Alat dan bahan

Alat : Seperangkat lengkap komputer dengan assesorisnya dan koneksi internet

Bahan : gen tertentu dari manusia sebagai bahan pembelajaran
Cara kerja
Alamat situs yang dapat digunakan :

www.ncbi.nlm.nih.gov

www.genename.org

www.kegg.org

www.pdb.org
Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain
fungsional protein

__BMKulkkiaEsbnkiettaunszrwGapmewli.ngp,keronltiaidnamnylkea.nmoprrgod,teckialniru, ktlik bmaegi pneproroletheininform asi l nk lebih lanjut m engenai

K_ lik G eknBpatnhkw,ayliskupnrto eim eIDng, klah CiDpa hsweayrcsh result ntuk m engetahui dom ain fungsional protein target,
byseakguiendnssceparriocttheeirns tebrut ntu
al utkli pad an k pan h
Mencari struktur sekunder suatu protein
 BPKulikkhapsriottenpdDcbuBhawsmiltek.npcdborpg,irmolae.suks/thunprroltee-ivny/kdangsbuetdmipcakr ,necluhaprsotikyugartendscu.Pprlotheina sukodeasyngtelahdiproesblumnyapdPDB
Transduksi sinyal terkait dengan protein tertentu
 BKlu ikk a pGol esaig the,u nwds iad yu snp aute ka rmecm h pe irlh,a mapt ak stehu wek r aygn s ne apmr c tah epw r.aoPyt e,liunh ytHua kn( hgmeu amkl iahn )td ui cn at ur ik p a t h w a y -
hnmep ty tapl i:(wh/pacr goy atreyp ia. nndcgq iu.kbnesirhyks.)gia npo tyav d/nPl adkteihonmawlgo aamn u kps eri aoy twe ion r d
ys

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

Protein Transkripsi/Gen
 Dalam genetika,protein transkripsi atau faktor transkripsi adalah sekelompok
protein di dalam inti sel yang berperan serta dalam proses transkripsi kode genetik
menjadi mRNA. Faktor transkripsi merupakan mata rantai terakhir pada lintasan
transduksi sinyal yang mengkonversi sinyal ekstraselular menjadi modulasi
ekspresi genetik. Regulasi transkripsi dicapai dengan terikatnya protein pada deret
dan motif struktur DNA tertentu yang biasanya terletak pada hulu gen target.
Pengertian lainnya yaitu protein lain yang dapat berikatan dengan protein basal
pada regio Promotor dan enhancer DNA untuk bertindak bersama-sama dengan
RNA polimerase untuk dapat mengatur awal transkripsi.

Pengikatan RNA polimerase dengan Promotor

basal
Transcription Factor E2F5

E2F5 faktor transkripsi merupakan suatu

protein dalam tubuh manusia yang ditulis
dengan kode gen E2F5.Protein ini merupakan
anggota dari grup E2F faktor transkripsi. Grup
E2F memainkan peran penting dalam siklus sel dan
protein penekan tumor dan juga target dari
perubahan protein menjadi virus tumor DNA.
Protein E2F mengandung beberapa Conversed
Domain yang ada banyak terdapat pada anggota E2F lainnya.

Penentuan Sekuen Gen, Sekuen protein, Daerah Promotor,SRE pada gen,Motif

Protein, dan Domain Protein.
 Sekuen Gen

Sekuens DNA (kadang-kadang disebut sekuens genetika) adalah sebuah sebuah seri
huruf-huruf mewakilkan struktur primer dari molekul DNA atau "strand" nyata atau hipotetis.
Huruf yang digunakan adalah A, C, G, dan T, mewakili empat nukleotida yang merupakan
subunit dari untai DNA (adenin, sitosin, guanin, timin), dan biasanya ditulis berjejer tanpa
spasi, seperti dalam sekuens berikut AAAGTCTGAC. Sekuens ini kadang disebut informasi
genetik. Sebuah deretan dari nukleotida yang lebih dari empat jumlahnya dapat disebut
sebuah sekuens. Berikut merupakan sekuen gen dari Transcription Factor E2F5:

ORIGIN
1 ggggcccgac caccgcgggg ccgggacgcg atggcggcgg cagagcccgc gagctcgggc
61 cagcaggcgc cggcagggca ggggcagggc cagcggccgc cgccgcagcc tccgcaggcg
121 caagccccgc agccgccccc gccgccgcag ctcgggggcg cggggggcgg cagcagcagg
181 cacgagaaga gcctggggct gctcactacc aagttcgtgt cgctgctgca ggaggccaag
241 gacggcgttc tggatctcaa agcggctgct gatactttgg ctgtgaggca aaaaaggaga
301 atttatgata tcaccaatgt cttagaggga attgacttga ttgaaaaaaa gtcaaaaaac
361 agtatccagt ggaaaggtgt aggtgctggc tgtaatacta aagaagtcat agatagatta
421 agatatctta aagctgaaat tgaagatcta gaactgaagg aaagagaact tgatcagcag
481 aagttgtggc tacagcaaag catcaaaaat gtgatggacg attccattaa taatagattt
541 tcctatgtaa ctcatgaaga catctgtaat tgctttaatg gtgatacact tttggccatt
601 caggcacctt ctggtacaca actggaggta cccattccag aaatgggtca gaatggacaa
661 aagaaatacc agatcaatct aaagagtcat tcaggaccta tccatgtgct gcttataaat
721 aaagagtcga gttcatctaa gcccgtggtt tttcctgttc ccccacctga tgacctcaca
781 cagccttcct cccagtcctt gactccagtg actccacaga aatccagcat ggcaactcaa
841 aatctgcctg agcaacatgt ctctgaaaga agccaggctc tgcagcagac atcagctaca
901 gatatatctt cagcaggatc tattagtgga gatatcattg atgagttaat gtcttctgac
961 gtgtttcctc tcttaaggct ttctcctacc ccggcagatg actacaactt taatttagat
1021 gataacgaag gagtttgtga tctgtttgat gtccagatac taaattatta gattccatgg
1081 aaacttggga ctgttatcta cctctaactg tgtaacattt tagacttctt aataacctaa
1141 atatttaaaa taatgaatgt aacacctttt ttagttcact gattctgaag tgttcttccc
1201 taatactttc tttacttcac aaaacttcaa ccataaaaac aaagggctct gattgcttta
1261 ggggataagt gatttaatat tcacaaacgt ccccactccc aaaagtaact atattctgga
1321 tttcaacttt tcttctaatt gtgaatcctt ccgttttttc ttcttaagga ggaaagttaa
1381 aggacactac aggtcatcaa aaacaagttg gccaaggact cattacttgt cttatatttt
1441 tactgccact aaactgcctg tatttctgta tgtccttcta tccaaacaga cgttcactgc
1501 cacttgtaaa gtgaaggatg taaacgagga tatataactg tttcagtgaa cagattttgt
1561 gaagtgcctt ctgttttagc actttaagtt tatcacattt tgttgacttc tgacattcca
1621 ctttcctagg ttataggaaa gatctgttta tgtagtttgt ttttaaaatg tgccaatgcc
1681 tgtacattaa caagattttt aaaaataaaa ttgtataaaa cattaaaaaa aaaaaaaaaa
1741 aaaaaaaa

Sekuen Protein
 Sekuensing protein atau sekuensing peptida adalah penentuan urutan
asam amino pada suatu protein atau peptida (oligopeptida maupun
polipeptida). Metode untuk sekuensing protein umumnya melibatkan
pemutusan ikatan yang diikuti dengan identifikasi asam amino. Berikut
merupakan sekuen/urutan protein dari Transcription Factor E2F5 :

"MAAAEPASSGQQAPAGQGQGQRPPPQPPQAQAPQPPPPPQLGGA
GGGSSRHEKSLGLLTTKFVSLLQEAKDGVLDLKAAADTLAVRQKRRIYDI
TNVLEGID
LIEKKSKNSIQWKGVGAGCNTKEVIDRLRYLKAEIEDLELKERELDQQKL
WLQQSIKN
VMDDSINNRFSYVTHEDICNCFNGDTLLAIQAPSGTQLEVPIPEMGQNGQ
KKYQINLK
SHSGPIHVLLINKESSSSKPVVFPVPPPDDLTQPSSQSLTPVTPQKSSMATQN
LPEQH
VSERSQALQQTSATDISSAGSISGDIIDELMSSDVFPLLRLSPTPADDYNFNL
DDNEG
VCDLFDVQILNY"

