LAPORAN PRAKTIKUM

MATA KULIAH NUTRIGENOMIK DAN APLIKASI TEKNIK

MOLEKULER

PERCOBAAN 5: BIOINFORMATICS

Dosen Pengampu:

Faizah Fulyani, S.Si., M.Sc., Ph.D.

Disusun Oleh:

Nourmalia Indah Prasanti 22030119130056

Wahyu Widyastuti Putri Handayani 22030119130102

Agista Sofia Fara Hamida 22030119140146

Kelompok 2

Tanggal praktikum: 14 Maret 2022

DEPARTEMEN ILMU GIZI

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERITAS DIPONEGORO

2022
 PENELUSURAN GEN PADA SITUS NCBI DAN BLAST

1. Identifikasi data yang terdapat pada GenBank Flatfile Format (GBFF),

meliputi locus, panjang rantai asam amino, entri data dll.
Jawab:
Glutathione S-transferase Mu 2 isoform 2 [Homo sapiens]
a. Locus: NP_001135840
b. Panjang rantai asam amino: 191 aa (linear)
c. Entry data: PRI 12-DEC-2021
d. Definisi: glutathione S-transferase Mu 2 isoform 2 [Homo sapiens].
e. Akses: NP_001135840
f. Versi: NP_001135840.1
g. Dbsource Refseq: accession NM_001142368.2
h. Keywords: RefSeq
i. Urutan asam amino:
MPMTLGYWNIRGLAHSIRLLLEYTDSSYEEKKYTMGDAPDYDRS
QWLNEKFKLGLDFPNLPYLIDGTHKI
TQSNAILRYIARKHNLCGESEKEQIREDILENQFMDSRMQLAKLC
YDPDFEKLKPEYLQALPEMLKLYSQ
FLGKQPWFLGDKITFVDFIAYDVLERNQVFEPSCLDAFPNLKDFIS
RFEHS
j. Sekuens nukleutida:
ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCC
ATTCCATCCGCCTGCTCCTGGAATACA
CAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACG
CTCCTGATTATGACAGAAGCCAGTGGCT
GAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCC
TACTTGATTGATGGGACTCACAAGATC
ACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCAC
AACCTGTGCGGGGAATCAGAAAAGGAGC
AGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCG
TATGCAGCTGGCCAAACTCTGCTATGA
 CCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTC
CCTGAAATGCTGAAGCTCTACTCACAG
TTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCT
TTGTGGATTTCATCGCTTATGATGTCC
TTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTT
CCCAAACCTGAAGGACTTCATCTCCCG
ATTTGAGCATTCCTGA
2. Identifikasi asal organisme dari gen GSTM2
Jawab:
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini;
Hominidae; Homo.
3. Identifikasi urutan asam amino (rantai polipeptida) yang dikode oleh gen
GSTM2
Jawab:

1 atgcccatga cactggggta ctggaacatc cgcgggctgg cccattccat ccgcctgctc

61 ctggaataca cagactcaag ctacgaggaa aagaagtaca cgatggggga cgctcctgat
121 tatgacagaa gccagtggct gaatgaaaaa ttcaagctgg gcctggactt tcccaatctg
181 ccctacttga ttgatgggac tcacaagatc acccagagca acgccatcct gcggtacatt
241 gcccgcaagc acaacctgtg cggggaatca gaaaaggagc agattcgcga agacattttg
301 gagaaccagt ttatggacag ccgtatgcag ctggccaaac tctgctatga cccagatttt
361 gagaaactga aaccagaata cctgcaggca ctccctgaaa tgctgaagct ctactcacag
421 tttctgggga agcagccatg gtttcttggg gacaagatca cctttgtgga tttcatcgct
481 tatgatgtcc ttgagagaaa ccaagtattt gagcccagct gcctggatgc cttcccaaac
541 ctgaaggact tcatctcccg atttgagcat tcctga
4. Dimanakah letak gen HB1 pada genome. Tips : lihat informasi pada bagian
Genomic context untuk melihat letaknya pada kromosom dan lihat pada
informasi Genomic regions, transcripts, and products untuk melihat posisi
urutan nucleotida dan ukuran nucleotidenya pada genome. “Klik kiri” pada
bar bewarna hijau yang bertuliskan HB1. Explore bar hijau pada dengan
tahan klik kiri dan geser mouse ke kanan/ kiri. Amati yang terjadi.
Jawab:
 Lokasi: 1p13.3 (Kromosom no 1, lengan pendek, region 13, band 3)
5. Hitung jumlah exon yang terdapat pada gen HB1. Tips: Hitung jumlah kotak
yang bewarna hijau tua.
Jawab:
Jumlah exon: 10
6. Identifikasi gen lain yang berada di sekitar gen HB1. Kelompokan menjadi
gen-gen yang berada pada daerah 5’ dan pada daerah 3 ‘. Tips: lihat informasi
pada bagian Genomic context.
Jawab:
5’= RPL7P8, GSTM4
3’= GSTM1, GSTM5
7. Terlibat dalam fungsi apakah gen HB1 yang anda teliti ini. Tips: lihat pada
bagian General Gene Information / Gene ontology
Jawab:
Fungsi:
 Memungkinkan pengikatan enzim
 Memungkinkan pengikatan asam lemak
 Memungkinkan pengikatan glutathione peroksidase
 Memungkinkan aktivitas glutathione transferase
 Memungkingkan aktivitas peningkatan protein
 Memungkinkan aktivitas homodimerisasi protein
 Memungkinkan pengikatan reseptor persinyalan
8. Identifikasi informasi yang terdapat pada GBFF (lihat poin 3f), meliputi
meliputi locus, ukuran panjang nucleotide, entry date dll.
Jawab:
a. Locus: NP_001135840
b. Ukuran panjang nucleotide: 191 aa
c. Entry date: PRI 12-DEC-2021
9. Bandingkan data ukuran nucleotide pada halaman data mRNA dengan ukuran
nucleotide pada data genomic DNA (hasil yang telah anda peroleh pada poin
3i), Mengapa ukuran nucleotida antara genomic DNA dan mRNA gen HB1
 berbeda? Tips: Ingat mengani konsep dogma central terutama aplikasinya
pada sistem eukaryote.
Jawab:
Ukuran panjang nucleotide DNA: 191 aa
Ukuran panjang nucleotide mRNA: 1166 bp
Terdapat perbedaan ukuran antara nucleotide DNA dengan mRNA. Hal ini
dikarenakan mRNA merupakan hasil transkrip atau salinan, dari satu molekul
ke molekul yang lain. Proses kerja transkripsi dengan menyediakan suatu
cetakan untuk penyusunan urutan neklotida RNA. Molekul RNA yang
dihasilkan merupakan transkrip penuh dari instruksi-instruksi pembangun
protein dari gen tersebut.
10. Klik hyperlink CDS amati apa yang terjadi
Jawab:

Setelah klik “CDS” pada bagian Origin ada bagian yang terblok warna
cokelat. Hal ini menandakan daerah CDS
11. Pada urutan nucleotida yang terdapat pada bagian “origin” identifikasi daerah
CDS, posisi start codon, stop codon, dan 5’ UTR dan 3‘ UTR.
Jawab:

