Kontrol Ekspresi Gen Pada Eukaryot

Pearenca Nasyrah (1920422010)

Linda Agustin (1920422020)
Ashrifurrahman (1610422010)
Riri kurnia ilahi (1610421036)
Bahasan Materi
Pengontrolan transkripsi oleh ikatan
DNA dan protein

Mekanisme kerja transkripsi faktor

Transkripsi reguler gen on dan off

DNA metilasi

Mekanisme Epigenetik mengatur

ekspresi gen
Pengantar
Ekspresi gen adalah suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan
banyak faktor.

Proses ekspresi gen adalah proses transformasi informasi genetik melalui

transkripsi dan translasi untuk pembentukan protein dan enzim.

Proses ekspresi gen secara umum dimulai sejak pra-inisiasi transkripsi.

Namun, tidak dapat diketahui secara pasti kapan sebenarnya proses

regulasi tersebut mulai dilakukan karena sistem biologis adalah suatu
sistem siklis yang tidak dapat secara pasti ditentukan titik awalnya
 Regulasi Ekspresi Gen Pada Eukaryotik

Proses ekspresi gen pada Eukaryot diatur oleh banyak molekul

yang berinteraksi secara spesifik.

Interaksi antar molekul tersebut dapat terjadi melalui ikatan

atara DNA dengan protein, protein dengan protein, maupun
protein dengan molekul lain, misalnya hormon.

Sinyal pengendali genetik dikelompokan menjadi

RNA Polimerase

• Sebagai protein utama yang melakukan proses transkripsi

Protein-protein pembantu

• Faktor transkripsi umum, Protein yang berikatan dengan urutan nukleotida

spesifik, Protein-protein yang terlibat dalam proses translasi menjadi polipeptida.
Protein pengendali mempunyai tiga domain
fungsional

Domain Domain yang Domain

Pengikat DNA mengaktifkan Dimerisasi
Transkripsi
 Domain Pengikat DNA
Domain pengikat DNA adalah bagian protein yang berikatan
secara langsung dengan DNA. Domain pengikat DNA dapat
dibedakan menjadi beberapa kelas yaitu;
1. Modul yang mengandung atom zinc, misalnya a) zinc
faktor pada faktor transkripsi TFIIIA dan Sp1, b) Modul
zinc yang ada pada reseptor glukokortikoid, dan c) Modul
yang mengandung dua atom zinc dan enam asam amino
sistein misalnya pada aktivator GaI4

2. Homeodomain, mengandung
sekitar 60 asam amino yang mirip
dengan domain pengikat DNA pada
prokaryot.
3. B-barrel adalah suatu domain yang
berbentuk tong (bareel). Domain yang
mempunyai motif bZIP (leucine
zipper) dan HLH (Helix-loop-Helix)
mempunyai domain pengikat DNA
yang bersifat sangat basis
 Domain yang mengaktifkan transkripsi

• Domain yanng mengaktifkan transkripsi adalah bagian struktur

protein yang berperan dalam melakukan aktivasi transkripsi.

Domaian yang Domain yang

Domain Yang kaya akan kaya akan
Bersifat Asam glutamin prolin
49 domain asam aktivator CTF
amino pada Sp1 yang yang
aktivator Ga14 mengandung mempunyai
yang sekitar 25% domain berupa
mengandung 11 glutamin 84 asam amino
asam amino yang yang 19
bersifat asam diantaranya
terdiri atas
prolin
 Domain Dimerisasi
Beberapa protein membentuk dimer, baik dalam bentuk
homodimer atau dalam bentuk heterodimer.

Protein-protein yang membentuk dimer semacam ini

mempunyai domain yang merupakan tempat pengikatan antara
satu monomer dengan monomer lain
 Analisis lokasi Genom-wide
Identifikasi semua Sel dibunuh dengan
formaldehide dan faktor
bagian DNA yang
transkripsi diikat-silang
terikat suatu faktor dengan DNA dimana dia
transkripsi terikat

Kromatin diisolasi dan

dipatahkan menjadi
fragmen pendek

Kromatin diendapkan dengan

antibodi terhadap faktor Ikatan kromatin-
transkripsi (chromatin
immunoprecipitation / ChIP) antibodi dilepas

Sequence kromatin
Eukaryotic transcription activator proteins direct local alterations
in chromatin structure.
 Aktivasi gen oleh hormon

AD = domain aktivasi
DBD = domain
pengikat DNA
LBD = domain pengikat
ligan

Response element glukokortikoid (GRE):

5’-AGAACAnnnTGTTCT-3’
13
Daerah regulasi aktivitas gen

Elemen proksimal

Elemen promoter distal

Response element

Enhancer

Insulator
 Ko-aktivator
Kompleks protein yang besar yang
mempengaruhi aktivitas faktor transkripsi
Ko –activator

Berinteraksi dengan faktor transkripsi umum (GTF)

