal dari organisme Homo sapiens atau manusia.
3i. Identifikasi urutan asam amino (rantai polipeptida) yang dikode oleh gen GSTM2
Jawab :
>NP_001135840.1 glutathione S-transferase Mu 2 isoform 2 [Homo sapiens]

1 mpmtlgywni rglahsirll leytdssyee kkytmgdapd ydrsqwlnek fklgldfpnl

61 pylidgthki tqsnailryi arkhnlcges ekeqiredil enqfmdsrmq laklcydpdf
121 eklkpeylqa lpemlklysq flgkqpwflg dkitfvdfia ydvlernqvf epscldafpn
181 lkdfisrfeh s

3m. Perhatikan bahwa halaman yang berisi data mRNA memiliki format yang mirip
dengan data protein
1. Identifikasi informasi yang terdapat pada GBFF (lihat poin 3f), meliputi locus,
ukuran panjang nukleotida, entry date dll
Jawab :
a. Isoform/varian 1

b. Isoform/varian 2

c. Perbedaan dari kedua mRNA

- Ukuran nukleotida pada isoform ke-2 lebih panjang dibandingkan varian 1
- Start codon pada isoform 1 adalah AUG dan stop codonnya adalah UAG
- Start codon pada isoform 2 adalah AUG dan stop codonnya adalah UGA
2. Bandingkan data ukuran nucleotide pada halaman data mRNA dengan ukuran
nucleotide pada data genomic DNA (hasil yang telah anda peroleh pada poin 3i),
Mengapa ukuran nucleotida antara genomic DNA dan mRNA gen HB1 berbeda?
Jawab :
Diketahui pada data DNA GSTM2 memiliki panjang 15941 nt, sedangkan pada
mRNA GSTM2 varian 1 memiliki panjang sequence 1166 nt. Centra dogma
merupakan konsep biologi molekuler yang membahas tentang keterkaitan DNA, RNA
dan sintesis protein. Centra dogma meliputi tiga mekanisme kerja DNA yakni
replikasi, transkripsi dan translasi. Replikasi adalah proses meng-copy secara utuh 2
untai DNA menjadi 2 untai yang baru. Transkripsi merupakan proses meng-copy salah
satu untai DNA menjadi mRNA. Sedangkan, translasi adalah proses penterjemahan
mRNA menjadi polipeptida.

Proses penyimpanan dan pemindahan informasi genetika ini dinyatakan dalam

suatu dalil yang disebut Dogma Central, ditemukan oleh Francis Crick dan George
Gamov pada tahun 1957. Prinsip dari Dogma sentral ini adalah DNA menjadi penentu
jenis RNA yang selanjutnya akan diterjemahkan menjadi suatu protein. Selain itu,
informasi yang diteruskan menjadi protein tidak dapat dikembalikan menjadi bentuk
asalnya DNA. Pada proses transkrip terdapat beberapa faktor-faktor yang mengatur
atau yang disebut protein-protein faktor transkripsi (TF). Misalnya di belakang
promoter ada sekuen DNA berurutan TATA. Sekuen TATA yang kemudian disebut
TATA box menjadi salah satu penunjuk lokasi gen yang hanya berjumlah 10 % itu
pada “lautan” genom yang 90 %-nya tidak mengkode gen. Setelah transkripsi terjadi,
pada sel-sel eukariot (sel berinti seperti pada manusia), sebelum memasuki tahap
translasi masih terjadi proses lanjutan yaitu splicing yaitu penghilangan bagian gen
yang tidak mengkode protein atau intron. Gen sel eukariot mengandung bagian yang
disebut exon yaitu bagian yang akhirnya digunakan untuk mengkode protein dan
intron. Selain splicing, juga ada proses penstabilan RNA dengan memberikan cap/topi
yaitu sejenis gugus kimia di ujung-ujunganya yaitu gugus metil guanosin di ujung 5’
dan gugus poli adenin di ujung 3’. Intron hanya dimiliki oleh sel eukariot. Proses
splicing/pemotongan intron dapat menghasilkan protein yang berbeda dari gen yang
sama yaitu dengan mengkombinasikan bagian berbeda.1,2
3. Pada urutan nucleotida yang terdapat pada bagian ‘origin’ identifikasi daerah
CDS, posisi start codon, dan 5’ UTR dan 3’ UTR
Jawab :
a. Varian 1

UTR 5’

UTR 3’

 Daerah yang ter-highlight warna coklat adalah daerah CDS atau yang berada
pada baris 1-661.
 Start codon berada pada baris ke-1.
 Stop codon berada pada baris ke-661.
 UTR 5’ adalah bagian yang diberi garis bawah berwarna biru, sedangkan UTR
3’ adalah bagian bawah yang diberik garis bawah berwana orange.
 b. Varian 2
UTR 5’

UTR 3’

 Daerah yang ter-highlight warna coklat adalah daerah CDS atau yang berada
pada baris 1-601.
 Start codon berada pada baris ke-1.
 Stop codon berada pada baris ke-601.
 UTR 5’ adalah bagian yang diberi garis bawah berwarna biru, sedangkan UTR
3’ adalah bagian bawah yang diberik garis bawah berwana orange.
4. Pada halaman mRNA, klik FASTA dan copy urutuan nukleotida mulai dari
string >NM_..|ATG.... TAA!
Jawab :
a. Variant 1

>NM_000848.4: 60-716 Homo sapiens glutathione S-transferase mu 2

(GSTM2), transcript variant 1, mRNA
 ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCCATTCCATCCGCCTGCTCCTGGAATAC
ACAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACGCTCCTGATTATGACAGAAGCCAGTGG
CTGAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCCTACTTGATTGATGGGACTCACAAG
ATCACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGCGGGGAATCAGAAAAG
GAGCAGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCGTATGCAGCTGGCCAAACTCTGC
TATGACCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTCCCTGAAATGCTGAAGCTCTAC
TCACAGTTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCTTTGTGGATTTCATCGCTTAT
GATGTCCTTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTTCCCAAACCTGAAGGACTTC
ATCTCCCGATTTGAGGGCTTGGAGAAGATCTCTGCCTACATGAAGTCCAGCCGCTTCCTCCCAAGACCT
GTGTTCACAAAGATGGCTGTCTGGGGCAACAAGTAG
b. Varian 2
>NM_001142368.2:60-635 Homo sapiens glutathione S-transferase mu 2
(GSTM2), transcript variant 2, mRNA
ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCCATTCCATCCGCCTGCTCCTGGAATACA
CAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACGCTCCTGATTATGACAGAAGCCAGTGGCT
GAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCCTACTTGATTGATGGGACTCACAAGATC
ACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGCGGGGAATCAGAAAAGGAGC
AGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCGTATGCAGCTGGCCAAACTCTGCTATGA
CCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTCCCTGAAATGCTGAAGCTCTACTCACAG
TTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCTTTGTGGATTTCATCGCTTATGATGTCC
TTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTTCCCAAACCTGAAGGACTTCATCTCCCG
ATTTGAGCATTCCTGA
DAFUS

1. Wardani A, Wijayanti S, Widyastuti E. Pengantar Bioteknologi. I. Press U, editor.

Malang: UB Press; 2017.

2. Witarto A, Sajidan. Bioinformatika: Trend dan Prospek dalam Pengembangan Keilmuan

Biologi. Semin Nas Pendidik Biol FKIP UNS. 2010;1–11.