Regulasi Ekspresi Gen

Ricky Handika
Ika Dhuhani
Faramitha Nur Izzaty
Timothy Benedict Djitro
Faktor transkripsi dan regulasi transkripsi

 Faktor transkripsi adalah protein yang berikatan dengan promotor gen dan mengatur
transkripsi.
 Faktor transkripsi mengandung satu set modul atau domain protein independen, masing-
masing memiliki peran spesifik yang penting untuk fungsi faktor transkripsi; terdiri atas:
 domain pengikat DNA
 domain aktivasi transkripsi
 domain dimerisasi
 domain pengikat ligan.
 Domain-domain ini adalah konformasi protein khas yang memungkinkan faktor transkripsi
untuk mengikat DNA.
Faktor transkripsi dan regulasi transkripsi

helix-turn-helix leucine zipper

Motif domain
pengikat DNA

helix-loop-helix zinc fingers

• Domain zinc finger dikonfigurasikan di
sekitar atom seng yang meng-
hubungkan dua sistein dan dua
histidin.
• Terdiri dari lipatan ββα sederhana
• Rantai samping asam amino spesifik
mengenali urutan DNA spesifik
• Fungsi domain transaktivasi 
mengikat komponen-komponen lain
dari perangkat transkripsi untuk
mendorong proses transkripsi oleh
RNA polimerase.
Faktor transkripsi dan regulasi transkripsi

 Beberapa faktor transkripsi bekerja berpasangan (membentuk "dimer") dan memerlukan

domain dimerisasi yang memfasilitasi interaksi protein-protein antara kedua molekul.
 Faktor transkripsi lainnya berfungsi pada pengikatan ligan dan memerlukan domain
pengikatan ligan.
 Aktivitas faktor transkripsi dapat diatur dengan beberapa cara:
 sintesis dalam tipe sel tertentu
 modifikasi kovalen seperti fosforilasi
 ikatan ligan
 lokalisasi sel
 jika dimerik, melalui pertukaran protein pasangan
Faktor transkripsi dan regulasi transkripsi

 Kesalahan pengaturan faktor transkripsi tunggal dapat menyebabkan kanker  satu

faktor transkripsi tunggal mengatur sekumpulan gen untuk menghasilkan fenotipe yang
ditransformasikan.

 Banyak jalur pensinyalan onkogenik yang mengarah pada pertumbuhan yang tidak
terkendali, penghindaran apoptosis, atau diferensiasi menyimpang.
Regulasi transkripsi AP-1

 Faktor transkripsi AP-1 penting untuk proses pertumbuhan, diferensiasi, dan kematian, dan
karena itu berperan dalam karsinogenesis.
 AP-1 mengikat elemen respons 12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate (TPA) atau
elemen respons cAMP di wilayah promotor gen target mereka.
 Faktor transkripsi AP-1 terdiri dari dua komponen dan dapat diproduksi oleh dimer protein
dari keluarga Jun dan Fos (berisi domain dimerisasi leucine zipper).
 Proses pertumbuhan, diferensiasi, dan apoptosis perlu diatur dengan hati-hati  AP-1
sendiri diaktifkan sebagai respons terhadap sinyal spesifik seperti faktor pertumbuhan,
ROS, dan radiasi.
Regulasi transkripsi AP-1

 Keluarga faktor transkripsi Jun dan Fos yang membentuk kompleks AP-1 berperan dalam
tumorigenesis.
 Kompleks AP-1 berikatan dengan respon elemen dari 12-O-Tetradecanoylphorbol-13-
acetate (TPA) yang berperan sebagai promotor tumor  AP-1 berhubungan dengan
karsinogenesis.
 Anggota pertama dari AP-1 (c-jun dan c-Fos) mampu mengubah sel normal dalam kultur
menjadi sel kanker dan sering diekspresikan secara berlebihan dalam sel tumor.
Regulasi transkripsi hormon steroid

