Control of Gene Expression

Control of Gene Expression

• Dalam mengontrol ekspresi gene
umumnya tercapai dengan adanya
pengontrolan pada inisiasi transkripsi.

• Regulatory proteins berlekatan pada

DNA baik itu sebagai penghambat (block)
atau perangsang (stimulate) terjadinya
transkripsi, tergantung dengan bagaimana
mereka berinteraksi dengan RNA
polymerase.
2
 Control of Gene Expression
• Prokaryotic organisms mengatur ekspresi
gene sebagai response terhadap
lingkungannya.

• Eukaryotic cells mengatur ekspresi gene

untuk menjaga kesetimbangan/
homeostasis dalam tubuh organisme tsb.

3
 Regulatory Proteins
• Ekspresi Gene sering dikontrol oleh
regulatory proteins yang berlekatan pada
sekuens DNA spesifik (tertentu).
– regulatory proteins mendapatkan akses
berlekatan dengan basa DNA pada
bagian major groove
– regulatory proteins mengakibatkan
DNA-binding motifs

4
 Regulatory Proteins ...
• DNA-binding motifs adalah bagian dari
regulatory proteins yang berlekatan
dengan DNA:
– helix-turn-helix motif
– homeodomain motif
– zinc finger motif
– leucine zipper motif

5
Helix-Turn-Helix Motif

6
 The Helix-Turn-Helix Motif Is
Common in DNA-Binding Proteins
• ~ 20 aa
– satu  helix untuk pengenalan DNA
(warna merah), kemudian  memutar
(turn), selanjutnya  helix lainnya
– sequence-specific binding due to specific
contacts between the recognition helix
and the major groove
• Empat DNA-binding dengan motif helix-
turn-helix (abu-abu) di Lac repressor
Helix-Turn-Helix
Motif
Homeodomain Motif
Ada

9
 Homeodomain Motif
• Mengatur target gen yang berperan dalam
pembentukan berbagai struktur tubuh selama
perkembangan embryo
• Ptotein homeodomain kebanyakan merangsang
diferensiasi sel-sel  jaringan  organ
• Protein seperti NANOG terlibat dalam menjaga
pluripotency dari suatu sel.
• Gen Homeobox sangat kritikal untuk menjaga
stabilitas pembentukan jaringan tubuh pada fase
embryogenesis.
10
Zinc Finger Motif

11
 The Zinc Finger Motif Is Common in
Eukaryotic Transcription Factors
• ~30 aa
• “Finger” bagian adalah peptide yang
mengalami loop cross-linked by Zn2+
– Zn2+ biasanya dikoordinasi oleh 4 Cys, atau 2 Cys,
2 His
• Interaksi dengan DNA atau RNA
– Ikatannya lemah, sehingga beberapa zinc fingers
berlaku saling membantu.
• Ikatan/Binding memiliki retang dari spesifik
sekuens hingga random.
Zinc Fingers
Leucine Zipper Motif

14
 The Leucine Zipper Motif
• Dimer dari dua amphipathic  helices plus a DNA-binding
domain
• Setiap helix bersifat hydrophobic pada sisi satunya dan
hydrophilic pada sisi lainnya.
– Sisi hydrophobic bersentuhan dengan dua monomer.
• Sekitar setiap 7 residu di helix adalah Leu.
• Helices membentuk putaran (a coiled coil).
• Domain DNA-binding memiliki basic residues (Lys, Arg)
untuk berekasi dengan polyanionic DNA.
 Structure of a Leucine
Zipper: GCN4 from Yeast
 Prokaryotic Regulation
• Kontrol inisasi transkripsi dapat berupa:
– positive control – meningkankan
transcripsi ketika activators melekat
pada DNA
– negative control – menurunkan
transcripsi ketika repressors melekat
pada bagian regulatori DNA yang
disebut operators

17
 Prokaryotic Regulation
• Prokaryotic cells selalu memberikan
respon terhadap lingkungannya dengan
mengubah ekspresi gen.
• Genes yang berperan dalam metabolic
pathway yang sama diorganisir dalam
operons.
• Beberapa operons sebagai induced jika
metabolic pathway diperlukan.
• Beberapa operons sebagai repressed jika
metabolic pathway tidak diperlukan lagi.
18
 Prokaryotic Regulation
• lac operon terdapat genes untuk
memanfaatkan lactose sebagai sumber
energi.
• Bagian regulatory dari operon termasuk
CAP binding site, promoter, dan
operator.
• Bagian yang dicoding terdiri dari gen-gen
untuk 3 enzymes:
 -galactosidase, permease, dan
transacetylase
19
20
 Prokaryotic Regulation
• lac operon diatur secara negative oleh
repressor protein:
– lac repressor berlekatan pada operator
untuk menghambat transkripsi
– jika ada lactose, sebagai inducer, molecule
ini berlekatan dengan repressor protein
– repressor tidak dapat lagi berlekatan
dengan operator  transkripsi berlangsung

21
22
23
 Prokaryotic Regulation
• Jika ada glucose dan lactose, sel-sel bacteria
lebih menyukai penggunaan glucose.
• Glucose mencegah induksi dari lac operon.
– Perlekatan dengan CAP – cAMP complex
pada CAP binding site diperlukan untuk
induksi lac operon
– tinggi glucose levels  low cAMP levels
– high glucose  low cAMP  no induction
24
25
26
 Prokaryotic Regulation
• trp operon mengkode genes untuk
biosynthesis tryptophan.
• Operon tidak terekspresi jika sel
mengandung jumlah tryptophan dengan
cukup.
• Operon terekspresi hanya jika konsentrasi
tryptophan rendah.