Interaksi dengan TAF dari TFIID

Mediator: menghubungkan faktor transkripsi pada enhancer dengan GTF

Berinteraksi dengan kromatin

Kontrol transkripsi eukariot

16
 Asetilasi: melonggarkan struktur
kromatin
• HAT (histon asetil transferase)
– Menambah gugus asetil pada
histon
– Protein memperoleh akses
untuk berinteraksi dengan DNA
• Banyak koaktivator
mempunyai aktivitas HAT

Figure 4-38a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

 Aktivasi gen
Ko-aktivator d
Aktivator terikat DNA
kromatin ta

Histon diasetilasi

Gunakan ATP
mengubah stru
lokasi nukle
Chromatin remodelling
Faktor transkr
complex terikat
protein-protein l
terikat pada daera
DNA
 Represi transkripsi
• Histon deasetilase (HDAC)
– Subunit dari kompleks ko-represor
– Ditarik ke daerah regulator gen yang akan
diinaktifkan
• Histon metil transferase (mis. SUV39H1)
– Histon H3 mengalami metilasi pada Lys
 Pengendalian Ekspresi Gen Kelas I
• Gen kelas I adalah gen yang mengkode sintesis
rRNA.
• Laju sintesis rRNA berkaitan dengan
pertumbuhan dan perkembangan sel.
• Faktor-faktor yang mempengaruhi laju:
Jumlah enzim RNA polimerase

Arah Fosforilasi RNA polimerase

Jumlah dan aktivitas transkripsi faktor

 Pengendalian Ekspresi gen kelas II
• Pengendalian gen kelas II dapat terjadi pada
beberapa aras yaitu
Aras metabolisme mRNA

Aras Translasi mRNA menjadi

polipeptida

Aras pasca-translasi
Pada saat berlangsung sintesis mRNA, pengendalian ekspresi
genetik dapat berupa aktivasi atau represi transkripsi yang
umumnya melibatkan suatu sirkuit pengendalian yang kompleks.
Dalam beberapa sistem, perbedaan penggunaan transkrip primer,
yang dimanifestasikan dalam bentuk pemprosesan yang berbeda,
dapat menghasilkan transkrip berbeda yang jika ditranslasikan
akan menghasilkan polipeptida yg berbeda.
• Salah satu contoh model regulasi ekspresi gen kelas II yaitu
mekanisme regulasi gen GAL pada khamir Saccharomyces
cereviceae.

• Sistem regulasi gen GAL melibatkan produk ekspresi gen-gen yang

terletak pada kromosom yang berbeda

• Ditentukan oleh dua protein utama, yaitu protein GaI4 dan protein
GaI80.

• GaI4 berperan sebagai aktivator transkripsi gen-gen GAL2, GAL7,

GAL10 dan MEL1, sedangkan protein GaI80 berperan sebagai
represor yang mengeblok protein GaI4 sehingga GaI4 tidak dapat
menjalankan fungsinya sebagai aktivator transkripsi.
Pengendalian Ekspresi Gen kelas III
• Gen kelas III adalah gen yang menngkode
tRNA dan 5S rRNA.
• Salah satu model pengendalian ekspresi gen
kelas III yang diketahui adalah regulasi sintesis
5S rRNA selama proses oogenesis dan
embriogenesis pada Xenopus laevis
 Pengendalian Ekspresi gen
pascatranskripsi
Salah satu aspek pengendalian ekspresi gen pascatrannskripsi
adalah pengendalian stabilitas mRNA.
Salah satu contoh mengenai hal ini adalah satbilitas mRNA
kasein. Jika jaringan glandula mammae dikultur dan
distimulasi dengan prolaktin, maka jaringan tersebut akan
menghasilkan protein susu (kasein)
Diketahui bahwa konsentrasi mRNA meningkat seiring dengan
peningkatan konsentrasi kasein yaitu sekitar 20 kali dalam
waktu 24 jam setelah perlakuan dengan hormon prolaktin

Peningkatan konsentrasi kasein lebih disebakan oleh

peningkatan stabilitas mRNA
 REGULASI FAKTOR TRANSKRIPSI
Faktor Transkripsi adalah protein
yang berperan dalam pengaturan
ekspresi. Oleh karena itu,
transkripsi faktor juga mengalami faktor dapat diatur melalui
regulasi yang dapat beberapa macam cara antara
mempengaruhi aktivitasnya. lain :
Regulasi Temporal

Regulasi dengan pengikatan ligan

Regulasi dengan Sequestration

Regulasi dengan modifikasi pasca-translasi

Regulasi dengan pengeblokan tempat ikatan pada DNA

Regulasi dengan pengeblokan aktivitas

Regulasi dengan mekanisme Silencing

MEKANISME EPIGENETIK
Mekanisme epigenetik adalah
mekanisme yang penting untuk
mengatur ekspresi gen dan
diferensiasi semasa awal kehidupan