1 aca aac gct gag ccc cgc ccc gct gag gcc tgt ctg cag aat cca cag caa cca gca cca
61 tgc cca tga cac tgg ggt act gga aca tcc gcg ggc tgg ccc att cca tcc gcc tgc tcc
121 tgg aat aca cag act caa gct acg agg aaa aga agt aca cga tgg ggg acg ctc ctg att
181 atg aca gaa gcc agt ggc tga atg aaa aat tca agc tgg gcc tgg act ttc cca atc tgc
241 cct act tga ttg atg gga ctc aca aga tca ccc aga gca acg cca tcc tgc ggt aca ttg
301 ccc gca agc aca acc tgt gcg ggg aat cag aaa agg agc aga ttc gcg aag aca ttt tgg
361 aga acc agt tta tgg aca gcc gta tgc agc tgg cca aac tct gct atg acc cag att ttg
421 aga aac tga aac cag aat acc tgc agg cac tcc ctg aaa tgc tga agc tct act cac agt
481 ttc tgg gga agc agc cat ggt ttc ttg ggg aca aga tca cct ttg tgg att tca tcg ctt
541 atg atg tcc ttg aga gaa acc aag tat ttg agc cca gct gcc tgg atg cct tcc caa acc
601 tga agg act tca tct ccc gat ttg agg gct tgg aga aga tct ctg cct aca tga agt cca
661 gccgcttcct cccaagacct gtgttcacaa agatggctgt ctggggcaac aagtagggcc
721 ttg aag gcc agg agg tgg gag tga gga gcc cat actcagc ctgctgccca ggctgtgcag
781 cgcagctgga ctctgcatcc cagcacctgc ctcctcgttc ctttctcctg tttattccca
841 tct ttactcc caagacttca ttgtccctct tcactccccc taaacccctg tcccatgcag
901 gcc ctt tga agc ctc agc tac cca cta tcc ttc gtg aac atc ccctccca tcattaccct
961 tccctgcact aaagccagcc tgaccttcct tcctgttagt ggttgtgtct gctttaaagg
1021 gcctgcctgg cccctcgcct gtggagctca gccccgagct gtccccgtgt tgcatgaagg
1081 agcagcattg actggtttac aggccctgct cctgcagcat ggtccctgcc ttaggcctac
1141 ctgatggaag taaagcctca accaca

CDS : 1 a
61 tgcccatgac actggggtac tggaacatcc gcgggctggc ccattccatc cgcctgctcc
121 tggaatacac agactcaagc tacgaggaaa agaagtacac gatgggggac gctcctgatt
181 atgacagaag ccagtggctg aatgaaaaat tcaagctggg cctggacttt cccaatctgc
241 cctacttgat tgatgggact cacaagatca cccagagcaa cgccatcctg cggtacattg
301 cccgcaagca caacctgtgc ggggaatcag aaaaggagca gattcgcgaa gacattttgg
361 agaaccagtt tatggacagc cgtatgcagc tggccaaact ctgctatgac ccagattttg
421 agaaactgaa accagaatac ctgcaggcac tccctgaaat gctgaagctc tactcacagt
481 ttctggggaa gcagccatgg tttcttgggg acaagatcac ctttgtggat ttcatcgctt
541 atgatgtcct tgagagaaac caagtatttg agcccagctg cctggatgcc ttcccaaacc
601 tgaaggactt catctcccga tttgagggct tggagaagat ctctgcctac atgaagtcca
661 gccgcttcct cccaagacct gtgttcacaa agatggctgt ctggggcaac aagtag
Start codon: TAC  901 gcc ctt tga agc ctc agc tac cca cta tcc ttc gtg aac atc ccctccca
tcattaccct
Stop codon: ATC  901 gcc ctt tga agc ctc agc tac cca cta tcc ttc gtg aac atc ccctccca
tcattaccct
5’ UTR: 1 aca aac gct g ag ccc cgc cc c gct gag gcc tgt ctg cag a at cca cag ca a
cca gca cc
3’ UTR: 1141 acacca actccgaaat gaaggtagtc catccggatt ccgtccctgg …… ccgg 661
12. Masih pada CDS, perhatikan ada pop out window pada bagian kiri halaman
data mRNA. Klik Fasta maka urutan nucleotide pada CDS akan ditampilkan
dalam bentuk fasta format. Copy urutan nucleotide mulai dari string >
NM_ ..|ATG.... TAA
Jawab:

>NM_000848.4:60-716 Homo sapiens glutathione S-transferase mu 2

(GSTM2), transcript variant 1, mRNA

ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCCATTCCATCCGCCTGCTCCTGGAA
TACA
CAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACGCTCCTGATTATGACAGAAGCCAGT
GGCT
GAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCCTACTTGATTGATGGGACTCACAA
GATC
ACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGCGGGGAATCAGAAAAG
GAGC
AGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCGTATGCAGCTGGCCAAACTCTGCT
ATGA
CCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTCCCTGAAATGCTGAAGCTCTACTC
ACAG
TTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCTTTGTGGATTTCATCGCTTATGAT
GTCC
TTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTTCCCAAACCTGAAGGACTTCATCT
CCCG
ATTTGAGGGCTTGGAGAAGATCTCTGCCTACATGAAGTCCAGCCGCTTCCTCCCAAGACCTGTGTT
CACA
AAGATGGCTGTCTGGGGCAACAAGTAG

>NM_001142368.2:60-635 Homo sapiens glutathione S-transferase mu 2

(GSTM2), transcript variant 2, mRNA
ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCCATTCCATCCGCCTGCTCCTGGAA
TACA
CAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACGCTCCTGATTATGACAGAAGCCAGT
GGCT
GAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCCTACTTGATTGATGGGACTCACAA
GATC
ACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGCGGGGAATCAGAAAAG
GAGC
AGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCGTATGCAGCTGGCCAAACTCTGCT
ATGA
CCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTCCCTGAAATGCTGAAGCTCTACTC
ACAG
TTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCTTTGTGGATTTCATCGCTTATGAT
GTCC
TTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTTCCCAAACCTGAAGGACTTCATCT
CCCG
ATTTGAGCATTCCTGA
13. Untuk dapat melakukan analisis dengan menggunakan BLAST maka
pertama-tama kita harus memiliki data urutan nucleotide. Untuk itu kita akan
menggunakan data nucelotida HB1 yang telah kita simpan pada tahap m.(v-
vi). Copy urutan nucelotide HB1 mulai dari ATG....
Jawab:

ATGCCCATGACACTGGGGTACTGGAACATCCGCGGGCTGGCCCATTCCATCCGCCTGCTCCT
GGAATACA
CAGACTCAAGCTACGAGGAAAAGAAGTACACGATGGGGGACGCTCCTGATTATGACAGAAGC
CAGTGGCT
GAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATCTGCCCTACTTGATTGATGGGACTC
ACAAGATC
ACCCAGAGCAACGCCATCCTGCGGTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGCGGGGAATCAGA
AAAGGAGC
AGATTCGCGAAGACATTTTGGAGAACCAGTTTATGGACAGCCGTATGCAGCTGGCCAAACTC
TGCTATGA
CCCAGATTTTGAGAAACTGAAACCAGAATACCTGCAGGCACTCCCTGAAATGCTGAAGCTCT
ACTCACAG
TTTCTGGGGAAGCAGCCATGGTTTCTTGGGGACAAGATCACCTTTGTGGATTTCATCGCTTA
TGATGTCC
TTGAGAGAAACCAAGTATTTGAGCCCAGCTGCCTGGATGCCTTCCCAAACCTGAAGGACTTC
ATCTCCCG
ATTTGAGCATTCCTGA