27
 Prokaryotic Regulation
• trp operon is negatively regulated by the
trp repressor protein
– trp repressor berlekatan pada operator
untuk memblock transcripsi
– berlekatannya repressor pada operator
memerlukan corepressor yaitu
tryptophan
– low levels tryptophan menghambat
repressor berlekatan dengan operator.
28
29
30
 Eukaryotic Regulation
• Pengontrolan expresi gen-gen eukaryotic
memerlukan transcription factors.
– general transcription factors
diperlukan untuk inisiasi transcripsi
• Memerlukan ikatan khusus antara
RNA polymerase dengan DNA
– specific transcription factors
meningkatkan transcripsi in sel-sel
tertentu sebagai respon dari signals.
31
32
 Eukaryotic Transcription
• General transcription factors berlekatan
pada bagian promoter dari gen.
• RNA polymerase II kemudian berikatan
dengan promoter utuk memulai transkripsi
start site (+1).
• Enhancers adalah DNA sequences
tempat spesifik transcription factors
(activators) berikatan untuk
meningkatkan laju transkripsi.
33
34
 Eukaryotic Transcription
• Coactivators dan mediators juga
diperlukan untuk berfungsinya
transcription factors.
– coactivators dan mediators berikatan
pada transcription factors dan
berlekatan juga dengan bagian lainnya
dari transcription apparatus.

35
36
 General transcription factors
• General transcription factors (GTFs) diperlukan
untuk transkripsi di eukaryotes dari semua gen
• GTFs membantu RNA Pol II dalam inisiasi
transkripsi
• GTFs dibentuk TFIIA, TFIIB,... Dan hamper
semuanya dalam bentuk multimeric proteins
• Equivalent GTFs sangat dijaga keberadaannya
untuk semua kelompok eukaryotes
• Di prokaryotes, hanya satu general transcription
factor, yaitu s factor yang sangat diperlukan
 TFIID

• TFIID terdiri dari 14 subunits, salah satunya adalah

TATA box binding protein, TBP
• Fungsinya: pengenal promoter, rekruitmen TFIIB
The TATA box binding protein
(TBP)
The TATA box binding protein (TBP)
 Struktuk Kromosome Eukariot
• Eukaryotic DNA tersusun dan termampatkan
dalam chromatin.
• Struktur Chromatin sangat terkait dengan
kontrol ekspresi gen.
• Struktur Chromatin dimulai dengan
organisasi DNA dalam bentuk nucleosomes.
• Nucleosomes dapat juga memblok RNA
polymerase II untuk dapat berikatan dengan
promoters.
41
 Struktuk Kromosome Eukariot
• Methylation (penambahan–CH3) dari DNA
atau protein histone proteins berkaitan
dengan kontrol ekspresi gen.
• Clusters of methylated cytosine nucleotides
berikatan dengan protein yang dapat
menghalangi activators untuk berikatan
dengan DNA.
• Methylated histone proteins berkaitan
dengan bagian inactive dari chromatin.
42
43
44
 Pengaturan di Posttranskripsi
• Kontrol ekspresi gen biasanya melibatkan
kontrol inisiasi dari transkripsi.
• Namun demikian, ekspresi gen dapat juga
dikontrol setelah proses transkripsi
berlangsung, yaitu dengan cara:
– RNA interference
– alternative splicing
– RNA editing
– mRNA degradation 45
 Pengaturan di Posttranskripsi
• RNA interference melibatkan
penggunaan small RNA molecules
• Enzyme Dicer memotong double stranded
RNA menjadi bagian-bagian kecil RNA
– micro-RNAs berikatan pada
complementary RNA untuk mencegah
translasi
– small interfering RNAs mendegradasi
mRNAs tertentu sebelum translasi.
46
47
 Pengaturan di Posttranskripsi
• Introns dipotong dari pre-mRNAs untuk
menghasilkan mRNA yang matang yang
bias diterjemahkan.
• Alternative splicing mengenal sisi splicing
lain di berbagai tipe jaringan yang berbeda.
• mRNAs matang dalam setiap jaringan akan
memiliki exons yang berbeda, sehingga
dapat menghasilkan polypeptide lainnya dari
gen yang sama.
48
contoh

49
 Pengaturan di Posttranskripsi
• RNA editing menhasilkan mRNA matang
yang tidak benar-benar dikodekan oleh
genome.
• Contoh –
– apolipoprotein B berada dalam 2 isoforms
– satu isoform dihasilkan dari editing mRNA
membentuk stop codon
– RNA editing ini bersifat tissue-specific
50
 Posttranscriptional Regulation
• Mature mRNA molecules have various
half-lives depending on the gene and the
location (tissue) of expression.
• The amount of polypeptide produced from
a particular gene can be influenced by the
half-life of the mRNA molecules.

51
52
 Degradasi Protein
• Proteins dihasilkan dan didegradasi
secara terus menerus di dalam sel.
• Proteins yang akan didegradasi diberi
tanda dengan ubiquitin.
• Degradasi protein yang telah ditandai
dengan ubiquitin akan terjadi di
proteasome.

53
54
55
Perbedaan Ekspresi Gen Prokariot vs Eukariot:

Prokaryotes control expression by:

Transcription

Eukaryotes control expression by:

Transcription

RNA processing

mRNA transport

mRNA translation

mRNA degradation

Protein degradation