Empat mekanisme berbeda yang dapat

menghasilkan bentuk warisan epigenetik
dalam suatu organisme.
• Mekanisme epigenetik yang paling penting adalah
melibatkan metilasi DNA pada posisi carbon-5 dari
cytosine
• Di mana cytosine diikuti oleh guanine. Sekitar 2-7%
dari cytosine pada DNA manusia dimodifikasi oleh
proses metilasi. Metilasi DNA khasnya berhubungan
dengan gen-gen yang silent, sedangkan DNA yang
ditranskrip secara aktif, secara relatif under-
methylated. Hipometilasi yang luas dari genom DNA
sudah lama diketahui berhubungan dengan sel-sel
tumor.
 Metilasi DNA
Metilasi DNA merupakan reaksi penambahan kovalen gugus
metil pada ujung 5’ sitosin dalam dinukleotida CpG dan
trinukleotida CpNpG yang difasilitasi oleh enzim DNA
metiltransferase karena 5’CG3’ adalah palindromik, metilasi
dapat terjadi pada satu rantai (hemi-methylated) ataupun kedua
rantai DNA (homo-methylated).
Metilasi DNA
Metilasi dan Transkripsi

Metilasi CpG islands

mencegah atau
meningkatkan pengikatan
faktor transkripsi regulasi
pada promoter region
Metilasi mempengaruhi ekspresi genom
melalui methyl -CpG- binding proteins
(MeCps) yang merupakan komponen dan
kompleks deasetilasi histon baik Sin3
maupun NuRD. Penemuan ini mendorong
adanya model CpG island yang termetilasi
sebagai target dalam melengkapi
kompleks HDAC, sehingga dapat
memodifikasi kromatin agar gen-gen yang
berdekatan tidak dapat diekspresikan.

metilasi menghambat transkripsi melalui

protein yang dikenal dengan CpG-binding
proteins, yang mengikat sekuens
termetilasi
 Genomic imprinting
Genomic imprinting merupakan suatu peristiwa evolusi baru yang
mempengaruhi sifat sejumlah gen pada beberapa jalur dan
modulasi pada aktivitas transkripsional.

Pada tikus, hanya gen paternal

insulin-like growth factor-2
(Igf2) yang mengkode faktor
tumbuh dan berperan dalam
signaling antar sel.
yang aktif. Pada kromosom yang
diwariskan dari ibu, berbagai
segmen DNA yang terletak di
daerah Igf2 mengalami metilasi
sehingga mencegah ekspresi gen
Igf2.
Metilasi biasanya terjadi pada imprinted gen, H19 dan
IGF2 termasuk dalam imprinted gene.

Gen H19 yang merupakan

suatu normally paternally-
imprinted gene, yaitu gen
yang normalnya ditekan atau
tidak diekspresikan bila
berasal dari ayah dan hanya
diekspresikan jika berasal dari
allel ibu (maternally
expression).

Gen IGF2 merupakan normally

maternally imprinted, dengan
kata lain, normal-nya gen IGF2
yang berasal dari allel ibu akan
ditekan sedangkan yang berasal
dari allel ayah, akan
diekspresikan.
Igf2 merupakan imprint kromosom yang diwariskan
dari ibu, dan H19 merupakan imprint pada paternal
kromosom. Kedua gen tersebut terpisah kira-kira
sejauh 90 kb.
 Inaktivasi Kromosom X
Inaktivasi kromosom X adalah kasus khusus imprinting
dimana terjadi inaktivasi total pada salah satu kromosom X
mamalia betina.

Pada mamalia betina memiliki 2 kromosom X , bila kedua

kromosom X pada individu betina aktif maka akan terdapat 2
kali lipat protein-protein yang dikodekan oleh gen-gen pada
kromosom X. Untuk menghindari hal ini maka salah satu
kromosom X betina diinaktifkan. Silencing terjadi pada awal
perkembangan embrio dan dikontrol oleh pusat inaktivasi X
yang terdapat pada setiap kromosom X.
 Sel yang mengalami inaktivasi X,
pusat inaktivasi pada salah satu
kromosom X menginisiasi pembentukan
heterokromatin dengan kekecualian pada
beberapa segmen pendek yang
mengandung sejumlah kecil gen yang
tetap aktif.

Inaktivasi X bersifat menurun dan

diperlihatkan oleh semua sel yang
berasal dari kromosom X yang
mengalami inaktivasi. 
 Mekanisme inaktivasi tergantung pada :
1. Gen Xist, terdapat pada pusat inaktivasi yang
ditranskripsikan menjadi 25-kb non-coding RNA, berfungsi
dalam pembentukan heterokromatin;
2. Penggantian histon H2A dengan histon khusus,
macroH2A1;
3. Diasetilasi histon H4 seperti yang terjadi pada
heterokromatin;
4. Peningkatan metilasi sekuens DNA tertentu