14. Berapakah jumlah data urutan nucleotide (hits) yang match dengan query
yang anda input. TIPS: Pada bagian header (judul) terdapat simbol tanda
tanya.
Jawab: 100 data
15. Analisis apa arti kode warna yang ditampilkan pada hits yang ditampilkan.
Jawab:
Nilai grafik yang menunjukkan kode warna hitam dan biru memiliki arti
bahwa homologi kedua sequens rendah, sedangkan untuk warna hijau, pink
dan merah menujukkan bahwa tingkat homologi yang tinggi. Jadi semakin
tinggi ngka yang dihasilkan maka semakin tinggi pula homologinya dan
memiliki hubungan evolusi.1 Pada gambar yang ditampilkan, semua warna
bwarna merah dikarenakan kemiripannya sebanyak 98% sehingga
menciptakan warna merah yang nilainya lebih dari 200.
16. Sekarang lihat pada bagian Description; Apa identitas gen pada baris pertama
dan apa yang terjadi apabila anda klik hyperlink accession code nya?
Jawab:
 Identitas gen tersebut yaitu Homo sapiens gluthathione S-tranferase mu 2
(GSTM2), transcript variant 2, Sequence ID: NM_001142368.2 Length: 1443
Number of Matches: 1
Ketika accession code dihyperlink maka akan muncul informasi sebagai
berikut

17. Apa maksud tanda “|” dan tanda “-“ pada data alignment (penyejajaran
sequnce “ tersebut
Jawab:
Tanda “|” biasanya diletakkan pada asam amino yang sama antara dua
sequence. Contohnya yaitu GSTM2 dari manusia dan GSTM2 dari Gorilla
gorilla. Protein tersebut kemudian dibandingkan (di align), asam amino yang
sama akan dihubungkan dengan tanda “|”
18. Berapakah nilai E-value dari HITS yang anda pilih.
Jawab:
Nilai E-value dari HITS yang dipilih 9Gorilla gorilla glutathione S-
transferase mu 2 (GSTM2), Mrna) adalah bernilai 0
19. Apa itu isoform?
Jawab:
Isoform protein merupakan protein yang mirip satu sama lain dan melakukan
peran yang sama di dalam sel dan telah memainkan peran penting dalam
menghasilkan keanekaragaman hayati sepanjang evolusi. Dalam beberapa
kasus, satu gen dapat mengkodekan dua atau lebih isoform dengan
memanfaatkan proses yang disebut penyambungan alternatif. Dalam kasus
lain dua atau lebih gen yang terkait erat bertanggung jawab atas isoform.
Paling sederhana, generasi isoform menyediakan mekanisme untuk
mengkhususkan sifat-sifat gen atau protein pada salah satu dari tiga tingkat,
yaitu DNA, messenger RNA (mRNA) atau urutan asam amino dalam protein
itu sendiri.2 Sebagian besar gen menghasilkan beberapa isoform mRNA.
Mekanisme seperti splicing alternatif, retensi intron, dan situs mulai/berhenti
transkripsi alternatif berfungsi untuk mendiversifikasi urutan mRNA,
menghasilkan isoform yang sering berbeda dalam kapasitas pengkodean
proteinnya.3Isoform gen merupakan mRNA diproduksi dari lokus yang sama
tetapi berbeda di situs awal transkripsi mereka, urutan protein pengkodean
DNA dan / atau daerah yang tidak diterjemahkan, berpotensi mengubah
fungsi gen.
20. Perbedaan penggunaan isoform 1 dan 2 untuk mRNA
Jawab:

Identifikasi mRNA1 mRNA2

Panjang rantai 1166 bp 1443 bp

Stop kodon TAG TGA

3'UTR Lebih pendek Lebih panjang

Interval GST 92-212 92-189

family
 DAFTAR PUSTAKA

1. Seprianto. Modul Pengantar Mata Kuliah Bioinformatika (IBM 431).

Universitas Esa Unggul. 2017
2. Gunning PW, dan Hardeman EC. Isoform: Perbedaan Mendasar.eLife. 2018.
DOI: 10.7554/eLife.34477.
3. Ray TA, et all. Comprehensive identification of mRNA isoform reveals the
diversity of neural cell-surface molecules with roles in retinal development
and disease. NATURE COMMUNICATIONS. 2020: 11(3328).
https://doi.org/10.1038/s41467-020-17009-7