Daerah Promotor

Promotor adalah bagian DNA

yang memulai awal transkripsi
gen tertentu. Promotor terletak
dekat situs transkripsi awal gen,
pada strand yang sama dan ujung
pada DNA (menuju daerah 5 ').
Promotor panjangnya dapat
terdiri 100-1000 pasangan basa.
 Untuk mengetahui sekuen
protein

Urutan/seku
ens protein
atg, start codon

taa,
stop
codon

Daerah
Promotor

Gb. 1 Merupakan bagian sekuen gen,sekuen protein, dan daerah

promotor
SRE pada Gen

Promotor dari beberapa gen transkripsi secara cepat dan transien

diinduksi mengikuti faktor pertumbuhan atau stimulasi mitogen dari sel
rentan yanng mengandung elemen pengaturan umum atau disebut SRE
( Serum Response Element). Sebagai faktor transkripsi yang mengikat
SRE dan molekul sinyal yang mempengaruhi aktivitasnya yang ditandai
secara lebih rinci, tantangan utama adalah untuk menjelaskan jalur sinyal
yang menghubungkan reseptor permukaan sel ke SRE, dan untuk
menentukan mekanisme yang peristiwa sinyal memodulasi aktivitas
faktor transkripsi.

Adanya SRE ditandai dengan CCATATATGG, tetapi pada protein

transkripsi E2F5 tidak ditemukan SRE.

Motif Protein

Pada protein, motif protein menjelaskan ikatan antara elemen-elemen

struktur primer protein. Contohnya motif helix-turn-helix yang terdiri
dari 3 struktur primer. Pada Transcription Factor E2F5 terdiri dari
beberapa motif yaitu beta turn, gamma turn, dan beta hairpin.

Gb.2. Motif protein Transcription Factor E2F5 yaitu beta turn, gamma
turn, dan beta hairpin.

Domain Fungsional Protein

Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara
struktural yang memiliki karakteristik berupa protein globular kecil.
Domain bertanggung jawab terhadap aktivitas protein dan biasanya
memiliki fungsi yang spesifik. Pembagian domain menurut fungsinya:
DNA binding domains, RNA binding domains, ligand (regulatory)
domains, oligomerization domains.

Untuk domain fungsional protein Transcription Factor E2F5 yaitu

E2F_DD dan E2F_TDP dengan super familnya sebagai berikut,

Super family E2F_DD

 Super family E2F_TDP

Fungsi dan Mekanisme Kerja Transcription Factor E2F5

Fungsi Transcription Factor E2F5

E2F family members telah dibagi menjadi beberapa subkelas

berdasarkan sifat regulasi transkripsi masing-masing anggota pada
promotor gen model.E2F1,E2F2,dan E2F3a sering disebut sebagai
aktivator karena pada proses transkripsi mengaktifkan target gen dari
E2F tersebut seperti cyclin E. Subkelas ini diekspresikan pada siklus sel
dengan level maksimum pada fase G1 terakhir dan S awal. Subkelas
yang lain, yaitu E2F3b, E2F4, dan E2F5 disebut sebagai penekan
karena fungsi utamanya ditujukan untuk menekan transkripsi dari target
gen E2F tersebut ketika bergabung dengan grup RB. E2F6,E2F7, dan
E2F8 juga berfungsi sebagai penekan transkripsi dari target gen.