 Hormon steroid adalah molekul pensinyalan yang larut dalam lemak  gen transkripsi
melalui reseptor spesifik.
 Superfamili dari reseptor hormon steroid bertindak sebagai faktor transkripsi yang
bergantung pada ligan.
 Mengandung jenis pengikat DNA dari domain pengikat DNA, domain pengikat ligan
untuk hormon steroid spesifik, dan domain dimerisasi. Setiap domain berfungsi secara
independen dan dengan cara yang spesifik untuk reseptor hormon steroid tertentu.
 Hormon steroid melewati membran sel dan berikatan dengan reseptor intraseluler
tertentu dalam sitoplasma/nukleus. Setelah mengikat, reseptor bergerak ke dalam
nukleus dan mengaktifkan transkripsi gen target mereka melalui elemen respons DNA
tertentu.
Regulasi transkripsi hormon steroid

 Anggota keluarga reseptor hormon steroid, reseptor asam retinoat (RAR), bertindak
sebagai regulator transkripsional yang bergantung pada asam retinoat (RA)  penting
selama diferensiasi.
 RAR secara konstitutif terletak di dalam nukleus dan bertindak sebagai penekan transkripsi
dengan tidak adanya RA.
 RAR mengikat elemen respon RA (RARE) dalam gen target sebagai heterodimer dengan
anggota keluarga lain yang disebut RXR.
 Bentuk-bentuk RAR yang menyimpang adalah karakteristik dari beberapa leukemia.
Struktur kromatin

 DNA manusia :
letak : inti sel
terdiri dari 46 kromosom

 Kromosom terbuat dari kromatin  60% benang DNA

5% RNA terkait
35% protein
 Tingkat paling sederhana (utama) pengaturan kromatin adalah beads on a string array.
 Manik-manik (beads)  nukleosom, yang berisi 147 pasangan basa DNA yang dibungkus
1,7 kali di sekitar inti protein histon.
 Inti histone  oktomer dari histones yang mengandung dua copies dari histones H2A, H2B,
H3, dan H4.
 Setiap histone berisi domain untuk histone-histone dan histone-interaksi DNA dan NH2-
terminal lysine-rich dan COOH-terminal "tail" yang dapat dimodifikasi pasca-translasi
(misalnya asetilasi, metilasi, atau terfosforilasi).
 Histon H1  histon linker dan berikatan dengan DNA yang terletak di luar inti.
 Sepuluh hingga enam puluh pasang DNA memisahkan “manik-manik.”
 Tingkat organisasi sekunder  pembentukan fiber 30 nm, dan ini dapat diasosiasikan
untuk membentuk struktur tersier loop radial.
 Derajat pemadatan atau kelonggaran kromatin menentukan seberapa siap DNA dalam
suatu kromatin dapat ditranskripsikan
 Kromatin yang padat tidak dapat ditranskripsikan ,kromatin yang lebih longgar dapat
digunakan untuk transkripsi.
 Struktur kromatin — dari yang padat hingga yang longgar — dapat berubah  inilah
peran pengaturan dalam transkripsi.
 Bentuk kromatin dikodekan oleh modifikasi epigenetik
Regulasi Epigenetik dari Transkripsi

 Epigenetik  informasi yang diwariskan yang dikodekan oleh modifikasi komponen

genom dan kromatin.
 Modifikasi ini mempengaruhi  struktur dan bentuk kromatin  regulasi transkripsi.
 Perubahan epigenetik dalam ekspresi gen tidak menyebabkan perubahan pada urutan
nukleotida DNA  bukan mutasi.
 Pengaturan epigenetik yang stabil penting selama diferensiasi sel normal.
 Dua jenis mekanisme epigenetik :
1. modifikasi histone
2. metilasi DNA.
 Keduanya dapat diperoleh atau diwariskan
 Mempengaruhi aktivitas transkripsional dg mengatur akses faktor transkripsi ke urutan
nukleotida yang sesuai pada promotor gen.
 Semua proses epigenetik bekerja sama untuk mengatur keadaan kromatin terbuka dan
tertutup, dan regulasi transcription factor binding menghubungkan mekanisme genetik
dan epigenetik.
1. Modifikasi Histon

 Histone protein subjek modifikasi pasca-translasi beragam :

1. Asetilasi 3. Fosforilasi
2. Metilasi 4. Ubiquinasi.
 Hipotesis kode histone memprediksi, jika pola modifikasi beberapa histone ini membantu
untuk menentukan komponen dan aktivitas regulator transkripsi.
 Pola asetilasi histones mengubah struktur kromatin dan mempengaruhi ekspresi gen.
 Asetilasi bertindak sebagai sinyal untuk perekrutan atau penolakan faktor modifikasi
kromatin.
 Dua jenis enzim yang menghasilkan pola modifikasi:
1. Histone acetyltransferases (HATs; add acetyl group)
2. Histone deacetylases (HDACs; remove acetyl groups
 HAT mengasetilasi lisin specific histone-tail dan protein non-histone lainnya, termasuk faktor
transkripsi (misalnya E2F dan p53).
 Asetilasi histones merelaxkan lipatan kromatin dan ini berkorelasi dengan elongasi
transkripsional yang ditingkatkan oleh RNA polimerase II.
 HDAC menghapus gugus asetil dan mengembalikan muatan positif ke residu lisin histone-
tail yang menstabilkan pemadatan kromatin dan pengemasan tingkat yang lebih tinggi.
 Susunan kromatin yg padat membatasi aksesibilitas faktor transkripsi dan menghasilkan
represi transkripsi.
 Aktivator transkripsional sering merekrut HATs dan enzim chromatin-remodeling lainnya ke
wilayah promotor.
 Protein suppressor tumor retinoblasoma  "molecule of fame" memberikan efeknya,
dengan merekrut HDAC ke promotor gen spesifik.
2. Metilasi DNA

 Adalah penambahan gugus metil pada posisi 5 dari cincin sitosin.

 Metilasi DNA dan Pemadatan kromatin membuat suatu gen tidak diekspresikan (gen
silencing).
 Metilasi hanya terjadi pada nukleotida sitosin yang berlokasi 5’ ke nukleotida guanin (CpGs).
 Metilsitosin mengalami deaminasi secara spontan dan menghasilkan transisi C T.
 Enzim yang berperan menambahkan gugus metil: DNMT (DNA Metiltransferase) : DNMT 1,
DNMT 3a, DNMT 3b.
 Metilasi DNA  membuat suatu gen tidak diekspresikan (gen silencing):
 Interaksi MBD (methyl binding domain) dengan HDACs ↓ transkripsi
Peran Epigenetik dalam Karsinogenesis

 Epigenetic silencing yang tak teregulasi memainkan peran penting dalam kanker.
 Kejadian epigenetik dapat menyebabkan kejadian epigenetik lainnya yang berkembang
menjadi instabilitas genom.
 Inaktivasi epigenetic dan inaktivasi gen oleh mutasi  karsinogenesis.
Modifikasi Histone dan Kanker

 Perubahan HAT dan HDAC kanker

 Kanker epithelial: mutasi Gen EP300 yang mengkodekan HAT
 Limfoma tipe spesifik: mutasi dari histone-modifying genes → perubahan epigenetik
 Acute Promyelositik Lekemia: translokasi kromosom protein fusi PML-RAR merekrut
HDAC  ↓ target gen RAR  hambatan diferensiasi.
Metilasi dan Kanker (1)

 Gen silencing oleh metilasi mekanisme penting karsinogenesis.

 Kanker Ovarium: hipermetilasi gen receptor-α estrogen → ↓ protein receptor estrogen.
 Kanker payudara yang tidak diturunkan : hipermetilasi BRCA-1 → inaktivasi BRCA-1 →
supresi tumor (-)
 Gen lain yang termetilasi & tumorigenesis:
 gen Rb, inhibitor siklus sel p16INK4a, pro apoptotik death associated protein kinase (DAPK), APC
Metilasi dan Kanker (2)

 Tidak semua karsinogen = mutagen → karsinogen non genotoksik = karsinogen epigenetic

 Gangguan metilasi dapat dihasilkan melalui diet →defisiensi metionin, kolin
mempengaruhi level seluler dari S-adenosylmethionine yang merupakan donor grup metil
 Mutasi DNA methyltransferases→perubahan metilasi → mempromosi mutasi
 Metilasi residu sitosis: transisi C→T →peningkatan mutasi pada CpG islands yang termetilasi
 Genom sel kanker 20-60% hipometilasi dibanding sel normal →aktivasi gen yang
normalnya tidak terkspresi
Telomer & Telomerase