E2F4 dan E2F5 berfungsi untuk memastikan bahwa perkembangan

siklus sel membutuhkan aktivasi sinyal tertentu.
Mekanisme Kerja Transcription Factor E2F5

Mengingat
bahwa kompleks
represor
mengandung
E2F4 (atau
mungkin E2F5)
bersama-sama
dengan P130
atau P107 yang
ditemukan dalam pengujian konvensional gen target E2F dalam sel diam, dan
bahwa P107 - / -P130 - / - MEFs menunjukkan akselerasi masuknya ke fase S dan
deregulasi subset gen target E2F, kita akan berharap bahwa hilangnya E2F4 dan
E2F5 akan deregulasi kontrol siklus sel. Namun, gangguan E2F4 atau E2F5 di
MEFs tidak
mempengaruhi masuknya siklus sel atau keluar. Semenjak E2F4 dan E2F5
dianggap satu-satunya anggota E2F untuk P107 dan P130, efek yang berbeda dari
gabungan gangguan P107 / P130 terhadap gangguan E2F4 / E2F5 mungkin
mencerminkan fungsi independen E2F lainnya untuk P107 dan P130. Protein
E2F4 dan E2F5 tertentu berfungsi untuk memastikan bahwa perkembangan
siklus sel membutuhkan aktivasi sinyal tertentu. Sementara ekspresi p16INK4a
menghambat fase S masuk dalam E2F4 - / - atau E2F5 - / - MEFs, E2F4 - / -E2F5
- / - MEFs adalah sebagai pertahanan terhadap p16INK4a menginduksi pertumbuhan
begitu juga Rb - / - atau P107 - / - P130 - / - MEFs.
Jalur Signaling Protein dan Target Gen yang Ditranskripsi
Jalur Signaling Transcription Factor E2F5 pada TGF-beta Signaling Pathway
Aktivasi Transkripsi Induksi TGF vs Represi

Protein TGF mengaktifkan transkripsi melalu interaksi fisik dan kooperasi fungsional
DNA-binding Smads dengan sekuens faktor transkripsi spesifik dan koaktivator CBP dan
p300. R-Smads(kecuali Smad2) dan Smad4 mengikat urutan DNA yang disukai dengan
dengan afinitas 100 kali lipat lebih rendah daripada berinteraksi dengan faktor transkripsi
DNA afinitas tinggi, namun pengikatan DNA diperlukan untuk aktivasi transkripsi. DNA
selektif mengikat bagian dari promotor yang mengikat Smad yang berpotensi berinteraksi
dengan faktor transkripsi yang mendefinisikan promotor yang diaktifkan dalam respon
terhadap ligan. Jumlah faktor transkripsi DNA-binding
dengan Smad yang berinteraksi fungsional adalah 1-3, dan ini juga sering diatur oleh
beberapa jalur sinyal. Selain CBP dan koaktivator p300 , koaktivator dan korepresor
lainnya yang berinteraksi dengan Smads mendefinisikan tingkat aktivasi transkripsi.
Smad4 itu sendiri bertindak sebagai kunci koaktivator yang meningkatkan transkripsi
ligan dengan menstabilkan interaksi dari R-Smads dengan DNA dan CBP / p300. Banyak
gen-gen diaktifkan dalam respon terhadap ligand TGF-, sedangkan
lainnya secara transkripsi ditekan. Smad co-represor yang menghambat aktivasi
transkripsi oleh Smads belum terlibat dalam represi induksi TGF-b-, menimbulkan
pertanyaan apa yang mendefinisikan aktivasi transkripsi dibandingkan represi oleh
Smads. TGF- menghambat perkembangan sel-siklus dengan mengatur transkripsi
regulator siklus sel. Di antara mereka, c-Myc dan jenis dari Id menurunkan regulasi oleh
TGF-. Dalam sel,dengan induksi TGF- menurunkan regulasi ekspresi c-Myc, Smad3
merepresi atau menekan c-Myc transkripsi dalam hubungan dengan faktor transkripsi
E2F4 dan E2F5, dan P107 co-represor. Kompleks ini sebelumnya dibuat
dalam sitoplasma dan, dalam respon pengobatan TGF-, translokasi ke inti, di mana,
dalam hubungan dengan SMAD4, itu mengikat ke Smad-E2F-binding site dalam
promotor c-Myc dan menekan ekspresi c-Myc.

Target Gen Yang Ditranskripsi

SMAD3 merupakan mediator langsung dalam aktivasi transkripsi oleh

reseptor TGF-beta. Target gennya dalam sel ep[itel termasuk inhibitor
yang CDK ( cyclin-dependant kinase ) yang menghasilkan respon
sitostatik. Dalam arti yang sama, SMAD3 dapat memediasi penekanan
transkripsi dari Myc.