 Sel kanker Potensi replikasi tak terbatas

 Sel normalJumlah siklus replikasi terbatas, lalu senescence (arrest pertumbuhan permanen)

 Telomer
 sekuens DNA repetitif dan protein spesial pada ujung kromosom
 melindungi ujung kromosoom dr digesti enzim nuklear
 mencegah induksi mekanisme yg memperbaiki DNA double-strand break
 Tda bbrp ribu ulangan sekuens TTAGGG
 Memendek 100-200 basa pd setiap replikasi
 Telomeres & Telomerase (2)

 DNA polimerase hanya bekerja dengan arah 5’3’, membutuhkan primer RNA untuk
inisiasi sintesis DNAujung 3’ kromosom tidak tereplikasi dan terus memendek.
 Jika sel melewati tahap itu akibat mutasi dan telomer menjadi sangat pendekinstabilitas
kromosom dan apoptosis

 Telomerase yg mengandung aktivitas human telomerase reverse transcriptase (hTERT) dan

human telomerase RNA (hTR) mempertahankan panjang telomere pd sel tertentu, ex:
stem sel.
 Telomeres & Telomerase (3)

 Pelestarian telomer penting pd tumor, 90% meng-upregulasi telomerase

 Bbrp onkogen meregulasi ekspresi telomerase, mis. Faktor transkripsi c-myc meningkatkan
ekspresi gen hTERT via response element spesifik di regio promoter

 Bila sel melewati senescence akibat mutasi, telomeres sangat pendek dan dpt tjd
instabilitas kromosommekanisme supresor tumor hilang, apoptosis terhindarsel
bertransformasi, sebagian besar dgn upregulasi telomerase
 Telomeres & Telomerase (4)

 Pemendekan telomer dipercepat stress oksidatif

 Reparasi DNA telomer akibat cedera oksidatif kurang baik dibandingkan gen lainnya
 Single-strand breaks yg tak diperbaikii jg mempercepat pemendekan telomere.
 Jadi, DNA telomere dpt sbg sensor cedera DNAmekanisme supresi tumor
Micro RNA (miRNA)

 Small non-protein-coding RNA

 Regulate expression of mRNA

 miRNA requires processing

 Transcription
 Nuclear processing
 Nuclear exporting
 Cytoplasm processing

 RNA-induced silencing complex (RISC)

Micro RNA (miRNA)

 Repression of of gene targets

 mRNA degradation
 Translation repression
 Initiation
 Post-initiation

 Heterochromatin formation
Micro RNA (miRNA)

 Regulate diverse set of biological processes

 Growth
 Differentiation
 Apoptosis

 Oncomirs  oncogenic miRNA (ex. Mir-155)

 Deregulation of miRNA is complex

 Traditional (deletions, aberrant epigenetic modifications, base pair substitution)
 Altered at the level of processing
Therapeutic strategies

Therapeutic
strategies DNA methylation inhibitor

Inhibitor of histone deacetylases

Telomerase inhibitors
DNA Methylation Inhibitors

 5-azacytidine (5-azaC)
 5-aza-2’deoxycytidine

 Targets DNA methyltransferases (DNMT)

 Reduced DNMT action
 Significant demethylation
 DNA instability

 Drawbacks
 Prolonged administration
 Not successful in solid tumors

 Used as anti-leukemic drug

 Inhibitor of Histone Deacetylases

 Sodium n butyrate hydroxamic acid (SAHA)

 vorinostat

 Inhibit HDAC activity

 Accumulation of acetylated histone +
protein (induce cell differentiation)
 Induce p21WAF1
 Cyclin-dependent kinase inhibitor  cell
arrest

 Oral administration
Telomerase Inhibitor

 Effectiveness depend on initial telomere

length Antisense
 Assessed from tumor biopsies
oligonucleotide Ribozyme  hTR
MRNA

 Response may be slow

 Long term treatment
Reverse
transcriptase
inhibitor